l*******r
发帖数: 39279 | 1 Cell的文章boring的居多
至今为止觉得Andrew Fire发在Cell上的RNAi文章最好看 |
|
p*****e
发帖数: 39 | 2 I cried out your names in the center of the world!
come back to postdoc...... |
|
|
u******e
发帖数: 53 | 4 I don't know whay you guys cry.
But I decide to cry too till my eyes out.
wawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawawa
wawawawawawawawawawawawawawawawawawwawawwawawawawawawawawawawawawawawawwawawaw
awawawawwawaawwawawawawawawawawawawawawawwawawawawawawawawawawawawawawawawawwa
wawawa
till tears flood this board
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ |
|
u******e
发帖数: 53 | 5 kaka,要得就是这个效果。此地居不易，长老还是回postdoc吧。 |
|
|
p*****e
发帖数: 39 | 7 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: pureice (Kudo), 信区: Postdoc
标 题: Re: 肯请支持纯冰妹妹申请班主－－肺腑之言Re: 请辞postdoc版版主 (
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 11 23:08:05 2005)
我今天还在神6版大声呼喊KKK和RNAi呢，我当不了版主，我也就是趁着这阵子忙于
postdoc这件事上21，而且觉得尽一点绵薄之力也是趁热打铁有啥说啥。
对于KKK德jjww,我是表现的拽了点儿，八戒你也别借题发挥说我名草有主老姑娘啥的，主
要是我不喜欢在好多人问postdoc问题的时候和人打情骂俏，觉得不是很appropriate,并
不是诚心和KKK过不去，我也希望他能理解，真的。没有KKK的postdoc版，就好像没有白
云的蓝天，蓝的也不是那么通透了，而我们，也老是忽略的白云的存在。现在想想真是不
该。
一句话，还是觉得KKK应该回来。看看神六版，一整天也没有啥人在线，不知道kkk在那里
隐居是要修练什么功法，我还是希望kkk能重新出山。因为虽然万法皆空，但是既然身在
红尘之中，这个中滋味 |
|
|
|
|
|
c**A
发帖数: 1474 | 12 This issue is exactly one of my research projects. So just give my 2
cent.
1.the efficacy of siRNA vary dramatically against the same target gene.
By far, there is NO clear rule of selection.
2.ALL software can achieve no more than 70% of accuracy of prediction,
no matter where you find it or whatever they claim themselves could
achieve.
3.There probably endless factors which could affect the efficacy of
siRNA. The real efficacy is combination of all, though some factors do
contribute more other |
|
c**A
发帖数: 1474 | 13 from the work of my hand:
genarally speaking, select blindly you will get 1 out of 2 working, 1 out of
5 will working really good ( >80% knock down)
But i also know a guy select 19 sites, and none of them work.. hehe,
poor guy... |
|
n*****e
发帖数: 43 | 14 There are two very important reports in recent Cell discussing how to design
potent siRNA.One is from Zamore lab, the other from Amgen company. Basically,
the rule is to put a weak base pair, for example A-T or even mismatch with
target, at the 5'-end of the antisense strand of siRNA. Such a design
faciliates RISC selecting the antisense strand as guide strand, instead of
sense strand. Most of previous failed siRNA sequences follow the opposite of
rule. Given this discovery, other considerations |
|
c**A
发帖数: 1474 | 15
the key part is difference, if the 3'end even weeker, that will not work.
and mismatch with target have nothing to do with this issue.
not really... hehe... :) |
|
R*s
发帖数: 2041 | 16 from ur second paragraph, the knockout mouse and the other antibody study,
it appears other members of the same cytokine family perform the
same role as yours in this pathway?
But u said previously that an antibody specifically targeting your
cytokine also blocked the effect? That antibody doesn't recognize other
cytokines within the same family?
It seems it would be pretty hard to justify these two results. If the
former one is the case, RNAi won't help. |
|
j******g
发帖数: 171 | 17 I am confused too.
Anyway, two points.
1, If you could decrease the secretion, by which the cytokine works in your
culture sys, it's unlike the RNAi will help you. Coz both reduce protein
expression down to 70-90%.
