s********d
发帖数: 103 | 1 看看国内的宣传吧：
、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、
特大号外：美国公司宣布人类已经攻克癌症
合成的双链RNA进入肝细胞后，人体内的RNAi机制便会摧毁合成的RNA和任何与之匹配的
、与肿瘤生长相关的信使RNA，阻止蛋白质的继续产生，从而使肿瘤停止生长....
据美国媒体报道，美国阿尔尼拉姆生物技术公司日前宣布他们找到了一种能够治愈所有
癌症的新型药物，首批接受临床试验的19名晚期肝癌患者病情都有较大好转。不仅如此
，该公司称，假以时日，这种药物甚至有可能治愈一切疾病。
首批患者反应良好
今年4月，19名接受化疗但没有好转的肝癌病人开始服用这种名为ALN-VSP的新型药
物。服用第一剂后的数周内，药物就已经很明显地开始阻止肿瘤产生自身生长需要的蛋
白质。
到今年6月，阿尔尼拉姆公司称，通过“唤醒”人体自身的一种很少使用的免疫防御
系统，ALN-VSP成功切断肝癌患者体内肿瘤62%的血流量。在治疗肝癌时，传统药物一般
使用消除致病蛋白质的方法，而ALN-V... 阅读全帖 |
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h**********t
发帖数: 545 | 2 有一個規律就是一件事情一旦吹捧的越厲害，到時候完蛋起來泡沫也越大。
RNAi殺蟲現在弄的很紅火，開一個學術會議RNAi滿天飛。好像大有無RNAi不開會的趨勢
。連我現在的碩士老闆，一個英國人，搞了十多年群體遺傳學的英國人，也湊熱鬧開始
搞RNAi課題。
但是越是搞得人越多，就越值得可疑。儘管學術會議搞的熱熱鬧鬧，各大公司也投錢開
發，但是現在，commercialized的RNAi作物，屈指可數，好像我知道的就是玉米一種的
一個基因！想當年Bt，轉基因技術出來以後沒幾年，就搞出了Bt棉花。而現在RNAi商業
化的速度，遠不如當年。
我不知道是人們變得謹慎，還是這個事情裡面有問題。
對於昆蟲，任何一種殺蟲劑，都會讓昆蟲產生抗藥性。但是目前沒有RNAi的抗性昆蟲出
現，至少我連續參加了好幾屆學術會議，大家還是眾口一詞說沒有報道，本身也有可疑。
我覺得RNAi轉基因可能是有人在操縱 |
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G**L
发帖数: 413 | 3 不知道发在这里是不是会当作广告删掉，但是我还真不知道该发在哪里。如果版主们觉
得不合适，就删掉吧。
我收到一个RNAi公司的联系，推销他们的产品，并且询问是否有人愿意做他们在美国的
销售代理。本人既没有RNAi的经验，现在认识的人中也没有作RNAi的。所以就把消息发
到这里，希望有兴趣的朋友能够觉得有用。下边是联系我的人发给我的信息：
I'm the Business Development Manager from GenePharma, a well formed bio-tech
company in Shanghai. Our company is specializing in offering RNAi related p
roducts and services. The company performed very well in the past few years
and occupied around 60% market of its kind in China. We are trying to open-
up the oversea market of ... 阅读全帖 |
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h**********t
发帖数: 545 | 4 科普，什麼是RNAi轉基因：
版上很多人對RNAi沈默應該是了如指掌，就不多解釋了。如果我們針對昆蟲某些關鍵基
因設計RNAi，並且讓昆蟲攝取這些RNAi，那RNAi就可以拿來當殺蟲劑使。然後我們想的
更遠，設計一種植物，高等動物沒有，但死昆蟲有的RNAi，連接上載體並在植物細胞內
部表達，然後昆蟲去取食植物細胞，昆蟲就都死掉了。本質上這是一種轉基因，只不過
轉的不是bt毒蛋白，而是一種dsRNA罷了 |
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c**A
发帖数: 1474 | 5 赫赫，RNAi高潮已过，但感兴趣的朋友还是不少。
我自己对RNAi也是一知半解。就当是抛砖引玉吧。
赫赫。。
reveiw papers will be good start for the field.
其实一共也没那么几篇。如果能踏踏实实的拿出一个星期
左右的时间，把所有IF>10 journal上的RNAi相关review
都读一遍是最好。乐观估计，小于100篇的样子。
如果时间比较紧。可以从中挑一些比较精华的。下面是我的
selection, 欢迎砖头。赫赫。。
1. Nature每年有一个mit的 philp sharp所写的系列,
很适合不熟悉这个领域的人。 In their reference part,
all landmark papers are high-lighted, really nice for
ppl want to know history of RNAi.
