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c*****u
发帖数: 439 | 2 可是 看FOKI-dCas9 那个paper ，DNA spacer 从1-42，距离短 可以说有空间位阻，没
有办法形成FOK dimer, 没有酶切活性。 但是如果距离更远，酶切活性也下降，说明
DNA可能不是那么容易弯曲？或者至少在短距离上？ |
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r******k
发帖数: 446 | 3 难道是dimer 没被lysis buffer打开？？？ 我用的是cell fractionation 用的 lysis
buffer 可能lysis不够强的原因吗？ |
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r******k
发帖数: 446 | 4 就是我overexpress p53的一个mutation进到hela cell，然后做western。 我不知道那
些是unsepecific bands 还是因为我lysis buffer不强 p53有dimer之类的没打开。。 |
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l******a
发帖数: 3339 | 5 我是把他从vector上pcr下来的。可以用长primer，但是这个不好p，因为primer会
dimerize，但不是不行。
吗？ |
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n********e
发帖数: 1630 | 6 我的蛋白是dimer AVITAG 就会每个蛋白两个tag 这样我们不希望 因为可能会把蛋白
结构改变 如果有两个都去跟SA binding |
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p****u
发帖数: 239 | 7 competitive landscape in the market:
Lilly's dulaglutide: GLP-1 linked to an Fc fragment of human IgG4
GSK's Albiglutide: GLP-1 dimer fused to human albumin |
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w*********n
发帖数: 439 | 8 Nat Biotechnol. 2014 Jun;32(6):569-76.
Dimeric CRISPR RNA-guided FokI nucleases for highly specific genome editing.
Tsai SQ1, Wyvekens N2, Khayter C2, Foden JA2, Thapar V3, Reyon D1, Goodwin
MJ2, Aryee MJ4, Joung JK1. |
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r***l
发帖数: 163 | 10 【 以下文字转载自 MedicalDevice 讨论区 】
发信人: resol (丝路), 信区: MedicalDevice
标 题: 有没有熟悉体外诊断试剂盒的朋友？
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Nov 15 20:53:55 2014, 美东)
有国内朋友想做进口体外诊断试剂盒，特别对下列免疫比浊项目有兴趣。不知道版上有
没有做这块可以合作的朋友？或许能指点下去哪里找这样的合作伙伴比较靠谱，不胜感
激！
如果供应商在中国没有代理，可以帮他们在中国跑审批做代理。如果已经有代理，是不
是还能帮他们在不同地区销售或者代理？还请有经验的高手指点一二。另外，请教下怎
么查这些试剂盒的价格，多谢！
免疫比浊项目
1． PGⅠ 胃蛋白酶原Ⅰ
2． PGⅡ 胃蛋白酶原Ⅱ
3． HP 胃幽门螺旋杆菌
4． RbP 视黄醇结合蛋白
5． NGAL 人类中性粒细胞明胶酶相关载脂蛋白
6． CystatinC 胱氨酸蛋白酶抑制剂 C
7． Myo... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 11 可能性太多了，比如不正常dimerize会被分解，或者没法分泌等等。
你好歹把每个allele的蛋白含量，RNA含量，分泌和细胞内含量排出来看看才知道 |
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j****n
发帖数: 3370 | 12 这个肯定不是经典的酶反应动力学
enzyme是不是有多个subunit？Dimer tetramer？
这种情况可以考虑inhibitor有相互作用 例如有synergy
可以研究下Hill Coefficient |
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i***l
发帖数: 1656 | 13 agree with above,maybe oligomer due to non specific hydrophobic interactions
, which is not uncommon among transmembrane proteins.
