k*******3
发帖数: 1909 | 1 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/
可以看到对于每个染色体，都有三种fasta file，比如染色体20，有
hs_alt_Celera_chr20.fa
hs_alt_HuRef_chr20.fa
hs_ref_GRCH37_chr20.fa
这三种file里面的序列还不一样，请问是怎么回事？究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢？
谢谢。 |
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m**b
发帖数: 617 | 2 Use the GRCH37, which is the reference file.
体的sequence呢？ |
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e*******e
发帖数: 1837 | 3 hs_ref_GRCH37 is the reference assembly. hs_alt_Celera and hs_alt_HuRef are
two alternative assemblies from the Celera project and the Craig Venter
genome.
Just use the reference if you don't care much about individual differences.
体的sequence呢？ |
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t*d
发帖数: 1290 | 4 get it from genome browser at UCSC instead.
体的sequence呢？ |
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c***y
发帖数: 615 | 5 Around 200 DNA sequences, randomly picked up. Wondering if there is an easy
way (such as online server) to create a non-redundant dataset.Thank you very
much |
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c****y
发帖数: 373 | 6 blast against self and remove the high similar sequences |
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s**x
发帖数: 138 | 7 我现在做一个MUTATION。那到菌落后， 提DNA。可是我的DNA SEQUENCE 结果非常糟糕
。测出来的也不知道是什么。根本不对。 SIGNAL／NOISE 比例特低。 DNA QUALITY没
有问题的。我测过OD。而且是溶在水里的。用的是T７的PRIMER。 SELECTIVE
ANTIBIOTICS 是 CHLORAMPHENICOL。 我想知道： 大家如遇到这中情况是解决的？
CHLORAMPHENICOL 大家是如何使用的？ 我的是溶在酒精。多谢多谢。 已经纠缠１个月
了。 有点伤自尊啦 。 |
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s**x
发帖数: 138 | 8 我现在做一个MUTATION。那到菌落后， 提DNA。可是我的DNA SEQUENCE 结果非常糟糕
。测出来的也不知道是什么。根本不对。 SIGNAL／NOISE 比例特低。 DNA QUALITY是
，没有问题的。我测过OD。而且是溶在水里的。用的是T７的PRIMER。 SELECTIVE
ANTIBIOTICS 是 CHLORAMPHENICOL。 我想知道： 大家如遇到这中情况是解决的？
CHLORAMPHENICOL 大家是如何使用的？ 我的是溶在酒精。多谢多谢。 已经纠缠１个月
了。 有点伤自尊啦 。 |
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h******g
发帖数: 1521 | 9 做酶切确定是那个质粒，有的时候质粒污染不是你做的那个，sequencing primer自然
粘不上。 |
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l*****a
发帖数: 1431 | 10 DNA 量可以再减，mini prep 的时候如果用太多的细菌，会overflow 你的column，造
成太多杂质和盐混在DNA 溶液里，然后影响 sequencing reaction. |
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d****a
发帖数: 158 | 11 design your own sequencing primers. purify DNA. |
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c***y
发帖数: 615 | 12 where did you send for sequencing? |
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A*****i
发帖数: 5 | 13 我是做DNA sequencing的，我们公司在湾区，如果你也是在湾区的话可以和我联系，我
们免费帮你做几个titration testing,做测序这个东西有可能不是DNA本身的问题，我
们做反应的条件也非常重要，或者说你DNA本身容易形成secondary strucutre的话（G/
C rich),结果也会不好。你所说的signal/noise低有可能是他们做反应的时候DNA的量
不够或者PCR cycle不够，一般你送几个样品的话他们是不会每个用户都优化反应条件
的。如果你不在湾区，你可以叫你用的那家公司加大反应量，用150ng,300ng和600ng
template做个titration。如果你想把样品寄来我们公司试一下的话请和我联系，湾区
附近的公司和大学我们都是免费pick up的。我们第一次帮你做都是免费的。我email:
l****[email protected]，good luck! |
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c****0
发帖数: 65 | 14 Genetics流行趋势从gwas 到了exon sequencing时代，有没有精通次道的战友谈一下经
验和看法。 |
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s*****m
发帖数: 168 | 16 anyone know some good sequence analysis tools for linux ? (like MEGA ,
BioEdit in win) ?
thank you. |
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s********l
发帖数: 1195 | 17 how about small scaled sequencing to start with? not whole genome.
like a disease-correlated contig or something.
it doesn't seem like something one single lab could do. |
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s********l
发帖数: 1195 | 18 btw, not sure you've read this one, a lot of new techniques introduced in
there are quite inspiring.
Hum Mol Genet. 2010 Oct 15;19(R2):R227-40. Epub 2010 Sep 21.
A window into third-generation sequencing.
