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全部话题 - 话题: replicated
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H*******i
发帖数: 196
1
来自主题: Biology版 - 进化论的两大致命伤!
100多年前认为有机物无法人工合成,50多年前还认为生命系统和物理/化学定律(热力
学第二定律)不兼容呢,直到化学振荡才找到了一个简单的耗散系統。而RNA world从
逻辑(至少从物理/化学原理)上来说不是不能接受的。你这么说有什么证据么,或者
你也属于100多年前/50多年前那群固步自封的人?
生命起源问题由于信息在这么多年生命演化中基本都丢干净了,暂时技术也不可能去设
计一套自复制体系。不过从已有体系看,RNA完成self-replication是最可能的(我们
先不讨论RNA来源)
DNA在给定双链情况下倒也可以self-replication,但目前没有啥东西显示可以自催化
形成短链

chemistry
p*****o
发帖数: 187
2
来自主题: Biology版 - 进化论的两大致命伤!
那种叫self assembly吧 没听说过他们领域的人管这个叫self replication的 过程中
只涉及W-C base pair而不涉及化学反应
我所理解的replicate是以单体比如dNTP为原料产生聚合长链的
l**********1
发帖数: 5204
3
来自主题: Biology版 - 酵母互补试验好做吗?
pRS416 excepts T7 also has Plac promoter.
pls refer
PMID 16820502
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16820502
>pRS416 is a centromeric (CEN) plasmid and therefore is maintained at 1 to 2
copies per cell, while pRS426 is a 2μm plasmid, maintained at about 25
copies per cell (36). Both plasmids have the ColE1-derived pBluescript high-
copy origin of replication, a lacZα-associated multicloning site, an
ampicillin resistance gene (bla) for gram-negative bacteria, and a URA3
marker for yeast. These... 阅读全帖
h*******o
发帖数: 4884
4
恩,2个原理一样, 区别在于ELISA 可以同时做多个technical replicates+
biological replicates, western 受胶限制,不能做那么多而已, 这个方面elisa
更精确一点
但是考虑到抗体的特异性,以及target protein可能的oligomerization,或者不同的
phosphorylation之类的情况,western 这个方面更好一点
C**S
发帖数: 522
5
还有这句:
Although there appears to be no lower limit on retroviral vector size, there
do appear to be upper limits. The genome of a typical replication-competent
murine retrovirus is about 8.3 kb, whereas that of RSV, which contains src
sequences in addition to the normal complement of viral genes, is about 9.3
kb. The maximum size for a replication-competent spleen necrosis virus
vector is similar, about 10 kb (Gelinas and Temin 1986). Although this
precludes vector transmission of large genes, mo... 阅读全帖
h*******o
发帖数: 4884
6
来自主题: Biology版 - 请问高手们一个统计学问题
我也遇到过这种情况
就是每次做A都比B大
但是不同天之间的绝对数值差距也大
我后来都是保证每天做的时候至少有3次replicates, 即使是techinical replicates
也行
这样每次做都A都有个平均值, 然后A,B所有的数值都normalize到A的平均值
然后不同天数做的所有的数值(每次都分别normalize到当次做的A的平均值上面),再
取平均值, 这样可以做出相对的bar graph还有stats
不过我个人觉得这个方法其实是有点问题的, 呵呵
l***s
发帖数: 841
7
来自主题: Biology版 - qPCR 计算问题
Technical replicates算SE没有什么意义。 一般来说 同一实验组内Ct variation不超
过0.2,SE几乎为0. 正确的做法是做三次独立的实验,这才是真正意义上的replicates。
g******r
发帖数: 139
8
来自主题: Biology版 - SYBR real-time PCR误差很大?
请大牛指教,是不是SYBR作real-time PCR比Taqman assay稳定性差很多?
最近有些实验,用SYBR的时候replicate well之间的variation很大,从0.5到2个cycle
不等, 导致error bar很大,很难看,即使用了four replicates也不是很理想。有时试
验组比对照组的值少了50%,也不知道是不是真的。Ct值越小的gene,误差就越小,超
过25cycles的gene就很容易出现跳跃。
上样时我极度小心,没有气泡。我看过我的plate,well之间的体积相差极小,不可能
超过5%的误差。adhesive cover密封的应该也没有问题。
应该也不是plate的问题,同一批次的plate用作taqman assay时就非常完美,error
bar 极小,所以操作上应该也不是问题。都用得是ABI7500 fast.
