k******2
发帖数: 81 | 1 Leuk Lymphoma. 2011 Feb;52 Suppl 1:54-9. Epub 2011 Jan 21.
Inhibition of autophagy: a new strategy to enhance sensitivity of chronic
myeloid leukemia stem cells to tyrosine kinase inhibitors.
Send the copy to k********[email protected]
Thanks. |
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q*****n
发帖数: 331 | 2 For mouse experiment, you are going to need large quantity of antibodies or
small kinase inhibitors. It is unrealistic to buy them from bio-reagent
company.
what your boss can do is to set up collaborations with big people working in
the IGF field who has the antibody or inhibitor, or collaborate with
pharmaceutical company. For example:
OSI: OSI-906
BMS: BMS-754807
You can search pubmed to find references for these two drugs and author
information.
Good luck! |
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C*********m
发帖数: 213 | 3 LATS就是个kinase，对这个领域不熟，你倒是来说说咋有意思？
物. |
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s******y
发帖数: 28562 | 4 crizotinib 是ALK (anaplastic lymphoma kinase) inhibitor
ALK 在4%的肺癌患者中出现突变呈现constitutive activation |
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b*****u
发帖数: 75 | 5 (3p is the guy who has worked a lot on PTEN in cancer)
The Shang Nature paper kind of propose 1, PAX2 is a transcription target of
ER, 2. PAX2 is positively correlated with tumor growth.
However, the 2008 Nature paper says that PAX2 is a co-repressor of HER2 gene
transcription, which is tyrosine receptor kinase implicated in malignancy
transformation. I am not sure about HER2 amplification or any functional
roles in endometrical cancer. But still the two papers' conclusions seems
very different. |
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m******m
发帖数: 535 | 6 刚刚接触细胞生物学，没做过knockdown，这里问两个关于mammalian细胞knockdown的
初级问题，请大家不要笑话。
1） 准备在raw cell line 中 knockdown一个kinase，初步看看对下游cytokine的表达
有没有影响，看文献有人用Dharmacon的siRNA pool转化，有人用lentivirus shRNA，
请问哪种方法更简单？
2） 如果直接转化siRNA，等3－4天以后，细胞都分裂了好几代了，是不是每隔细胞内
的siRNA的量减少很多，这样是不是knockdown的效果就不好了？
3） 为什么siRNA可以直接转化knockdown基因表达，但是好像很少人直接转化shRNA去
knockdown的？为什么shRNA都要科隆在plasmid载体或者virus载体内呢？直接转化难道
不能被dicer酶加工变成siRNA吗？（因为从文献上查到了一个shRNA的序列，如果能直
接合成然后象siRNA那样转化，岂不是能剩了买siRNA的钱，又剩去了科隆shRNA到载体
的时间）。
比较初级的问题，请别笑话！
谢谢！ |
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y*******a
发帖数: 303 | 7 我构建了一个kinase promoter 的plasmid DNA，backbone 是PSB系统， 我的质粒浓度
是0.1ug/ul， 每次转化加1ug左右到50ul的农杆菌里。电击转化已经做了十几遍了，很
难得到菌落，偶尔能找到几个，划线后再挑单菌落做colony PCR还是不对。不知道是什
么原因？ |
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s********n
发帖数: 2939 | 8 呵呵，我就知道会有人问这个，所以我才说大部分。你说的这个(kinase？)恕我才疏学
浅不了解。 |
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f****s
发帖数: 133 | 9
悲剧的就是大体结构和实验基本一样：某kinase+转录因子调控某基因，chemical
inducers+overexpression, chemical blockers+RNAi+Dominant Negative,人家还多用
了一个knock out小鼠 |
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s****e
发帖数: 165 | 10 表达的时候就是用invitrogen的HTA vector，没有co－express phosphatase。一开始
还担心做错了，蛋白有auto-phosphoration，结果没有。是不是我纯化蛋白的时候用的
buffer 盐浓度比较高，去磷酸化？ |
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d*****r
发帖数: 2583 | 11 http://www.hhmi.org/news/popups/isrf_pop.html
2011 International Student Research Fellows
Institution Student Advisor Discipline
Boston University Wei Guo
China Barbara Shinn-Cunningham Systems and computational
neuroscience
Brandeis University Marcus Long
United Kingdom Lizbeth Hedstrom Protein degradation using chemical
biology
California Institute of Technology Andreas Hoenselaar
Germany Thanos Siapas Spatial mapping in the hippocampus using
virtual
reality... 阅读全帖 |
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S****r
发帖数: 982 | 12 比饶戏子牛多了，p38 MAP kinase的发现者。 |
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a********k
发帖数: 2273 | 13 有一个80后。。。纯靠PhD的文章拿千青的
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
人是真的牛。。。不愧是唯一一个八零后啊
1.