4-6M urea, try to completely denature your sample,
however, if oligomer forms, sample usually runs in a ladder pattern, say,
dimer, tetramer, etc. if you only see two major bands, one monomer, the
other ~4x or 6x apparent molecular weight, it's still a little weird to me. |
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r**********e
发帖数: 587 | 14 谢谢。
你说的非常对，PCR来检测DNA repair非常罕见
我要解释一下，
我压根不是做DNA damage/repair的，我有兴趣的一段疾病相关的序列repetitive
simple sequence，根据各种原因我相当怀疑是和DNA damage/repair相关的。我的
hypothesis是：这段疾病相关的repetitive序列或许更加vulnerable to 外界的DNA
damage， 或者DNA repair的修复能力跟其他普通序列不同，从而能为疾病机制提供新
的发现
我看了大部分DNA damage/repair领域的文章，我感觉大部分的工作都是global的比如
测量一下DNA损伤的marker比如H2AZ或者H3k56ac的level。但我的兴趣一定是需要精确
到DNA-specific或者gene-specific的
能精确到sequence-specific的我能想到的也就是PCR了
相关的研究也有，比如：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24371283
我顺便也好奇问下，repair领域大家是不care ge... 阅读全帖 |
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b******k
发帖数: 1874 | 15 Nature biotechnology 去年6月同时发表了2篇用dimeric FokI-dCas9来提高基因组编辑
的特异性。特异性总体上都比paired Cas9 nickase 要好。Joung 实验室的编辑效率要
高一点，但是可能和他们采用的转染方法也有关系。另外一篇是David Liu 实验室的。
不知道版上有没有人用过FokI-dCas9系统？我只是用来KO一个基因，建一株细胞。但是
，老板很担心off—target.
Joung 实验室用了Csy4来剪辑同一个启动子转录出来的2个guide RNA,这样克隆2个guid
e RNA应该比一般的载体要方便一点。但是，需要和表达Csy4的FokI-dCas9载体一起使用
。他们的FokI-dCas9是人codon优化的，不知道在小鼠细胞里面表达效率如何？
先谢谢了！ |
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x*****y
发帖数: 118 | 16 现在有个20kD的蛋白怀疑在小分子ligand 作用下形成homodimer. 有晶体结构
这个蛋白没有ligand 的话是monomer
请问怎么确定在溶液里也是dimer?
试过 size-exclusion column, NMR, ITC. 结果都不明确 |
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l********8
发帖数: 45 | 17 这个法国人声称重复出来的结果，发现是引物二聚体（ dimer），还是无法证明重复了
韩的结果。 |
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w******g
发帖数: 301 | 18 根据GaetanBurgio做PCR的水准，偶基本断定他的文章很多问题，不一定是造假，可能
是因为水平太低。
但是起码他马上出来认错了。表面态度还过得去。
Gaetan Burgio @GaetanBurgio Jul 16
@monkeydidi I don't have any real idea. Sometimes this happens. These are
definitively dimers, not editing (Lane 9 is WT) |
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发帖数: 1 | 19 An alternative novel tool for DNA editing without target sequence limitation
Shu Xu†, Shasha Cao†, Bingjie Zou†, Yunyun Yue†,
Chun Gu, Xin Chen, Pei Wang, Xiaohua Dong, Zheng Xiang, Kai Li, Minsheng
ZhuEmail author, Qingshun ZhaoEmail author and Guohua Zhou
†Contributed equally
Abstract
Engineered endonucleases are a powerful tool for editing DNA. However,
sequence preferences may limit their application. We engineer a structure-
guided endonuclease (SGN) composed o... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 20 开始也这么想。其实和你突变的地方有一定关系。在基因的起始部位，Knockout比较容
易，在靠近结尾的地方，你会有truncated蛋白表达。这种的活性是无法预料的，如果
是dimer，就更难了。另外，压迫看protein的表达量，靠近结尾的，往往没有合适的
antibody来区分你要的replacement和trancated copy。 |
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l********e
发帖数: 415 | 21 有道理。对于无法筛选的基因，你觉得做两轮targeting怎么样。先拿杂合，然后
target杂合拿纯合。
: 开始也这么想。其实和你突变的地方有一定关系。在基因的起始部位，Knockout
比较容
: 易，在靠近结尾的地方，你会有truncated蛋白表达。这种的活性是无法预料的
，如果
: 是dimer，就更难了。另外，压迫看protein的表达量，靠近结尾的，往往没有合
适的
: antibody来区分你要的replacement和trancated copy。
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s******y
发帖数: 17729 | 22 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: rbs (jay), 信区: Military
标 题: 诺委会太不像话了 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 4 10:58:51 2017, 美东)
