N****n
发帖数: 294 | 1 首先机器小多了。咖啡机那么大。好像是有四层.Pacbio的得一个屋子装。 |
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A*****n
发帖数: 243 | 2 现在的感觉是Illumina一家独大，PacBio和Ion Torrent只能占点小市场，Nanopore拿
出来的甚至不是独立的数据。GenapSys甚至连数据都没有。
华大并购CG之后不知道会推出什么新东西？如果还是用原来的产品和HiSeq X Ten怕是
很难竞争吧？ |
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A*****n
发帖数: 243 | 3 现在的感觉是Illumina一家独大，PacBio和Ion Torrent只能占点小市场，Nanopore拿
出来的甚至不是独立的数据。GenapSys甚至连数据都没有。
华大并购CG之后不知道会推出什么新东西？如果还是用原来的产品和HiSeq X Ten怕是
很难竞争吧？ |
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C***H
发帖数: 508 | 5 1/3的错误率是最开始的时候了吧，现在好象小于15%乐
对了，pacbio一个run多少钱？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 6 你自己看最近的publication。pacbio的东西多年没关注了，这个nano pore应该是他们
最直接的竞争者。
http://biorxiv.org/content/early/2015/01/06/013490
We describe software developed to make use of these data as existing
packages were incapable of assembling long reads at such high error rate (~
35% error).
Some runs have produced upwards of 490 Mb of sequencing data per flow cell
over a 48 hour period. All together, we generated a total of 120x coverage
of the genome with an average read length of 5473bp but with a long tail
extendin... 阅读全帖 |
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i*******i
发帖数: 145 | 7 Future: Oxford Nanopore
Science: PacBio
Diagnosis: Illumina |
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s****l
发帖数: 10462 | 8 PacBio 在 Science/Research 能dominate? 除了长，在HLA/de novo测序上有些优势，
其他都不成气候，而且单独一个它自己的平台绝对不行
Oxford Nanopore好久都没有消息了。最后的消息是数据准确度不太行。你说future是
它家的，听上去你有些一手经验？ |
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i*******i
发帖数: 145 | 10 assembly是sequencing中最难的问题（且不说重要性，这个见仁见智）。如果能解决
assembly，那么就可以解决任何问题。
我说的science的意思是，不计成本的情况下找到最准确的结果。有足够coverage的条
件下，pacbio完美解决一切sequencing的问题。准确度的问题可以通过多次测序取
consensus解决，理论上达到0 error rate。
对于oxford，我说了这个engineering的问题。这个问题迟早会解决。但是等一段时间
是肯定的（个人目测至少1年以上）。 |
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s****l
发帖数: 10462 | 11 Science也不是用钱就可以堆起来的
Pacbio如果Roche这一次没能扶持起来的话，估计就要挂了。这两年就见分晓。
Oxford不知道有什么进展。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 12 这个现在看来很有可能。ilmn的技术最成熟，市场做得也最好，而且它也在发展自己的
nanopore。除了ont以外，还有多家在用nanopore发展的。pacbio因为成本问题机器很
难用于一线临床，只能在研究领域拼一拼。现在据说也在发展便携式的，具体到什么地
步了还不知道。solid已经停止发展了，所以基本上已经退出这块市场了，ion虽然
homopolymer的问题不大可能从现有技术上得到根本上的改善，但随着chemistry和更有
针对性的algorithm，现在的准确度还算不错。它的优势一是sample需要很低的起始量
，二是cancer hotspot panel等其它及个panel的效果在临床实验的观察来看feedback
比较positive，所以在临床论断市场还有些竞争力。如果它能彻底把tedious的epcr给
弃掉，会更有竞争力的。roche刚买了另一个以nanopore为技术的公司genia http://www.geniachip.com/，所以后面如何还不太清楚。genia的技术是在solid state上面不象目前的ont是engineering pro... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 13 这个DNA上的6mA可以用PacBio的single molecular sequencing技术来检测，但是一般
是细菌里常见，mammlian tissue发文章这帮人都有很强的哺乳动物系统背景（es cell
at least），估计已经mammlian tissue已经看过一遍了，要么是真没有，要么就都是
继续憋大文章。个人估计前一种可能更大-_-||| |
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h***l
发帖数: 168 | 14 pacbio if you have the resource. |
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k***a
发帖数: 636 | 15 最近illumina股票跌的很惨，不太清楚背后原因。 pacbio 和nanopore好像都没什么动
静。
想了解一下最近这几家测序公司的发展动向，不知道有前辈有什么消息没？ |
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k*****o
发帖数: 148 | 16 pacbio推出了一个新型号。单个run通量提高7倍，价格降低到1/3. |
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M*P
发帖数: 6456 | 17 大盘不好。借机卸货而已
[在 keyia (keyia) 的大作中提到：]
：最近illumina股票跌的很惨，不太清楚背后原因。 pacbio 和nanopore好像都没什么
动静。
：
：........... |
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s******s
发帖数: 13035 | 18 pacbio的能提高70倍还行。这玩意儿就是自己哪些微生物一类的市场抓紧了，主流人类
