s******s
发帖数: 13035 | 1 你搞啥捏。没出核的就是pre-mRNA啊。
细胞里面基本是先polyA再剪切的，polyT调出来的RNA
很多有intron, 当然取决于抽提方法，尽量保留核结构
大多数就出不来了
）。 |
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W*********n
发帖数: 775 | 4 谢谢。那么若已知基因组序列，在知道翻译起始位点大致位置，并有两三个Met时，怎
样准确确定从哪一个Met开始翻译？ |
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W*********n
发帖数: 775 | 5 您可以回答，也可以因为简单不屑于回答。居高临下的打击别人，就没有意思了吧。 |
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i***l
发帖数: 1656 | 6 不能预测
正常时候也有两个位置上都有Met 相差23AA，两个蛋白都被正常翻译的情况。 |
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M*P
发帖数: 6456 | 8 那个就是扯蛋的，数据太少时代随便凑出来的结果。现在随便写个程序就知道根本就没
有几个基因有kozak序列。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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l***y
发帖数: 638 | 9 那你就随便写个程序run一下呗，能发篇不错的paper【 在 MHP (马后炮) 的大作中提
到: 】 |
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M*P
发帖数: 6456 | 11 http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
Over 30 years ago Kozak suggested that a specific context (i.e. the
nucleotides before and after a codon) surrounding the initiating ATG codon
is required for its recognition by the pre-initiation complex; asserting
that this context should appear only in the vicinity of the initiating (
START) ATG codon of the ORF [10]. Nevertheless, several deviations from the
aforementioned scanning model have been reported based on small scale
e... 阅读全帖 |
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d****i
发帖数: 2346 | 12 印象中kozak序列不是翻译的必须序列，而是增强翻译的序列。没有kozak，仍然翻译，
但是水平不高，有了之后，更强。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 13 这是在讲笑话吧，或者压根没搞明白什么是kazak consensus |
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G***G
发帖数: 16778 | 15 after we get junctions.bed from tophat, can we map the junctions
to the exons and introns of transcripts?
Which tools allow us to do this?
thank you. |
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E******T
发帖数: 59 | 16 有的miRNA的target可能在intron,这是不知道功能。 |
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n******2
发帖数: 971 | 17 在文献中得到引物序列，想知道引物在基因上的位置，以便于知道产物长度，中间是否
有intron,某一引物是否跨exon... 我现在都是先在ncbi做blast找到reference
sequence,然后根据列出来的exon碱基位置一点一点对照，做得很崩溃。有没有什么网
站能把基因名字和序列输进去就给出位置的啊？谢谢。 |
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w*****y
发帖数: 1201 | 18 我的理解是，SYBR是针对所有dsDNA，特异性要求比较高，我一般设计primer的时候，
会设计primer cross exon-intron splicing site，这样即使RNA有轻微的DNA污染，不
会对结果有影响，你的primer是如何设计的？ |
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g******r
发帖数: 139 | 19 Primer是从sigma买来的，都是选的cross exon-intron splicing site。但是假设是
primer不好，跟replicate well差异大有什么潜在联系吗？ |
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h**********e
发帖数: 18 | 20 谢谢！如果这个microdeletion起始位置和中止位置都在intron, 中间包含了2个exon,
很有可能RNA splicing的时候出问题。如果不能够剪切，而这个deletion又不是
inframe,那么就表达出完全错误的蛋白，是不是这样的？ |
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q******g
发帖数: 3858 | 21 intron retention
idh mutation已经做的差不多了吧？ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 22 谢谢！刚找了一遍pUC18/19，都十多年没用过了，哪里找得到！还好，试验室好像有一
个自己作的cloning vector,估计是在pUC上多加了几个克隆酶位点，大小差不多（less
than 3kb)，应该可以用。
好，genomic region全sequence了，有两个SNP, 在intron region,也就是作HDR的ARMS
上，对整个设计没有影响。primers全送出去了，就等克隆一类。今天把几个要用的酶
买回来就可以过节了。
搞的这么复杂主要是想test我们自己筛选出来的compound。compound在WT上肯定每问题
，这些mutant是现有drug-resistant的病人里找出来的，所以，怀疑是drug-resistant