Coronin 1B antagonizes cortactin and remodels Arp2/3-containing actin
branches in lamellipodia.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE.
Cell. 2008 Sep 5;134(5):828-42.
2.
Peering deeply inside the branch.
Cai L, Bear JE.
J Cell Biol. 2008 Mar 10;180(5):853-5. Epub 2008 Mar 3. Review.
3.
F-actin binding is essential for coronin 1B function in vivo.
Cai L, Makhov A... 阅读全帖 |
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g*****h
发帖数: 32 | 14 评审是3月份,之后出来的当时肯定不能算.还有个要求就是中国人在国内发的文章,美国
人在美国发的文章是不算数的.
下面是rao lab 05年开始的文章,
1. Liu W, Liang X, Gong J, Yang Z, Zhang YH, Zhang JX and Rao Y. Social
regulation of aggression by pheromonal activation of Or65a olfactory neurons
in Drosophila. Nature Neuroscience, doi:10.1038/nn.2836, 2011 Jun. 19
这个文章是6月份出来的,当时用不上
2. Liu Y, Jiang Y, Si Y, Kim J-Y, Chen Z-F, and Rao Y (2011). Molecular
regulation of sexual preference revealed by genetic studies of 5-HT in the
brain of male mice. Nature 472:95... 阅读全帖 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 15 I see，这样我看你只能做做mutation，然后用crude extract看看GC和kinase活性分别
有没有影响了吧 否则怎么知道是影响了GC还是Both? |
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r******y
发帖数: 21907 | 16 恩，还得做kinase活性分析 麻烦哪，我们文章要不出去就被别人挤了，急。多谢各位。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 17 存在extracelluar kinase的，而且有些ECM里的蛋白也是必须要磷酸化的啊 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 18 我们就是把负责做那个修饰的酶给KO了，然后pathway A 和 B 同时出问题了。
然后我们把修饰好的蛋白扔进去，发现该蛋白和pathway B colocalizes, 而且recue
了pathway B，但是对pathway A就没有这个效果。
其实这个东西对pathway A到底有没有作用我们不太关心（阴性结果不说明就没有关系
）因为针对于那个蛋白和pathway A的文章超过一千篇，所以是一个没有什么意思的方
向，所以我们那个文章里面没有对pathway A下任何结论。
不过对于pathway B的结论应该是没有问题的吧？因为能够很明确的rescue, 而且很明
确的colocalizes.
批注：全部症结在此，这个叫Involved，确实没有mechanistic，
所谓mechanistic，就是A蛋白作用B蛋白，B蛋白作用C蛋白，C蛋白是公认的教科书功能
，无需多说。这就是我们这个时代的研究路数。
比如说，C是myosin，解释了宏观肌肉收缩，B是myosin kinase，A是某蛋白，能在某个
场景（Ca influx etc etc）on/off B，这个就可以了... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 19 你说得很有道理。我们那片文章确实没有所谓的mechanistic insight,
这个我们也知道。只不过一开始我们以为我们做的东西非常新，而且在组织里面
找到了直接证据，所以以为很重要。相比之下，那个发了上千篇文章，以及超过50篇
CNS的pathway A, 其实就是在培养的细胞里面最明显而已，在组织里很难找到支持证据
，以至已经有人开始质疑那个pathway A在动物体内到底有没有用。
所以我们觉得我们找到的那个蛋白对pathway B的关系可能才是真正在体内有作用的关
系。在此前提之下，我们天真的认为，那些什么mechanistic insight 是follow-up 的
文章做得。
不过，真的要找mechanistic insight 其实也不是不可以，就是看要花多少时间的问题
了。
所谓mechanistic，就是A蛋白作用B蛋白，B蛋白作用C蛋白，C蛋白是公认的教科书功能
，无需多说。这就是我们这个时代的研究路数。
比如说，C是myosin，解释了宏观肌肉收缩，B是myosin kinase，A是某蛋白，能在某个
场景（Ca influx etc etc）on/off... 阅读全帖 |
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m****g
发帖数: 530 | 21 大哥／姐，
谢谢， 可否提供一个reference? 我试了一下， 找不到， 很弱。 ：（ 多谢！ |
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X******n
发帖数: 914 | 22 CAK1
CDC15
CDC28
CDC5
CDC7
HRR25
IPL1
KIN28
MPS1
PKC1
RAD53
RIO1
RIO2
SGV1
SLN1 |
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m****g
发帖数: 530 | 24 写grant, 需要一个 reference. 希望再某写文章上出现这样的字眼。 我本来想，肯
定某些review 会提到这个问题， 但是竟然没有查到， 是自己查文献的水平问题，还
是真没有， 需要想这个领域的专家们请教一下。 |
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m****g
发帖数: 530 | 25 谢谢XBaldwin, 您不会也是一个一个的查出来的吧， 那太辛苦您了， 鞠躬 |
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m****g
发帖数: 530 | 26 Tor2 is not essential ? |
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X******n
发帖数: 914 | 27 Definately, somehow I didn't list here. |
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w******a
发帖数: 1527 | 29 promega has some, I guess |
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l********g
发帖数: 19 | 30 How about the works in the basic science in this area, like Owen Witte and
David Baltimore on the Ableson kinase, or Tony Hunter and Tony Pawson in
tyrosine phosphorylation in general, etc? If we are talking about a
discovery.
