q****8
发帖数: 1 | 1 Does anyone know how to use drc package to estimate IC50? Which model is
normally used? I searched from internet that IC50 is the dose that
corresponds to half of the upper and lower limit of the curve, does that be
the same as ED50 if I use LL.3 in drc package?
I am confused about the definition of IC50 calculation. If a drug is very
resistant, normally the IC50 should be very high, however, if we use the
definition that IC50 is the dose response to half of the upper and lower
limit, it should ... 阅读全帖 |
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y*****7
发帖数: 64 | 2 有一个问题和困惑，用prism plot出来，用log[ drug concentration] 和survival （
starting from100%），在data sheet 里看到的IC50是xxE+015， 怎么会怎么大呢，肉
眼看曲线都不是这样啊，请问大家，怎么找到fitting以后的准确的IC50呢？R square
并不低，0.98几。谢谢赐教！ |
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c****1
发帖数: 1095 | 3 以前没有做过，也没有这方面太多的背景。最近刚接触一个做药的课题。针对靶点设计
药物，目的是抑制或者杀死特定的肿瘤细胞。拿到初步的结果，IC50大概是5uM。而且
要看到明显效果，得要10uM。我看文献上，一般的药物IC50都是nM级的。这个5uM，有
没有必要继续做下去？ |
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V******t
发帖数: 444 | 4 我想测试某个reagent，能引起细胞apoptosis的。是用IC50还是LD50为好，怎么计算？
比如，处理24小时。
浓度 细胞凋亡率
0 0.1％
2 5%
6 15%
18 34%
54 57%
怎么计算？
多谢！ |
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s**********a
发帖数: 92 | 5 现在用一个小分子药物处理癌细胞，发现IC50在几十uM,请问这个浓度，这个数量级对
么？我怎么感觉应该都是nM级的，uM级的是不是太高了？
谢谢！ |
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E*****e
发帖数: 54 | 6 这些浓度跟药物处理细胞的时间也有关吧？如果处理时间长一些，是不是能把IC50给降
一些下来？ |
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s*****g
发帖数: 7857 | 7 几天处理啊？我的经验，随着时间不同，IC50 也不同。24小时/48小时/72小时
一般是用48小时/72小时 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 8 会。但不会有数量级的改变。往往有一个平行的测toxicity的细胞系，同样的时间。所
以，不一定能改变很多。
个人经验，in vitro系统的IC50，到细胞水平往往会有3-5倍的赠加，再到animal还会
有这个数量的增加。 |
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e****y
发帖数: 129 | 9 看你想干嘛。优化一下，弄到1，2个uM，发发文章，JMC， Cancer Research之类的问
题不大。如果真要做药，至少是clinical candidate，除了楼上说的结构本身可优化空
间多大，化合物property，做下去之前要确认你这个5uM杀细胞确实是通过你的target
的通路特异性的。大部分是非特异性的也就是这个水平。
如果是先导化合物，结构优化空间比较大，这个IC50确实是specific的，那很不错了。
不能指望上来几个化合物就nM了。 |
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p*****9
发帖数: 32 | 10 想用kinase inhibitor 去 treat 细胞, 看phosphorylation 的变化. 知道IC50, 但我
想IC50 都是用in vitro 方法测得的, 真要加在细胞上用多少浓度呢? 应该和IC50 一
样吗? 看了一些文章, 好象treat 细胞的浓度都比IC50 大. 可大了又会有specificity
的问题. 大家都是如何解决的?
多谢 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 11 我的想法是这样 现在药厂筛药的思路还真不比这个好到哪里去。
昨天刚听了个talk,amgen一个group leader讲的 做bace inhibitor来治AD，具体方法就
是大规模筛bace inhibitor(分别用cell free系统做bace的ic50 和cell line里面bace
的ic50)，然后继续过一个in vitro模拟血脑屏障的assay，找出hit之后一点一点修饰各
个基团提高ic50,提高溶解度，提高过血脑屏障（模拟的）的能力,blabla，经过无数次
修饰之后拿到一个纸面上看起来很好的lead，然后上狗，做toxicity，直接kill掉，于
是一个部门几十号人 5年半 看起来理论上很靠谱的实验就全部完蛋，一点用处都没有
药厂现在筛药基本就是这个思路 pipeline断掉真不是很奇怪的事
问题在哪儿？一是挑一个druggable target来做小分子本身就是缺乏理论支持和远见的
行为 beta secretase和AD的联系 甚至amyloid和AD的联系 已经是说不清道不明的东东
就算找出很好的bace inhibitor又能如何？
其次，针对这... 阅读全帖 |
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b******y
发帖数: 627 | 12 Not much relationship between the two. IC50 shows how effective it is (the
lower IC50, the more effective it is). Slope shows how cooperative it is.