Schadt EE, Turner S, Kasarskis A. |
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q*****n
发帖数: 6 | 19 大家好，知道这里有很多牛人，现在请教几个关于Bisulfite sequence 的问题。先谢
谢了。
现在我做的一个拟南芥突变体，图位克隆发现一个候选基因，该基因表达量下降，但
是测序后发现该基因序列没有任何突变，所以怀疑是否有甲基化修饰。
问题如下：
1，在甲基化测序时候，我应该测该基因得整个DNA区，还是只集中测该基因得启动子区？
2，我用MethPrimer软件设计引物时候， 大部分区域设计不出来合适的引物，我该如何
设计引物来覆盖整个基因？
3，部分区域虽然设计出了引物，但是PCR 效果很差， 很少有PCR产物。我该如何优化
PCR条件？
谢谢 |
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q*****n
发帖数: 6 | 20 I sequence about 2kb before the ATG and 500bp downstream of stop codon |
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C*******h
发帖数: 75 | 21 1) RT-PCR not quantitative
2) for q-PCR, you would need to have several proper controls at least two
genes as your reference
3) I would suggest you sequece the whole region since you have approximately
30 kb.
4) For certain region with low GC content, you can amplify 5-6 kb fragments
(it is should be easy in most cases) to overcome the PCR obstacles and then
design primers for sequencing.
Good luck |
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f**********e
发帖数: 1994 | 22 他们有自己的平台？不会吧。2nd gen 现在已经不缺新技术了。要搞 sequenceing by
hyb 吗？ |
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p******n
发帖数: 874 | 24 100M per run, the through put is too low. Now to sequence a human genome
that have enough coverage (30x), the bam file has a size of 100G. |
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c*******d
发帖数: 192 | 25 Nature. 2010 May 27;465(7297):473-7.
Sequence data has been submitted to the NCBI Short Read Archive under
accession number SRA012097. Microarray data has been submitted to the NCBI
Gene Expression Omnibus under accession number GSE20585. |
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t*d
发帖数: 1290 | 26 打算用 NextGen Sequencing 测一些 mRNA 的样本。有经验的同志们请推荐个提供 RNA
-seq service 的公司吧。多谢！ |
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j****x
发帖数: 1704 | 27 你得到了它
还有一个重要的概念叫coverage，无论对于定性的DNA还是定量的RNA-seq。
针对你这个例子，20G的数据理论上可以有4000x-20000x的coverage，这对于序列拼接
或者in-deep sequencing是至关重要的。 |
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s********n
发帖数: 2939 | 28 de novo和re-sequence有何区别？只是coverage的区别吗？ |
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h**********r
发帖数: 671 | 29 Title:
The bacterial porin superfamily: sequence alignment and structure prediction
Molecular Microbiology
Volume 5, Issue 9, pages 2153–2164, September 1991
E-mail: m******[email protected]
非常感谢！新年快乐！！ |
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r********7
发帖数: 229 | 30 得到麦地IT大侠的同意，把和他私下交流的信息发到这里，希望他的指点帮助到更多的
人：
我感觉拿454和Ilumina比，除了read length外，唯一拿得出来的就只有run time了，
但这也部分是因为是throughput低导致的。Cost高,error rate高，throughput低，
procedure复杂等都是它比较致使的缺点。
象Ilumina和SOLiD的short read都有一个很大的问题就是对于highly repetitive的
region没有什么好的办法，主要靠pair-end或mate-pair等双tag的方式来弥补，但并不
能绝对解决问题。所以longer read对于这些region是非常必要的。但因为454和三代技
术尽管read length长，可以更好的解决上面提到的问题，不过两者共同的problem都是
error rate高，所以需要extra的coverage来帮忙。这样一来，cost就会更高而且也抵
消了longer read的优势，还不能完全解决error rate高所带来的所有问题。
一句话，鉴于NGS的现状，别看大多数人看好d... 阅读全帖 |
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j*******a
发帖数: 45 | 31 I am at the very beginning stage of collecting experience on next-gen
sequencing data analysis and interpretation. Are there any good workshops or
conferences that may give me a good entrance point? Any suggestions or
recommendations are highly appreciated! |
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s*****j
发帖数: 6435 | 32 前及个月去参加workshop, 一个屋子里讨论next gen sequencing.
我也听不懂, 就问说我什么统计也不懂, 要入这行, 是读本50页"statistics for
biologiest"就行了, 还是得回学校去读统计.
一屋子人都笑, 我说你们笑什么? 大家说其实我们都不太懂统计. |
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L******e
发帖数: 679 | 33 What is the difference between 'mate-paired' and 'paired-end' sequencing.
I am totally confused when read papers. Are they the same meaning but
different words?
Thanks. |
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L******e
发帖数: 679 | 34 I am going to use SOLiD system.