need |
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c********b
发帖数: 363 | 31 不用担心包涵体,你试试我的protocol (已经发给你了).我的蛋白以前95%都在包涵体
里面,自己摸了这个土方子,那个蛋白可以以native的状态提出来,试了EMSA,没问题.后
来我提别的蛋白都用的这个方法,提出来试过in vitro transcription, kinase assay,
都没有问题.
Good luck. |
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c********b
发帖数: 363 | 32 做EMSA时Kd差不多。有个朋友拿去做kinase substrate,效果不错。别的就没经验了。 |
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s***a
发帖数: 671 | 33 还有个蛋白叫yotiao.
The A-kinase anchoring protein Yotiao binds and regulates adenylyl cyclase
in brain.
上次有人来我们这做报告，底下的中国人都笑翻了。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 34 Janus kinase呢
KiSS-1呢
不要老跟在洋大人屁股后面
it |
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s*******s
发帖数: 623 | 35 Genet Mol Res. 2011 Sep 30;10(3):2257.
RETRACTION of "Genetic and biochemical analyses of sensor kinase A in
Bacillus subtilis sporulation" by J.C. Nguele, P. Eswaramoorthy, M.
Bhattacharya, E. Ngou-Milama and M. Fujita. Genet. Mol. Res. 9 (1): 573-590
(2010).
[No authors listed]
Abstract
This paper has been retracted (without the consent of the submitting author,
Jean- Calvin Nguele) because of serious fraud and plagiary issues. The
submission letter, sent by Jean-Calvin Nguele, included forged... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 181 | 36 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-3040.2011.024
Plant electrophysiology: pentachlorophenol induces fast action potentials in
soybean
doi:10.1016/S0168-9452(99)00271-X
Central functions of bicarbonate in S-type anion channel activation and OST1
protein kinase in CO2 signal transduction in guard cell.
The EMBO Journal 30, 1645 - 1658 (18 March 2011) | doi:10.1038/emboj.2011.68
EMAIL:C****[email protected] |
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w*******d
发帖数: 396 | 37 They are different proteins.
To my best knowledge, p21(CDKN1A)-activated kinase 7 only show up in some
databases, not in literature. |
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o**d
发帖数: 3080 | 38 Using anti-p-substitute antibody or kinase assay should be much better. |
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m*******3
发帖数: 25 | 39
I don't quite understand, could you please explain this in more detail?
what is anti-p-substitute antibody? I am doing in vitro kinase assay. |
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w******n
发帖数: 371 | 40 标 题: 第一批CLS博士后基金入选者名单公示（清华博士后水准高）
发信站: 水木社区 (Sun Nov 27 11:44:48 2011), 站内
八位申请人拟入选CLS清华博士后基金，现将名单公示如下：
特等博士后基金：
1.龚蓉：2011年7月，在中国医学科学院北京协和医学院获得理学博士学位
2005年7月， 在武汉大学获得理学学士学位
代表性一作论文：
1.Rong Gong*, Ji Hu* Cheng Ding* et al. (2011). Role for the membrane
receptor guanylyl cyclase-C in attention deficiency and hyperactive behavior
. Science 333:1642-1646. (*equal authorship.)
2、梅子青：2009年12月，在清华大学获得理学博士学位
2002年7月， 在吉林大学获得理学硕士学位
1999年7月， 在吉林大学获得理学学士学位
... 阅读全帖 |
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J********n
发帖数: 534 | 41 Original article:
Synthetic Lethal Interaction between Oncogenic KRAS Dependency and STK33
Suppression in Human Cancer Cells
115 citation in Scopus.