for example, if the slope is very large, it is called hypersensitive, i.e.
it takes a small concentration change (around IC50) to become effective from
ineffective. |
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d***y
发帖数: 195 | 13 回复你的问题，
体外抑制曲线得到的IC50依赖于ATP浓度，看具体实验的ATP浓度。
细胞灌流有两个因素，一是透膜性能及速率，二是体内ATP浓度，
关于这个，透膜性能好坏及快慢会影响药物／抑制剂的效果体现，
体内的ATP浓度一般为5~ mM or 10~ mM。比较体外实验时的ATP浓度(通常<1mM)，
就知道体内实验的IC50要高出体外了， |
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n*q
发帖数: 258 | 14 Cell viabiliy: IC50 这个IC50是指什么。
SJSA-1 是衡量什么参数用的。这个数据是大好还是小好。
HCT116 是衡量什么参数用的。是大还是小比较好。
Other cell assay: EC50
p53RE-Luc，这个luciferase是衡量p53和luciferase的什么参数
Caspase 3/7，这个量是衡量什么用的。
hERG, (VC): 20% inhibition @ 6 uM这个是什么意思啊。
这个是一个p53抗癌药物的cell assay，从专利上看来的。不是学生物的，google了一
圈，也看不太明白。
求大牛给个比较简单的解释，或者给个网站，偶去好好科普一下。 |
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t**********8
发帖数: 223 | 15 请问slop of the dose-response curve 和 IC50 是神马关系？ 分析drug
sensitivity 的时候把 slop of the dose-response curve 和 IC50 同时考虑的意义
是什么？
谢谢！ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 16 是，细胞水平的IC50和动物的差很远。我以前作的，试管里的（biochem)IC50也是细胞
水平的一半呢。现在这个倒是进了老鼠，每天10 mg/KG 就有效了。当然还没进临床，
不知道人体里是什么样子。
是啊，NCI太难，是6%的funding rate吧。我们也不敢去那里。现在也不在NCI。 |
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A******y
发帖数: 2041 | 17 Tell me about it...I have nightmare about publishing...found a novel
selective inhibitor and only inhibits one out of 11 isoenzymes (I did IC50s
on all of 11 isozyes on all compounds), the reviewers still think it is not
specific because its IC50 is at ~1 microM. I even over-expressed the
proposed target and shown the over-expression attenuates the toxicity of the
compound...still under review :( over a month. |
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S*******l
发帖数: 4637 | 18 Remidesivir应该有效果啊，如果IC50 0.8 uM.
要尽早用药，在vial load还不高的时候。 |
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h*****x
发帖数: 147 | 19 学术文章连单位都不统一，瑞德侍卫分子量六百多，IC50只有三百多ug/L,是莲花清瘟
的千分之一，神医别出来现了 |
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发帖数: 1 | 20 你连民科都不如啊，中药和汤你要在什么级别统一？
: 学术文章连单位都不统一，瑞德侍卫分子量六百多，IC50只有三百多ug/L,是莲
花清瘟
: 的千分之一，神医别出来现了
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r*****i
发帖数: 581 | 21 什么都不是绝对安全的。
大部分东西测毒性也都是测acute toxicity，能测长期毒性的实验不难，但是消耗的时
间和金钱在那里摆着，对实验动物的寿命也有要求，大批量的测不现实。
一般来说最应该避免的还是重金属，重金属造成的损伤都是不可逆的。没有什么
counteract的说法，最多是用一个更强的有机络合剂把重金属离子置换出来，但是对机
体的损害仍然是不可逆的，蛋白质变性之后就很难再变回来了，就好像鸡蛋煮熟了没法
再变生一样。
有机物毒性彼此之间差距很大，性质也很不一样，代谢速率，短期毒性，长期毒性，致
癌性等等，基本都是完全分离的parameter。短期毒性大但是代谢快的化合物很多（很
多小分子都是），而几乎没有细胞毒性但是有可能致癌的东西也不少（比如罗丹明等）
。不过一般来说有机物相对好一些，因为大部分都可以代谢出去，虽然速度不一样。比
如甲苯在体内被氧化成苯甲酸（参见常用食品添加剂苯甲酸钠）排出，等等。不过也有
一些代谢非常慢的宛如重金属一样的有机物比如某些二噁英类化合物。
另外毒性也跟个体差异有关，有人能喝酒有人不能就是很常见的例子。三聚氰胺测IC50
毒性和食盐差不多，大人... 阅读全帖 |
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Z*****N
发帖数: 112 | 22 I normally start with 50-fold of in vitro IC50 |
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s*****3
发帖数: 41 | 23 I just read this article. It seems pretty good.