发信人: rbs (jay), 信区: Joke
标 题: 诺委会太不像话了
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 4 10:23:52 2017, 美东)
尼玛87篇参考文献就不能加一篇施教授或能教授的CNS？
References
1. Ruska, E., Nobel Lectures, Physics 1981-1990, Tore Frängsmyr and
Gösta Ekspong, Eds. (1993) World Scientific Publishing, Singapore
2. Marton, L. (1934) Electron microscopy of biological objects. Nature
133, 911-911
3. Althoff, T., Mi... 阅读全帖 |
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k***i
发帖数: 662 | 23 August 9, 2007
BIOCHEMISTRY
Bent DNAs Help Probe DNA-Protein Binding
New class of artificial DNAs could help assess structure-specific DNA recognition
Celia Henry Arnaud
Many DNA-protein interactions involve structural distortions of the DNA helix. A new class of artificial DNAs, called "modular bent DNAs," could help systematically assess the role that DNA bending plays in these interactions, according to a recent study (J. Am. Chem. Soc., DOI: 10.1021/ja071335k).
2′-Deoxyuridylate dimer, n = 1 |
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o*******e
发帖数: 284 | 24 草酰氯如果除不干净，下一步会不会有dimer啊？请教 |
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a**********e
发帖数: 418 | 25 Start With distilled THF as Solvent, Do not use hexanes, lithium halogen
exchange should be done at -78 degree over 30 min. Then add dibromohexane
in THF dropwise at -78, and subsequent warming to rt.
Both Lithium halogen exchange and SN2 reaction (in this case) work better in
a polar solvent. There is no point of using hexanes. Do not use TMEDA which
might result in a deprotonation at the 5 position.
Side reactions: 1. elemination to form 5-bromopenta-1-ene. It is difficult
to avoid 2. dimer |
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E****F
发帖数: 10 | 26 你的ion-trap MS/MS用了47eV,得到的product ion 信息不是很充足。如果要做Q-TOF的
话，可以尝试不同的collision enrgy，建议加大CE到60-100eV试试。另外扩大mass
range来看看是否有dimer或trimer. 如果猜测是脂肪酸的话，可以去www.lipidmaps.
org查询一下database，那里有isotope distribution for natural isotopes. 如果不
用NMR,就麻烦些上stable isotope, like C13, H2,or O18，希望对你有帮助。 |
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j*********5
发帖数: 6221 | 27 上面的分子哪有CONH，那是个甲级啊，NH和CO中间插了一个NHCH3,形成dimer时有空间
阻碍 |
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j*********5
发帖数: 6221 | 28 上面的分子哪有CONH，那是个甲级啊，NH和CO中间插了一个NHCH3,形成dimer时有空间
阻碍 |
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q****i
发帖数: 6923 | 29 我没说他的不是标准操作，我认为lz的问题不是由于这些原因导致的。你怎么知道我不
懂？他说的那些方法我早就知道，5年前我就玩过rieke 反应，而且很漂亮，俺第一次
玩，就是100％的产率。so what？最后我还是想了一个比rieke magnesium更简单的方
法。我个人认为不是说你懂很多很难的方法，试过很多很麻烦的实验就很牛，而是应该
能够轻巧的找到问题所在，一击而中，所谓四两拨千斤，这才是一个真正的研究者应该
做的。普通的溴代烷烃是完全不要I2或者Br（CH2）2Br来引发的，更不用说用更强的方
法了，至于用烷基锂，如果他的反应里面还有其他的官能团就可能导致很多副反应。再
说了，如果一个普通的溴代烷需要这么折腾，只能说明实验者的功夫不到家。我做双格
式试剂的反应都是在零度条件下做的，室温下加一点点的碘做indicator，5分钟之内反
应开始，然后降到零度，产率98％，反应完全，也没有dimer和B-elimiation的副产物
。只要不是陈年老镁，一个反应work不work和你是不是碾磨了镁是用镁粉还是chip，一
点关系都没有，哪里用的着这么费劲。一个做实验做的很费劲的人， |
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r****1
发帖数: 2299 | 30 做了一个PEPTIDE，里面有两个CYS，想让这两个CYS FORM DISULFIDE BRIDGE。应该如
何做才能加速这个反应，而且还要避免INTERMOLECULAR CROSS LINK而形成DIMER。 |
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s******n
发帖数: 189 | 31 Name; MicroPET imaging of breast cancer alpha-v integrin expression with
64Cu-labeled dimeric RGD peptides.
