b*****y
发帖数: 196 | 1 Nov 14, Nature pp224-
Review on engineered gene networks by JJ Collins. Worth reading. |
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s*******e
发帖数: 23 | 2 there are several ways you can think about, although techniquely,
they are quite difficult.
(1) If you know what is the transcription activator, there should
have a databank contain promoter sequences. (Sorry, I can't remember
the webste)
(2) You can use CHiP analysis to clone out DNA sequences that bind
to your protein. First crosslink, then sonicate, then immunoprecipitation,
then clone and sequence, then search database.
(3) As u need those genes regulated in the early 4hrs. Tranditional
over |
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m******n
发帖数: 194 | 3 go to genome.ucsc.edu, if you have partial sequence of the gene, use
blat to search the genome, you will have a genome coordinate on the top
of the output graph, exact that piece of genomic DNA |
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q*****n
发帖数: 331 | 4 If I have two genes, A and B. Using real time RT-PCR, in the same cell lines
, the Ct value of A is about 22, and the ct value of B is about 28. 每个基因
各用两套primer sets， 都得到相同的结果。我能说 基因A表达量比B高吗？
有没有网站讲这个的呀？
谢谢 |
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q*****n
发帖数: 331 | 5 If I have two genes, A and B. Using real time RT-PCR, in the same cell lines
, the Ct value of A is about 22, and the ct value of B is about 28. 每个基因
各用两套primer sets， 都得到相同的结果。我能说 基因A表达量比B高吗？
有没有网站讲这个的呀？
谢谢 |
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q*****n
发帖数: 331 | 6 If I have two genes, A and B. Using real time RT-PCR, in the same cell lines
, the Ct value of A is about 22, and the ct value of B is about 28. 每个基因
各用两套primer sets， 都得到相同的结果。我能说 基因A表达量比B高吗？
有没有网站讲这个的呀？
谢谢 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 7 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: Morphin (莫非-白衣“追鱼”郎), 信区: Military
标 题: 基因治疗gene therapy的今天
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 4 14:02:32 2010, 美东)
会不会是转基因作物的明天？ |
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a****o
发帖数: 1786 | 8 今天听Gerald Fink的报告
5% of essential genes in one background of s. cerevisiae is not essential in
S288C background and they are called conditional essentials. |
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z*******0
发帖数: 35 | 9 我投2月初投了一篇文章，presubmission就要了10天，in submission 现在都40天了，
还是under consideration，请问gene therapy投稿到有结果一般要多久？under
consideration 之后应该是什么状态呢 ??
第一次投文章，请高手帮忙解答一下，谢了。 |
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l****y
发帖数: 398 | 10 to turn off the expression of certain gene at a specific time point.
prokaryote? |
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s****6
发帖数: 34 | 11 Hello, Friends, Would you please share your experience in handling those
hypothetical genes in microarray data? If they could be confirmed by Q-PCR,
they are valid discovery. But what is the best strategy to proceed. Do you
ignor them or love them better than others because of a sure novelty here?
