e*******e
发帖数: 1837 | 1 please show me an eukaryotic whole-genome sequencing paper from any place
that have less than 20 authors.
5,
Zhihe
Jian1
,
Runmao |
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m*****a
发帖数: 26 | 3 I do not think sequencing a genome can mean a lot.Look at the silkwork
genome sequenced by Southwest U, they did that only for a Science paper,and
nothing else. In China, this type of labor work is no need, and should never
get more funding. |
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O******e
发帖数: 4845 | 4 测序非常重要。只不过技术上没有以前的光环了，所以很多人就忽略了它的重要性。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 5 我觉得测序在国内 自从杨焕明搞了1%然后被fzz追着屁股骂说欺世盗名没有技术含量以
后在一般人眼里就臭掉了 其实两方面宣传自己都是唯恐用词不够极端不够震撼 |
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m*****a
发帖数: 26 | 6 I do not think sequencing many genomes is important/necessary. I agree that
some important orgainism like rice, human, virus shoule be sequenced.
As far as I know, the first-author, who wrote the Science paper on silkworm
and also a big boss, switched to tobacco project now. This means that after
sequencing, he has nothing interesting else to do. you can not believe this.
in a developing country like China, money should not be put on sequencing
more and more genomes. this just make them possible |
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p*****m
发帖数: 7030 | 7 作者本人转了方向 不意味着家蚕测序就是纯粹为了paper 更不说明家蚕基因组没有
用处 想想看你想要对家蚕作任何遗传改进 不管是让蚕丝更坚固更长 还是让蚕丝五
颜六色 或者让蚕可以吃桑叶以外的食物还能吐丝 没有基因组测序工作量该大多少
倍吧（转基因方面问题现在已经很小了）
至于国内有没有人在做这些事情 这个要责怪做家蚕的人没有现代生物学眼光 或者
作生物的人不知道和产业结合 怪不到测序的人头上
日本有很多lab在做silkworm的genetics 日本人也测了基因组。
that
silkworm
after
this.
and |
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O******e
发帖数: 4845 | 9 fzz越来越让人受不了了。这家伙靠啥养活自己呢？也不好好做点事情。 |
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O******e
发帖数: 4845 | 10 不过以后测序应该是越来越便宜了吧。再说了，很多生物，真的不定哪天就重要起来了，
所以序列放在那里，总还是有些用处的。至于家蚕的重要性，真是不用多说。 |
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c***o
发帖数: 19 | 11 fzz is good person, at least I think. He disclosed many academic corruptions
in China; without him, those bad guys will be more "嚣张“。
I support fzz, as always. |
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p*****m
发帖数: 7030 | 12 这家伙也不总是打对人 而且最可恶的是他打错了也绝对不会认错 这样搞下来被他
错打的人是很郁闷的。这一点很讨厌。别的不说 他打施一公没有全职回国 打颜宁
当年拿的青年科学家奖就很无厘头
corruptions |
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n****g
发帖数: 1063 | 13 disagree
that
silkworm
after
this.
and |
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c***o
发帖数: 19 | 14 they just do sequencing, utilizing machines from USA and contributing to USA
economy. what else have they done? any follow-up work? Nothing. |
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p*******r
发帖数: 4048 | 16 确实就是为了paper。 有了paper他们就可以忽悠更多钱。有了钱他们就可以买机器。
这是他们的商业
模式。
用处倒是有的。我们不必美化，也不必丑化。 |
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p*******r
发帖数: 4048 | 18
USA
你小看他们了。 他们还高价帮国内的人测序，发大了。
他们告诉国人，想发nature, science吗，找我。
这种商业模式至少在暂时是会很成功的。 |
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l*****c
发帖数: 17 | 19 De novo assembly of a 40 Mb eukaryotic genome from short sequence reads:
Sordaria macrospora, a model organism for fungal morphogenesis. Minou
Nowrousian, Jason E Stajich, Meiling Chu, Ines Engh, Eric Espagne, Karen
Halliday, Jens Kamerewerd, Frank Kempken, Birgit Knab, Hsiao-Che Kuo, Heinz
D Osiewacz, Stefanie P?ggeler, Nick D Read, Stephan Seiler, Kristina M Smith
, Denise Zickler, Ulrich
De novo assembly of human genomes with massively parallel short read
sequencing. Ruiqiang Li, Hongme |
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a***e
发帖数: 1010 | 20 看看国内结构试验室，可能更狠。
等 BGI 的 128 台机器到位后，另一类做 bioinfo 的高级民工也会出来的。 |
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O******e
发帖数: 4845 | 21 http://www.nature.com/news/2010/100922/full/467380a.html
China pushes for the proteome
Strategy to build a complete catalogue of human proteins could put the c
ountry in a leading position.