当然,我不是用taqman assay来重复SYBR的试验,不是完全一样的比较。只是有一种感
觉,SYBR的chemistry的稳定性不好,导致well之间跳跃性很大。而taqman assay 就没
有这个问题。
不知... 阅读全帖
g******r
发帖数: 139
9
来自主题: Biology版 - SYBR real-time PCR误差很大?
谢谢你的建议。我知道qPCR的efficiency, 但确实没有测过各个primer的efficiency到
底怎么样。但理论上effiency对Absolute Quantification影响很大,而对ddCT方法的
影响有限。而我就只用ddCT方法比较各个gene在不同条件下的表达,没有去比较基因间
的表达。至于ddCt的方法有人要argue有缺陷,不理想,那是另外的话题 (体外话,我
发现没有测primer效率的人不在少数,当然绝大部分人也是用ddCt)。
以一个简单的knockdown为例,设目标gene表达量为X0,在Ct时的PCR产物为Xt0,效率
为EX, reference gene的表达量为R0,在Ct时的PCR产物为Rt0,效率为ER;在
knockdown情况下目标gene表达量为X1,在Ct时的PCR产物为Xt1, reference gene的表
达量不变,仍然是R0,在Ct时的PCR产物为Rt1 (两次的Ct可能一样,也可能不一样)。
Xt0=X0 (1+EX)CtX0, Rt0= R0 (1+ER)CtR0 ;Xt1=X1 (1+EX)CtX1, Rt1... 阅读全帖
A*****e
发帖数: 29
10
来自主题: Biology版 - eLife将检验50篇高引用率文章
ELife 编辑Randy Schekman 在访谈中说:“We've been approached by an
organization called the Reproducibility Project, where a private foundation
has agreed to provide funds for experiments in the fifty most highly cited
papers in cancer biology to be reproduced, and the work will be contracted
out to laboratories for replication. And we've agreed to handle this and
eventually to publish the replication studies, so we'll see, you know, at
least with these fifty papers. How many of them really have reproduci... 阅读全帖
b*******1
发帖数: 16
11
岗位一:吴虹课题组博士后工作人员 (2名)
主要职责:
1)独立开展科研工作,动手进行体内外实验;
2)协助PI负责实验室研究课题的设计和开展;
3)参与科研基金撰写;
4)协助培养研究生。
招聘条件:
1)品学兼优,身体健康,年龄在40岁以下;
2)近年来在国内外获得分子生物学、细胞生物学、肿瘤遗传学、药理学等相关专业博
士学位;
3)至少具备一项以下领域内的工作经验和文献发表:
a. 独立运用细胞和动物模型进行肿瘤药物的机理研究
b. 在分子生物学和细胞生物学领域有深厚的知识背景;
c. 在蛋白质分析、核酸分析和细胞生长分析等相关技术方面有丰富的经验;
d. 对治疗癌症的药物疗效和安全性评价方面有强烈的兴趣和研究背景 ;
4)有较强的团队合作精神,沟通协调能力强,动手能力强,工作细心,积极主动,能
持之以恒;
聘用待遇:
本职位将为你提供在生物学领域极具竞争力和创造性的工作机会。博士后工作人员薪酬
标准按照北京大学生命科学院和北大-清华生命科学中心相应规定及个人工作经验及能
力确定。
联系方式:
有意者请将本人应聘材料电子文档发至以下联络方式(请在应聘材料及邮件主题上注明
:姓名 ... 阅读全帖
x********e
发帖数: 35261
12
来自主题: Biology版 - stem cell会衰老吗?
就是在replication fork上同时复制的两条链,有一条一直是leading strand, 另一条
一直是lagging strand。如果新旧链的区分是在复制时区别开的,unidirectional
replication是一种可能机制。我只是打酱油的 lol
i*********0
发帖数: 915
13
有不同的evidence说myc通过转录调控和DDR 的通路(by increasing replication
origin firing-replicative stress)来导致tumoric transformation。如果是通过
DDR的通路,那么myc high的tumor有没有一些共同的变化?从染色层面来看,有没有某
两个特定染色体的融合?或者特定染色体arm和fragement的transcloation等等?
有没有那位懂行的来详述一下?
谢谢!
w********y
发帖数: 288
14
来自主题: Biology版 - RNA-seq求助!