Refuting article from Amgen:
STK33 Kinase Activity Is Nonessential in KRAS-Dependent Cancer Cells |
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t****g
发帖数: 120 | 42 谢谢回复。 这个蛋白是一种tyrosine kinase. 做IF的话我必须要用overexpress的蛋
白，因为细胞本身这种蛋白量很少。 （如果overexpress能进nucleus就能相信原来的
这种蛋白一定能进nucleus吗？）
nuclear internal control用的是lamin A/C。 |
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V***b
发帖数: 3419 | 43 The reason that rapamycin inhibits mTorc2 is that long-term treatment with
rapamycin, overnight for example (concentration doesn't matter), inhibits
mTorc2 complex assembly, but rather inhibits its kinase activity directly. |
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m**e
发帖数: 857 | 44 can you believe of it? Just 3 amino acid.
Regulatory evolution through divergence of a phosphoswitch in the
transcription factor CEBPB
Lynch VJ, May G, Wagner GP.
Nature. 2011 Nov 13;480(7377):383-6. doi: 10.1038/nature10595.
Abstract
There is an emerging consensus that gene regulation evolves through changes
in cis-regulatory elements and transcription factors. Although it is clear
how nucleotide substitutions in cis-regulatory elements affect gene
expression, it is not clear how amino-acid sub... 阅读全帖 |
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n***3
发帖数: 663 | 45 Blood. 2011 Jan 20;117(3):960-70. Epub 2010 Nov 1.
Tumor suppressor death-associated protein kinase is required for full IL-1β
production.
Please send the paper to e*********[email protected]
Thanks! |
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b******y
发帖数: 627 | 46 "现在只能做出高表达的外源IP" suggesting C and D interacts. If your pull-down
is in stringent conditions, that data is important.
Why does C have to interact with D? For example, if C is a kinase and D is
phosphorylated by C, their interaction should be transient and barely
detectable. |
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l*****1
发帖数: 8 | 47 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=20551945
Nature Reviews Clinical Oncology 7, 401-414 (July 2010) | doi:10.1038/
nrclinonc.2010.64
Targeted therapy in non-small-cell lung cancer—is it becoming a reality?
Filip Janku, David J. Stewart & Razelle Kurzrock
Abstract
Treatment outcomes in advanced or metastatic non-small-cell lung cancer (
NSCLC) remain unsatisfactory, with low long-term survival rates. Palliative
chemotherapy offers a median survival not exceeding 1 year. To date, various
comb... 阅读全帖 |
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v****e
发帖数: 131 | 48 Postdoctoral Fellow Position
A postdoctoral fellow position is immediately available to study the
interplay between ERK3, an atypical MAP kinase, and steroid receptor co-
activators in cancer progression and metastasis. More information about our
laboratory can be found at the website: http://www.bcm.edu/mcb/index.cfm?pmid=21152.
The ideal candidate should possess a Ph.D. or M.D. degree, be self-motivated
, and have strong academic training in molecular and cellular biology.
Please send Curricul... 阅读全帖 |
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H*Q
发帖数: 725 | 49 2 baozi
Need only the supplemental data please
Cancer Cell. 2011 Jun 14;19(6):715-27. doi: 10.1016/j.ccr.2011.04.016.
Receptor tyrosine kinases and TLR/IL1Rs unexpectedly activate myeloid cell
PI3kγ, a single convergent point promoting tumor inflammation and
progression.
Schmid MC, Avraamides CJ, Dippold HC, Franco I, Foubert P, Ellies LG,
Acevedo LM, Manglicmot JR, Song X, Wrasidlo W, Blair SL, Ginsberg MH,
Cheresh DA, Hirsch E, Field SJ, Varner JA.
email
h********[email protected] |
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n***3
发帖数: 663 | 50 1. Immunity. 2011 Dec 23;35(6):897-907.
Cellular inhibitors of apoptosis proteins cIAP1 and cIAP2 are required for
efficient caspase-1 activation by the inflammasome.
Labbé K, McIntire CR, Doiron K, Leblanc PM, Saleh M.
2. Immunity. 2012 Feb 24;36(2):215-27.
Inhibitor of Apoptosis Proteins Limit RIP3 Kinase-Dependent Interleukin-1
Activation.
Vince JE, Wong WW, Gentle I, Lawlor KE, Allam R, O'Reilly L, Mason K, Gross
O, Ma S, Guarda G, Anderton H, Castillo R, Häcker G, Silke J, Tschopp J.
3... 阅读全帖 |
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