z*t
发帖数: 863 | 1 这个不同的修饰蛮好玩的，pacbio当年对methylated A测得很好，但是对不同modified
的cytosine要靠DNA修饰处理才能很好的测定。nanopore测modified cytosine估计不会
比pacbio容易，如果用有一些修饰处理的手段应该会有不错的结果 |
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f******t
发帖数: 2699 | 2 杂交荧光测序？我还以为是按不同碱基通过nanopore产生不同电流信号。我没看过他家
的原理，道听途说而已。如果是杂交的话，就不能读Cm了吧？那PacBio也许还有发展前
途。
现在这个已经能应用了么？有人知道error rate是多少吗？PacBio的都超过10%了，基
本可以直接进垃圾桶，还要靠illumina来纠错。 |
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z*t
发帖数: 863 | 3 这个不同的修饰蛮好玩的，pacbio当年对methylated A测得很好，但是对不同modified
的cytosine要靠DNA修饰处理才能很好的测定。nanopore测modified cytosine估计不会
比pacbio容易，如果用有一些修饰处理的手段应该会有不错的结果 |
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h*********r
发帖数: 2844 | 4 向这里的生物大牛讨教一下：
股票班上有人看好pacbio， 有人bash。看了一圈，觉得PacBio 技术很多拿来做gene
full assembly， 很多和ilumina 测序hybrid。 这种科研除了发paper，养活postdoc
外，有多少实际用处？ 如果第一人做出来，还算有点创新，后人跟上，各种gene 都去
重做一遍，不是炒冷饭浪费钱吗？NIH一砍钱，不就砍这种项目吗？
当然要找科研意义，都说能挖出来的。funding 总是写的天花乱坠，我想问的是大方向
上的用途，尤其是能用于商业开发的价值。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 5 PacBio眼下基本上和Illumina没有太大竞争关系（买PacBio的人肯定还得买Illumina）
，本身的技术局限导致市场相对小众，未来被收购的可能性也许比较大吧（roche还有
兴趣吗？）。Ion Torrent对应的是MiSeq，本来还有一拼，但是MiSeqDx肯定让
LifeTech（现在的Thermo FS）很难受，而且技术本身的升级空间似乎有限（本版好像
有内部人士，能不能给说说？），在这点上illumina家就太发指了，这几年每次升级就
甩开竞争对手一个身位，活活把454和SOLiD逼到死。Nanopore不好评论，眼下看和
illumina的直接竞争也不大，但是市场潜力毋庸置疑，真要是成了，大概率是抢着被收
购的局面，呵呵。
最后说说CG，被华大收购之后据说全力做的一件事情就是平台的产品化，一方面是帮助
BGI本身摆脱对Illumina的完全依赖，另一方面,是着眼于通过技术转化给华大的全球合
作伙伴作为illumina系统的alternative来帮BGI打开局面，这么一来，理论上讲和
HiSeq就是直接竞争关系了，尽管实际对Illumina业务的威胁不大。CG的... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 6 PacBio眼下基本上和Illumina没有太大竞争关系（买PacBio的人肯定还得买Illumina）
，本身的技术局限导致市场相对小众，未来被收购的可能性也许比较大吧（roche还有
兴趣吗？）。Ion Torrent对应的是MiSeq，本来还有一拼，但是MiSeqDx肯定让
LifeTech（现在的Thermo FS）很难受，而且技术本身的升级空间似乎有限（本版好像
有内部人士，能不能给说说？），在这点上illumina家就太发指了，这几年每次升级就
甩开竞争对手一个身位，活活把454和SOLiD逼到死。Nanopore不好评论，眼下看和
illumina的直接竞争也不大，但是市场潜力毋庸置疑，真要是成了，大概率是抢着被收
购的局面，呵呵。
最后说说CG，被华大收购之后据说全力做的一件事情就是平台的产品化，一方面是帮助
BGI本身摆脱对Illumina的完全依赖，另一方面,是着眼于通过技术转化给华大的全球合
作伙伴作为illumina系统的alternative来帮BGI打开局面，这么一来，理论上讲和
HiSeq就是直接竞争关系了，尽管实际对Illumina业务的威胁不大。CG的... 阅读全帖 |
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m***T
发帖数: 11058 | 7 sequencing市场更热闹了。
http://www.genomeweb.com//node/1396761?utm_source=SilverpopMail
Roche Acquires Nanopore Sequencing Firm Genia Technologies for up to $350M
NEW YORK (GenomeWeb) – Roche said today that it will acquire Genia
Technologies for $125 million in cash and up to $225 million in additional
payments tied to milestones. Once the deal closes, Genia will be integrated
into the Roche Sequencing Unit.