如果不能上5个lane,肯定得用plan 2;plan 1相当于人为引入了系统误差,虽然小但
是没法知道具体有多少,用plan 2可以估算这个差异。
不过,为啥不能跟你老板商量商量再多加一个lane,也就一千多块,相对于整个项目的
投资其实多不了多少。
或者第一轮只上4个replicate,每组各留一个replicate候补,出来以后如果哪个
library质量不过关,可以替换下来——当然这样最后的效果也是5个lane的钱。
D*a
发帖数: 6830
15
自己恬不知耻重新粘贴复制一遍吧,哈哈
酵母有两种寿命,replicative lifespan 和 chronological lifespan,不能分裂了表
示replicative lifespan 终止,但是酵母在不能分裂了之后还能活一段时间,有点类
似人的衰老和生殖。
对单个细胞来说端粒很重要,但是很多生物,老年体的细胞提取出来还能分裂十几次还
是几十次,说明细胞分裂能力并不是最终诱因,包括干细胞的保持,不光跟本身分裂能
力有关,跟其所处的niche也有很大关系。
包括c elegans里面如果过表达telomere-binding protein HRP-1可以延长端粒和寿命
,但是因为线虫体细胞不再分裂,所以端粒酶很可能确实是对衰老有影响,但是应该是
通过其他途径(比如oxidative stress神马的,paper没有细看)而不是通过维持细胞
的正常分裂能力来影响衰老。如果承认衰老是进化上普遍存在的现象,c elegans这个
例子就很有说服力。
老鼠里面有两篇关于telomerase改善老鼠衰老的症状等等的文章一篇在cancer
resistant的模型里面(否则te... 阅读全帖
h*********9
发帖数: 35
16
来自主题: Biology版 - 问一个数据分析的问题
统计问题去统计版问哈,这边的建议都够呛。
你这个问题,把 technical replicates 做平均,当作一个数好了。再用
biological replicates  算  mean and standard deviation.
g*********3
发帖数: 177
17
有点不同意见,说出来大家讨论下。
1. 如果是error bar太大了,是不是要考虑实验重做。我个人觉得replicates内部Ct在
0.3左右都可以接受,有些人要求严格的在0.1左右,否则就重做了。
2. 现在大家paper里好像也不强调biological replicate了。至少我觉得实验重复几次
才算是可靠的。
3. 如果不是实验系统本身的复杂性,控制好了以下几个因素,CHIP-QPCR的结果应该是
很可靠的:
crosslinking, sonication, Ab/Beads, reverse-crosslinking.
我一般处理CHIP-SEQ/QPCR都有大概10个sample,每个sample的Input(包括Mock 和 IP
的), Mock IP.etc,这些sample的Ct应该要接近甚至一样才算可靠,所以你应该有个标
准,自己的实验是不是很可靠了(这个实验其实用Input做啥normalize的都没有必要了
)。
至于那些error bar太大了,primer是不是可靠的,sample(尤其是input)有没有做过
dilution的standard ... 阅读全帖
n********e
发帖数: 72
18
简单地讲,我有一实验涉及到一组对照(ctrl),一组处理(treatment)。每
组设置三个生物学重复(biological replicates)。每个生物学重复在样品制
备完成后,进行三次实验(technical replicates),获取三个数据点。
有以下两种分析方法:
1)
取每个生物学重复的三次技术重复的平均值,记为一个数据点,这样就有
三个对照组数据,三个处理组数据。对这两组数据进行两个样本的两尾t检
验(two tail student's t-test),得:
Ctrl 三个数据平均值(Mean) 30.4, 标准差(Sd) 5.1,
Treatment 三个数据平均值 22.9, 标准差 3.3
t 值 2.1 查表在 95% 水平上差异不显著 (p>0.05).
2)
保留每个技术重复的数据点,这样每个组就有九个数据点(3生物重复 X 3
技术重复),然后再对这两组数据做统计分析:
Ctrl 三个数据平均值(Mean) 30.4, 标准差(Sd) 4.5,
Treatment 三个数据平均值 22.9, 标准差 2.8
t 值 4.2 查表在 95% 水平上差... 阅读全帖
l***y
发帖数: 4671
19
做假设检验的第一步就是:你的假设是什么?
