s**x
发帖数: 138 | 1 推荐几个作gene knockout service 信誉好的公司。在纽约附近的。 多谢 |
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y**7
发帖数: 478 | 2 我听说的也是这样呀。是不错的杂志。gene therapy 的大牛还会发其他什么杂志吗？
还是主要以这个杂志为主？
这个杂志比一些general杂志分数要低一些呀。
最近非病毒的动物体内试验有啥评价吗？经常看到有文章出来说效果不错呀。
cancer |
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t*d
发帖数: 1290 | 3 methylation 和 gene expression 相关性好吗？ |
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e*****t
发帖数: 642 | 4 做histone marker和这个不矛盾。现代生物学就是bench和计算相结合。你要找任何生
物现象的相关性，就得用统计模型，就像QTL 对gene mapping的贡献。有种你发
genomic paper，不用任何统计方法，能发的出去，我就佩服。 |
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t**a
发帖数: 255 | 5 最近问其他实验时要了一个knockout 老鼠（null mouse）. 用real time PCR 检测了
一下targeted gene mRNA level, 发现还有大约20% 的wildtype水平。 请问这正常么
？有其他已发表的例子吗？ |
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T*****n
发帖数: 274 | 6 1. 确定是Δ/Δ而非fl/fl?
2. Target gene只有某个exon/UTR被deleted, 而你的real time PCR引物pick up了没有
被敲掉的genomic DNA contaminant。检查引物看它们的genome locus是否隔得够远? |
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q******g
发帖数: 3858 | 7 要看你的基因是如何敲掉了。如果gene trap vector, 应该还有mRNA的表达，但无法翻
译整个蛋白。可能你对于基因敲除小鼠的表述不太清楚，reviewer误解了。 |
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h**********r
发帖数: 671 | 8 Title:
Functional characterization of eight human cytochrome P450 1A2 gene variants
by recombinant protein expression
The Pharmacogenomics Journal 10, 478-488 (December 2010) | doi:10.1038/tpj.
2010.2
My email is m******[email protected]. Thank you so much! |
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f*********e
发帖数: 24 | 9 retrotransposons
That's why they do not have introns.
DNA -> mRNA -> cDNA ->new gene
disadvantage |
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l*******9
发帖数: 47 | 10 已知gene cDNA序列 想从genome里克隆promoter
估计因为是一个比较关键的enzyme 调控序列貌似巨大无比
以前有人做过比较小的promoter效果不好 于是乎就不断增加promoter的长度
似乎已经n多Kb了还是不够specific
个人感觉虽然长度增加了但很多都是没用的序列 关键的elements还是有可能不在里面
有没有比较靠谱的预测软件?? 大家还有什么其他的意见没?? |
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o**4
发帖数: 35028 | 11 我手头的芯片数据有几万个基因的，
我现在想挑出200个gene的数据进行分析，
一个个挑太费时间了，有没有快速的办法？
O(∩_∩)O谢谢 |
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k*****s
发帖数: 36 | 12 Thanks guys. I'm looking for Clostridium Difficile genes. |
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N******n
发帖数: 3003 | 13 name that gene: Oncogene1 |
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f*******e
发帖数: 354 | 14 is it a transcription factor?
combined with other oncogenes or anti-s, p53, sv40, e1f....in colony assay
KO or transgenic mice, if you got positive data from colony and
transplantation
what happened if you knockdown the gene in tumour cell lines, can you get
derive a cell line? or any other similar type of cancer cells
blot)
related
oncogene? |
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s**x
发帖数: 138 | 15 我知道NIH 有GENE ARRAY BANK。所有发表的都在里面。 我想要EXCEL 文件。没找到。
帮忙指点一下。 多谢 |
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d*******e
发帖数: 1649 | 16 for example: the GEO dataset you want to retrieve is GSE20086.
1. Search in GEO Datasets: GSE20086
2. click "GSE20086 records"
3. at the end of open page, there are 2 files downloadable, choose either
ftp or http to download them.
To get the dataset information, read your paper.
genes |
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n*********b
发帖数: 140 | 17 Gene fusion causes many forms of leukemia, such as BCR-ABL in CML, and some
forms of sarcoma. |
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r******y
发帖数: 21907 | 18 第二步不止一条条带，大小对的条带比较弱 还有你说的overlapping region是指的
primers，promoter reverse and gene forward prime有overlapping吗？是的话 大约
有10 bp overlapping oligos还是说这个overlapping region有其他的oligo代替？
thanks!【 在 Chamgrape (香槟葡萄) 的大作中提到: 】 |
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A**********0
发帖数: 6942 | 19 try clontech "Infusion" kit :)
a little pricy, but you'll love it.
gene
.5 |
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g*********5
发帖数: 2533 | 21 ncbi蛋白质网页上有gene的link自己慢慢找。 |
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m***o
发帖数: 272 | 22 有什么原因吗？
做realtime RTPCR， 自己上网设计的引物如果用one step,竟然一点不能得到产物，但
如果仅用来做PCR，就可以得到很干净的条带。所以想在one step 里加random primer
来RT，但是好像很多kit都是只用gene 的primer来RT。不知有啥讲究。
谢谢！ |
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w******n
发帖数: 767 | 23 one step rt-pcr用的就是 gene specific primer RT,说明书里通常说不推荐用random
或oligo(dt).