In the last figure, they compare the neutralization potency and breadth of
the new antibody VRC01 with that of b12, a well-known broadly neutralizing
Ab against CD4 binding site of gp120. Under IC50 <50 ug/ml, VRC01 can
neutralize 91% of 190 Env pseudoviruses, whereas b12 can only neutralize 41%.
One question about the paper is that they design a molecule, RSC3, that
keeps the antigenicity of CD4 binding site of gp120 whereas remove the
antigenicit |
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w******e
发帖数: 1187 | 24 I tried to look up some kd info on RGD variant, but so far only
came up w/ this:
Modification of the amino acids
flanking the RGD sequence led to the synthesis
of EMD121974 (Cilengitide) inhibiting
aVb3 integrin binding to vitronectin with
an IC50 of 0.6 nM versus 900 nM for the
aIIbb3 integrin (Smith 2003).
I'm sure I read somewhere w/ more detailed description on peptide kd
(they are few and are b/w thou). I'll let u know when I come across
such info again.
one more thing, based on my even mor |
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w***a
发帖数: 133 | 25 是加快吸收 脂水分配系数的问题 酒精促进吸收
以前药理学课上老师讲过一个案例 一个老头天天吃安眠药 有一天他吃晚饭前提前吃了
药 吃饭时候又喝了一点酒 然后还没吃晚饭就倒在地上了 把家里人吓的半死 结果送到
医院检查一点事情都没有 就是睡着了
所以余雨的情况 还没吃到ic50的剂量估计就倒在地上了 死不了
还有安眠药没死的这么爽快 |
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s******a
发帖数: 472 | 27 上次最高溶度2.5mg/ml，抑制20%。今天又做了一个1.25-20mg/ml范围的，明天应该知
道大概的IC50. |
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s******a
发帖数: 472 | 28 上次最高溶度2.5mg/ml，抑制20%。今天又做了一个1.25-20mg/ml范围的，明天应该知
道大概的IC50. |
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b******y
发帖数: 627 | 29 Attach your curve helps. |
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t**********8
发帖数: 223 | 30 谢谢！我见paper上做MANOVA分析时是把他们两作为dependent 的两个因素。还有就是
这两个因素综合起来就是 EC50了？很confuse 这个EC50和IC50的区别
from |
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l***y
发帖数: 4671 | 31 比如说，有这样一个 hypothesis：两种药的 targets 越不相干，那么这两种药的
synergism 就越好。手头有一两百种药的某几个癌症的 cell line 上的 microarray
数据以及 IC50，那么就要先用图论的工具和几种备选的图模型来两两计算药的相干性
，得出基准分布，进一步算出每对药的组合的大家深恶痛绝的 p-values，然后根据要
使用的统计模型设计抽样方式来保证正交性的同时尽量减少样本量。然后上 384 孔板
，测数据，用事先选的统计模型分析来看哪种图模型最好地符合 hypothesis，同时看
这时 hypothesis 是否靠谱。然后用这种图模型预测最佳和最差的药的组合，重新上
384 板验证。在图上找到最佳组合的关键节点，k/d 或者 inhibit 之，再上 384 板验
证。最后根据经费和信心，要么 in vitro 上病人的细胞，要么 in vivo 在老鼠上种
cell line，再重复一下最佳和最差的药的组合。
做完这个 project 后，把数据给数学家们来做 classification，找出能最好预测
synergism 的图... 阅读全帖 |
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l***y
发帖数: 4671 | 32 比如说，有这样一个 hypothesis：两种药的 targets 越不相干，那么这两种药的
synergism 就越好。手头有一两百种药的某几个癌症的 cell line 上的 microarray
数据以及 IC50，那么就要先用图论的工具和几种备选的图模型来两两计算药的相干性
，得出基准分布，进一步算出每对药的组合的大家深恶痛绝的 p-values，然后根据要
使用的统计模型设计抽样方式来保证正交性的同时尽量减少样本量。然后上 384 孔板
，测数据，用事先选的统计模型分析来看哪种图模型最好地符合 hypothesis，同时看
这时 hypothesis 是否靠谱。然后用这种图模型预测最佳和最差的药的组合，重新上
384 板验证。在图上找到最佳组合的关键节点，k/d 或者 inhibit 之，再上 384 板验
证。最后根据经费和信心，要么 in vitro 上病人的细胞，要么 in vivo 在老鼠上种
cell line，再重复一下最佳和最差的药的组合。
做完这个 project 后，把数据给数学家们来做 classification，找出能最好预测
synergism 的图... 阅读全帖 |
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c**a
发帖数: 94 | 33 谢谢指点,一针见血. 这两个图是用brain tissue做的, 如果用一般的细胞, 信号就不
止这么点了, 大概是4-6倍. 但是问题是,细胞做这个同样的实验, B也能把agonist
compete到最低点, 只是IC50不同. 不知道怎么解释这个现象. 我觉得这是个NAM, 但是
不知道什么才是最有说服力的实验. 你说的改变agonist dissociation实验怎么做?