的机理之一。我要能建好一个细胞系，两个拷贝都突变的话，就把我们的compound往前
推进一大步。一个copy突变，一个不突变，该是病人的真实情况，但两个拷贝之间的表
达不清楚，所以，我要运气好，两个都变成mutant，那就太好了。 |
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w*****r
发帖数: 2061 | 23 质粒要进核才能表达吧
有报道推荐的方法是设计gRNA是target intron-exon junction，这样质粒rescue就没
事。当然具体rescue效果还得要western验证 |
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O********4
发帖数: 113 | 24 星期天也有外行的时候，少见啊，哈哈。
这个不是第一个报导lincRNA 是环状的，最早90年代就发现circRNA了，后来的miRNA
sponge 也是。还有tRNA 的 intron 在splicing 后也可以产生circular RNA. 这个文
章上主刊还是有些困难的，因为机理上还有太多不明白的地方，有些结果也可能有
aritifact 的因素在里面。
不过这个记者可够扯淡的，科大推广自己的结果我可以理解，但找这么个外行出来有些
笑话了。 |
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h******y
发帖数: 55 | 26 Promega intron.为了增加基因的表达 |
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n*******h
发帖数: 496 | 27
我在Promega网站上查到他们在CMV后面加了一小段序列来增强基因表达，不过名字是
chimeric intron |
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n*******h
发帖数: 496 | 28 确认了是Promega intron。谢谢hellenny |
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s******y
发帖数: 28562 | 29 可能是那个新闻报道里的标题写着和很多重大疾病相关，让普通读者们听了以为是包治
百病的仙丹？
这个研究的成果的确会和很多疾病有潜在关系，而且可能会有让人意想不到的关系（比
方说我上面提到的intron SNP).但是目前离诊断或者治疗都远着呢。 |
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q******g
发帖数: 3858 | 30 Aberrant splicing of U12-type introns is the hallmark of ZRSR2 mutant
myelodysplastic syndrome
Author: Vikas Madan, Deepika Kanojia, Jia Li, Ryoko Okamoto, Aiko Sato-
Otsubo, Alexander Kohlmann
Publication: Nature Communications
Publisher: Nature Publishing Group
Date: Jan 14, 2015
http://www.nature.com/ncomms/2015/150114/ncomms7042/full/ncomms
email: [email protected]
/* */
包子答谢。 |
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C*********m
发帖数: 213 | 31 问题是这样的，我有个基因有19个exons，然后老鼠同源蛋白有两个splicing variants
中间差一段编码的肽段，很短，很可能是microexon引起的，在不同组织里表达不一样
；然后我就想看看人里面的是不是也会有类似的splicing variants，也想找一下
microexon的可能。那就想看序列，看splicing位点，编码序列的比对，可貌似ensembl
.org查起来不太方便。
想问:怎么查找人源蛋白里是否存在类似的splicing variants? |
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l*******t
发帖数: 1016 | 32 ensembl用习惯就方便了
variants
ensembl |
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G******n
发帖数: 289 | 33 不是专家，只是正好做这方面的。
是对表皮细胞检查的。理论上DNA是一致的，除非口腔细胞有突变，且突变数量的细胞
数目足够多。大家习惯性用血液，其实唾液也可以。23andMe就用的是唾液。主要是看
germline mutation。
你要注意看看他们提供的这100个疾病都是什么，每个疾病覆盖多少gene，每个gene覆
盖多少区域，只是coding region还是包括intron和intergenetic。对于某些疾病，预
测性较好，其他的大多数很差……
而且要结合你的ethnicity 和其他character进行预测。
通过这个唾液检测发现的mutation，你可以再order further testing，针对某几个比
较严重的mutation做深一步的test，比如用血液。 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 34 我能想出来的就是IRES接G418一类的。这就搞掉/改变了3-UTR一类的。不知道一个G418
的expression casseette能不能插到intron里。
Biotech的文章用的是GFP fusion.我用的是mutant的特性来select。 |
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s********r
发帖数: 312 | 35 用loxp带抗性基因，放到mutation位点附近的intron里去不就可以了。 |
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d*********s
发帖数: 7 | 36 好主意。我是外行。 请介绍怎么避免loxp和抗性基因被spliced out. 抗性基因在
intron怎么被表达? |
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m*********D
发帖数: 1727 | 37 其实，如果这个selection marker expression cassette不影响intron/exon splicing
,切不切出来都无所谓的。如果影响，一个essential gene就不可能了。我这次作的一
个基因就是cell growth essential的。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 38 我本科做cDNA克隆突变一点问题都没有。现在搞intronic sequence，被虐得一点信心
都没有了。。。
，哈 |
