|
|
l*********s
发帖数: 5409 | 3 It is true, but not the whole story: within in same motif family the
affinity to targets vary broadly due to size and shapes. Optimization the
specificity is what synthetic chemistry is about.
Sure it would nice to work on simple disease, but the questions is you don't
have much freedom of choice: Easy targets are gone/picked first. You have to deal with the complexity of biological networks. |
|
l*********s
发帖数: 5409 | 4 Exactly. In terms of graph theory, the biological system is such a highly dense network that removing nodes have a much more profound impact than removing edges(interactions) |
|
d*****r
发帖数: 2583 | 5 but there's no big progress on the systems bio either.
maybe the math is not enough.
then we are totally screwed.
the
don't
have to deal with the complexity of biological networks. |
|
t*******o
发帖数: 424 | 6 是不是有笔误啊，第一个edges是不是应该是nodes...
dense network that removing edges have a much more profound impact than
removing edges(interactions) |
|
l*********s
发帖数: 5409 | 7 Maybe. But making no progress for a while is just natural. Nothing can grow
exponentially to infinity. |
|
l*********s
发帖数: 5409 | 8 Yeah, it is a typo, thanks for pointing out |
|
d*****r
发帖数: 2583 | 9 so the conclusion is, it will suck for a long time,
before any major progress on the complexity network is made.
grow |
|
s*r
发帖数: 2757 | 10 治疗的话从来没有说要完全治好
对于多基因疾病，从单个基因逐个入手，一个一个改善，不也可以吗 |
|
d*****r
发帖数: 2583 | 11 no. the key concept of network complexity is:
linearly adding up single element is never going to be equivalent to, and
not even remotely close to, the network as a whole. |
|
s*r
发帖数: 2757 | 12 做systems biology的就彻底不承认还原论了?
照你这么说,所有的linear models on observational studies都是无用
在一个广泛联系的系统里面，所有的main effect都没有意义? |
|
l*********s
发帖数: 5409 | 13 If the model does not correctly account for interactions when they are
significant presence, conclusions from statistical inferences are misleading
at best. |
|
d*****r
发帖数: 2583 | 14 the reason linear models are still useful is:
1. some system were built at the beginning to be linear system, there're
a lot of examples in engineering systems, like simple electronic
circuits, or mechanical systems, etc. So of course you use linear
system to study it.
2. some systems are too complicated and nonlinear, we don't have a good
math to study these systems, so we use linear systems to approximate it.
Unfortunately, most of this approximation is purely academic; the
predictions are ... 阅读全帖 |
|
w******e
发帖数: 1187 | 15 the main issue w/ gene therapy is messing up the cell genome and lead
to cancerous mutation bah?
also, how else can you deal w/ undruggable targets or to compensate for
mutated proteins? |
|
O******e
发帖数: 4845 | 16 简单的说，一个是增加某基因的表达，一个是减少某基因的表达，但达到这两个目的的
方式－－delivery－－几乎是一样的。你如果只是简单地送几个siRNA oligos过去，
效果很快就没有了；可你如果想用其它方式比如病毒载体，那一样是leading to
cancers了。 |
|
w******y
发帖数: 8040 | 17 hehe,汤超去年的cell paper很有意思很有启发性
实际上生物体系的design princple可以是非常简单漂亮的
事情的关键是要找到合适的尺度，
用物理人的眼光去看生物体系是非常有启发性的
拘泥于细枝末节是分子生物学科研路越走越窄的主要原因 |
|
y***i
发帖数: 11639 | 18 哪天谁用这种系统描述了飞机或者车床的几千几万个元件的关系，我就开始对这种“
design princple可以是非常简单”的说法有信心。
简单系统都没成功过，告诉我不“拘泥于细枝末节”去搞复杂一万倍的系统能成功，
搞瞎米啊。
|
|
w******y
发帖数: 8040 | 19 你根本不懂我说得是什么， 别跟我扯蛋
至少读懂了paper再来发表你的信心轮
re
good
it.