两种replicates (统计上的术语是 replicates 和 repeats)的假设是不同的,不能
放在一起做 t-test。正确的做法是用 anova,两个null hyp,一个是不同条件下没有
区别(服从同样分布),另一个是实验手段稳健(也就是技术重复服从同样分布)。
h********n
发帖数: 4079
20
technical replicates is not important in your case. 就好比说你的三个
biological replicates里面的每个样品里测某个蛋白的量, 不需要跑三次western.
r**********e
发帖数: 587
21
来自主题: Biology版 - DNA damage/repair实验请教
很感激。
的确我不知道locus of interest到底是什么damage,我totally外行
我是ChIP data发现这个repeats:
有H3K56ac的enrichment,同时也是BrdU enrichment的地方
BrdU意味着active DNA replication?而H3k56ac也是replication和damage response
相关
所以读了一堆文献,感觉经常看到的就是MMS可以induce DSB所以就先用MMS来下手(说
错了请指正)。敢问内行们,如果你们看到BrdU和H3K56ac这样的marker,会接着怎么
做呢
thx

repair
c****1
发帖数: 1095
22
来自主题: Biology版 - paired vs unpaired t-test
同一批次的细胞,如果初始条件是一样的(同时plate,密度相同),那么我们会认为
不同的dish是完全identical的,所以用paired是合理的。不同批次的细胞,差异可能
来源于不同的代数,不同的密度,不同的接种时间,如果是原代细胞,那不同的批次差
异就更大了。
你说的这种做法,同一批次内,做多个dish,这个其实只是technical replicate,而
不是biological replicate。最后处理数据的时候,你只能用这个同一批次的5个值的
平均值作为N=1. 你如果把同一批次的5个值当做N=5的话,就相当于给同一个病人抽5次
血,然后把每一管的血当做N=1。这样做显然是不合理的。
另外,paired t-test并不是总是会给我们更小的p值。下面这个就是我的真实数据。用
paired t-test的p值更大,且没有差异。unpaired t-test,p值有显著性差异。
Control: 8.665625036 6.64921541 7.455167092
Treated: 5.261234168 4.625046477 6.120220... 阅读全帖
c*********r
发帖数: 1312
23
来自主题: Biology版 - 转行 bioinformatics
你开始也是做microarray方向吗?NGS发展起来后,之前的经验对于转变方向会有些帮
助吗?
关于新软件的文章,我也有点类似的感觉。Manual、UserGuide里没仔细介绍,很多功
能还得再上网搜好久。你有什么好的经验更快的上手?
不过我觉得最常用的核心软件比如EdgeR/DESeq2什么的,投入点时间掌握各种隐藏
trick还是很值得的,在很多projects里都能用,性价比还是很高的。
关于很多PI跟不上NGS的步伐,我深有同感。我09年做第一批Illumina数据时,我老板
还是反对的。去年另外一个PI做NGS,做了三个technical replicates却没有
biological replicates。。。分析他们的数据头都大了。。。
像你说的浪费数据情况也很多。所以我在想,自己技术学到之后,哪怕仔细分析一下发
表了的质量好的二手数据,估计也能发掘出不少新东西。
我觉得bioinformatics还是很重要的,也许等这一批真正接触过bioinformatics的人做
了PI之后,情况会有所好转。
c*********r
发帖数: 1312
24
来自主题: Biology版 - 转行 bioinformatics
你开始也是做microarray方向吗?NGS发展起来后,之前的经验对于转变方向会有些帮
助吗?
关于新软件的文章,我也有点类似的感觉。Manual、UserGuide里没仔细介绍,很多功
能还得再上网搜好久。你有什么好的经验更快的上手?
不过我觉得最常用的核心软件比如EdgeR/DESeq2什么的,投入点时间掌握各种隐藏
trick还是很值得的,在很多projects里都能用,性价比还是很高的。
关于很多PI跟不上NGS的步伐,我深有同感。我09年做第一批Illumina数据时,我老板
还是反对的。去年另外一个PI做NGS,做了三个technical replicates却没有
biological replicates。。。分析他们的数据头都大了。。。
像你说的浪费数据情况也很多。所以我在想,自己技术学到之后,哪怕仔细分析一下发
表了的质量好的二手数据,估计也能发掘出不少新东西。
我觉得bioinformatics还是很重要的,也许等这一批真正接触过bioinformatics的人做
了PI之后,情况会有所好转。
h****n
发帖数: 2552
25
来自主题: Biology版 - 问个细胞实验重复的问题
你这个算technical replicate吧,最好有biological replicate
f******k
发帖数: 856
26
来自主题: Biology版 - GSEA questions
我只是根据我自己摸索的经验来说,我发现GSEA网站给的解释让人看得都晕晕的。
1. 我主要分析自己的RNAseq数据,我最多有三个样品,control,样品1,样品2,所以
我一般都选择log2 ratio的metrics.