Thanks a lot for your inputs. |
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t*d
发帖数: 1290 | 12 抱歉，误解了你的意思。还扬扬傻傻写了一大堆，呵呵。
这种 unknown 基因我一般是不去碰的。为什么呢？因为microarray结果的假阳性太高
了。就算你 rank 后，排在第一那个的都有可能是个假阳性。所以在做任何后续实验，
甚至简单的validation（用qPCR等方法）前，都最好综合各方面的知识，给candidate
genes排个序。然后决定试哪个。而这些未知的基因，后面要做的实验太多了。最难的
是找到它表达的蛋白，找到它的蛋白的抗体。够你折腾老长一段时间了。
当然，你有其它的证据。比如你发现在某个 GWAS 中，这个基因的 SNP 和某个疾病极
强相关，然后在你的与这个疾病相关的处理中表达变化了，然后qPCR验证了这个基因的
表达变化。这时也许值得一试。
very
Affy
to
I |
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a***e
发帖数: 1010 | 13 it is hard to analyze those unknown genes. However, new biology always
comes out something novel and unknown. |
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s****6
发帖数: 34 | 14
hypothetical genes in microarray data? If they could be confirmed by Q-PCR,
they are valid discovery. They are new for sure in terms of their function
in your questions. And therefore worthwhile for further study. But what is
the best strategy to proceed. Do you ignor them or love them better than
others because of a sure novelty here? Thanks a lot for your inputs. |
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f****e
发帖数: 679 | 15 请问有人知道“Gene Therapy and Regulation” 这个journal吗？影响因子多少？
谢谢！ |
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d*****g
发帖数: 1616 | 16 By Richard Epstein
Published: May 11 2010 01:00 | Last updated: May 11 2010 01:00
Will the US Supreme Court further cut back on the scope of patent protection
? That’s the question courts and commentators alike are askling as they
await the Court’s decision in the Bilski case, which deals with business
method patents.
One manifestation of that underlying uneasiness concerns gene patents, and
by extension, patents over other substances naturally occurring in human
beings and other organisms. In a |
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h****6
发帖数: 229 | 17 What is the purpose of having all E.coli genes expressed? |
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l*****9
发帖数: 20 | 18 请问有经验的朋友，
Genes & Development 内部编辑审稿一般要多久知道送审还是直接据？他们会通知吗？ |
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k****n
发帖数: 158 | 19 最近要做个实验要用gene trap，哪位有这方面的经验给讲讲，这个技术的优缺点？
差了下文献，好像最近5年已经很少有人用这个技术了，是不是这个技术已经被淘汰了？
谢谢 |
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O******e
发帖数: 4845 | 20 局限性现在越来越明显了。如果可以做real knockout,就别用gene trap。再说了，
现在很多公司在做knockout mice,价格也越来越低了。 |
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a****o
发帖数: 1786 | 22 if you want to express gene with a T7 promoter. The host cells need to
express T7 RNA polymerase. |
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x*********a
发帖数: 906 | 23 or any lamda- genotype E. coli strain expresses T7 promoter-driven genes? |
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x****i
发帖数: 3 | 24 不是生物专业，想了解一些关于copy number variation and gene expression data
processing 的基本的知识，不知大家有没有知道的。先谢谢了！ |
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t*d
发帖数: 1290 | 25 这个是可以的。不过在做enrichment analysis的时候，需要把 population 定义为者
8000 －2000 个基因，不能定义为果蝇的所有基因。很多人做 enrichment analysis的
时候都在这里犯了错误。
GO 中也不是所有人的基因都有注释。那些有注释的基因，也大部分没有注释全。大家
都是在凑或着用。所以你在文章中说“we did GO enrichment analysis based on the
~6000 gene with GO annotation", 应该没有人会 argue 这个。 |
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N***P
发帖数: 153 | 26 查到NCBI gene bank里面很多基因都是XXXX-like。偶尔在基因名下列有两个名字：
XXXX 和 XXXX-like。
谢谢 |
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o********r
发帖数: 775 | 27 这么说吧，这篇文章从初稿到接受花了11个月，对于BMC bioinformatics而言绝对不是
正常的速度，估计很多时间是花在说服reviewer那个1-to-1 comparison上面。为啥说
他是垃圾？因为这个前提就是错的，生物试验中的replicate是为了去掉一些偶然因素
对试验结果的影响，你们现在这么搞是反其道行之。举个例子，如果某个gene set里的
基因都受某个蛋白直接调控（比如TF），他们的mRNA level和这个蛋白的活性或者浓度
成正比，而且fold change特别大，但是这个蛋白和phenotype没关系，他的活性在
replicate中随机波动。如果是unpaired group analysis，这个set不会显著，但是用
你们的1-to-1 comparison，大多数情况下这个set都是highly significant，估计最后
这个set within top 10，而且不管用啥不同的试验条件都是highly consistency（本
来这个蛋白就是indepent的）。
你们用consistency来说明自己的方法好，但是没有证明你们找... 阅读全帖 |
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o********r
发帖数: 775 | 28 I can’t agree with you at all on the performance validation. To be concise,
I followed the standard paradigm used in the community. You may only want to
challenge this, when (1) you prove concretely that this paradigm is wrong;
(2) you do not use this one in your own research. Your example on ‘RB1
related with RB’ is misleading and improper. One thing is sure here, a good
method has to be consistent, an inconsistent method is never a good method.