David Cyranoski
Proteomics could turn up biomarkers to help diagnose disease faster than
current tests.Xinhua/LANDOV/PA
First the genome; now the proteome. China has already established a lead
ing position in DNA sequencing through the work of the BGI in Shenzhen (
formerly the Beijing Genomics Institute), wh |
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a***e
发帖数: 1010 | 22 BGI 有 3500 人， 1500 人做 bioinfo. 每年工资上亿。
生物学的未来在中国， 弟兄们， 给我上。 ：） |
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T****i
发帖数: 15191 | 23 wsn包括千老 ：D
No offense, 本人也是。不是说他们做的简单，只是觉得华大更象工厂，能产生很多
data, 不象能产生原创性成果的样子。
的。华大其实还是可以的。华大不只
是
wsn和千老的一个特征。
他错误的发音，说不知道，他说啊，
BGI是中国本土的一流研究机构，他
听 |
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l******n
发帖数: 520 | 25 BGI的价格有绝对优势，他们按数据量收费，好像20G的数据5-8万RMB
而且测序后的生物信息分析支持比美国的傻逼公司要好很多 |
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l******n
发帖数: 520 | 26 好像可以直接寄样品给大陆的BGI吧
测序结果直接登录服务器 |
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s*********e
发帖数: 399 | 27 补充一下，因为细菌的genome比较小，所以一般的NGS,一个round就可以很多次.
这样,bgi不推荐reseq, 更推荐直接de novo. 这样的费用和reseq差不多. |
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j****x
发帖数: 1704 | 28 恩，我还是认同你这里所说的，但是很明显在上一个帖子中你一开始就把别人对BGI的
差评而且不是个别事例偷换概念成为没有公司是100%好评的，这在我看来是典型的诡辩
，之后又看到“国内的老师很难伺候”这样的表述，实在有点忍不住才会和你计较一下
，可能有点意气了，希望你谅解。
关于你所说责任是双方面的，我不否认你们遇到过很多麻烦。问题是，我这里的反馈，
直接是测序质量上的问题，以及相应的售后服务的问题，而且不止一次。部分数据我经
手过，所以我很清楚问题可能出在哪里。这里没有任何你所说的回款问题。而恰恰是这
些“优质客户”，往往没有得到应有的保障，这些朋友只好转向其他公司并得到了比较
满意的结果，所以在这里我也不方便提供他们的信息。我可以征求一下他们的意见，然
后和你沟通。
华大现在以公司的模式运营，而且如你所说业绩一直在稳步增长，我相信是有目共睹的
。当然，公司的声誉，想要树立起来需要花很多的时间，毁起来确实很容易的事情，相
信你们不会做国内国外客户区别对待的事情。 |
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h***0
发帖数: 248 | 29 have a look at the maize resequencing paper from BGI
they have done some analysis on the distribution of SNPs on coding and non-
coding regions |
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j****x
发帖数: 1704 | 30 如果本身是合作性质，那么共同署名天经地义，如果只是作为单纯的service provider
,收钱干活是本分，仍然要求署名自然有点过分。当然双方协商认可自然是愿打愿挨，
应该还能打个折。
我反正是没听说过哪家commercial service provider正经收费的最后还主动要求
coauthorship，这个比较败RP了。 |
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r*****m
发帖数: 231 | 32 找他们做了个whole exome, 结果拿回来coverage 60％，对比实验室其他人老老实实在
美国各个公司做的都至少有个98％－99％。。。
我老板嘴上虽没说什么，心里一定巨不爽！ |
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M*****n
发帖数: 16729 | 33 you should ask money back. |
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s*********e
发帖数: 399 | 34 甭管大项目小项目，从美国这边走的项目，如果任何人有任何问题，pm我。
我一定尽力给大家个答复（目前在bgiamericas工作）。
谢谢大家 |
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b****r
发帖数: 17995 | 36 cft
我也知道有一人去我们学校core lab做NGS，结果也就是60%的样子。不过据说现在买了
新仪器，
水平可能有所提高 |
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s*********e
发帖数: 399 | 37 客户支持。有什么问题直接找我们沟通就好。
另外我们不取样 ：)
样品直接送香港。 6月左右可以在美国建立一个lab,然后美国直接测序了。 |
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m*********r
发帖数: 2456 | 40 It is based on how depth of analysis you want.
sequencing? |
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m*********r
发帖数: 2456 | 42 average？Do you want to find SNPs?
I think this depth is not enough . |
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w******y
发帖数: 8040 | 43 more than enough unless you want to find rare mutations |
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m*********r
发帖数: 2456 | 44 read more CNS paper, you will find it~!
The point is you should believe it is true~! |
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m*********r
发帖数: 2456 | 45 It's not true about the 98-99% coverage, you should take the sequencing
depth into account as threshold. |
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m*********r
发帖数: 2456 | 47 God, please read the paper more carefully, this paper using the target exome
sequencing, it is different
whole-genome exome capture sequencing~~ |
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l*****a
发帖数: 1431 | 48 we have genetic disorder families. some AR, some AD. most of them have
linkage information. So I think 40x is enough.how many do you recommend? |
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m*********r
发帖数: 2456 | 49 where are you? I think if you used Agilent kits for exome capture, per lane
for per person is enough, the raw
data would cover over 40X |
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l*****a
发帖数: 1431 | 50 This is exactly what we plan to do. Agilent 50M kit, BTW. how much do you
charge with or without bioinformatics support?
lane |
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