还有一个问题是, 这个agonist是个endogenouse peptide, 跟已知的合成的小分子
agonist位点很可能不一样(根据文献). 这个peptide agonist 有两个问题, 一个是如
果做shift agonist curve的话(用不同浓度的PAM), 在脑组织里不好做, 因为它的
curve没有plateau, 没法算alpha值. 另一个就是它在浓度高的时候不specific, 也就
是为什么它不plateau. 所以难道我们只能用细胞证明它是PAM 吗? 还有peptide
dissociation怎么做, 要H3标记的吗?
curve |
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s**i
发帖数: 4448 | 34 Metformin 对癌细胞IC50 是mM range的。
要是有 cytotoxicity, 没有医生敢给糖尿病人用了。 |
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A******y
发帖数: 2041 | 35 You know that rumor has it that no one can reproduce the selective SIRT2
inhibitor IC50 data in the science paper... |
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h*******o
发帖数: 4884 | 36 I would use EC50 in this case. |
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A******y
发帖数: 2041 | 37 The correct name is LD50 or ED50, but the mathematical equation is the same.
I hate to tell you that you don't have enough point to determine your LD50
. You need at least two log scale, but it look like your LD50 is around 50
(unit?). If it is microM, you are wasting your time. |
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j******n
发帖数: 941 | 38 不严格来说你用以上任何一个都说得过去 不过权衡一下我也最推荐用EC50
至于是用C（Concentration）还是D（Dose）这个也没严格规定
按我的习惯，体内毒理实验用D，体外细胞实验用C |
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V******t
发帖数: 444 | 39 没有，数据是我随便写了当例子的。
能否告知具体如何算？
浓度设计要用有log scal？比如呢，0nM， 10nM，然后呢？
太谢谢了。
same.
LD50
50 |
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A******y
发帖数: 2041 | 40 Btw, I made a mistake, the name should be EC50 (effective concentration).
LD (lethal dose) is usually used in vivo for animal studies.
This is how my lab does EC50: We do 12 point titration either (1/2 or 1/3)
dilution per dilution. For example, for single digit microM compounds, we
do 200 micorM, 100 micorM, 50 microM, for 12 (Log[concentration] will be
your X-axis) points...After that we determine the viability of the cells (Y
axis). Then, you use a non-linear fit program (Prism is the mos... 阅读全帖 |
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S***J
发帖数: 1210 | 42 这个是绝对正确的。化学合成的再天花乱坠，结构看起来再鬼斧神工，到人身上没用都
是白扯。
结构在制药流水线上确实就是一个环节，如同其他的high throughput screen，IC50测
定，cell-based assays，化学合成，计算机模拟设计等步骤一样。没必要夸大，也没
必要鄙视。 |
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s******c
发帖数: 331 | 43 这差的很多把，结构算是辅助手段，而且是成功率因蛋白而异总体并不高的手段，现有
的绝大多数药在develop的时候都跟结构没任何关系，但是任何药物，都是要去测定
IC50或EC50，都要有cell based assays结果，小分子药物都要有化学合成的
optimization，这些怎么能放在一起讨论？ |
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s****9
发帖数: 932 | 44 What is the molar ratio for the IC50 inhibition? |
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D********s
发帖数: 757 | 45 拿到IC50的curve，怎么计算activity area呢？
找不到一点reference
请教一下明白的牛人 谢谢 |
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P*******D
发帖数: 523 | 46 Thanks, ArtyArty! This probe does not have organelle specificity, as we
discussed in the paper. so we cannot distinguish between the cyto and mito
pools of GSH. this will certainly be our next step.
In terms of toxicity, we have not measured IC50 yet. during the 1-2 h
experiment, we did not observe any apparent toxicity. However, this does not
mean it does not have long term toxicity.
The highest probe concentration we used was 1 uM. For HeLa cells, we can use
the concentration as low as 20 nM. ... 阅读全帖 |
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A******y
发帖数: 2041 | 49 Depending on the target, you can have single digit microM (tens microM is
too high for a lot of targets) inhibitor if the target is novel. In my
field, you need around 100 nM and selective to the isotype to be able to
publish. |
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m*********D
发帖数: 1727 | 50 10 uM好像是pharmaceutical公司作为candidate的最低要求。高于10 uM基本不考虑。
但在试验室里，我见到过50 uM的。我们以前的小分子在5 uM和2 uM,还想优化。目前手
头有50 nM到500 nM的candidate（不同细胞系会有差别）,才放弃优化。 |
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