i*e
发帖数: 352 | 1 你连SNP在什么位置都不知道怎么找，跳SNP功能这破坑？呵呵
简单一点的你去HaploReg上看看跟这个SNP LD强的那些SNP有啥所谓的功能
尤其你这个SNP在intron，还是从它的proxy入手比较方便 |
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r**********e
发帖数: 587 | 2 要研究某一种transposon element在基因组的分布情况。就是根据repeatmasker，
找出所有含有at least one such transposon element的基因，然后把gene list直接
放到GO term里去（这里background gene set就是default的人类基因组的所有基因）
。目的是看这些基因是否专门富集到某种category
最后结果的top hit是channel gene；但是有一个问题，很多channel gene（或者广义
说brain gene）整个的gene size就比一般的基因大的多，有非常长的intron区域。
对于gene enrichment/ontology,这个基因长度是不是很大的bias？我搜索到一些paper
也有讨论这个问题的。我不知道gene ontology的网站或者什么DAVID在计算的时候是否
已经考虑了这个基因大小的bias？
我还有一个想法，就是那gene size作为分母，而一个基因里含有几个transposon
element作为分子；这样一除就是一个权重score，比如：
g... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 3 binding site在intron的也很多啊 |
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发帖数: 1 | 4 reporter gene assay的结论不可信
你克隆了多长的promoter?
有些gene的调控片断在intron 1甚至更后面 |
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发帖数: 1 | 5 小弟做某神经疾病关联位点的分子机理，已经做了的东西有：
1.首次发现这个相关位点，这个variants在某个基因的intron区域 （所以难研究诶）
2.把这个variants克隆进luciferase系统研究对表达的影响，有明显影响
3.我们有疾病相关的病人大脑组织样本，直接拿来进行eQTL的研究，但病人样本太
noisy所以结果不够significant，但trend和luciferase系统是一致的
4. 因为大脑样本结果不够明显，我也在用neuroblastoma的cell line做crispr，正在
等待结果
5. 同时合作者弄到了variants所在基因的knockout mice，正在等待结果看这个基因的
敲除是否对老鼠有影响
同时可能打算要做的：
6. 我通过public data计算发现这个variants所在区域可能binding的protein，所以打
算做chip－seq？
7. 最终极的还是直接在ips/stem cell里做crispr产生这个variants，然后诱导成我们
要的neuron。但是我对ips技术实在不懂又要从头学起。
老板是MD,所以思维... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 6 借着韩春雨的光，生物版这么火。想再来跟大家探讨一下一个用流式细胞仪双荧光筛选
系统来鉴定并筛选出那种两个allele都被成功编辑的干细胞。
具体思路：
1。CRISPR-Cas9和gRNA在靶标上引入双链断裂。
2。donor模版，模版上带有两段1000bp的同源臂和突变碱基，同源臂之间带有荧光标签
（GFP，BFP，或者RFP等等），同源臂之外donor的backbone上面带有与同源臂之间不同
的荧光标签。
3。每次电转的时候转入细胞：Cas9质粒，gRNA质粒，带有GFP的donor，带有RFP的
donor（两个donor的backbone上面都带有BFP用以排除random integration）。
4。电转过后几天等细胞长到足够数量筛选细胞，GFP+/RFP+/BFP-的细胞应该就是那种
两个allele都被成功编辑的。
5。很多人担心这个荧光标签无法移出，实际上可以使用Loxp系统，筛选出来的细胞直
接过表达CRE可以把荧光标签切除，虽然会有34bp的loxp位点遗留下来，但是你可以把
这个遗留位点选在intron不影响mRNA。或者可以使用piggyBac系统做到无缝... 阅读全帖 |
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m****a
发帖数: 270 | 7 你的GFP/RFP放在Donor什么位置？如果要表达就得在exon里，这样岂不是和你loxp 位
点放intron 相矛盾 |
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发帖数: 1 | 8 有没有相关的文献呢 昨天跟人讨论从其他实验室拿到的细胞，怀疑这个实验室编辑的
细胞没有去掉selection cassette，同事说如果没有去掉selection cassette，即使它
在intron也会终止pre-mRNA的合成，最终导致带有突变的那个拷贝不能翻译成蛋白质 |
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f*******e
发帖数: 354 | 9 这样的话转录应该就终止了吧。但是如果这个intron后面已经没有编码的exon，那就相
当于替换了基因自己的utr而已，并不一定改变表达水平。
:
CTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCC
:
CACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGG
:
GTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGG
: bGH PolyA signal
: mammalian terminators (SV40, hGH, BGH, and rbGlob) include the
sequence
: motif AAUAAA which promotes both polyadenylation and termination. Out
of
<... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 10 这个intron后面还有11个exon，应该是产生truncated mRNA吧
CTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCC
CACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGG |
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m*********D
发帖数: 1727 | 11 从我拿到的单双replacement克隆的比例看，不如直接多筛克隆，就差一倍呢。倒是可
以在实验流程上多点手脚，提高机会--如果是细胞生长必需的基因，两个guide有必要
；puro筛选可以比我作的再很一点。另外，可以考虑genotyping的时候，不做单个克隆
，而是一次十个二十个的做，有阳性混在里面后，再把那一组拿出来，克隆，再
genotyping。
要是非必需基因，可以考虑HDR上加一个G418 筛选cassette，放在intron里面，用loxP
放两边，以后用cre切掉。就不知道剩余的一个loxP会不会对splicing有影响。
Knockout |
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r**********e
发帖数: 587 | 12 我的目的就是研究intron序列的功能，因为是疾病相关。而且尤其那个region1是
TGTGTGTGTG这种重复序列
如果能证明确实有noncoding RNA转录出来，也是功能发现啊；对于疾病来说就是gain-
of-function
你说的knockdown是loss-of-function我也在做 |
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r**********e
发帖数: 587 | 13 这个我懂，我平常也是这么设计的。
但这里的问题是我要研究intron区域，并不是coding区域啊 |
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r**********e
发帖数: 587 | 14 Yes, introns mostly transcribed into pre-mRNA
But if specific regions transcribed way more than surrounding region, then
that may indicate function.
region1是 |
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f*********9
发帖数: 258 | 15 你说的这种是intronic lncrna吧，做下race或者northern确定下，根据ranseq设计跨
exon primer， 这里的exon是你的lncrna的exon |
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r**********e
发帖数: 587 | 16 ......
你说的只是polyQ疾病吧
有NN多repeat expansion都是在noncoding比如intron的 |
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s******o
发帖数: 22 | 17 Postdoctoral position in theoretical condensed matter physics at the Univers
ity of Victoria, B.C., Canada
The department of Physics at the University of Victoria (group of Prof. Roge
rio de Sousa) is seeking an energetic postdoctoral fellow with a strong back
ground in theoretical condensed matter physics. Our research focus is on non
equilibrium effects in nanostructures, with possible applications towards sp
intronics and solid state quantum computation. Areas of interest include spi
n depend |
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p*******g
发帖数: 2976 | 18 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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P*****s
发帖数: 375 | 19 well, I'm a newer at bichemistry, so just discuss this rather than give
an answer.
I think they just define endonuleases as those -ases that can cleave
DNA at target sites. This is a must for the insertion of intron. So
there seems no way to clone gene without it. (Or you may ask: Can a
gene be cloned without cleaving DNA?) |
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x*******1
发帖数: 4787 | 20 Fish's icebreak & intron & moja 无原则力挺小林,icebreak 爆粗口,什么苍蝇臭虫
的.
This bass, retired fish boss, 说我们是砸场子的, 无原则力挺icebreak,
icebreak 骂那么难听的话,也变成正当防卫了.
另外还有一长队ID对我们持有极大的敌意.
Alive, you think they will 反思?