测序最多辅助一下 |
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w*********3
发帖数: 217 | 19 对基因顺序高度重复的片段来说，PACBio应该比Illumina更有价值吧。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.4 |
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h*****b
发帖数: 492 | 20 1. 老太婆打压BioPharm，biotech大盘在跌
2. illumina 提前disclore第三季度财报，小于预期，并且对第四季度持保守态度。
3. PacBio提前推出新产品。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 22 nanopore和pacbio的特点是long reads
在splicing，genome sv， de novo assembly等领域还是很有用的 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 24 我也觉得NGS/TGS会更持久一些。虽然不会是像当时期望的那样，成本会立刻降到很低
。而且由于对genome的理解还远远不够，很多信息不会立刻产生价值。但是长远来看，
还是有前途的。
是的，从进化的角度看，很多selection都不是发生在coding region，很多“宝藏”还
埋在non-coding region里边没被发现。2007,2008年左右，Hopi Hoekstra、Jerry
Coyne和Sean Carroll掀起很大的一场争论，说进化中最重要的是coding sequences的
变化，抨击了Evo-Devo领域有关cis-regulatory element的观点。接着Greg Wray，
David Stern等人开始反驳，包括接下来的好多文章，甚至Hopi自己的实验，都发现，
在很多情况下，non-coding region的变化都能引起性状的改变，在进化中也起很重要
的作用。现在这场争论早就过去了，但是关于non-coding region，cis-regulatory领
域的进化相关的研究还是远远没有transcriptome的研究多。仔细挖掘一下肯... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 25 我也觉得NGS/TGS会更持久一些。虽然不会是像当时期望的那样，成本会立刻降到很低
。而且由于对genome的理解还远远不够，很多信息不会立刻产生价值。但是长远来看，
还是有前途的。
是的，从进化的角度看，很多selection都不是发生在coding region，很多“宝藏”还
埋在non-coding region里边没被发现。2007,2008年左右，Hopi Hoekstra、Jerry
Coyne和Sean Carroll掀起很大的一场争论，说进化中最重要的是coding sequences的
变化，抨击了Evo-Devo领域有关cis-regulatory element的观点。接着Greg Wray，
David Stern等人开始反驳，包括接下来的好多文章，甚至Hopi自己的实验，都发现，
在很多情况下，non-coding region的变化都能引起性状的改变，在进化中也起很重要
的作用。现在这场争论早就过去了，但是关于non-coding region，cis-regulatory领
域的进化相关的研究还是远远没有transcriptome的研究多。仔细挖掘一下肯... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 27 不好意思，才看到你的这个帖子。
各种渠道吧：
1. 老板的合作者
2. 自己的合作者
3. 华大和Novogene是因为有业务往来，一直在保持着联系，也帮他们介绍过客户
4. PacBio是以后会有业务往来，认识了两位朋友
5. Summer course，workshop，访问交流机会建立的connection
6. 一些专业的微信群、QQ群，真正的做科研的人参与的那种
7. 同学朋友
8. mitbbs biology。。。
9. 学术会议
很多时候互相帮忙往来多了，connection就多了。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 28 PacBio也没有Intern。他们也招new Graduates，网页上有信息。目前没有内推机会。
。。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 29 你朋友的公司生意怎么样？一下子开这么多，说明还是有市场吧。不知道这么多测序公
司利润怎么样？有没有做生物的朋友们趁着这个机会发一笔的？应该比bench work看起
来更好一些吧。
你觉得如果PacBio成本降下来之后，对Illumina的市场会不会有危险？如果真降下来了
我是很看好的他家技术的。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 30 我有三个朋友开测序公司，两个生物的一个计算的
肯定比benchwork好了 做生意 还在自己当老板
根本没有可比性
不过过两年可能会死一批
我不擅长预测，所以想法没你那么多
你这个如果是个很大的假设，我不知道有多大可能
前几年pacbio都要死了
还是靠hybrid 策略活过来的
illumina也不是傻子，应该也有自己的技术储备
或者收购
当年它也是靠收购solexa切入测序界的 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 31 如果可以的话，能稍微介绍一下工作和项目的一些信息吗？专门找de novo assembly的
职位还是不多见。
主要用到已有的de novo assembly的pipeline（Trinity，SOAP，oases等）来组装数据
，还是要自己开发？要求会C++，python编程看样子是要开发软件吗？
序列来自人、动物、植物还是微生物？Genome还是transcriptome？测序的技术是
Illumina、PacBio还是其它技术？主要是做基础研究还是有具体应用？我对这几个问题
挺感兴趣主要是想了解一下这个领域趋势。我觉得很多应用已经不能局限在仅使用
reference上，会丢掉不少参考序列里没有的但是可能有价值的信息。de novo
assembly对硬件、运算时间、算法等都要求很高，但是结果会很有价值。
谢谢！ |
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f*****8
发帖数: 143 | 32 hg19还是有很多gap的。另外，其实不同的人种都需要自己的reference。
现在的reference genome还是sanger测序搞的（花了好多钱~3B）， 如果能用illumina
，pacbio/nanopore或者是其他新的测序技术搞出来个新的高质量的reference就nb了。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 34
_^
那第5个候选名单在哪里？我也觉得这个景天基因更有意思。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 36 谢谢！我刚去投了这个一票。我觉得这个提取重金属的植物的意义最大。无论是从生物
学的角度还是从实用的角度。 |
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B*********k
发帖数: 3110 | 41 投了萤火虫。虽然也觉得重金属那个意义最大，不过萤火虫的最有意思。希望两个都选上
wonder.