另外,你的replicates要merge(比如做average)以后再做input,GSEA不接受
replicates作为input,这一点在Q&A部分都有明确解释。
2. 我也有同样的疑问,我自己用filtered list作为input,但是由于filtered list基
因数目要远小于整个transcriptome的基因数目,所以就要调整minimum size, 用默认
15的时候经常是出错,我都要改到10甚至5,才能出结果。
我觉得整个transcriptome也可以作为input,因为GSEA会做样品间的互相比较和统计学
分析,filtered list反而降低了GSEA进行gene set组合的可能性。但是transciptome
里是明显的垃圾信息或者false positive的基因,我想还是先过滤掉会更好,GSEA结果
会更干净。
不过我... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
27
【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
编者注
1. “火锅哥” 重复NgAgo基因编辑实验,已经忙了近4个月了, 还未公布任何实验信息
2. 但是“火锅哥”最近没有专心总结发表NgAgo重复实验结果,却有时间来关心“小苏
打"与“颜宁”,敦促“火锅哥”如果真的完成了NgAgo重复验证实验,就专心总结实验
结果,尽快发表
Link
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32046397.html
3. 另外,“火锅哥” 看来和韩春雨老师经常沟通,也经常和NgAgo NBT 文章的其他作
者们沟通吧。
请转告他们:
【韩春雨事件】“科学层面”的问题,中国和世界科研人员们已经用科学的方法得出结
论:
- 中国和世界各地科研人员们无人可以重复验证NBT论文中NgAgo的基因编辑功能
而鉴于韩春雨及河北科大在韩春雨NBT论文的重复实验上,至今没有任何行动的迹象
敦请以下人员
- 参与了原始NBT文章的人员
- 声明可以在重复验证实验中, 观察到NgAgo基因编辑功能的人员
能够及时公布NgAgo基因编辑实验的细节
这样做以后,你们也会像其他的中国和世界科... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
28
特别记录
信息来源:
- Nature News
- 2016.11.23
Title:
NgAgo gene-editing controversy escalates in peer-reviewed papers
Subtitle:
One paper describes surprising results in zebrafish embryos, another lists
failed replication efforts.
By: David Cyranoski
link:
http://www.nature.com/news/ngago-gene-editing-controversy-escalates-in-peer-reviewed-papers-1.21023
Key points
- 作者采访了最新两篇NgAgo peer reviewed article的相关人员 (包括Dr Wensheng
Wei 和 Dr Zhang Xiaoxue), 回访了韩春雨以及第一篇Nature editorial里采访过的
一些实名及匿名科研人员, 也回访了方舟子
- ... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
29
特别记录
信息来源:
- Nature News
- 2016.11.23
Title:
NgAgo gene-editing controversy escalates in peer-reviewed papers
Subtitle:
One paper describes surprising results in zebrafish embryos, another lists
failed replication efforts.