Genia, based in Mountain View, Calif., has been developing a single-molecule
sequencing-by-sy... 阅读全帖 |
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c***y
发帖数: 615 | 8 我目前的数据，illumina 都是non-normalized, pacbio都是normalized
难道pacbio已经被认为不够deep??? |
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d*******e
发帖数: 1649 | 9 没有谁赢谁输的问题。几种技术会并存很长的时间。pacbio的想法很好，但是技术上迟
迟不能突破。illumina已经占领了大药厂和学术界，轻易不会被替代。我认为测序技术
需要有新的想法才会真正出现革命性的变革，在这之前基本是illumina的天下。留给
pacbio和nanopore的时间已经很短了。 |
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k***a
发帖数: 636 | 10 感觉pacbio还是有自己的niche的，有些应用illumina是0，pacbio至少有个1 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 11 我问了一个PacBio的朋友。在等回复。现在我也不知道有没有。也许网页上没有并不代
表实际上没有。我其实也没有经验。就是最近对PacBio感兴趣，建立了点connection。
如果有确定的消息我会再来这里说的。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 12 "希望能够超过现有的assemblers表现"，这个很期待，希望能早日用上你们的软件！
有几个问题想和你再交流交流，还请多多指教。
你们的目标是结合你们公司的测序技术，也就是说你们有自己的测序技术？你们在湾区
的话，你们公司是Illumina，PacBio还是life technologies/Thermo Fisher？那么这
个软件会是商业软件了吧，会不会开源？ ^_^
很好奇你们的软件会只针对一种测序方法还是几种测序方法都通用。各种测序技术产生
的reads都有特点，Illumina通量的大，但是短，而且有bias，组装之后gap很多；
PacBio长，bias小，但是错误率高（可以通过多测几遍来校正），成本高所以不普及（
我觉得以后成本下来了可以和Illumina抢市场）。不知道你们会主要针对哪一种测序技
术？
算法方面你们要开发新的算法？还是基于de Bruijn graphs的算法吗？
如果只针对人的genome的话，会开发或者兼容其他物种genome？不同物种的GC%、复杂
程度都不同，肯定不能用同一套参数来组装。像我们这种不以人为研究对象的，你们会
不会考虑一下照顾照顾... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 13 PacBio P6-C4 单个read读长可以达到50%大于20KB
组装的contig长度最长能达到多少我不知道，和测序深度有关。人的染色体50M到300M
大小。目前还没有见过de novo assembly可以组装成完整染色体的。
单看de novo assembly，PacBio完败Illumina。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 14 你说反了
我很喜欢pacbio
之前用pacbio做de novo
结果PERFECT
我从来没有预期能做出那么好的结果 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 15 80% AT rich的话，我觉得关键是看采用什么技术而不是什么公司。
80% AT rich我觉得用Illumina估计结果不太好，用PacBio应该会测序结果更可靠。但
我没有实际的经验，都是看文章的结果。搞测序的同行一起讨论一下这个话题？
做PacBio测序的公司和core facility有不少，如果你需要的话，根据你的测序量和时
间的要求，如果你需要，我可以给你推荐几家。
Thanks. |
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s**u
发帖数: 9035 | 16 Faculty position in human genomics at the Institute for Genome Sciences,
University of Maryland, Baltimore
The Institute for Genome Sciences is seeking a new faculty member at
the Assistant/Associate/ Professor level in the area of human genomics/
bioinformatics.
The Institute currently has 23 highly collaborative faculty working on
the human microbiome, human genome sequencing, genetic variation,
cancer genomics, host/pathogen interactions, and other areas of
interest related to modern genomics... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 17 发信人: shmu (shmu), 信区: Biology
标 题: Opening Faculty position in human genomics, UMB
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 17 08:04:37 2011, 美东)
Faculty position in human genomics at the Institute for Genome Sciences,
University of Maryland, Baltimore
The Institute for Genome Sciences is seeking a new faculty member at
the Assistant/Associate/ Professor level in the area of human genomics/
bioinformatics.
