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D*a
发帖数: 6830 | 2 你要看看你exon3是干什么用的，多少bp
比如如果是膜蛋白，是不是胞外亲和ligand的位点，或者往胞外运输的信号，或者跨膜
部分，或者下面的kinase部分正好能被你切掉。
而且最好是少了exon3之后能造成exon4的移码突变，然后弄出几个stop来。
这样才能确保你真能ko掉
完了你得在老鼠上测测全长的mrna是不是真的下降了。 |
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j********r
发帖数: 156 | 3 Is it already overheated, and not worth trying to get into?
The potential experiment might be to test if non-transcription factor
factors, such as protein kinases can
facilitate reprogramming. If true, this might facilitate the use of small
molecule for induction of iPS, and help
understand the mechanism of reprogramming. (or anyone has already working on
a similar project?)
Thanks, |
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K**********e
发帖数: 188 | 4 1 养悬浮的细胞系，由于疏忽，培养基都有点变黄了，不过也不是全黄，红中带黄或者
偏黄。这样的培养基是不是pH值变
化了，养出来的细胞已经在酸性环境了，也不适合做后面的实验了？
2 合成的引物，5端带不带磷酸基？要是合成几十个bp正向和反向互补序列带黏性末端
，退火，连到载体去，要不要先用T4
kinase处理加上磷酸基团？
很简单的问题，请指教下。谢谢。 |
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K**********e
发帖数: 188 | 5 谢谢上面的和sunnyday。
1 哦哦。那还好，细胞培养基有点黄，但还是有点红。因为是悬浮细胞，稀释可以吗，
还是最好离心下来再用新鲜的培养基悬浮？
2 嗯嗯，原来载体拿限制内切酶切了的话就上带有磷酸基了啊。我没有用磷酸酶处理载
体。我合成的时候没有要求，就是当成引物让公司直接合成的。那我用T 4 PNK kinase
又处理了我的要插入载体的双链DNA片段，是不是就多了一个磷酸，反而连接不上去了呢？
可是指导我做实验的senior postdoc让我用T4 PNK处理，他也知道我是公司直接合成的
引物。这个postdoc以前做过很多这样的载体，应该很清楚呀。
其实我做的是合成hairpin DNA，克隆进载体，准备做sh RNA knock down。 |
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i*****l
发帖数: 51 | 6 艳阳天MM的回答准确，就按她的建议去做。 T4 PNK是用来末端磷酸化的，公司合成的
REGULAR OLIGO都是-OH末端， 直接和载体连接就可了
kinase
了呢？ |
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S*********e
发帖数: 127 | 7 GPCR kinase 2 interacting protein 1 (GIT1) regulates osteoclast function and
bone mass.
Menon P, Yin G, Smolock EM, Zuscik MJ, Yan C, Berk BC.
J Cell Physiol. 2010 Jun 21.
a*****[email protected]
thanks a lot. |
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S*********e
发帖数: 127 | 8 GPCR kinase 2 interacting protein 1 (GIT1) regulates osteoclast function and
bone mass.
Menon P, Yin G, Smolock EM, Zuscik MJ, Yan C, Berk BC.
J Cell Physiol. 2010 Jun 21.
a*****[email protected]
thanks a lot. |
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O******e
发帖数: 4845 | 9 Why do you need an EXACT number? I wonder if it exists.
in
even
the |
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L******e
发帖数: 679 | 10 My boss is writting an invited review. He want to be accurate.