谢谢！！！ |
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c**i
发帖数: 6973 | 32 Peter Landers, New Breast Cancer Drug Found Deep in the Sea. Wall Street
Journal, Jan. 4, 2010.
http://online.wsj.com/article/SB1000142405274870411150457605977
("A study found it [Halaven] extended the life of patients with advanced
breast cancer by about two-and-1/2 months, to 13 months")
My comment:
(a) Eisai Co., Ltd. エーザイ株式会社
(a public company; headquarters Tokyo; established in 1941 by Toyoji NAITO
内藤 豊次 as Nohon Eisai Co., Ltd. 日本衛材（衛生材料の略。具体的には絆創膏
や包帯の事))
ja.wikipedia.org
(b) eribulin
htt... 阅读全帖 |
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h**********3
发帖数: 427 | 33 帮忙查一下国内的一篇文章吧，谢谢了：
请发送到h**********[email protected]
Ab initio calculations of vibrational frequencies and structures of ion
pairs of perchlorate. Xuan, Xiao-peng; Xie, You-hai; Zhao, Yang.
School of Chemical and Environmental Sciences, Henan Normal University,
Xinxiang, Peop. Rep. China. Guangpuxue Yu Guangpu Fenxi (2010), 30(9),
2537-2540. Publisher: Beijing Daxue Chubanshe, CODEN: GYGFED ISSN: 1000
-0593. Journal written in Chinese. CAN 153:369826 AN 2010:1137884 ... 阅读全帖 |
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z*****o
发帖数: 5758 | 34 最近在试，就是那个Feringa 发现的phosphoramidite ligand，（可以从binol做），
加上 Ir（COD）Cl dimer，活化一下后使用的。
我按照hartwig的文献，试了一下，不反应。
如果不preactivate, 我还能拿到一点产物，但是conversion比较低。
没有在dry box里操作，但是还是有Ar保护的。
不知道哪里出了问题？请做过的人指点一下 |
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d***r
发帖数: 106 | 35 DOI: 10.1039/C2PY00489E
Functional PEG-based polymers with reactive groups via anionic ROP of tailor
-made epoxides
please send it to d**********[email protected] |
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j*********5
发帖数: 6221 | 37 想要的发给我你的email和简要resume，最重要的是包子
RSC advances
Electronic Substituent Effects on Hydrogen-Bonding Motifs Modulate
Supramolecular Polymerisation
老林的四面体
Design, synthesis, and characterization of symmetrical bent-core liquid
crystalline dimers with
diacetylene spacer |
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f*****n
发帖数: 93 | 38 J Pharm Pharmacol. 1977 Jun;29(6):350-4.
The in vitro metabolism of 2-nitroso-1-phenylpropane dimer by fortified
9000g supernatants from rabbit liver.