活,再开始PCR的cycle. |
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h*******o
发帖数: 4884 | 24 了解了
原来我一直以为one step RT-PCR的master mix里面有oligo dT之类,用来做RT step
然后user 自己加入的gene specific primer只是用来扩增用的
hoho, 傻兮兮的用了好几年都不知道原理
谢谢!
random |
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l**********1
发帖数: 5204 | 25 oligo dT 没错 如target gene 只有一段很短的碱基序列(<120bp) 已知
而没有任何其上游5' 或下游3'的序列信息
只能用oligo dT qRTPCR 从poly A tail 揪出那条mRNA to single strand cDNA
then to double strand cDNA the 附加带酶切位点的各种adapter
再用那些人工加入的带确定碱基序列的 adapter 5' to 3' 对应的 反链 3' to 5' 的引物
PCR cycling
具体步骤请看图:
snap copied and pasted from
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC50225/ |
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y*****w
发帖数: 146 | 26 需要克隆几个genes 到 pMXs-IRES-Blasticidin vector, 试了几次都没有得到克隆子
，已经验证了应该不是ligation的问题。想问问有没有人用过pMXs-IRES-Blasticidin
vector，是不是有什么tricks在里面。十分感谢！ |
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a****d
发帖数: 624 | 27 比如用Illumina genmoe-wide找出几百个有变化的genes之后，如何用什么软件作图，
我找到的有IPA， 但是是要钱的。有什么open sourcer吗？谢谢 |
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h******3
发帖数: 190 | 28 没找到bioinformatics版，就发在这里了。是这学期RA的一个事情。但是我本身既不懂
bioinformatics，也不懂GSEA。
看GSEA的介绍是用来分析gene expression的。可是那个老师的数据是gwas的snp data
。我想是不是搞错了啊？而且gwas的数据那么大。。。光loading就不知道会不会成功。
把plink format的数据改成GSEA的format是件麻烦的事情，不想做无用功。所以用过
GSEA的同学请comment几句。多谢～ |
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p*******r
发帖数: 4048 | 29 First time reliable genes identified. |
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h*********c
发帖数: 78 | 30 一直参与了其中一篇文章的工作，感觉这三篇一起发出来还挺扯的。现在做Autism是个
黄金时间，NIH有大把的银子砸进去，还有很多私人的funding，因为autism在媒体上曝
光率很高，在犹太人中发病也很多，所以很多有钱的犹太人都喜欢捐银子。要我说这几
篇paper最大的意义，一个是目前为止参加实验人数最多的测序，另外对这个领域以后
的发展定下了个方向。整个项目预计在两年内要发展到有两万个家庭参与的大规模测序
，试图发现800-1000个与autism相关的基因。但说实话我对测序结果并不是很看好，
1000个基因里false positive肯定很高，如果都要试验验证的话有多少postdoc要倒下
去。。。。另外测序的sample全部是血液，而真正发病的地方在神经，虽然遗传因素占
很大一部分，但是真正在神经发育阶段gene参与了多少，epigenetics参与了多少都是
目前的数据所无法支持的。。。。 |
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h******y
发帖数: 173 | 31 诸位朋友，最近辗转得到pK18MobSecB质粒，想用于大肠杆菌中的一个人工染色体中的
基因敲除，但苦于不知道这个质粒的背景，一直追踪到此篇文献：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8045426
Gene. 1994 Jul 22;145(1):69-73.
Small mobilizable multi-purpose cloning vectors derived from the Escherichia
coli plasmids pK18 and pK19: selection of defined deletions in the
chromosome of Corynebacterium glutamicum.
Schäfer A, Tauch A, Jäger W, Kalinowski J, Thierbach G, Pühler A.
我校地处偏僻，纸质杂志也找不到，恳请诸位帮忙，文献可以寄至：x**[email protected].
cn 或放在网盘上，万分感谢，叩首。 |
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h********n
发帖数: 4079 | 32 高人们能不能推荐一个lentiviral vector, 可以表达两个外来的gene, 比如
luciferase 和 Cre, 同时还能表达一个shRNA?
tyler jacks的那个 UbC.Luciferase.PGK.Cre 好用吗?