2. gregory Hannon的review. 此人乃大大拿，first group
cloned Dicer. 领域覆盖siRNA and miRNA。 review写的很
清楚。 不过 |
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h**********t
发帖数: 545 | 6 其實我也干RNAi就三個月，而且還是做的是siRNA...那玩意可控性高多了
理論上說RNAi是比毒蛋白要難控制，實際上現在從植物細胞出來的products是hairpin
結構的單鏈，在昆蟲細胞內被transmittor送進細胞後被昆蟲dicer掉頭發揮作用。
人的針對性RNAi應該更加容易控制，現在人Genome都有了，只要避開某些區域就行了。
其實人能不能吸收RNAi，能不能處理Hairpin結構的RNA，我還不知道，因為不是搞藥的
genome |
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f*******u
发帖数: 3102 | 7 抗体是做完RNAi之后才有的，都是用RNAi晒出表型之后才继续做这个东西，后来才有抗
体了，但是也没有再回头验证RNAi的protein level。
现在要补的话就要回头再把RNAi实验做一遍了，也不是不可能，就是说先不补的话怎么
说比较好 |
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a***e
发帖数: 26 | 8 植物，线虫，果蝇中比较常见。目前在老鼠中也发现了RNAi。
一般认为RNAi是用来抵抗病毒感染或在post transcription水平上调控基因表达。
很可能RNAi是一种非常保守的生物现象。 |
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l***d
发帖数: 1828 | 9 转自丁香园
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=7195189&sty=1&tpg=1&age=0
RNAi－－从理论到实践，再到诺贝尔医学和生理学奖
RNAi早期研究
RNAi（RNA interference）是一古老的机制，最初来源于1990年Napoli在牵牛花Napoli
et al. Plant Cell, 1990和Cogoni在脉孢菌Cogoni C and Macino G. Proc Natl
Acad Sci U S A. 1997中的发现，即转基因的共抑制现象。早期认为基因共抑制是基因
副突变的范畴，但是靶基因序列具有明显不同的特征，前者是遗传下来不表达的序列，
是在等位基因作用下基因发生的表遗传沉默；后者在引入抑制基因前却是可以表达的序
列。此外，基因共抑制是发生在转录水平还是转录后水平在一段时间内引起了争论：
van der krol认为共抑制是外源基因引入细胞后，目标基因过渡转录，从而产生负反馈
van der Krol AR, et al. Plant Cell. 1990.；Grierson认为共抑制是不 |
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s*******l
发帖数: 2445 | 10 一个朋友之前做的一个knockdown/knockout gene expression的technique申请了专利,
最近和他聊天谈起把它商业化的前途。
他的技术的背景是：RNAi Knockdown的efficiency有时候很低，他的technique可以和
RNAi一起用来更好的降低endogenous的蛋白表达水平。所以他想考虑做一个service或
者reagent的公司提供一些热门gene的combined knockdown,也可以根据客户要求来做
customized的服务。
现在在做一些初步的市场分析调查，因为自己不是之前不是做这些的，想请教一下有没
有好的关于RNAi Knockdown的efficiency的综述文献，或者目前普遍在用的siRNA的一
般的knockdown效率的数据。非常感谢！ |
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O******e
发帖数: 4845 | 12 我是一直不太明白为什么要去用RNAi治病，一是它特异性太差－－副作用太大；二是
knock down某个或某些基因能治病的理念早已过时；三是knock-down efficiency很难
持久；四是RNAi delivery是个大难题。
RNAi就是一研究工具，跟knock-out or transgene一样。拿去治病不是开玩笑么。 |
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w***a
发帖数: 4361 | 13 问题是做了这么多年，很多疾病相关的signaling pathway已经逐渐明了。target就在那
里，问题是不drugable。
RNAi的好处太多了，不是单个基因控制的diease，你就多弄几条siRNA target多个基因
，甚至整条pathway。这个用small molecular是不可想象的。要说off target effect，
small molecular就更没法控制了。至于RNAi的作用是short term而非long term，这点
跟small molecualr也一样，而且实际上你也不希望吃点药就permanently knock out你的
某个基因吧？
对于RNAi therapy，其实就是个delivery的问题。 |
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z****u
发帖数: 1007 | 14 多谢楼上分享。看来只是技术还不成熟，暂时不available.