By: David Cyranoski
link:
http://www.nature.com/news/ngago-gene-editing-controversy-escalates-in-peer-reviewed-papers-1.21023
Key points
- 作者采访了最新两篇NgAgo peer reviewed article的相关人员 (包括Dr Wensheng
Wei 和 Dr Zhang Xiaoxue), 回访了韩春雨以及第一篇Nature editorial里采访过的
一些实名及匿名科研人员, 也回访了方舟子
- ... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
30
来自主题: Biology版 - 火锅哥请注意了(转)
截止到2016年8月24日
【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
收集到3则“重复实验证实韩春雨组NgAgo基因编辑功能”的信息,
实例详细信息请参见:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
其中:
- 1则出自“火锅哥”
o 发布人“做的中间发现了一个问题,才发现韩点播的很有道理”,实验“调整了
步骤,这在韩的paper里没有提”, 实验结果“关键是测序也和韩的报道能温和”
o 发布人许诺2016年7月22日前发布重复结果到BioRxiv
o 截止到2016年8月24日,仍无发布消息
原文链接
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
鉴于"科学的事情要由科学来解决”
http://mt.sohu.com/20160801/n462050233.shtml
以及有可能在Nature杂志上发表关于Replication实验数据的文章,
http://www.nature.com/news/go-forth-and-replicate-... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
31
编者补充说明 2016年9月7日
【韩春雨事件】“科学层面”的问题遇到了以下瓶颈:
1. 世界各地科研人员们几乎无人可以重复验证NBT论文中NgAgo的基因编辑功能
2. 韩春雨及河北科大在韩春雨NBT论文的重复实验上,至今没有任何行动的迹象
如果以下人员
- 参与了原始NBT文章的人员
- 声明可以在重复验证实验中, 观察到NgAgo基因编辑功能的人员
能够及时公布NgAgo基因编辑实验的细节
这将对解决【韩春雨事件】“科学层面”的问题有很大帮助
注:相关人员
1. 韩春雨NBT文章的co-authors:
- 河北科大: Feng Gao, Feng Jiang, Yongqiang Wu
- 浙江大学:Xiao Z Shen (沈啸 老师?)
2. Nature 2016年8月8日第一篇editorial中提到的“三位匿名中国科研人员”
3. 中国科学院神经科学研究所 仇子龙 老师
注:相关信息
1. 韩春雨NBT论文
Title: DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi
Argonaute
... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
32
编者补充说明 2016年9月9日
【韩春雨事件】“科学层面”的问题遇到了以下瓶颈:
1. 世界各地科研人员们用了各种基因编辑检测方法,在以下model systems中
- mammalian cells
- yeast
- fruit fly
- worm (C. elegans)
- mouse zygote
.........
没有人可以重复验证NBT论文中NgAgo的基因编辑功能
2. 韩春雨及河北科大在韩春雨NBT论文的重复实验上,至今没有任何行动的迹象
而在2016年9月7日,Nature杂志发布了新的Guidance for Authors
Data availability statements and data citations policy: guidance for authors
link:
http://www.nature.com/authors/policies/data/data-availability-statements-data-citations.pdf
为了科学研究的Integrity,如果以下人员
- 参与了原始NBT文章的人员
- 声明... 阅读全帖
g*********s
发帖数: 350
33
太无耻了,人家一篇质疑文,到韩骗子嘴里说出来就是给他背书的了。
Replications, ridicule and a recluse: the controversy over NgAgo gene-
editing intensifies
As failures to replicate results using the CRISPR alternative stack up, a
quiet scientist stands by his claims.
David Cyranoski
I****p
发帖数: 101
34
Shocked that you forgot a nature report that only 11% of milestone cancer
papers (most of them in CNS, people would agree) could be replicated by the
company scientists. They signed a contract of not releasing which labs as
they labs provided cell lines and even antibodies for the replication
studies.
Elife is also assessing how many Big papers can be repeated.
No offense, just a reminder.

发帖数: 1
35
Retraction
Retraction Notice to: Betatrophin: A Hormone that Controls Pancreatic β
Cell Proliferation
Peng Yi, Ji-Sun Park, Douglas A. Melton
(Cell 153, 747–758; May 9, 2013)
In this article, we claimed that Angptl-8, which we termed betatrophin and
is also referred to in the literature as TD26, RIFL, C19orf80, and Lipasin,
was the agent by which the insulin antagonist S961 induces robust β cell
replication in mice. Gusarova et al., in a Matters Arising article,
subsequently showed that targeted... 阅读全帖

发帖数: 1
36
来自主题: Biology版 - 韩春雨论文正式撤稿