genes
as |
|
w***a
发帖数: 4361 | 20 siRNA bind antibody容易，但是siRNA怎么跨膜呢？
行不 |
|
|
|
e*r
发帖数: 103 | 23 这两种手段，如果用的启动子比要敲低基因的内源启动子要弱，是不是效果就很差？ |
|
E*****e
发帖数: 54 | 24 paper上说的不是太详细，只是说screen with a siRNA library targeting 21000
human
genes. 请问这个具体怎么操作的？ 这个library拿到手是2万多个管子吗？然后一个个
的做transfection？
这个工作量太大了吧？ |
|
z****g
发帖数: 3340 | 25 一般是micoplate version and reverse transfection.普通实验室在现在这个大环境
下恐怕完不起,并且后期N多data处理也不是普通实验室能干的活. |
|
n******n
发帖数: 8 | 26
好像是在96孔板里面，操作的时候都是用机械臂取样的，转染可以用反向转染，一般普
通实验室确实没办法操作，通常有辅助中心一类的吧，1个月差不多能做一遍吧 |
|
d*p
发帖数: 534 | 27 siRNA，合成的，不能做pool screeing，所以全基因组的必须要有机械臂。
shRNA，在病毒载体上，可pool screeing. 全基因组的，可分成多个pool，你收到的是
plasmid mixture。普通实验室都可以做，只要你能拿到这个library. |
|
b****r
发帖数: 17995 | 28 这种技术很promising，我很看好
今后十几年的以-ome结尾的工作应该会成为主流
俺决定投身其中 |
|
P******n
发帖数: 78 | 29 那你说哪个pathway搞清楚了？Wnt pathway? cell cycle 还是metabolic？不要跟我说
你说的是bacterial里面的。为啥现在RNAi screen那么火？
懒得和你磨嘴皮子，你如果enjoy做试验的乐趣，觉得自己的方法是主导，那就抱着，
一遍遍做，挺好的。我觉得不停倒腾新数据，发现pattern，预测结果挺有趣，那咱么
各玩各得好了。千万不要觉得自己吃了很多苦就一定是主导。好的科学家懂得尊重每一
个科学工作者。
PI
cell |
|
P******n
发帖数: 78 | 30 那你说哪个pathway搞清楚了？Wnt pathway? cell cycle 还是metabolic？不要跟我说
你说的是bacterial里面的。为啥现在RNAi screen那么火？
懒得和你磨嘴皮子，你如果enjoy做试验的乐趣，觉得自己的方法是主导，那就抱着，
一遍遍做，挺好的。我觉得不停倒腾新数据，发现pattern，预测结果挺有趣，那咱么
各玩各得好了。千万不要觉得自己吃了很多苦就一定是主导。好的科学家懂得尊重每一
个科学工作者。
PI
cell |
|
A******y
发帖数: 2041 | 31 virus...using chemical agents for primary cells and lymphocytes don't expect
much. Now you know why big pharmas are dropping RNAi division. |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 32 就不说linda buck这个老妖精了 其实andy fire做RNAi的时候也还是carnegie fellow
算是个super postdoc 呵呵 |
|
|
o*****a
发帖数: 2335 | 34 也许是把那个作用酶饱和了，结果endogenous microRNA发挥不了正常作用，靶基因就
上调了。好像RNAi和microRNA都有这种可能，shRNA不知道。 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 35 这个。。。张宏超过同代几乎所有华人生物学家的水平？这个说的有点太狠了吧。张同学这两年这两篇
cell委实不错，不过也只能说这个头开得很有意思（genetic screen for autophagy），至于能
不能做的很完整也得慢慢看。非要拿这个去和同代的年轻人比，老张能一定超过JHU的董欣中（Mrgs
family in pain and itch）和宋红军(adult neurogenesis);Stanford的沈康
(synaptogenesis)；UCSD的王竞(olfactory coding)；西南医学中心的刘庆华(RNAi)？更别说
这帮人前头还有大名鼎鼎的庄小威啊 老张拿什么和小薇同学比？
章超 |
|
w******e
发帖数: 1187 | 36 这点还挺counter intuitive的。不知道他们用什么formulation。如果是NP，liver应该
是个主要的目的地（所以人们才质疑RNAi在肝脏以外能否work）。如果只是peptide，
renal clearance应该很厉害吧。and居然能过BBB，不知道有没有加其他料。印象中
有某peptide能过BBB但不记得是什么了，也不记得有没有paper跟进。
我个人理解medical imaging是否成功，一个是signaling motif要NB：无毒，yield高，
不受autofluorescence影响，穿透性好，etc；一个是targeting motif要NB：足够特异，
target level够高，最好affinity还能恰到好处，half life能控制好。这两方面我觉得
都不容易解决吧。fluorescence在background、穿透性等方面有局限吧？当然这方面如果
tsien组估计最有实力解决。target方面validated biomarker忒少了，
用于imaging，只有一层specificity check也有点安全隐患。
最后... 阅读全帖 |
|
n*7
发帖数: 51 | 37 * 正文已有，只需要 supplement data
Sci Signal. 2011 Jan 4;4(154):rs1.
