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全部话题 - 话题: intron
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s******s
发帖数: 13035
1
来自主题: Biology版 - premRNA也有polyA tail么?
你搞啥捏。没出核的就是pre-mRNA啊。
细胞里面基本是先polyA再剪切的,polyT调出来的RNA
很多有intron, 当然取决于抽提方法,尽量保留核结构
大多数就出不来了

)。
m******u
发帖数: 12400
2
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
LZ上过大学吗?是学生物的吗?
g*********5
发帖数: 2533
3
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
1), yes.
2), no.

DNA
W*********n
发帖数: 775
4
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
谢谢。那么若已知基因组序列,在知道翻译起始位点大致位置,并有两三个Met时,怎
样准确确定从哪一个Met开始翻译?
W*********n
发帖数: 775
5
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
您可以回答,也可以因为简单不屑于回答。居高临下的打击别人,就没有意思了吧。
i***l
发帖数: 1656
6
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
不能预测
正常时候也有两个位置上都有Met 相差23AA,两个蛋白都被正常翻译的情况。
T****u
发帖数: 424
7
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
http://baike.bbioo.com/doc-view-685.htm
Kozak序列
当然有时候就是会有从mRNA不同位置起始翻译的。
M*P
发帖数: 6456
8
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
那个就是扯蛋的,数据太少时代随便凑出来的结果。现在随便写个程序就知道根本就没
有几个基因有kozak序列。

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
l***y
发帖数: 638
9
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
那你就随便写个程序run一下呗,能发篇不错的paper【 在 MHP (马后炮) 的大作中提
到: 】
T****u
发帖数: 424
10
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
同求
M*P
发帖数: 6456
11
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
Over 30 years ago Kozak suggested that a specific context (i.e. the
nucleotides before and after a codon) surrounding the initiating ATG codon
is required for its recognition by the pre-initiation complex; asserting
that this context should appear only in the vicinity of the initiating (
START) ATG codon of the ORF [10]. Nevertheless, several deviations from the
aforementioned scanning model have been reported based on small scale
e... 阅读全帖
d****i
发帖数: 2346
12
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
印象中kozak序列不是翻译的必须序列,而是增强翻译的序列。没有kozak,仍然翻译,
但是水平不高,有了之后,更强。
j****x
发帖数: 1704
13
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
这是在讲笑话吧,或者压根没搞明白什么是kazak consensus
T****u
发帖数: 424
14
来自主题: Biology版 - 关于RNA intron, Exon的2个困惑
呵呵。。