2, For your knockout mice, there are always some cytokines/growth factor
undiscovered, that may play an important role or compensate (as suggested by
Ras).
One piece of suggestion upon your writing. Please specify the phenomina
consistently, coz I was lost in paragraph two. And what's |
|
p*****n
发帖数: 981 | 18 ☆─────────────────────────────────────☆
NittanyLion (GOLIONS) 于 (Mon Jan 22 11:22:14 2007) 提到:
做了immunofluorescence想看一下荧光的intensity（主要想比较一下wt和rnai处理过
的）,有什么软件可以用来分析的吗？望做过的指教，谢了！
☆─────────────────────────────────────☆
jasW (夏夜轻风) 于 (Mon Jan 22 12:05:15 2007) 提到:
MetaMorph.另外你照像最好用12bits。Photoshop or ImageJ 可能也可以。
☆─────────────────────────────────────☆
NittanyLion (GOLIONS) 于 (Mon Jan 22 12:45:50 2007) 提到:
哦。多谢
是不是照相的时候exposure time什么的设置要完全一样？
☆─────────────────────────────────── |
|
b****n
发帖数: 311 | 19 潜水多年，一直很欣赏生物版的学术讨论，真知灼见不少，更曾亲见揭穿造假的义举。
曾几何时，学术讨论少了，乌烟瘴气却多了。忍不住上来对一些人骂几句。
1. 叫嚣生物无用论，学生物无前（钱）途的loser们。
花五年拿个生物phd去给人打工,肯定不如读个计算机电子什么的master划算。但是，以
此为理由否认生物专业的价值就可笑了。有没有前（钱）途，在任何行业都只取决于你
的水平和实力。做生物发大财的人多了去了。生物产业创造的百万富翁一点也不比IT行
业少。最近一波发大财的人可能是RNAi公司的创业者们。他们的财富完全来自于Andy
Fire的1998年Nature paper。现在的情况是：扎实重大的实验室发现会很快的向应用转
化。举个老中的例子吧，省得loser们叫嚣老外的例子没有说服力。王晓东实验室2000
年发了一篇Cell，发现了Smac，一个从线粒体里面释放出来的蛋白，可以激活细胞凋亡
。施一公实验室解了结构，知道了Smac的作用机理（十分简单）。基于这些基础研究的
进展，王晓东实验室04年和一个化学实验室合作，设计了化合物模拟Smac的作用。他们
发现该化合物可以诱导一些 |
|
a***e
发帖数: 1010 | 20 带着崇敬和向往的心情，本人参加了 keystone RNAi 会议，见到了好多好多传说中的大牛，
也见到了好多华人中的明星科学家，还有更多的华人小牛仔子，一个个
跑的飞快。
我发现做人不仅要长得帅，还要高。 在和这些牛牛们聊天的过程中，
我不仅等心理上仰视，脑袋也得仰视着。
会议中最大的亮点是 David Bartel 提出了个颠覆性的观点，估计大家要花一些时间
来消化。 |
|
|
|
n********k
发帖数: 2818 | 23 u feel or u have some insider information...I feel it is kind of a bulb or
luck thing...u never know...the problem
is we could not use human do drug screening:)))...but if RNAi has some
breakthrough, then the infectious