我以前读一些paper,说RNAi knockdown 对老鼠的问题在于transgenic mice对于
heterozygou 非常耐受，就是说knockdown 50%都不会有明显phenotype. 而RNAi 在体
外也就70% 的knockdown, 所以构建transgenic line没啥phenotype,不知道是不是这个
原因以前一直没有line 出来。
我做transgenic RNAi老鼠主要目的是研究成体的KO phenotype.当然，reversible也是很重要的原因。 唯一办法就是构建XXX
-rtTA；teto-shRNA 来在成体knock down. |
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s********d
发帖数: 103 | 15 Alnylam and Ascletis collaborate to develop ALN-VSP for liver cancers in
China
US RNAi therapeutics specialties Alnylam Pharmaceuticals (Nasdaq: ALNY) and
Ascletis Pharmaceuticals, a privately held US-China joint venture
pharmaceutical company, have formed a strategic collaboration for the
development of ALN-VSP, a first-in-class, systemically delivered RNAi
therapeutic for the treatment of liver cancers including hepatocellular
carcinoma (HCC), a significant area of unmet need in China.
This co... 阅读全帖 |
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y***i
发帖数: 11639 | 16 问一个菜鸟问题：转特异性的毒蛋白，结果比较可控，因为可以观察这些毒蛋白的代
谢。转rnai看起来不可控啊？
1. 你说它特意性的针对昆虫，但rnai的非特异性是臭名昭著。因为有整整一个genome
的基因做为non specific effect的pool
2. 毒蛋白老鼠吃不死，我们就很有把握人吃不死。rnai对老鼠没针对性，可远远不能
保证对人没有针对性。
这些问题有答案么？ |
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m********8
发帖数: 314 | 17 RNAi治疗现在发展到什么程度了？难道体内药物递送不再是问题了吗？看这篇文献，这
个药物载体的构建都不在正文里提了。 Supplementary Methods里面的图1（S-Figure
1 Schematic diagrams illustrating the preparation of (DSS)6-liposome-siRNA
and the evaluation in vitro）显示SiRNA和带骨靶向多肽的脂质体混一下就能得到有
效装载SiRNA的靶向性药物了。这个是成熟可靠的方法的话，那么RNAi治疗前景应该非
常好？
A delivery system targeting bone formation surfaces to facilitate RNAi-based
anabolic therapy. Nature Medicine 18, 307–314 (2012) doi:10.1038/nm.2617
http://www.nature.com/nm/journal/v18/n2/extref/nm.2617-S1.pdf |
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s********d
发帖数: 103 | 18 Alnylam and Ascletis collaborate to develop ALN-VSP for liver cancers in
China
US RNAi therapeutics specialties Alnylam Pharmaceuticals (Nasdaq: ALNY) and
Ascletis Pharmaceuticals, a privately held US-China joint venture
pharmaceutical company, have formed a strategic collaboration for the
development of ALN-VSP, a first-in-class, systemically delivered RNAi
therapeutic for the treatment of liver cancers including hepatocellular
carcinoma (HCC), a significant area of unmet need in China.
This co... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 19 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: jingwenppq (Gemini), 信区: Chemistry
标 题: Postdoc Position – RNAi Nanotechnology
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Aug 3 23:40:48 2013, 美东)
A postdoctoral position is available immediately for a joint project led by
Dr. Jinjun Shi and Dr. Omid Farokhzad at Brigham and Women's Hospital/
Harvard Medical School. The applicant should have a doctoral degree in
Chemistry, Bioengineering, Pharmaceutical Science, or related field, and a
strong interest in cancer research. The applicant ... 阅读全帖 |
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M****e
发帖数: 70 | 20 a group from UK has applied genome-wide RNAi and addressed
the effects of gene silencing in C. elegans. Basically,
they PCR and generated targetting constructs for about
16,757 of predicted C. elegans genes. The bacteria library
was fed to hermaphrodites and RNAi effects were analyzed as
"nonviable", "growth defects" and "viable post-embryonic
development", etc.
Refer to Nature 421:231 and 421:268 as well.
Comments by Tom Tuschl Nature 421:220
(it seems that he is now at Rockefeller).
btw, assas |
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j*********o
发帖数: 237 | 21 最近在做一课题，在两种人的肿瘤细胞系中瞬转siRNA knock down了某个基因，结果第
二天就发现细胞大量死亡，到第三天细胞基本死光光，同时做的non-targeting siRNA
control细胞生长正常，初步确认是这个基因的下调导致了细胞死亡。
但问题是，细胞死的太快了，试了好几个浓度，要么太低了没有RNAi效果，高了细胞就
翘了，导致无法具体分析细胞死亡的原因和后面的分子机制。
想过tet-on诱导性RNAi，但目前公司卖的tet系统基本都是用cmv promoter,似乎不能指
导shRNA的转录，但是可以知道microRNA转录，不知能否设计针对该基因的microRNA来
做诱导性的knock down? 至于如何设计不太了解，
没方向了，想请教一下在这方面有经验的同志，任何建议都欢迎！！
多谢先！ |
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l*********s
发帖数: 5409 | 22 For small molecule, side effects are controllable though you cannot predict
with great certainty what kind of modifications will work. But for RNAi, it
is theoretically not controllable at all.