- icebreak
这两天来的事态发展完全出乎我的意料，鱼版热闹非凡，什么苍蝇臭虫都来扑过来了当
然，苍蝇不叮无缝的蛋，我们（siulam）自己也有问题 ...
http://www.mitbbs.com/article_t/ebiz/33552843.html
- bass (What are they biting on?), 信区: Fishing
标 题: 同情一下icebreak小兄弟
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 19 12:49:47 2011, 美东)
...可作可不作的事情是和二手的红小兵们过了几招...
icebreak是版上的regular, 经常发钓鱼贴... 阅读全帖 |
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x*******1
发帖数: 4787 | 21 1. Thnx for criticizing my 中英文混杂, will improve if I can.
2. "拜托转贴就转全"
this is quote, not fwd. I am commenting on your hostile attitude toward ebiz
/flea, so i use quote to make it more visible.
For those ppl who want to understand the 上下文, I did include the link, did
I?
This time, i copy paste whole article, just in case you want to make a fuss
about it.
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发信人: bass (What are they biting on?), 信区: Complain
标 题: Re: [版务]鱼版有关投诉
发信站: BBS 未名空间站 (Wed S... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 22 ☆─────────────────────────────────────☆
JSIS (YZ) 于 (Fri Sep 16 13:57:19 2011, 美东) 提到:
1 无故删贴，我没有违法任何版规，只是讨论鱼友的帖子，被删。我把帖子打印成PDF
失败，我想站方可以看到，我被删除的帖子，没有违法版规。如果我违法了哪条版规，
请版主出面说明，贴出证据。
2 版主删贴，不说明，还无故封我，还说什么不遵守版务劝告，这是诬告。 版主就从
来没有和我说明为什么删贴，更不要说什么劝告，"一天到晚上钩的鱼版"请版主stratifin贴出证
据，你劝告了我什么了？！！！
我是老ID，十多年了，没见过这么无赖的版主，请站方明断。
谢谢。
要求站方取消无故删贴，肆意诬告乱封ID的版主。
标 题: JSIS被取消在Fishing版的发文权限
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Sep 16 13:35:02 2011)
来 源: 149.166.
由于您在 Fishing 版 不遵守版务劝告，我很遗憾地通知您，
您被暂时取消在该版的发文权力 14 天。
此信申请恢复权限。
下面是投... 阅读全帖 |
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m*********k
发帖数: 10521 | 23 "【Immigration】
weierstrass Aug 31. ●RFE response刚寄出，求祝福。"
成功奖励 10 伪币的用户: tjphoton, judie1763, nanothu, cruisehot, pqqp,
luck666, goldentimes, phosphate, LGTM, lubitcn, o2, cute2008, MW123, luoll,
IrishRiver, tiaoba, KFN, zucca, intron, goodluck2011, xiaopeng, LJQS, bonzer
, chouwacuipin, nn2, shuyiergg, Yowl, ular, dailytang, fengbaichi, wyu, xeme
, uhao, biobioNIH, paomian, isaacN, dong08, jaunty, quench, runtu, vatic,
amicitia, tacular, kayabao, daliang080, quiddle, punga, tootoo, wachwu,
won... 阅读全帖 |
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w*****s
发帖数: 230 | 24 可惜还是生化专业，浪费了。我很有可能也是错的，不过这些建议估计父母也没有时间
看。明显病史长，香港没有人出来干得罪其他医生的事情。我不相信香港医生都那么笨。
这么说吧， 医生可能有错误的理由把病给排除了。 如果留在医院几个月没有找到病因
，更大的可能是医生不愿意给诊断而不是不知道。
还有就是基因检测靠不住， 而且里面猫腻更多。 比如技术的resolution, 太小的变异
看不到， 第二就是intron不检查， 。。。等等。。。 不是那么简单， 而且这个领域
的人人品非常垃圾！医生烂到渣！就我在美国的经历，基本就是拖。拖你3年后，也就
是你跟定这个医生，这一个医生拖你3年。如果你总换，你永远拿不到诊断。我看到时
间最长的等了20年。
最后就是给他们建议一本书：inherited metabolic disease, a clinical approach
(by Georg Hoffmann, Johannes Zschocke & William L Nyhan. )
按照这本书ck升高还有的症状：应该是如下原因
（大概22页的一个表）Mitochondrial disord... 阅读全帖 |
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