We are retracting our study because of the continued inability of the
research community to replicate the key results in Figure 4, using the
protocols provided in our paper. In this figure we report that the
Natronobacterium gregoryi Argonaute can efficiently create double-strand
breaks and edit the genome of human cells using 5ʹ phosphorylated
single-stranded DNA as a guide. Despite the efforts of many laboratories (
Protein Cell 7, 913–915, 2016; Nat. Biotechnol. 35, 17–18, 2017; Cell Res... 阅读全帖

发帖数: 1
37
来自主题: Biology版 - 韩春雨终于撤稿了
《自然-生物技术》社论与韩春雨及同事的撤稿声明
原文以Time for the data to speak为标题
发布在2017年8月2日的《自然-生物技术》社论上
标题:是该数据说话的时候了
doi:10.1038/nbt.3938
一项宣称通过Argonaute酶实现基因编辑的研究被撤回,这显示了论文发表后的同行评
议在全天候媒体时代的重要性。
本期,韩春雨及同事撤回了发表于去年5月的一篇论文。该论文称,短5′磷酸化单链
DNA可引导格氏嗜盐碱杆菌核酸内切酶(NgAgo)产生双链断裂,实现对人类基因组的编
辑。论文一发表,便引起科研人员的极大兴趣和媒体的竞相报道。但是很快,在推特、
博客和其它社交媒体的助燃之下,有关该研究可重复性的质疑开始迅速增多。去年11月
,本刊发表了“编辑部关注”(Editorial Expression of Concern),提醒科研界留
意这些可重复性方面的担忧。为了最终解决这个争议,多个研究小组在数月里生成了更
多的实验数据。如今尘埃落定,这也是世界各地的许多实验室为澄清NgAgo的功能而付
出的大量时间、精力和资金的证明。
韩春雨的这篇论文自去年发... 阅读全帖
z****e
发帖数: 438
38
写的不错,整个思路和我打算写的东西基本一致。个人感觉某些措辞稍微有点尖刻。
hellacool确实指出了新凯恩斯主义中的一些局限性。虽然他的结论有些欠妥,但说他
“取宠”有点重了。
关于BC的COST,我想说两句。BC的COST和模型的SETUP有很大关系,如使用不同UTILITY
FUNCTION,引入失业,引入不同SHOCK等。CLASSICAL RBC中COST低并不能说明整个
LITERATURE在研究蝇头小利的东西。比如在新凯恩斯模型的BENCHMARK MODEL中通货膨
胀的成本也是很低。这个显然和以前的经验相违背。我同意宏观经济学家的知识很有限
,现在的研究对解决真正的经济问题还相差很远。货币经济学内部中也有很多争论(比
如CHARI,KEHOE,MCGRATTAN的AEJ:MACRO的文章)。但在大的研究方法上正趋向统一。
首先我们需要一个模型能正确REPLICATE某些经济中的数据,至少是和我们感兴趣的政
策相关数据。比如研究外汇政策的模型要能REPLICATE汇率变动。然后我们才能应用这
些模型进行政策评估。现在我们仅仅停留在第一阶段,甚至是第一阶段的开端。无法作
a*****g
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39
幼教数学 What is Early Math and Why Should We Care?
[Posted by Ben Braun]
By Jennifer S. McCray, Assistant Research Scientist and Director of the
Early Math Collaborative at Erikson Institute [SEE http://www.erikson.edu/early-math-collaborative/ -- See this site]
Effective early childhood math teaching is much more challenging than most
people anticipate. Because the math is foundational, many people assume it
takes little understanding to teach it, and unfortunately this is distinctly
not the case... 阅读全帖
h**********l
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40
【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: hellocornell (Hello Cornell), 信区: JobHunting
标 题: Re: 如果拿了full time的offer又不毕业的话
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Sep 13 15:15:13 2013, 美东)
真的拿到offer了,oracle有4个组给了offer,我最喜欢的是做zfs/data replication
的,apple的recruiter在和director面完的第二天发邮件问我觉得oppurtunity (ios
flash storage software engineer)怎么样,说下周告诉我following steps。。。
问题是,值得放弃已经读了3年的phd(可能还得读3年。。。做architecture support
for OS)去oracle的data replication的组吗?如果不想去,怎么跟公司说呢。。。我
跟人家说我12月份拿master毕业。。。。会不会留下不诚实的记录,以后想去人家都不
要我了。。。
fail
researc... 阅读全帖
B*********h
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41
来自主题: Quant版 - [合集] 一道面世题
☆─────────────────────────────────────☆
pinkard (pinkard) 于 (Mon Jan 8 10:39:17 2007) 提到:
how to replicate a digital option by plain vanila calls and puts ?
谁还有类似这种replicate a exoctic option by portfolio of call and put的题?
这种知识哪里有啊?
☆─────────────────────────────────────☆
bigearmouse ((o)) 于 (Mon Jan 8 15:52:45 2007) 提到:
One guess:
Using two european call options with same maturity, strike price K, and K+
det_K.