We can argue on this for days. But GAGE has been ... 阅读全帖 |
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q******c
发帖数: 741 | 29 刚做了一个RNA-seq，拿到一个很长的Genelist,现在想把里面的transcription factor
（或者potential transcription factor）给筛选出来予以重点研究。可惜我对
Bioinformatics一窍不通，试了DAVID，ingenuity,两者的结果并不匹配，然后试图用
Gene Ontology里面的 GO SLIMer,不会用
有没有人作过类似的分析，请指点一条明路！
多谢了！
火鸡节快乐！ |
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q******c
发帖数: 741 | 30 The experiment is on mouse cells. I mapped the readings to mm9(latest
version of mouse genome). For the annotation genome, you can select Refseq,
UCSC genes, Ensembl etc. |
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s*********s
发帖数: 110 | 31 check ensembl
they have detailed information for each gene |
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a******n
发帖数: 167 | 32 Use 1 specific primer and 1 degenerate primer to do PCR then TOPO-clone.
Btw, try UCSC if you are cloning human/mouse genes. |
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K**4
发帖数: 1015 | 33 据说也殃及多个editors？？
GENE要变天了？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 34 在cell culture里，用比如LNA，PNA，2'-o-Me-RNA做target gene knockdown， 不用
plasmid的。 |
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b********w
发帖数: 37 | 35 Did you mean making the alignment with other gene? Will it work? Thanks. |
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o**i
发帖数: 1165 | 36 假如promoter附近一点已知histone modification都没有 这样的gene是不是一定不表
达 |
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D*a
发帖数: 6830 | 37 被reviewer郁闷到了，我们的breeding strategy，他说为啥只用公的+/-,有一篇paper
说公老鼠的diet影响后代的metabolic gene expression。
下了paper一看，他们把老鼠pups养到三周杀了，做了一堆microarray和CpG什么的。唯
一的一个蛋白质实验是在肝里测了10个lipid，有三个的变化的p小于0.05
我就郁闷了，你多养几个星期抽个血测测insulin和glucose tolerence能死么，又不是
很难做。这些红点儿绿点儿的，到底有多少真能出来phenotype?!!!
真想直接criticize这篇paper。。。还是Cell的。。。 |
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c****y
发帖数: 2544 | 39 前几天向大家请教了统计在系统生物学的作用，学习了很多。
私底下看了些文献，搜索了一下实际应用。
看到有比如如下公司已经开始商业化基因诊断
GeneDX
xDx
Gene Express
ChipDX
想再请教大家，有没有比较了解他们的实际情况，他们的预测靠谱吗 假阳性和假阴性
都能控制的很好
嘛？ |
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O*********e
发帖数: 79 | 40 多谢回复，看来我还是得老老实实用数学公式算算了
问题是这个不是网上随便找的模板，是SABiosience卖的SuperArray的数据分析模板。
它给的example里面那五个housekeeping genes的Ct值差别很大，从14.2到25。版上有
没有人用过SuperArray的？望指教:) |
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d****t
发帖数: 139 | 41 I remember it has been standardized that 3 housekeeping genes are required
for publication. Will give you the link tomorrow if i don't forget.