I don't think it exist too. |
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n********k
发帖数: 2818 | 11 I think Qinghua Liu is doing well in the RNAi pathway, his study on kinase
is nice...and also shall watch out
Zhong qing at stanford who is dissecting authophagy with a biochemical and
purification approach...
ce |
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J***2
发帖数: 444 | 12 1.Histone H3 Thr-3 Phosphorylation by Haspin Positions Aurora B at
Centromeres in Mitosis
Fangwei Wang, Jun Dai, John R. Daum, Ewa Niedzialkowska, Budhaditya
Banerjee, P. Todd Stukenberg, Gary J. Gorbsky, and Jonathan M. G. Higgins
Published online August 12 2010; 10.1126/science.1189435 (Science
Express Reports)
2.Survivin Reads Phosphorylated Histone H3 Threonine 3 to Activate the
Mitotic Kinase Aurora B
Alexander E. Kelly, Cristina Ghenoiu, John Z. Xue, Christian Zierhut,
Hiroshi |
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i***e
发帖数: 1481 | 13 Adv Cancer Res. 2008;100:35-83.
TAM receptor tyrosine kinases: biologic functions, signaling, and potential
therapeutic targeting in human cancer.
Linger RM, Keating AK, Earp HS, Graham DK.
THANKS A MILLION!
please e-mail to i*******[email protected] |
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c*******c
发帖数: 93 | 14 Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase II Mediates Hippocampal
Glutamatergic Plasticity During Benzodiazepine Withdrawal
Neuropsychopharmacology 35, 1897-1909 (August 2010)
谢谢，能把pdf贴到回复里面么？ |
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i***e
发帖数: 1481 | 16 Taking aim at Mer and Axl receptor tyrosine kinases as novel therapeutic
targets in solid tumors.
Expert Opin Ther Targets. 2010 Sep 1. [Epub ahead of print]
Linger RM, Keating AK, Earp HS, Graham DK.
PMID: 20809868
Please e-mail paper to i*******[email protected]
Thanks a million!!! |
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a****x
发帖数: 8 | 17 Cancer Sci. 2010 Jul;101(7):1632-8. Epub 2010 Mar 24.
Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate and PIP5-kinase Ialpha are required
for invadopodia formation in human breast cancer cells.
Yamaguchi H, Yoshida S, Muroi E, Kawamura M, Kouchi Z, Nakamura Y, Sakai R,
Fukami K.
a****[email protected]
Thanks so much! |
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e*n
发帖数: 1511 | 18 A three generation study with genetically modified Bt corn in rats:
Biochemical and histopathological investigation
Abstract
For the last ten years, in accordance with the increased use of genetically
modified (GM) foods for human and livestocks, a large number of feeding
studies have been carried out. However, the evidence is still far from
proving whether the long-term consumption of GM foods posses a possible
danger for human or animal health. Therefore, this study was designed to
evaluate th... 阅读全帖 |
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j***i
发帖数: 39 | 19 update my result.
其他的条件都没变，就重新纯化地物蛋白，把GST切除点，可以被磷酸化了。
可能GST对蛋白的结构有一定的影响。
再次感谢hanchenjammy 。 |
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w**r
发帖数: 134 | 23 除了能帮助理解功能，结构的重要性之一体现在药物产业的药物发现和的优化过程中，现在很多药物设计都是基于结构的设计啊，无论是蛋白水解酶抑制剂，kinase inhibitor ，现在有很多成功的基于结构合理设计药物的例子了，著名的像Gleevec，最早基于结构合理设计成功的上市的药物Dorzolamide等等，大家需要多了解下学科的上下游关系，没必要心高气傲和妄自菲薄 |
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l*****i
发帖数: 1163 | 24 A transcription factor with SH2 and SH3 domains is directly activated by an
interferon alpha-induced
cytoplasmic protein tyrosine kinase(s).
Fu XY.
Cell. 1992 Jul 24;70(2):323-35.
这个悲剧英雄！ |
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z*****k
发帖数: 86 | 25 很有喜感吗 还有FucK
L-fuculose kinase |
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M*****e
发帖数: 279 | 26 Yotiao, A kinase-anchoring protein (AKAP9), is actually "You Tiao".
David T. Yue once said: " Yotiao is "You Tiao". |
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w******e
发帖数: 1187 | 27 the same problem applies to other regimens too bah. what if you don't know
which kinase/receptor to inhibit?