the
G***G
发帖数: 16778
15
来自主题: Biology版 - tophat's junctions.bed
after we get junctions.bed from tophat, can we map the junctions
to the exons and introns of transcripts?
Which tools allow us to do this?
thank you.
E******T
发帖数: 59
16
有的miRNA的target可能在intron,这是不知道功能。
n******2
发帖数: 971
17
在文献中得到引物序列,想知道引物在基因上的位置,以便于知道产物长度,中间是否
有intron,某一引物是否跨exon... 我现在都是先在ncbi做blast找到reference
sequence,然后根据列出来的exon碱基位置一点一点对照,做得很崩溃。有没有什么网
站能把基因名字和序列输进去就给出位置的啊?谢谢。
w*****y
发帖数: 1201
18
来自主题: Biology版 - SYBR real-time PCR误差很大?
我的理解是,SYBR是针对所有dsDNA,特异性要求比较高,我一般设计primer的时候,
会设计primer cross exon-intron splicing site,这样即使RNA有轻微的DNA污染,不
会对结果有影响,你的primer是如何设计的?
g******r
发帖数: 139
19
来自主题: Biology版 - SYBR real-time PCR误差很大?
Primer是从sigma买来的,都是选的cross exon-intron splicing site。但是假设是
primer不好,跟replicate well差异大有什么潜在联系吗?
h**********e
发帖数: 18
20
谢谢!如果这个microdeletion起始位置和中止位置都在intron, 中间包含了2个exon,
很有可能RNA splicing的时候出问题。如果不能够剪切,而这个deletion又不是
inframe,那么就表达出完全错误的蛋白,是不是这样的?
q******g
发帖数: 3858
21
intron retention
idh mutation已经做的差不多了吧?
m*********D
发帖数: 1727
22
来自主题: Biology版 - 请教CRISPR行家-HDR Template Design
谢谢!刚找了一遍pUC18/19,都十多年没用过了,哪里找得到!还好,试验室好像有一
个自己作的cloning vector,估计是在pUC上多加了几个克隆酶位点,大小差不多(less
than 3kb),应该可以用。
好,genomic region全sequence了,有两个SNP, 在intron region,也就是作HDR的ARMS
上,对整个设计没有影响。primers全送出去了,就等克隆一类。今天把几个要用的酶
买回来就可以过节了。
搞的这么复杂主要是想test我们自己筛选出来的compound。compound在WT上肯定每问题
,这些mutant是现有drug-resistant的病人里找出来的,所以,怀疑是drug-resistant
的机理之一。我要能建好一个细胞系,两个拷贝都突变的话,就把我们的compound往前
推进一大步。一个copy突变,一个不突变,该是病人的真实情况,但两个拷贝之间的表
达不清楚,所以,我要运气好,两个都变成mutant,那就太好了。
w*****r
发帖数: 2061
23
来自主题: Biology版 - CRISPR rescue
质粒要进核才能表达吧
有报道推荐的方法是设计gRNA是target intron-exon junction,这样质粒rescue就没
事。当然具体rescue效果还得要western验证
O********4
发帖数: 113
24
星期天也有外行的时候,少见啊,哈哈。
这个不是第一个报导lincRNA 是环状的,最早90年代就发现circRNA了,后来的miRNA
sponge 也是。还有tRNA 的 intron 在splicing 后也可以产生circular RNA. 这个文
章上主刊还是有些困难的,因为机理上还有太多不明白的地方,有些结果也可能有
aritifact 的因素在里面。
不过这个记者可够扯淡的,科大推广自己的结果我可以理解,但找这么个外行出来有些
笑话了。
z*t
发帖数: 863
25
最近有几篇讲为啥circRNA可以形成的文章大家可以看看
Expanded identification and characterization of mammalian circular RNAs
http://genomebiology.com/2014/15/7/409
Short intronic repeat sequences facilitate circular RNA production
http://genesdev.cshlp.org/content/28/20/2233
h******y
发帖数: 55
26
Promega intron.为了增加基因的表达
n*******h
发帖数: 496
27

我在Promega网站上查到他们在CMV后面加了一小段序列来增强基因表达,不过名字是
chimeric intron
n*******h
发帖数: 496
28
确认了是Promega intron。谢谢hellenny
s******y
发帖数: 28562
29
可能是那个新闻报道里的标题写着和很多重大疾病相关,让普通读者们听了以为是包治
百病的仙丹?
这个研究的成果的确会和很多疾病有潜在关系,而且可能会有让人意想不到的关系(比
方说我上面提到的intron SNP).但是目前离诊断或者治疗都远着呢。
q******g
发帖数: 3858
30
来自主题: Biology版 - 求paper
Aberrant splicing of U12-type introns is the hallmark of ZRSR2 mutant
myelodysplastic syndrome
Author: Vikas Madan, Deepika Kanojia, Jia Li, Ryoko Okamoto, Aiko Sato-
Otsubo, Alexander Kohlmann
Publication: Nature Communications
Publisher: Nature Publishing Group
Date: Jan 14, 2015
http://www.nature.com/ncomms/2015/150114/ncomms7042/full/ncomms
email: [email protected]
/* */
包子答谢。
C*********m
发帖数: 213
31
问题是这样的,我有个基因有19个exons,然后老鼠同源蛋白有两个splicing variants
中间差一段编码的肽段,很短,很可能是microexon引起的,在不同组织里表达不一样
;然后我就想看看人里面的是不是也会有类似的splicing variants,也想找一下
microexon的可能。那就想看序列,看splicing位点,编码序列的比对,可貌似ensembl
.org查起来不太方便。
想问:怎么查找人源蛋白里是否存在类似的splicing variants?
l*******t
发帖数: 1016
32
ensembl用习惯就方便了