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x********e
发帖数: 35261 | 39 你再说说怎么设计引物吧。我用BAC做模板p，还是有很多杂带。我对promoter/
intronic sequence的克隆一点经验都没有。
database |
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b****r
发帖数: 17995 | 40 赞动手能力！能写个script挺好的。而且你也考虑到了common SNP和repeat的情况，还
能自检错误，很牛逼！
我的情况和你很相似，很多时候不是在exon所以那个library并不好用。我经常也是NGS
的validation，也有new assay的设计，new assay的话就必须尽全力避免common SNP了
纠正一下，刚才发现前面提过的ExonPrimer其实是提供避免SNP和repeat的功能的，所
以理论上还挺好用的，暂时可以说解决我的部分问题。但是就是还是不能测deap
intronic的，也不能随意指定位置，只能 一次产出整个基因的CDS或者cDNA
又搜到一个，这次可以随意指定coordinates了
https://github.com/gantzgraf/autoprimer3
primers |
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l********e
发帖数: 415 | 41 说明你的qPCR引物设计的相当之烂，因为正常人都是设计flanking intron，在DNA模板
上是拉不出东西来的。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 42 enhancer可以在exon里，不一定非要在promoter附近, ChIP拉的是DNA不是RNA。的确有
些发表文章用的qPCR primer不是intron spanning，所以用之前一定要double check。 |
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l********e
发帖数: 415 | 43 与其相信enhancer在exon, 还不如相信楼主sonication做的不彻底，intronic
enhancer把exon sequence带出来了。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 44 这不是在说ChIP么？genomic DNA分什么intron exon？如果是真信号，往两边几百bp设
计一系列引物就知道到底哪里是peak了。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 45 未来long read普及，成本继续降低，对于在计算机层面认识noncoding sequence，以
及structural variation，以及repetitive sequence，甚至telomere centromere肯定
有革命性帮助，从这点说，NGS远远不会衰落。
毕竟一个生物和疾病层面很重要的东西---noncoding sequence，98%的human genome我
们都不清楚功能。我们可以更好更精确的identify complex structural variation，
甚至运用到prenatal的产检上去，这是industry的机遇 。
但是一个根本性问题是，哪怕你做再多的evolution层面的比对，请你告诉我：
noncoding sequence的biology function是什么？什么promoter，enhancer，intron这
些都是已经研究相对清楚的（但哪怕如此研究起来还是很困难），有更多的gene
desert的东西，必须要通过实验实验实验实验实验实验来证实。。。。。但一提到实验
，尤其是subtle effect的，就各... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 46 未来long read普及，成本继续降低，对于在计算机层面认识noncoding sequence，以
及structural variation，以及repetitive sequence，甚至telomere centromere肯定
有革命性帮助，从这点说，NGS远远不会衰落。
毕竟一个生物和疾病层面很重要的东西---noncoding sequence，98%的human genome我
们都不清楚功能。我们可以更好更精确的identify complex structural variation，
甚至运用到prenatal的产检上去，这是industry的机遇 。
但是一个根本性问题是，哪怕你做再多的evolution层面的比对，请你告诉我：
noncoding sequence的biology function是什么？什么promoter，enhancer，intron这
些都是已经研究相对清楚的（但哪怕如此研究起来还是很困难），有更多的gene
desert的东西，必须要通过实验实验实验实验实验实验来证实。。。。。但一提到实验
，尤其是subtle effect的，就各... 阅读全帖 |
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r******g
发帖数: 600 | 47 你这个3个gene连的很近吧 intronic region 不大吧，所以，直接一个 recombination
直接把3个gene都KO掉
如果3个基因隔得有一定距离，相当不好操作的 |
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r******g
发帖数: 600 | 48 你这个3个gene连的很近吧 intronic region 不大吧，所以，直接一个 recombination
直接把3个gene都KO掉
如果3个基因隔得有一定距离，相当不好操作的 |
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W****7
发帖数: 426 | 49 最近在改一个proposal，某基因有几个snp，reviewer说这几个snp是怎么起作用的不清
楚。所以我打算设计几个实验来回复一下这个问题，但是从来没有涉及过这方面的研究
。希望有经验的同志们不吝赐教！
说说我外行的想法先。我觉得最终无非就是这些snp是否影响基因表达水平，或者蛋白
量，如果都没变的话要看看是否蛋白功能有所改变。这里的问题就在于snp位于什么位
置，如果在编码区就直接做点突变检测蛋白表达量和功能就好；如果在启动子内就看是
否影响转录活性，做个luciferase就可以，对么？但是如果在intron或者在启动子还上
游呢怎么做呢？要看是否影响转录调控？还有一个根本问题就是，有什么网站可以直接
确定snp的位置的吗？还是都用最笨的方法直接到基因组里找这个位点？总觉得应该有
更聪明的方法。问题有点多，感谢赐教！ |
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W****7
发帖数: 426 | 50 多谢楼上的兄弟！经你指点，用网站查出来所有snp都在intron。能否麻烦你把这个最
复杂的情况再说详细点？先奉上十个包纸哈。 |
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