D*a
发帖数: 6830 | 1 我们确实是想同时关注3'utr, 5‘utr和non-coding sequencing上的信号的，不仅仅测
exon。我能不能限制几个target genes来做？会更省钱更快么？ |
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z*y
发帖数: 84 | 2 哪里能够查到重排后TCR Valpha 和 Jalpha 各个片段的DNA sequences？谢谢！ |
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G***y
发帖数: 1082 | 3 If you use the TOPO kit, it's ~10$ per reaction and ~a day and half's extra
time. It roughly doubles your cost and time for each sample. You have to
decide if it's worth the trouble/money based on your experiment.
should
sequencing |
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f******9
发帖数: 22 | 4 有人做过deep sequence， 有没有什么经验可以介绍一下啊
我要做两组样本RNA表达的差异。有没有做过的前辈指点一下啊
多谢 |
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h***0
发帖数: 248 | 5
存储用什么系统，是否开源，等等。
如果说sequence analysis, 主要是用PERL,
data mining主要用JAVA
data mining 你指什么?结合功能数据?
现在NGS相关的都很多, de novo的基因组注释已经没那么火了,现在主要是各种
comparative -omics的研究
还有各种分析软件的开发
测序成本降了以后,计算升级以后,好多以前测不起的现在都能测了
分析方法要跟上,工具/软件开发肯定有好多活可以做 |
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m*****i
发帖数: 628 | 6 精度比sanger sequencing 高不少。 |
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b*******0
发帖数: 125 | 7 有没有做RNA-sequencing的大拿？科普一下呗。
不太明白，为啥测序还能知道基因表达差异呢？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 8 up一下
想来想去还是觉得是disorder protein sequence导致的非特异结合
至于序列本身的可靠度，看了一圈est，没有支持的
准备看看RNA-seq数据里面有没有对得上的 |
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Q**********r
发帖数: 214 | 9 比如说我有一个DNA的混合物，里面含DNA A和DNA B
我想知道A和B的比例，于是用2nd generation sequencing得到1百万个序列
其中60万个A，40万个B,于是我判断原混合物中A:B=6:4
可以吗？ |
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s*********u
发帖数: 69 | 10 挖个坑，如题。
做分析Next generation sequencing数据相关的工作，需要统计的知识多呢，还是
computer science的知识多？ |
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s*********u
发帖数: 69 | 11 挖个坑，如题。
做分析Next generation sequencing数据相关的工作，需要统计的知识多呢，还是
computer science的知识多？ |
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m******i
发帖数: 73 | 12 最近做的课题需要鉴别样品内的细菌变化,
据说16s rRNA sequencing 可以实现这个目的.
google后发现了两种: PCR-DGGE 或者 16s rRNA pyrosequencing.
好像还有用 mircoarray 什么的.
请问16s rRNA pyrosequencing 好做吗? 做一个样品要多少钱, 多长时间?
数据好分析吗?
老板说很难做. 我不是生物背景, 恳请板上大牛给科普一下.
不胜感激. |
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m******i
发帖数: 73 | 13 你的意思是:
找一个识别16s RNA sequence 某个区域的通用引物.
然后PCR, 再然后测这些放大的序列 (可能有几百种菌).
我的理解对吗? |
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l******n
发帖数: 520 | 14 16S rDNA amplicon sequencing |
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C*******e
发帖数: 4348 | 16 pyrotag sequencing怎么回事整个基因组的信息呢
都是用通用rDNA的primer先做PCR
放大variable region
然后再测的
做metagenomics之前一般也会先做个pyrotag 的trial
看看是不是值得做meta
rDNA |
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w******e
发帖数: 1187 | 17 I don't know how to do PCR in this case, as I have 0 idea what the sequence
is (so no primer available on either end).
I meant to use the random primer to do one round of primer extension. Maybe
I can add some tag to the random primer to enable PCR? any thoughts? |
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w******e
发帖数: 1187 | 18 naive question -- can MS distinguish two oligos with same base composition
but different sequence? I have little idea how MS works... |
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R****n
发帖数: 708 | 19 Maybe I am wrong. But I don't think that you can use MALDI-TOF for oligo
nucleotide sequencing. |
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R****n
发帖数: 708 | 20 If you can remove the biotinylated group, you can build a miRNA library for the 2nd generation sequencing system.