species
Interesting |
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c*********r
发帖数: 1312 | 42 不懂，帮顶！
顺便问几个naive的问题，不同个体之间的各种SVs大概有多少？这些SVs是不是对于以
后个性化治疗什么的极为重要？
现在哪种测序技术对于准确检测出这些SVs更有优势？Illumina？Ion Torrent? PacBio
? Complete Genomics？其它？数据分析看样子还是一个巨大的挑战？先做de novo
assembly然后和reference比较是否可行？ |
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r**********e
发帖数: 587 | 43 What's the average length of contig in Pacbio?
I remember like 10KB?
Maybe I'm too out-dated
If it's only 10KB....well think about human chromosome1, 100000kB level? |
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k*****2
发帖数: 135 | 44 生物PhD（遗传进化方向），双修统计硕士，会Python、Perl和R编程，今年12月份毕业
。Publication还可以。
想花半年时间找工作，如果找不到合适的工作再读博后。
不考虑申请难度的话，现在能想到的公司有genentech, Illumina, PacBio, ancestry.
com, 23&me, verily，还有默克、辉瑞等等。其他咨询公司也打算投一圈试试看。
打算从5月份起一个个投过去，如果大神有可能内推的话也请站内信联系我，感谢！
会持续更新这个贴，感谢大家的帮助和鼓励。
准备面试有什么建议和特别要注意的地方吗？第一次找工作经验不足。 |
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w********i
发帖数: 76 | 45 If you can join big company like Illumina and PacBio, you don't need to know
something like web application.
but if you want to join a small startup company, you need to know everything
because the whole company relies on you |
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h*****b
发帖数: 492 | 46 我们组想找个做 polymerase modeling的，postdoc经验有最好，但不required. 如果
感兴趣的话，可以把简历发到[email protected]/* */
Here is the job description
Scientist, Structural Biology
Location: Headquarters - Menlo Park, CA USA
Job Code: 1562
# of openings: 1
Description
Pacific Biosciences is seeking a highly motivated macromolecular modeler.
The candidate will work within an interdisciplinary team to model
macromolecular complexes, enzyme variants and their interactions with
nucleotide analogs. The candidate ... 阅读全帖 |
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z*******o
发帖数: 1794 | 47 Pacbio的股价也还是一坨屎啊
[在 MHP (马后炮) 的大作中提到：]
:测序估计要玩完 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 49 我觉得算一点，但不是最重要的。
核算可以amplify，但是如果蛋白可以给你足够量的样本，也不需要amplify。
我觉得MS还是有些问题不能很好的解决。比如DNA/RNA fragmentation可以通过机械作
用/离子等作用等来尽可能的“随机”打断DNA/RNA来保证coverage的均一性。但是MS就
必须用酶来在特定位点来消化。
而且现在很多DNA/RNA测序为了解决扩增带来的bias，好多测序方法都是amplification
-free的。
不过我又仔细想了一下你这个amplification还可以理解为测序过程中的互补配对边合
成边测序，这样的话这个amplification是决定性的，在illumina、PacBio等测序方法
中。
但是oxford nanopore, ion torrent在测序过程不需要利用这个互补配对合成的过程，
当然后者的library prep中可能还是要用到。所以oxford Nanopore是完全和
amplification无关的。
所以关键还是ATCG四种信号相对简单易测，加上各种修饰也还好。蛋白几十种氨基酸加
上各种修饰就太复杂了... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 50 个人和合作者用过BGI和Novogene的测序都不错。速度和测序质量都不错。Novogene现
在的仪器应该更好一些，他家的测序服务应该是规模最大的。
还用过一个小公司Ocean Ridge Biosciences，那一次的体验很差，yield波动很大，不
得不重测了一次。
Duke GCB core用的也比较多，之前的质量还不错，但是最近三个project中，两个都有
挺严重的primer/adapter污染，一个PacBio的project yield没达标，还在
troubleshooting。
这里可以看Duke的内部和外部价格比较，供参考。
https://dugsim.net/estimate_cost
BGI和Novogene我经常quote，比学校的要便宜。以前给这两家付款稍有点麻烦，不知道
现在有没有更方便一些。 |
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