disease part could take off... |
|
|
a*l
发帖数: 2685 | 25 不知道这样发有没有用啊
我也搭车同求一个，oncology\bioinfo\rnai等方面的都可以
大包子答谢！ |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 26 fly还是有用的 我知道有lab已经开始做了 因为P insertion里面hypomorph实在是
太多了。鱼确实有搞头 毕竟做不了KO也做不了RNAi 我还听说有人在蚊子里面用了
已经
nuclease
ESC |
|
s*******l
发帖数: 2445 | 27 顶一下， 哪位大虾能指点一下吗？
另外从市场调查角度，你觉得这玩意有市场吗，你会愿意花钱买吗？ |
|
|
r****r
发帖数: 379 | 29 他这个只能算是锦上添花，作为一个公司的技术平台的改进提高还可以，要单独依靠这
个开公司，基本上没啥优势。
所以建议找个相关的公司工作比较好。
利, |
|
t****p
发帖数: 1504 | 30 生物学家研究一个基因的功能有不同的手段，比如说敲除，过表达，用RNAi降低表
达等等，比较不常用的是用小分子抑制剂或者激活剂。小分子干扰细胞或者机体有很多
优势：1、它很快，不需要做克隆转染等，可以直接通透细胞；2、它很便宜；3、它很
容易做到dose dependent，不同浓度观察表型的渐进变化来确证结果；4、它可以在任
何时间作用，比如在细胞分化的某个阶段加入小分子来观察特定阶段基因的功能，其它
方法就很难做到；5、小分子作用于某个组织细胞，也会作用另一个组织细胞，通常某
种小分子作用在一个物种上，也作用在另外一个进化上不是很远的物种上，无需重复劳
动；6、小分子还很容易进行组合同时作用于细胞或个体。
如果有一个抑制或者激活某个蛋白的小分子工具箱（toolbox），那么科学家研究某
个基因在不同组织不同物种上的功能就方便多了。此外，小分子化合物可以做药，如果
它作用于某个蛋白可以干扰某种疾病的进程的话。在这种思想的指导下，NIH从非常紧
张的预算经费（全年300亿左右）中每年拨出1亿美元在全美各地兴建并支持Chemical
Genomics Center（NCGC，小 |
|
r****r
发帖数: 379 | 31 我觉得我们首先需要知道，问题是什么？传统的看，一个新技术或者新概念，无非是实现
二类目标：1），加速基因功能的研究；2），加速药物开发；
小分子化合物库的筛选无疑都可以对这两点有作用，但显然作用不如你说的那么神奇，
回归到问题本身，问题多多：1，就加速基因功能研究而言，你不知道靶点；2，已知靶点的小分子，和你这个library的概念就不是一个东西了；3，就药物开发而言，算是有些小帮助，但有起到颠覆性的作用吗？还有很多缺点，不过这些都不重要，关键是它本质上有多有用。
那么现在这两个领域有没有更本质的困惑呢？你这个东西能帮助人们解开这些困惑吗？
1，基因功能研究更困恼人的是什么？我自己知道的几个层次上的困惑有：a，non-
essential function（冗余性，单一基因组背景会掩盖信号，网路系统的robust等等因
素）；b，lack of forward and reverse genetic tool（现在的rnai库和小分子库都
是可以部分解决这个问题）；c，在干扰之外的层次上，缺乏系统地观察基因或者蛋白活动的技术，比如基因的序列和表达信息，蛋白的定位，迁移，基因的动态表达， |
|
r****r
发帖数: 379 | 32 这些都不错，但不是什么激动人心的东西。
1，用viral based rnai library也可以做你这个筛选，和小分子比起来各有利弊，考
虑两种kinase library建设难度，体内的靶向性，作用专一性，等因素。
2，看不出对ips的研究有什么更大的价值，那个主要是药用价值吧。
differentiation |
|
|
O******e
发帖数: 4845 | 34 More:
RNAi,
Gene targeting/knock-out mice,
Stem cells and iPS.