用两种方法算出的 |
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h********n
发帖数: 4079 | 43 1. cross breed with other established cancer models
2. depending on what kind of gene it is: transcription factor or enzyme |
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T**********r
发帖数: 287 | 44 从组织里分离细胞，之后FACS，直接sort到RLT裂解液里（from Qiagen RNeasy plus
mini kit),
获得cell 数量约20000，之后用RNeasy kit提取RNA，获得的RNA送去gene-profiling,
总是说质量
不好。
求有经验的同学给些建议，感激不尽。 |
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A******y
发帖数: 2041 | 45 Simplified version for acetylation is number 2. However, acetylated histone
also recruit activation factors and displace silencing factors. Usually
for all transcription number 1 combining with number 2 is correct, don't
forget the HAT/HDAC has to be regulated to know which genes to turn on and
off. |
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f****h
发帖数: 41 | 46 Dear all,
I would like to synthesize a bacteria gene in a codon-optimized version for
the expression in mouse neurons.
Can anyone share some experience regarding this service from different
companies, like IDT, DNA2.0,
GenScript? Thank you! |
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s********n
发帖数: 2939 | 47 说不上最好吧，虽然我们也用他们公司的。没有比较Genscript和DNA2.0，但从周围的
风评而言，DNA2.0稍好一点，但就是贵一些。Genscript是华人公司，估计他们的gene
synthesis业务都是在中国做的。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 48 单纯基因合成的话，能有什么好坏之分？拿到的是测序验证后的质粒，你在哪家做出来
的都是同一个序列。
如果涉及密码子/序列优化的话，就体现各家的功力了。Geneart和DNA2.0算是最好的代
表吧，区别是DNA2.0软件可以免费下载自己做优化，而geneart软件是自己内部使用不
公开的。孰优孰劣这个很难讲，case by case，但是个人经验geneart考虑的更全面一
点。同样的AA序列两家优化出来的nt效果应该差别不大，当然也要看运气和RP，这个差
别就太大了。。。
至于价格，每家都是可以谈的。当初做预实验缺少病人样本，我就设计了50条人工序列
，做序列合成以及点突变。geneart报价200/条，然后去genescript询价，人家说我们
按照geneart的报价给你打五折。然后我把这个报价传给了geneart，这边立即就match
了，二话没说。因为geneart离得近送货快一点所以就没什么可犹豫的了。DNA2.0也一
样的，所以要想省钱就得和几个公司周旋一下。genescript基本应该算是大公司里面最
便宜的，拿他们的出价去侃价还是比较靠谱的。
总之，不涉及序列优化单纯g... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 49 所谓“最好”当然是我自己的感觉，通过自己比较两种软件得出的看法，当然算法归算
法，实际效果怎么样这个不敢说，不过认识一个业内的老家伙，他们做序列优化差不多
有上千例，从他们的结果看，仅有少数个例差距显著，大部分没什么差别，geneart还
略好。
对自己有信心的话，拿DNA2.0的软件自己设计序列然后找genescript合成，应该是很好
的组合
gene |
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a***u
发帖数: 155 | 50 上次發了一個關於tumor suppressor gene 的帖子，得到大家的熱情指教。因為本人以
前不是做 cancer的，很多問題很糊塗，也找不到人討論，希望大家多多指教。
今天聽了本實驗室一個 韓國來的volunteer postdoc 的data presentation, 他的
project 是identify 某種 cancer 的metastasis driver基因。前面我說過，我們老板
是醫生，不懂research， 都是二老板指導我們做。這個韓國postdoc 是這麼做的：拿
來一個egfr mutation 的細胞株，提rna，做miroarray, 得到的結果跟public
database里另一個 egfr mutation的細胞株結果比較，他把 fold 設在1.5的時候找到
這兩個細胞株共同上調（相對於parental cell)的基因是41个，fold 設在2.0的時候是
7个，他然後用realtime pcr confirm, 找出大概五個基因，然後再用western blot最
後只剩 1－2个是real 上調的，然後他找到這個基因的相關 back... 阅读全帖 |
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