包子酬谢！ |
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y***o
发帖数: 416 | 39 1. Remarkably Active Non-Metallocene Ethylene Polymerization Catalysts
Organometallics, 1999, 18 (11), pp 2046–2048
DOI: 10.1021/om981026q
http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/om981026q
2. Phosphinimide−Phosphinimide Ligands: New Bulky Ligands for
Ethylene Polymerization Catalysts
Organometallics, 2001, 20 (11), pp 2303–2308
DOI: 10.1021/om0101184
http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/om0101184
3. An Approach to Catalyst Design: Cyclopentadienyl-Titanium Phosphinimide
Complexes in Ethy... 阅读全帖 |
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y***o
发帖数: 416 | 40 不好意思，又有三篇Organometallics文献，需要求助。多谢了！
Cationic Methyl- and Chlorotitanium Phosphinimide Complexes
Organometallics, 2005, 24 (6), pp 1091–1098
DOI: 10.1021/om0492202
http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/om0492202
Functionalizing Titanium−Phosphinimide Complexes
Organometallics, 2006, 25 (20), pp 4779–4786
DOI: 10.1021/om060565p
http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/om060565p
Selective Catalytic Dimerization of Neohexene by [Cp*Ti(NPtBu3)Me][B(C6F5)4]
Organometallics, 2008, 27 (24), pp 6596–6604... 阅读全帖 |
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b*******y
发帖数: 4 | 41 The projected starting date is August 2015; this date may be postponed for a
few months if needed. The major focus of the Li laboratory is to use
chemical biology means to understand the reactivity of nucleotide damages.
Research projects include: (1) to elucidate the formation and repair of a
thymine photo-dimer, 5-thyminyl-5,6-dihydrothymine, i.e. the spore
photoproduct (SP), and (2) to understand the stability of DNA lesions such
as 5,6-dihydro-2ʹ-deoxyuridine (dHdU) and 5,6-dihydroxy-5,... 阅读全帖 |
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w*****p
发帖数: 432 | 42 来自主题: Macromolecules版 - 加热聚合？ 加热成dimer还有可能， 成高分子也太玄乎了吧 |
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u***e
发帖数: 611 | 43 来自主题: MedicalCareer版 - 请教啊！ one simple test to rule out PE: D-dimer |
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c*********r
发帖数: 541 | 44 来自主题: MedicalCareer版 - 请教啊！ d-dimer不好用。无数人都高，尤其是好多comorbity |
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u***e
发帖数: 611 | 45 来自主题: MedicalCareer版 - 请教啊！ i guess we can start heparin if ct or v/q show high probability of PE with
clinical suspicion.
PE is difficult to diagnose...I had one patient with v/q intermediate
probability but ct is negative.
negative d-dimer usually rules out PE but positive doesn't rule in |
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s*******r
发帖数: 174 | 46 we dont do ct contrast here for pe if cr is elevated. echo will help
sometimes if pt have a new right heart strain, although it is not diagnostic
. it helps to make you more comfortable to start anticoagulation.
to do or not to do v/q scan? remember that pretest probability? if it is
intermediate or high, get a v/q scan, if it is low, get a d-dimer.
Q |
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s*******r
发帖数: 174 | 47
out
你这什么逻辑啊，因为怕结果阳性就不做？如果阳性，要给这个阳性结果一个解释，是
不是继续chase，怎么
chase，每个个例不全相同，可是不能因为怕make decision就干脆一开始就忽略吧。如
果pre test hight
probability，d dimer有什么用，阴性就真stop了？这才是更让人难受的结果吧，总有
假阴性吧。倒是从没遇到过
这种情况，因为我们都直接送去imaging了。为啥echo，当然是鉴别诊断了，临床再高
度怀疑也只是怀疑不是。
你确定你们那儿都是向你那么做的吗？；） |
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j*******i
发帖数: 37 | 48
probability
level
is
documented PE 而 D dimer low的,两年中我见过五例... |
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L*****r
发帖数: 722 | 49
不知是在多少例documented PE之中，What’s the rough false negative rate?
“Sensitivity — D-dimer levels are abnormal in approximately 95 percent of
all patients with PE when measured by ELISA, quantitative rapid ELISA, or
semi-quantitative rapid ELISA [31]. This falls to approximately 90 percent
when measured by qualitative rapid ELISA or quantitative latex agglutination
, 86 percent when measured by semi-quantitive latex agglutination, and 82
percent when measured by erythrocyte agglutination [31]. Among p |
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j*******i
发帖数: 37 | 50
of
agglutination
who
%
所以~如果只靠d-dimer想一体适用的排除PE 有一定程度的风险~ :) |
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