fluorescence
experiments |
|
h*****o
发帖数: 342 | 35 很多搞体在4度里放一年两年都没问题。
你有没有一些对照的实验，overexpression, knock-out, rnai，先看看是抗体的问题
还是样本的问题 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 36 expression cloning, the classic method
or RNAi screen, or educated guess, or to test known receptor agonist/
antigonist library
surface |
|
w**********s
发帖数: 72 | 37 High-Content RNAi-Screening Assay to Identify Modulators of Cholesterol
Accumulation in Niemann-Pick Type C Cells
Assay Drug Dev Technol. 2010 May 14. [Epub ahead of print]
Thanks for your help. |
|
n********b
发帖数: 27 | 38 Also, the experience in siRNA, miRNA, RNAi, hsRNA, and small RNAs would be a
great plus! |
|
o**i
发帖数: 1165 | 39 lentivirus RNAi level II就可以了 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 40 basically the only thing you can do if morpholino. No RNAi, No good knock
out (the ZFN does not work for every gene); no good conditional KO, no KI... |
|
y******e
发帖数: 277 | 41 准phd一枚，白天和老板谈话，还是鼓励申请postdoc。。。。不过感觉自己完全84做PI
的料，paper读完就忘，也不爱长篇大论写grant。。。。哎~还是不要去祸害下一代拉
。优点是很organized，学习新东西很快，善于发现问题，能够迅速解决（因为没耐心
拖很久。。。>_
期记忆很好，考试报告基本一天搞定不过长期记忆很差。。。
想转到industry和药厂，觉得自己纯生物和计算机/统计两边都不着调儿~~~原本是进化
生物学背景，做分子克隆和RNAi，建gene tree，4年前发现做实验不适合自己，选了些
计算机的课开始写perl，处理基因组数据，gene annotation，blast，alignment，一
直用Genbank和Flybase，会用R做些简单的统计分析。没SAS经验（考虑考一个证中，不
知道有帮助不）。C++ take过一学期的课，平日里不用。。。目前的Project基本用编
程完成，不过不是专业的software developer。
看了很多大牛们的经验贴，大约我这种是正宗的半路出家 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 42 人家是做small molecule screen，又不是RNAi screen |
|
l***d
发帖数: 1828 | 43
可能,但nobel刚给了RNAi,就算给,我估计也要几年以后吧 |
|
h********n
发帖数: 4079 | 44 when Craig Mello got Nobel for mechanism of RNAi, the chance of miRNA is
lower, I think. |
|
|
h********n
发帖数: 4079 | 46 如果你表妹不能去harvard or MIT, 上面几个学校都还行.
Mount Sinai school of medicine 收中国人吗?
university of massachusetts medical school的一些研究挺不错的, 要看她想做啥.
就如上面说的, RNAi一块现在很牛. Craig mello是个好同志, 只要她能进他们组.
Boston U 我不是特别推荐.
Dartmouth有些教授还不错, 做cancer的几个; 但近几年走了好几个人. |
|
b*****1
发帖数: 17 | 47 这个学校蛮怪的。看publication非常好，而且basic science很多牛老板，HHMI数量还
有发的NCS不比一些什么牛校差。而且还有RNAi的诺贝尔奖。但是排名很低，而且看网
页也是乱糟糟的感觉。
请问版上各位前辈有没有在这个学校或者了解这个学校的，麻烦给点指点。谢谢。 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 48 c elegans 出结果快，做lifespan三周一条曲线，敲基因RNAi一喂就行了，所以一般c
elegans的paper都是十条二十好几条lifespan
做老鼠的lifespan一般就是一个KO，交配等model半年多很正常，然后公的一个图母的
一个图，完了。
不过我是做老鼠的
我也很讨厌果蝇飞来飞去，这辈子估计不会碰。。。 |
|
t****p
发帖数: 1504 | 49 depend on你以后想做什么。你说想往system biology发展，这个念头是否坚定？这条
路基本上走academic的路，确信自己不要industry的退路吗？即便是system biology，
现在mammalian system做得也是如火如荼，不见得非要在原始生物上做吧。
mammalian system是大势所趋一点没错。RNAi发明之后原始生物genetics的优势尽失。
yeast的新开实验室有几家？基本上都在走下坡路。
我是做原始生物的，先酵母后阿米巴虫，敲除固然快，养细胞也简单。但是要找个合适
的抗体那成本很高，很花时间。mammalian system有很多commercial的抗体，拿来就用
。如果去参加哪个专业的会议，基本上自己处在边缘化的位置，人家根本不care你做的
东西。典型的说法是，你做的东西很漂亮啊，可惜mammalian system不太一样。发文章
也要使牛劲才行。
做pathway的，除了少数一些外，基本上mammalian system处在领先的地位。以前都是
原始模式生物先发现，mammalian system跟进验证；现在则有点倒 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 50 欢迎总结啊 不过不能认同你对worm/fly的看法 RNAi在mammal里面in vivo的应用屈指
可数 效果也差 (in vivo)光从提供了一个简单高效的in vivo system这一个好处出发
fly/worm就
不是能被淘汰的 工具方面 mammalian系统抗体是多 可架不住fly/worm随便能弄个GFP
reporter 很多时候压根就不需要抗体
当然mammalian people对yeast/fly/worm有偏见 NIH也有很强的指向性 这都是事实 |
|