谢谢谢谢. |
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a*****x
发帖数: 901 | 33 BioGPS, IPA, etc. all have the Affy database for almost all the genes |
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m***o
发帖数: 272 | 34 用actin, GAPDH, TATA Binding protein(TBP), and 18s rRNA. Actin and tbp 显示
类似的降低，但是18s没变化。该选用那个来normalization呢？很多文章用18s，大家
用的时候是不是你的target gene 用1ulRT产物，而用18s的时候要稀释至少100倍呢，
不然Ct就在10，会不会因为量太高而显示不出该有的差异呢？作的是WT和knockout 老
鼠的liver，大家有没有什么好的建议？谢谢！
感觉选不好normalization， 做实验就好像有个定时炸弹在旁边一样不舒服。谢谢任何
建议！ |
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s******8
发帖数: 233 | 35 请问为什么ubiquitin的gene name 是HMG２０？
UBC ubiquitin C [ Homo sapiens ]
also known as HMG20
这在起源上和HMG２０A， HMG２０b 有什么关系吗？ |
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s******8
发帖数: 233 | 36 UBB and UBC are different genes, they are in different chromatin.
Both encodes ubiquitin.
My question is: why UBC is also called HMG20. What is the relationship
between HMG20 and HMG20a and HMG20b. |
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s******8
发帖数: 233 | 37 according to NCBI, UBB and UBC both encode ubiquitin gene.
What is the differenct between UBB and UBC, they are in different chromosome?
UBC is also known as HMG20. what is the relationship between HMG20 and
HMG20a and HMG20b? |
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z*t
发帖数: 863 | 38 Radio-Wave Heating of Iron Oxide Nanoparticles Can Regulate Plasma Glucose
in Mice
http://www.sciencemag.org/content/336/6081/604
很cool的research，用电磁波生热控制通道蛋白的开闭，达到regulate gene的目的。
ed boyden最初是不是就想用类似的approach来modulate neural activity?
有人来讲讲不？ |
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F*K
发帖数: 608 | 39 do not force it, the gene is simply not expressed.
.
up |
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m**********2
发帖数: 6568 | 40 you need to have no-RT controls. If no-RT control has a much higher Ct (say
45) then you are fine. If no-RT is also 35, then forget it. Just say your
gene is not detectable under the condition.
.
up |
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a*****s
发帖数: 131 | 41 No-RT controls have no amplifications until 45 cycles... so I believe the
gene is expressed...
Thanks for more suggestions!
say |
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G***G
发帖数: 16778 | 42 how to extract sequence and chromsome location from gene id
using a R package?
thanks |
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p*****p
发帖数: 61 | 43 生物博士后，准备申请绿卡，需要积累审稿数量。
尝试给杂志编辑写了几封信没有回音，双管其下，也到这里来寻求帮助
领域关键词：
genomics,medical genomics,gene expression regulation, molecular biology,NGS
data analysis
希望得到推荐
有意帮忙者站内信件联系
非常感谢 |
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k********u
发帖数: 7 | 44 I used pcDNA3.1-gene for overexpression transfection. If I wanna perform
flow cytometry analysis, shall I use transcient transfectants or stable
clones after selection for 2 weeks??? Thank you very much... |
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j******i
发帖数: 939 | 45 万能的买买提啊，有没有人恰好可以下载current gene therapy的文章呢？！急需两篇
文章：
NO1: Editorial (Hot Topic: Vectorizing mRNA and Proteins) Pp.345-346
Axel Schambach and Christopher Baum
NO2: Retroviral Protein Transfer: Falling Apart to Make an Impact Pp.389-409
Tobias Maetzig, Christopher Baum and Axel Schambach
如能下载，麻烦发送到我的邮箱：y***[email protected]
谢谢！ |
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s**********t
发帖数: 680 | 46 Crit Rev Eukaryot Gene Expr. 2000;10(2):179-212.
Title: Chromosome territories, interchromatin domain compartment, and
nuclear matrix: an integrated view of the functional nuclear architecture.
Cremer T, Kreth G, Koester H, Fink RH, Heintzmann R, Cremer M, Solovei I,
Zink D, Cremer C.
Journal link:http://www.begellhouse.com/journals/6dbf508d3b17c437,0e3100b11d4c829b,09458a4d2245ffe0.html
Pubmed link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11186332
Please send it to: b************[email protected]
Thank ... 阅读全帖 |
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m***o
发帖数: 272 | 47 做RACE，找到一个alternativesplicing form. 比如从intron5 转录了50bp接着exon6
直到stop codon。这个intron5也有splicing的标识。然后就设计了primer针对intron5
转录的这段做RTpcr，得到很亮的条带。偶尔发现用这个primer直接从genomic里也可以
得到PCR片断。怀疑假gene。但是我现在怎么能知道这个mRNA是splicing form呢，还是
直接从pseudogene转录的呢？ |
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H****N
发帖数: 997 | 48 Depending on the gene, it can be as high as 50%, or as low as <1%. |
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b****e
发帖数: 52 | 49 大家遇到过这种情况吗? 订了3个不同siRNA,RNAiMax 转染48h,western显示与negative
ctrl siRNA比,目标蛋白反而增加了.是offtarget effect吗?还是转染试剂影响了gene
表达(因为没做nontransfected ctrl) |
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