The Institute currently has 23 highly collaborative faculty working on
the human microbiome, human genome ... 阅读全帖 |
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s****l
发帖数: 10462 | 18 ILMN 没有第三代技术啊，那个Ox德他家只有很少的股份吧，而且还不知道能不能搞出
来，等出来的时候也许黄花菜都凉了，pacbio/life差不多都已经/将要推出机器了。 |
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w**d
发帖数: 956 | 19 PacBio in CA, the company has developed a new next-generation DNA sequencing
technology and the market for genome sequencing is growing fast. |
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v******a
发帖数: 159 | 20 一看就是什么都不懂。
Nanopore and pacbio ARE PURE JOKES!!!!! |
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h*********r
发帖数: 2844 | 21 太专业了！ 你能不能举个简单例子，比如某个基因需要大量的pacbio 技术，而不是那
种发paper，写funding 就完事的。我看到最多就是说测微生物。你说这里市场需要最
大是多少？
我同意从纯科学角度讲，pacb的应用很有价值。但是股价不在乎科学潜力，不然生物
phd就不会这么难混了。 |
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b*****y
发帖数: 229 | 22 如果没有长，after assemblage准确性要打大折的。现在有个趋势就是Pacbio加
Illumina。 |
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l*****u
发帖数: 12114 | 23 有情怪兽亲发炎～～～
）。
the
PacBio |
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h*********r
发帖数: 2844 | 24 是滴。懂行的人都知道这家公司最后是破产的命。个人感觉这一波是pacbio从IPO至今
中间的第二个历史高点。不过散户总是对这家公司充满信心，呵呵，像上次的罗氏闹剧。
butt feeling 明天会高开。 |
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b*****y
发帖数: 229 | 26 预计2014年revenue 增长55%。2013年预期增长13%，实际增长25%。看来不是CEO脑子笨
，把-55%算成了+55%，就是他们家的客户群笨。放着高大上的ilmn不用，非用Pacbio他
们的垃圾技术。 |
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a********f
发帖数: 444 | 27
他家的确错误率高，但是对于高通量合成来说错误率的影响并不大。nature methods上
有发表过算法用Pacbio测序仪可以达到99.99的正确率。read length是fundamental的
，不够就是不够，没法以read的数量弥补。 |
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w**k
发帖数: 6722 | 29 断章取义引用一下
"""
他们用的是ion torrent。总体而言和Illumina的优缺点都差不多。
现在技术最好的公司其实是Pacbio
"""
你根本就什么都不懂啊，就敢这样言之凿凿的长篇大论，原来
“”“
我很看好PACB，在7块的时候建仓，5块多的时候又加过仓
”“”
是买PACB之前还是买之后做的研究？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 31 大家不要被高科技忽悠。技术上fancy不等于东西做的好，更不等于赚钱。
这玩意儿拖了一年多终于出现了, PacBIO第一季度加剧亏损 |
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c**********6
发帖数: 1173 | 32 pacbio已经上市了。但是他们现在的error rate还是没有能够得到很好的解决
我个人感觉他们没有达到开始的预期 |
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f*******e
发帖数: 628 | 33 PacBio 的 error rate 比别的二代测序大么？为什么？ |
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C*******e
发帖数: 4348 | 34 上市了
隔壁就有一台PacBio的
不过一直不知道原来是这么fancy的东西
去年年底组装起来的 |
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m***T
发帖数: 11058 | 35 这是二代。第三代应该是single molecule sequencing (SMS),如PacBio和Nanopore等
吧 |
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m***T
发帖数: 11058 | 37 我知道二代和三代的区别。但在上面提到那篇文章里，题目是next generation，但其
将454,SOLiD,Solexa,Helicos甚至PacBio等都放在一起review。我认为single
molecule sequencing是二、三代的主要区别之一。所以文章虽然提的是NGS，但将所有
的挣钱的及还没挣的都归在一起了。 |
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a****o
发帖数: 1786 | 38 Helicossingle 是single molecule sequencing， 是NGS，还没挣钱
PacBio应该算三代， single enzyme, single molecule sequecing |
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p***a
发帖数: 6202 | 43 给版上来个ngs的讲座吧？我觉得这个方向看上去真是潜力无限啊。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 44 俺也是刚入门，哪里谈得上开讲座。真要是决定去任何一家再说吧 |
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y*******o
发帖数: 236 | 46 随便说点不对题的。我们这有solid的机器，哪个型号的不清楚，没接触过不过同事跟
我说过这机器和配的软件问题都很大，光跑个样本出来的数据大小跟说明书说的就差得
老远，邮件电话onsite engineer啥的现在都还没解决好。 |
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a****o
发帖数: 1786 | 47 这个还真不知道
只听说Illumina卖给BGI128台测序仪
据说令SOLiD的市场雪上加霜
error |
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c******d
发帖数: 306 | 48 lz是做bioinfo的吧？介绍点找工作的经验吧。现在行情怎么样？ |
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m***T
发帖数: 11058 | 49 总的来说行情不太好。不过如果有connection，要相对容易很多。另外，有工业界的经
验是非常重要的。 |
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c******d
发帖数: 306 | 50 intern算不算工业界的经验？fresh graduate 最多也只能有intern经验啦。 |
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