There is two libraries i am going to prepare:
1), Regular fragmentation, 150 bp / fragment, then link to adaptors.
2), Mate-paired: link two ends of a fragment (1-2 kb) together. (i had
thought that is why also called 'paired-end') .
According to your description, pair-ends is the regular fragments, but why
was call 'pair-ends', is that because it was sequenced from two ends?
Thanks |
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m*p
发帖数: 226 | 35 想把基因表达在核里。谁有Nulcear Localization Signaling Sequence?， please
post it here. 谢过了！ |
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m******5
发帖数: 1383 | 36 google
Large T antigen NLS
one of the most commonly used NLS sequence |
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j******i
发帖数: 939 | 37 这次克隆的时候，设计pcr引物的时候，一时疏忽，直接在我的目的基因前面加了个
restriction site, pcr后插到vector里边
去。现在克隆出来了，回过头来一看才发现ATG G前面没有kozak sequence, 甚至－3不
是A or G, -6不是G. 请教这对蛋
白表达影响大吗？如果影响大的话，我干脆重新设计引物免得以后麻烦。 |
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g*********5
发帖数: 2533 | 38 if you use cmv no problem because CMV is strong promoter...
if you clone in bacterial expression vector, and tag on 3'
maybe think about sd sequence. |
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j******i
发帖数: 939 | 39 Thank you for comments! I do have CMV promotor before my gene and the
construct will be used to express in mammalian cell line. Yes, you guys are
right. Without Kozak sequence, it looks like all depends on lucky to get
high expression. To be safe, I'd better add it back to my constructs. It's
painful and a lesson I learned--to be more careful before I start an exp. |
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y******e
发帖数: 277 | 40 组里的leader让我选，和postdoc差不多的工作
以后想进公司
请问大家该选哪个方向？
以前的经历偏sequencing
但担心这么做下去估计会一直develop algorithms
我不是CS出身，特别深的hard core不行
另外比较喜欢分析clinic data
觉得做bionetwork(signaling network, protein network, metabolic network)会不
会对纯编程技术没有那么高
对bionetwork不是很了解
谢谢大家建议 ：） |
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y***i
发帖数: 11639 | 41 next-generation sequencing/RNAseq for sure. 我认为Network就是自己忽悠自己
。看过几篇CNS的network，真是超级恶劣。 |
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y******e
发帖数: 277 | 42 大侠太客气啦：）
我对network也没啥经验
看公司找人都是NGS或者network
而且network都是一堆CS的人在搞
像我好多年都没碰matrix的人
心中颇惴惴哇
如果选NGS
估计以后就一直走sequencing分析这条路了：）
看板上讨论ms前景还不错看：） |
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o*****r
发帖数: 156 | 43 I used this one before in CHO cells, worked really well.
rat serum albumin leader sequence MKWVTFLLLLFISGSAFS |
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J**l
发帖数: 493 | 44 现在很多公司都在做next generation sequencing，大家来谈谈它的应用以及前景吧。
这个技术好像更新换代挺快，如果现在做，会不会很快就被淘汰了呢？临近毕业了，对
自己将来的方向很迷茫，想听听大家的意见。多谢！ |
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J**l
发帖数: 493 | 45 关键要做啥，这个看似简单的问题其实好难回答。想跟着自己兴趣走吧，但又不得不考
虑将来的发展。这么说吧，现在我有两个方向可选，一是next generation sequencing
，做数据分析，属于support team，没有自己的研究课题；另一个是用graph theory做
小分子structure design，这个位置是薄厚，将来有机会留在学术界。不知道哪个方向
对个人发展来说更有利，还有，希望将来能回国发展。 |
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w******a
发帖数: 362 | 46 这里有谁已经做过了的么？最近正想做呢，有问题想请教。
我想做的是RNA sequence,要干的是以前Microarray干的事。
谢谢 |
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D******9
发帖数: 2665 | 48 现在不是说whole genome sequencing 只要5000刀了吗？ |
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o********r
发帖数: 775 | 49 NGS只是一个平台，很难回答你到底能做啥事，主要取决于你的实验设计
FDA is planning a one-day public meeting on June 23rd, 2011, to discuss
potential approaches and questions around assessing analytical validity of
whole genome sequencing platforms for clinical applications, focusing on NGS
and newer/upcoming platforms. Meeting will be held in Silver Spring, MD (
FDA campus). There will be a free webcast during the meeting and it will be
accessible through the archives after the meeting. You are invited to
register for the me... 阅读全帖 |
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w******e
发帖数: 1187 | 50 偶们所有的next-gen seq，都是合作者付钱，合作者帮忙事先处理sample＋事后分析结
果，
我们要啥data，比如XX round和XX round比对选出top 1000 sequence，都是人家搞好了
把excel发过来。。。不知道还能爽多久呵呵 |
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