variants
ensembl
G******n
发帖数: 289
33
不是专家,只是正好做这方面的。
是对表皮细胞检查的。理论上DNA是一致的,除非口腔细胞有突变,且突变数量的细胞
数目足够多。大家习惯性用血液,其实唾液也可以。23andMe就用的是唾液。主要是看
germline mutation。
你要注意看看他们提供的这100个疾病都是什么,每个疾病覆盖多少gene,每个gene覆
盖多少区域,只是coding region还是包括intron和intergenetic。对于某些疾病,预
测性较好,其他的大多数很差……
而且要结合你的ethnicity 和其他character进行预测。
通过这个唾液检测发现的mutation,你可以再order further testing,针对某几个比
较严重的mutation做深一步的test,比如用血液。
m*********D
发帖数: 1727
34
来自主题: Biology版 - CRISPR point mutation作出来了
我能想出来的就是IRES接G418一类的。这就搞掉/改变了3-UTR一类的。不知道一个G418
的expression casseette能不能插到intron里。
Biotech的文章用的是GFP fusion.我用的是mutant的特性来select。
s********r
发帖数: 312
35
来自主题: Biology版 - CRISPR point mutation作出来了
用loxp带抗性基因,放到mutation位点附近的intron里去不就可以了。
d*********s
发帖数: 7
36
来自主题: Biology版 - CRISPR point mutation作出来了
好主意。我是外行。 请介绍怎么避免loxp和抗性基因被spliced out. 抗性基因在
intron怎么被表达?
m*********D
发帖数: 1727
37
来自主题: Biology版 - CRISPR point mutation作出来了
其实,如果这个selection marker expression cassette不影响intron/exon splicing
,切不切出来都无所谓的。如果影响,一个essential gene就不可能了。我这次作的一
个基因就是cell growth essential的。
x********e
发帖数: 35261
38
我本科做cDNA克隆突变一点问题都没有。现在搞intronic sequence,被虐得一点信心
都没有了。。。

,哈
x********e
发帖数: 35261
39
你再说说怎么设计引物吧。我用BAC做模板p,还是有很多杂带。我对promoter/
intronic sequence的克隆一点经验都没有。

database
b****r
发帖数: 17995
40
来自主题: Biology版 - 请教个DNA相关的实验问题
赞动手能力!能写个script挺好的。而且你也考虑到了common SNP和repeat的情况,还
能自检错误,很牛逼!
我的情况和你很相似,很多时候不是在exon所以那个library并不好用。我经常也是NGS
的validation,也有new assay的设计,new assay的话就必须尽全力避免common SNP了
纠正一下,刚才发现前面提过的ExonPrimer其实是提供避免SNP和repeat的功能的,所
以理论上还挺好用的,暂时可以说解决我的部分问题。但是就是还是不能测deap
intronic的,也不能随意指定位置,只能 一次产出整个基因的CDS或者cDNA
又搜到一个,这次可以随意指定coordinates了
https://github.com/gantzgraf/autoprimer3