Long 1/delt_K number of C(K,T) and short the same number of C(K+delt_K,T
R***m
发帖数: 24
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来自主题: Quant版 - Question about delta hedging
I'm aware that I can delta hedge a European stock put option by shorting
delta units of the underlying stock and longing some bonds such that ideally
the replicating portfolio (short position in stock and long position in
bonds) always equals the value of the option however the stock price moves.
The bond position in the replicating portfolio hence is put-delta * stock. (
delta is negative)
However if I short stock index futures instead of the stock what's the
position of bond that should be hel
b******w
发帖数: 52
43
来自主题: Quant版 - 关于BS Model的解法
I think one of BS's contributions is to construct a replicating portofio to
replicating the option. A bold argument is that the instanenous rate to
apply for that portfolio is r, as a by-product, this means the drfit term
for the stock GBM dynamics is r, not \mu. Thus, you can safely assume that
in the risk neutral world,
ds/s = r dt + \sigma dw. When you reach this stage, you can delightly apply
Feynman-Kay formula to conclude that BS's PDE. But BS are the first few to
realize that.
When BS der
n**x
发帖数: 6
44
1. for the first question, I think fleurgarcon's answer is absolutely right.
2. for the second, I also think the price should be S0-K. We can proceed by
replicating the payoff of the barrier using vanilla calls and puts. If the
stock price is always higher than the barrier B (or K because B=K) during
the lifetime of the option, then it is a vanilla call struck at K. But if
the stock price once touches the barrier, the option should become zero in
value. Thus in our replicating portfolio we can j
p*****w
发帖数: 82
45
你的hedging采用的是replication 策略。而且你用bond,说明你假设这个option的增
长是和bond一样的。但是vol是mean reversion, 说明它的增长不是fisk free rate。
那你怎么能用bond来replicate呢?
w**********y
发帖数: 1691
46
Zhucai mm今天说的那个经典问题,说现在的股价是S=$80, 有个barrier是K=$100,
第一问: B>S. 一个option, paysoff $1 when the stock hits B. 问价格是多少。
第二问,如果是B 看完了资料,总结.欢迎讨论交流
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
大部分人同意的做法:
现在买1/100只股票,stoppingtime的时候,payoff一样.所以定价应该是80*1/100=$0.8.
咋看起来没问题.
那问个问题哈,如果我今天replication的portfolio是1/50股票-$1呢,payoff还是一样.
那这个portfolio的定价是0.6.当然你还可以制造出无数个不同的replication的
portfolio.也就是market不是non-arbitrage的,除非..除非你多给点条件..
加一个条件:
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
看heard
x********o
发帖数: 519
47
来自主题: Quant版 - JP 2nd round 电面
most fundamental assumptions are no arbitrage and replication.
the existence of risk neutral measure does not imply no arbitrage.
uniqueness is also very important.
if you have more than one BM, risk neutral measure exists, but not unique.
in this case, the market is not complete. which further implies replication
if not perfect. so arbitrage many
exist.

output
i**w
发帖数: 71
48
来自主题: Quant版 - Mark Joshi红皮书的一道题
//had to rush out shopping, not a well organized post. apology.
Let me be a little bit naggy and take a detour: What would you pay today
for a payoff at time T: f(T) = S?
This is easy: it is just a plain forward contract, the prepaid forward
price is S_0, thus I pay S_0 today.
- forward on stocks paying dividends and no randomness:
S(T) = S_0*e^(alpha*T)
By the no arbitrage principle, S_0 is what you pay.
What if the dividend rate is lower, so S(T) ends up lower. Would anyone
quote you a lower p... 阅读全帖
c**********e
发帖数: 2007
49
来自主题: Quant版 - Cost of protect a call
You replicate a call option not by delta hedging but by buying one share if
the stock price rises above the strike and by selling this share if the
stock price falls below the strike. Assuming no transaction costs, what are
the expected costs of this kind of replication strategy?
w******n
发帖数: 645
50
来自主题: Quant版 - 一道面试题 求解
You are totally wrong! Long put + short call simply replicates a short
position of a forward contract! Not up-out put! Recall put-call parity.
Think about the case s>k at maturity, up-out put worth 0 since knocked out.
However, your call option in your portfolio is still alive and you need to
pay, so your portfolio has negative value. So the portfolio doesn't
replicate the up-out put.
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