Actually, the side effects of RNAi is testable with conditional knock out
mice. I think this should definitely be the first step.
在那
effect，
你的 |
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O******e
发帖数: 4845 | 23 作为一个可能的新药或者新的治疗方法，RNAi比起以往的药到底好在哪里以致于非得用
它不可？
在我看来，RNAi therapy跟gene therapy面临的问题和治病理念非常类似。 |
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y***i
发帖数: 11639 | 24 如果这个技术的效率能提高到实用水平的话，比现在的药的优势是
1。一旦发现致病的信号通路，立刻可以找到相应的shRNA，而现在的针对蛋白质的分子
药物只能大量筛选实验。
2。基本上所有的可以抑制的蛋白质都是酶，分子抑制剂通过结合于活性位点来抑制。
所以大部分蛋白质是没有特异性分子抑制剂的。一个pathway可能有几十个蛋白，但只
有几个可能找到特异性的分子药物。但对RNAi来说没这个问题。
RNAi看上去还是比gene therapy强，当然，你说得对，两者面临的delivery的问题一
样，而且目前看不到出路。 |
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t*e
发帖数: 47 | 25 我们现在在作mAb-RNAi的project
用mAb去target特异细胞(比如B cell)或者组织,然后导入RNAi,不知道这个delivery行不
行?
在那
effect，
你的 |
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p******g
发帖数: 498 | 26 巨大的差别：gene therapy 要deliver 基因，加上promoter+polyA signal, 至少1kb
以上。
RNAi不过22bp。将近百倍的差别，deliver RNAi 要容易得多。 |
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w******e
发帖数: 1187 | 27 你说RNAi不行应该是指roche那档子事吧，which is toooold：）
我看好RNAi，当然我不是业内人士 |
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z****u
发帖数: 1007 | 28 那就是说根本原因还是RNAi的specificity问题啦？
但是RNAi技术至少有KO不能替代的方面，就是reversible, 以及perfect timing
control.
对于我这样做adult stem cell的人来说这是至关重要的。很多gene KO 都活不过NB,又
缺乏成体表达的cre或者rtTA.
刚大概浏览了一下楼上推荐的那篇cell paper. 看起来满吸引人的倒是。要是他们那个
APC inhibitor line能available 肯定要弄来试试。
interpretat
ge
s
ev |
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a*****g
发帖数: 543 | 29 KO也可以做成reversible(加上一个knockin). 另外KO也可以inducible (timing
control）
还是那句话，RNAi做出来的很多结果都是off-target effect。有人投钱做过了。
如果没有cre/rTTA，那你的RNAi也没法保证 tissue specificity吧？ |
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m*******a
发帖数: 79 | 30 用RNAi knockdown了一个gene后，如果需要做rescue，可否用Lentivirus 去
overexpress这个gene？我觉得最好用一个construct同时表达shRNA，和一个RNAi
insensitive variant，但是这个太麻烦了。
想直接从Open Biosystems 买ready-to-use lentivirus with shRNA 和lentivirus
overexpressing the target gene，不知道可行不。 |
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f*******e
发帖数: 354 | 31 我用mef做脂肪分化，KOMEF长的快，分化的好，然而3t3,3t3l1,C3H10T1/2都是RNAi长
的比ctrl慢，rnai剩余30%，也做不出分化差异，本想做做机制。请牛人帮忙解释下，
怎么个情况？
谢谢大家 |
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h**********t
发帖数: 545 | 32 其實現在公眾，對於bt反對的人很多，對於RNAi反對的人還挺少。
所以我嚴重懷疑美國是不是有個RNAi的利益共同體在操縱 |
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j********q
发帖数: 1001 | 33 A postdoctoral position is available immediately for a joint project led by
Dr. Jinjun Shi and Dr. Omid Farokhzad at Brigham and Women's Hospital/
Harvard Medical School. The applicant should have a doctoral degree in
Chemistry, Bioengineering, Pharmaceutical Science, or related field, and a
strong interest in cancer research. The applicant should also be highly self
-motivated and has a track record of creativity and productivity. Experience
with nanotechnology, gene therapy, animal work, and/o... 阅读全帖 |
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b*******n
发帖数: 8420 | 34 眼看他起朱楼，眼看他宴宾客，眼看他楼塌了
to RNAi |
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a*********s
发帖数: 22 | 35 I remember probably there is a tool on www.idtdna.com that can help you to
select or design primers for RNAi. Not very sure though. |