primers
l********e
发帖数: 415
41
来自主题: Biology版 - CHIP-qPCR求助
说明你的qPCR引物设计的相当之烂,因为正常人都是设计flanking intron,在DNA模板
上是拉不出东西来的。
x********e
发帖数: 35261
42
来自主题: Biology版 - CHIP-qPCR求助
enhancer可以在exon里,不一定非要在promoter附近, ChIP拉的是DNA不是RNA。的确有
些发表文章用的qPCR primer不是intron spanning,所以用之前一定要double check。
l********e
发帖数: 415
43
来自主题: Biology版 - CHIP-qPCR求助
与其相信enhancer在exon, 还不如相信楼主sonication做的不彻底,intronic
enhancer把exon sequence带出来了。
x********e
发帖数: 35261
44
来自主题: Biology版 - CHIP-qPCR求助
这不是在说ChIP么?genomic DNA分什么intron exon?如果是真信号,往两边几百bp设
计一系列引物就知道到底哪里是peak了。
r**********e
发帖数: 587
45
来自主题: Biology版 - 转行 bioinformatics
未来long read普及,成本继续降低,对于在计算机层面认识noncoding sequence,以
及structural variation,以及repetitive sequence,甚至telomere centromere肯定
有革命性帮助,从这点说,NGS远远不会衰落。
毕竟一个生物和疾病层面很重要的东西---noncoding sequence,98%的human genome我
们都不清楚功能。我们可以更好更精确的identify complex structural variation,
甚至运用到prenatal的产检上去,这是industry的机遇 。
但是一个根本性问题是,哪怕你做再多的evolution层面的比对,请你告诉我:
noncoding sequence的biology function是什么?什么promoter,enhancer,intron这
些都是已经研究相对清楚的(但哪怕如此研究起来还是很困难),有更多的gene
desert的东西,必须要通过实验实验实验实验实验实验来证实。。。。。但一提到实验
,尤其是subtle effect的,就各... 阅读全帖
r**********e
发帖数: 587
46
来自主题: Biology版 - 转行 bioinformatics
未来long read普及,成本继续降低,对于在计算机层面认识noncoding sequence,以
及structural variation,以及repetitive sequence,甚至telomere centromere肯定
有革命性帮助,从这点说,NGS远远不会衰落。
毕竟一个生物和疾病层面很重要的东西---noncoding sequence,98%的human genome我
们都不清楚功能。我们可以更好更精确的identify complex structural variation,
甚至运用到prenatal的产检上去,这是industry的机遇 。
但是一个根本性问题是,哪怕你做再多的evolution层面的比对,请你告诉我:
noncoding sequence的biology function是什么?什么promoter,enhancer,intron这
些都是已经研究相对清楚的(但哪怕如此研究起来还是很困难),有更多的gene
desert的东西,必须要通过实验实验实验实验实验实验来证实。。。。。但一提到实验
,尤其是subtle effect的,就各... 阅读全帖
r******g
发帖数: 600
47
来自主题: Biology版 - double knockout mice
你这个3个gene连的很近吧 intronic region 不大吧,所以,直接一个 recombination
直接把3个gene都KO掉
如果3个基因隔得有一定距离,相当不好操作的
r******g
发帖数: 600
48
来自主题: Biology版 - double knockout mice
你这个3个gene连的很近吧 intronic region 不大吧,所以,直接一个 recombination
直接把3个gene都KO掉
如果3个基因隔得有一定距离,相当不好操作的
W****7
发帖数: 426
49
来自主题: Biology版 - 求教怎么深入研究snp的功能
最近在改一个proposal,某基因有几个snp,reviewer说这几个snp是怎么起作用的不清
楚。所以我打算设计几个实验来回复一下这个问题,但是从来没有涉及过这方面的研究
。希望有经验的同志们不吝赐教!
说说我外行的想法先。我觉得最终无非就是这些snp是否影响基因表达水平,或者蛋白
量,如果都没变的话要看看是否蛋白功能有所改变。这里的问题就在于snp位于什么位
置,如果在编码区就直接做点突变检测蛋白表达量和功能就好;如果在启动子内就看是
否影响转录活性,做个luciferase就可以,对么?但是如果在intron或者在启动子还上
游呢怎么做呢?要看是否影响转录调控?还有一个根本问题就是,有什么网站可以直接
确定snp的位置的吗?还是都用最笨的方法直接到基因组里找这个位点?总觉得应该有
更聪明的方法。问题有点多,感谢赐教!
W****7
发帖数: 426
50
来自主题: Biology版 - 求教怎么深入研究snp的功能
多谢楼上的兄弟!经你指点,用网站查出来所有snp都在intron。能否麻烦你把这个最
复杂的情况再说详细点?先奉上十个包纸哈。
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