BTW, I don't know other ways that may specifically increase the expression
of certain gene variant like RNAa or ASO (except gene therapy, which is
probably more notorious I guess hehe)
btw, I'm not even in the RNAi field myself. just an intrigued bystander:) |
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O******e
发帖数: 4845 | 28 真正的单基因疾病很少很少，我们做了这么多年的应该清楚，很多文章宣称的哪个基因
突变
导致哪个疾病，其实证据非常不足。
再往大了说，很多疾病不是简单的“基因"或“遗传”问题，牵扯到太多的因素。而
RNAi
is designed to target only one or a few genes.
这个跟kinase inhibitor drugs区别还是很大，因为好的inhibitor只是抑制部分功能
；而
knock-down是把整体的蛋白水平降低，这个的影响会非常广泛和难以控制。 |
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c******y
发帖数: 148 | 29 德国某大学植物系实验室
大老板05年有一篇nature letter，昨天和同事八卦了下来历:
在某界光合作用大会上，有一个瑞士的教授讲他发现了algae突变，叶绿体内一个
kinase和一个生理现象有关，同时报告中给出了蛋白序列的alignment。
说着无心，听者有意，底下有我现在的大老板，德国人，用笔记下了几个氨基酸序列。
回去之后就比对，找到了拟南芥中的同源基因，赶紧去购买突变体，都是现成的。但是
，拟南芥终归不如algae的繁殖快，瑞士人还是先发了nature，大老板的紧跟其后一个
月，也发了nature。
再后来，这两个教授成了敌人，开会见面再也不说话了。
我要是那个瑞士人，估计后脖梗子都发凉了。
经验教训啊，开会时千万不要随便给出蛋白序列的比对 |
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g*********d
发帖数: 233 | 30 Photosystem II core phosphorylation and photosynthetic acclimation require
two different protein kinases
Vera Bonardi1,2,6, Paolo Pesaresi2,3,6, Thomas Becker1, Enrico Schleiff1,
Raik Wagner4, Thomas Pfannschmidt4, Peter Jahns5 & Dario Leister1,2
Letter
Nature 437, 1179-1182 (20 October 2005) | doi:10.1038/nature04016; Received
3 May 2005; Accepted 11 July 2005
Botanisches Institut, Department Biologie I, Ludwig-Maximilians-Universit&#
228;t, Menzinger Strasse 67, 80638 München, Germany
Abteilun... 阅读全帖 |
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c****r
发帖数: 576 | 31 lz给的信息太详细了，简单的搜索就能找到。在google里面输入以下词语即可：
algae kinase photosynthesis site:*.nature.com
要是做这一领域的人，不用搜就能猜到了。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 32 support你的说法。不过这么少磷，就算有地方必须用磷，
比如我说kinase这些信号传导，大多数地方，尤其是DNA，
ATP，都是用砷的，而且竟然对生长的影响不算太大，这个
就很amazing了。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 33 磷含量远远比你说的小，DNA，ATP这些你说的生化活动
都是砷参与的，本身细菌还是继续快速生长的，只是比全
用磷的时候稍慢而已。倒是kinase这些参与信号传导的倒
是可能仍然用磷。
bacteria
that |
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l**********n
发帖数: 240 | 34 Josef Martin Penninger
Most significant scientific contributions:
Our basic approach is to genetically manipulate and change genes in mice and
to
determine the effects of these mutations in development of the whole
organism and in
diseases. From these mutations we are trying to establish basic principles
of
development and basic mechanisms of disease pathogenesis. My laboratory
focuses on
heart diseases, autoimmune diseases and cancers, and bone diseases. On all
the listed
contributions below I ... 阅读全帖 |
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v***a
发帖数: 1242 | 35 谢谢！前面也有位同学说用质谱。这个没有做过，正在研究中。
能请教一下p-y-100是哪家的抗体？
其实我不需要知道确切的磷酸化位点，只是想知道这个kinase让substrate的Tyr、Ser
、Thr磷酸化是增强还是减弱。
4G10 |
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L******e
发帖数: 679 | 36 将会是肿瘤治疗的下一个‘泡泡’吗？
最近好像很火：
1,借着next generation sequencer' 的东风，大家都在疯狂的寻找‘dirver
mutations'.