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h******o
发帖数: 23 | 36 请教版上诸位大虾，那位有用beta细胞系成功作RNAi的经验？ 我目前的transfection
效率很低。不只到大家都是怎麽做的呀 |
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a******n
发帖数: 392 | 37 如果要在细胞系里同时knockdown两个基因，怎么选择RNAi的方法阿？siRNA,
lentiviral shRNA? 效率哪种高？ |
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d****u
发帖数: 1553 | 38 谢谢回复，你说的可能是针对单一基因的knockdown而不是针对screen的。做基因组级
别的pooled RNAi screen的时候，在筛选结束要抽基因组DNA。然后PCR扩增hairpin
sequence。再去上array或sequencing，就可以知道哪些hairpin富集了，哪些hairpin
减少了。 我问的是这一步，这时候因为所有的不同基因的hairpin都是混在一起的，所
以不可能得到特定基因的knock down水平 |
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O******e
发帖数: 4845 | 39 我就是说的筛选。从genomic DNA －－ PCR是不会告诉你knock down efficiency的。
你还是准确说一下你的大概筛选策略和目的吧，不然就是空对空
RNAi |
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b**********g
发帖数: 141 | 40 准备面试Tariq Rana实验室的Postdoc，他2008年从UMass Medical School搬到Burnham
Institute，做HIV Host-pathogen interaction还有RNAi分子机制的。不知道这里有
没有认识他们实验室的人，他人会不会很Tough？对Postdoc是不是比较Supportive？多
谢了！ |
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w***a
发帖数: 4361 | 41 alnylam前阵子也是lay off了一堆人吧。
这么看来搞不好RNAi的热度就快下去了，炒了这么多年，也没弄出来个drug。 去年还有
个进了Phase III的candidate，最后还给挂了。
下一个bio的山头会是啥？
drugs
Nutley |
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a****d
发帖数: 1919 | 42 alnylam也lay off来着？RNAi领域前景不是很乐观啊
还有 |
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w******e
发帖数: 1187 | 43 看今年OTS的阵势倒不想要过气的样。尤其现在BME的人也来凑热闹。mark
davis的NP，steve dawdy的CPP＋neutral nucleotide，langer组也在搞
liposome的组分优选。RNAi只要delivery能解决还有的NB呢。当然delivery
实在非常非常难解决就是了。BTW有谁对RXi的self-delivering RNA有研究吗？
还有 |
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w***a
发帖数: 4361 | 44 这个公司银子多主要是因为很多RNAi的重要patent在手上，
像Sharp，Bartel，Zamore这种牛人都是公司的founder，所以单单版税就不少。 |
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l*********s
发帖数: 5409 | 45 RNAi is appealing due to theoretically easiness to design specific drugs.
However, it is not very often a certain disease is simply caused by
overproduction of some proteins.
bah. |
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w******e
发帖数: 1187 | 46 the same problem applies to other regimens too bah. what if you don't know
which kinase/receptor to inhibit?
BTW, I don't know other ways that may specifically increase the expression
of certain gene variant like RNAa or ASO (except gene therapy, which is
probably more notorious I guess hehe)
btw, I'm not even in the RNAi field myself. just an intrigued bystander:) |
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l*********s
发帖数: 5409 | 47 The effect of small molecules are localized to motif/domain of proteins,
while RNAi targets the whole protein. I think the first approach will be
less toxic in general as proteins are usually multi-functional. |
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O******e
发帖数: 4845 | 48 真正的单基因疾病很少很少，我们做了这么多年的应该清楚，很多文章宣称的哪个基因
突变
导致哪个疾病，其实证据非常不足。
再往大了说，很多疾病不是简单的“基因"或“遗传”问题，牵扯到太多的因素。而
RNAi
is designed to target only one or a few genes.
这个跟kinase inhibitor drugs区别还是很大，因为好的inhibitor只是抑制部分功能
；而
knock-down是把整体的蛋白水平降低，这个的影响会非常广泛和难以控制。 |
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y***i
发帖数: 11639 | 50 你这个道理不通啊。多少药是因为有多方面的影响所以才能治病？我想绝
大多数药的治病的机理都是单一的机制。所以RNAi的单一性并不是问题。 |
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