A Genome-Wide RNAi Screen Identifies Core Components of the G2-M DNA
Damage Checkpoint.
Kondo S, Perrimon N.
oaixil AT hotmail.com
先谢谢了！ |
|
d***3
发帖数: 181 | 38 Position: Full-Time Regular
Open date: Jan 18, 2011 10:33:36 PM
Functional area: Scientific
Location: Research Triangle Park, North Carolina
Required degrees: Master's Level Degree
Experience required: 5 years
Relocation: Not Indicated
Basic qualifications:
The ideal Physiologist / Cell Biologist candidate will have experience with
a focus in Enteroendocrine biology.
We are looking for an individual with a PhD in physiology or cell biology
with postdoctoral experience... 阅读全帖 |
|
e*****y
发帖数: 146 | 39 确定knock down后细胞死掉是这个gene的功能，而不是你RNAi中用到的试剂的毒性？ |
|
d***y
发帖数: 195 | 40 也许非常简单，
可以用这个phospho的kinase的inhibitor处理细胞，然后看定位，
尽管这个未必特异且未必很简单，但最直观，
如果处理后是C，敢说100个review里有90个不会说任何废话的，
其余的10个可能建议你做个RNAi之类的，如此而已。 |
|
s****2
发帖数: 19 | 41 我是发育生物学，作昆虫体节发育,研究具体某几个基因的作用。非常基础，很郁闷，
请教如何做可以靠工业界近一些？我用的很传统的分子生物学/遗传学方法，PCR,
cloning, transformation,RNAi etcs.
多谢多谢！ |
|
j********r
发帖数: 156 | 42 Thanks. So if I get very quick phenotypes in cultured cells using siRNA
transfection, will the data be convincing? Do I still need stable shRNA (
regular of conditionally if it is lethal) to confirm the results?
It seems there are also disadvantages of shRNA, such as in some cases
sequence-specific toxicity (probably due to overloading the RNAi machineary)
. But I am not sure about the down side of using siRNA. |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 43 in vivo当然是巨大优点。但是drug screen的难关不在screen，而在下面干什么。如果
要找target,在fish里基本只有做affinity purification一条路（除非能猜出来），这
个难度不是一般的大，而在cell line里或者worm/fly里可以上RNAi screen找target。
如果不找target而是直接希望找到药，那就更悬乎了，现在用fish看Phenotype得到的m
olecule成千上万了吧，上了clinical trial的是不是就Zon lab的一个药？还不知道能
不能活到Phase III。
然后剩下的就是纯学术用途了。用已知target的library找相关pathway，或者干脆就是
screen到molecule用来替代GoF/LoF。这个市场就很小了。
我现在就是困惑出路到底在哪里。是应该大规模得上量寄希望于真的找到几个药，还是
要安心当成一个research tool就算。后者可没什么希望拿到太大笔的钱 呵呵 |
|
t****1
发帖数: 2 | 44 是的,我有一篇文章已经做了RNAi,还被要求做KO来进一步证明 |
|
|
|
|
|
|
|