2,制药公司在大量的筛选'small molecule inhibitors',这些小分子可以抑制突变了的
kinase,从而阻断肿瘤细胞的生长。
3, 前段时间的plx-4032，BRAF v600E 的inhibitor,80%有这个基因突变的皮肤癌病人
有效。
但是，几乎毫无列外，大概一年后肿瘤细胞会产生第二个突变，获得耐药性。
小弟刚刚接触这个行业，有大拿能展望一下吗？
另外，搞基础研究的大虾能不能提供一些关于小分子诱导基因突变机制的文章或者综述
。不是那种简单的化学物质能把某个基团变成另外基团的解释。
因为耐药性的产生不是随机的：例如肺癌病人对erlotinib的耐药性，50% 的病人是在
EGFR上产生第二个突变T790M,这个突变改变了erlotinib对EGFR 的亲和力。这中间肯定
存在调控，使有目的性的突变。 |
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j*****a
发帖数: 658 | 37 Don't quite understand your question.... You want to detect the
phosphorylation of a protein, why not use western? Even if you do ELISA to
see p-protein, no need to sonicate....RIPA is strong enough to get all your
cytosolic and nuclear protein out. Sonication mostly is used to break down
chromatin, DNA or chop down plasma membrane to release cytoplasma membrane
protein....If I am wrong, please someone corrects me.. So I think in your
case, you probably don't need sonication at all.
Also, freez... 阅读全帖 |
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g*****i
发帖数: 2537 | 39 Expert Opin Ther Pat. 2010 Feb;20(2):193-212.
Pim kinase inhibitors: a survey of the patent literature.
Morwick T.
Boehringer Ingelheim Pharmaceuticals, Department of Medicinal Chemistry, Inc
., 900 Ridgebury Rd. Ridgefield, CT 06801-0368, USA. t******[email protected]
-ingelheim.com |
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d***y
发帖数: 195 | 40 也许非常简单，
可以用这个phospho的kinase的inhibitor处理细胞，然后看定位，
尽管这个未必特异且未必很简单，但最直观，
如果处理后是C，敢说100个review里有90个不会说任何废话的，
其余的10个可能建议你做个RNAi之类的，如此而已。 |
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i***e
发帖数: 1481 | 41 Expert Opin Ther Targets. 2010 Oct;14(10):1073-90.
Taking aim at Mer and Axl receptor tyrosine kinases as novel therapeutic
targets in solid tumors.
Linger RM, Keating AK, Earp HS, Graham DK.
please email pdf to i*******[email protected]
thanks a lot. |
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b*******s
发帖数: 954 | 42 你可以看看Dupre写的东东。
"It is not possible to reduce biological explanations to explanations in
chemistry and/or physics."
他举过一个很容易懂的例子。
比如说，我有两条腿，请问我怎么从一楼到八楼？ 如果我坐电梯，那么，我从一楼到
八楼的能力并不
来自于我的两条腿；而是来自于我的环境，有电梯可以坐。
同样的道理，一个蛋白质，究竟有什么作用，不仅仅依赖于它本身的物理和化学性质。
还要依赖于这
个蛋白质所处的环境。比方说GAPDH, 一个很普通的house keeping 酶，可以做"acyl
phosphatase", "an esterase","a protein kinase", "a Uracil-DNA
glycosylase", 很多很多的用处，根据它所处的环境。
Reductionism从某种程度上可以解释很多问题，但不是万能的。我不认为system
biology是忽
悠。。。
样。 |
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b****n
发帖数: 311 | 44 呵呵，看看薛红卫，去掉了20几篇plant cell以下的。
1: Wu GZ, Xue HW. Arabidopsis β-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase i
is
crucial for fatty acid synthesis and plays a role in chloroplast division
and
embryo development. Plant Cell. 2010 Nov;22(11):3726-44. Epub 2010 Nov 16.
PubMed
PMID: 21081696; PubMed Central PMCID: PMC3015132.
2: Dai C, Xue HW. Rice early flowering1, a CKI, phosphorylates DELLA protein
SLR1
to negatively regulate gibberellin signalling. EMBO J. 2010 Jun 2;29(11):
1916-27.
Epub 2010 Apr 16... 阅读全帖 |
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a****d
发帖数: 1919 | 45 the best protein-tyrosine kinase inhibitor so far being developed to treat
CML and GIST |
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W****C
发帖数: 1937 | 46 真核的蛋白在原核里表达没活性很常见吧， 多数跟蛋白修饰， 折叠， 辅助因子。
。。有关 |
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f*****e
发帖数: 223 | 47 哈医大专家周春水发现乳腺癌新型抑癌基因
http://www.hljnews.cn 2011-03-23 来源：黑龙江新闻网-黑龙江日报
黑龙江新闻网讯 在本月世界顶尖级生物医学杂志《CELL》上，哈佛医学院与哈医
大专家关于PTPN12蛋白为新型抑癌基因的最新研究成果引起国际肿瘤界的普遍关注。
PTPN12是哈佛医学院发现的一个阳性蛋白分子。为了证明该蛋白分子与癌细胞的作
用关系，专家们用小核苷干扰技术抑制PTPN12表达，结果发现PTPN12表达水平降低会引
起正常细胞恶性生长，反之其过量表达可对恶性细胞的生长有一定的抑制作用。哈医大
医学遗传学教授周春水通过实验发现在PTPN12表达受到抑制时，乳腺癌的促癌基因EGFR
受体家族的络氨酸磷酸化有显著增强，而EGFR受体家族正是经过一系列络氨酸磷酸化而
被激活，产生促细胞癌变效应，从而周春水教授成功地确定了PTPN12是一种新型抑癌基
因。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=zhou%20chunshui%20and%2
Results: 3
1.Activation o... 阅读全帖 |
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c******r
发帖数: 3778 | 48 具体的实验背景不是很了解，所以瞎说几句，错了概不负责哦
你说的第一种情况确实比较简单。只要array就可以了。当然也取决于你的A基因是什么
。如果是个transcription factor，可以做oligo array。如果是个kinase也可以做
phosphoprotein array。这完全取决于你的具体情况。数据分析也比较简单，因为因已
经知道了，所有发生的都是果，只需要知道这个果的cascade就可以了。
你说的第二种情况就比较复杂点，但是也不是不可解决的。我不太理解你没有
manipulation那么哪里来的phenotype，不过假定你完全不知道这个manipulation，那
么当你做array或者其他screen的时候，你发现的改变可能是这个phenotype的因，也可
能是这个phenotype的果。但无论如何，通过screen你可以把这个可能基因的list缩小
到几十甚至十几个。这个时候可以再在这个list里面二次screen。这时候由于比较有限
的范围，就可以直接siRNA或者overexpression啥的，看你发现的情况来决定了。
如果你说具体点儿，班上热... 阅读全帖 |
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n****n
发帖数: 434 | 49 There are a couple of things you may need to know (assuming the gene is
indeed the correct TS gene):
1. A TS gene may not inhibit cell growth when overexpressed. This is because
the TS gene product may need to be activated. If your cells are not
challenged with the right condition, they may not respond to the TS. If the
TS gene product is analogous to some kinases, phosphatases, receptors, you
may be able to construct a constitutively active mutant and then use this
instead. If you suspect your... 阅读全帖 |
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m***n
发帖数: 337 | 50 Hu Q, Klippel A, Muslin AJ, Fantl WJ, & Williams LT (1995) Ras-dependent
induction of cellular responses by constitutively active
phosphatidylinositol-3 kinase. Science 268(5207):100-102.
if you have access to it, could you please send it to: m******[email protected]
thank you so much. |
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