then |
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f****6
发帖数: 1 | 21 本人发现target sequence 19nt--21nt的shRNA 的效果不好。 |
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b******e
发帖数: 3348 | 22 老板催着我干新活，结果上周没时间再看一遍文章，周日晚上好不容易抽点时间看，发
现新添的supplemental figure中用的一个primer的sequence老板忘了写，就改了然后
发个email给老板，结果老板回信说周五已经投出去了。。。。。。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 23 不用紧张，如果被录用的时候，还有一个proof 的机会
而且大部分审稿者根本就没有这么仔细会慢慢核对你的primer sequence |
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y******n
发帖数: 8667 | 24 Why put primers sequence there? No one care. It is not necessary. |
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y*****1
发帖数: 73 | 25 请问哪里有 single molecule real time DNA sequencing （pacific biosciences）
的 facility？ 或者有实验室可以collaboration？
谢谢！ |
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s******y
发帖数: 424 | 26 我没有什么molecular biology 的背景，希望想请教一下。
我通过mass spec可以sequence出来novel peptide，但我怎么查相应的gene里能不能
encode出来这段peptide呢？是不是应该用ncbi的blast protein，但查出来的number 好像是protein 的啊？blast neucleotide查出来的是不是就是gene的accession #了啊 |
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p********k
发帖数: 72 | 27 我有个Mass Spec的结果（Excel文件），想要做个Consensus sequence的图标，要怎么
做啊？
肽链长短不一， 常用的软件用不上，郁闷死。
谢了先。 |
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i****t
发帖数: 58 | 28 我最近得到了sequencing的结果，想与Fly Atlas的数据库进行对比，看看那些基因在
我的model里没有表达，请大牛们给小弟指点指点。谢谢 |
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g******1
发帖数: 295 | 29 搞计算机的，不太懂生物，rrdw下rrdw下sequencing中primer和adaptor的区别？
primer和adaptor分别什么作用呢？谢谢 |
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R****n
发帖数: 708 | 30 common primer pair is the sequencing primer pair. Depending on the library
construction, there are some variations. You can imagine that genomic dna is
fragmented in a range of 100-500bp. Only one pair of primer is added to
their 5'and 3' end. |
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k*******3
发帖数: 1909 | 31 请问sequencing里面什么是Cassava1.8? 用来干嘛的？谢谢 |
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G***G
发帖数: 16778 | 32 anyone knows how to extract population affinity of sequences and/or
frequencies of variants of a gene in different populations. |
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O*C
发帖数: 649 | 33 不懂啊，请问大牛怎么in vivo sequencing peptide？ |
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u*********1
发帖数: 2518 | 34 正在制作用于whole-genome sequencing的human genome library。做完ligation跑胶
看到smear，然后切下比如450-500bp的区间做PCR。但可能是50bp的interval太小或者
自己技术不好，所以最后PCR出来的亮度比较低。（当然也不排除ligation efficiency
不好）
PCR的结果如图。
还没拿去测浓度。只想问问有经验的前辈这样的情况能拿去测30 coverage的WGS吗？
另外还有一个问题，就是，我们切胶的smear每一个区间（300-400，400-500，500-600
）这些区间里都一定cover了genome的每一个部分吗？我总担心genome的有的部分没有
被涵盖到，那岂不是就人为引入了很多bias？
thx |
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O******e
发帖数: 4845 | 35 1. I would get both DNA and RNA, just in case RNA-Seq becomes an option in
the future.
2. Yes.
answers
.
I
sequence |
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y*****w
发帖数: 146 | 36 再问一下，有谁知道GAL4 promoter 的sequence吗？ GAL1， GAL10， and GAL4 这3个
promoters 哪个的strength最强呢？十分感谢！ |
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G***G
发帖数: 16778 | 37 how to extract sequence and chromsome location from gene id
using a R package?
thanks |
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y******8
发帖数: 1764 | 38 Whole genome?
Check Completegenomics.
They can do $2k/sample for this volume. And the quality is fine.
You can also wait for the Ion Proton sequencer. Presumably, by the end of
this year, $1k/sample by Ion Proton. |
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z***q
发帖数: 81 | 39 问个菜鸟问题：好多paper上都有protein multiple sequence alignment的图。俺想知
道用什么软件做这样的图比较方便，有经验的同学能给俺推荐一个吗？非常感谢！ |
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h*****G
发帖数: 113 | 40 大家好，小弟最近构件质粒，插入GFP到一个基因的intron，利用endogenous的
promoter来表达GFP。基本的思路是Slice acceptor sequence-2A peptide-GFP, 因为
intron之前的exon没有刚好in frame, 所以需要在SA和2A之间加入几个碱基。现在的问
题不知道具体的SA 序列，在Addgene上看了几个plasmid，都没有把具体的序列位置给
标出来，所以也搞不清楚。比如这段序列是addgene一个plasmid的，表明是SA－2A序列
，也知道［］中的是2A序列。但是前面的话具体那段是SA呢，如果我需要在SA和2A之间
插入连个碱基，应该在哪里插入呢？
gcaagcttctgacctcttctcttcctcccacagggcctcgagagatctggcagcg［
gagagggcagaggaagtcttctaac
atgcggtgacgtggaggagaatcccggccct ］
或者各位大侠有没有常用的SA序列呢？非常感谢帮助指导。 |
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m******c
发帖数: 830 | 41 别信他们。没几天好日子了。我知道一公司招sequencing分析的人，就收到无数CV, 包
括好多assistant professors.刚出道的就算了吧，电面都难得。 |
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e*******o
发帖数: 4654 | 42 你要是把生信理解为Sequencing就太简单了。
core是数据分析。
你自己想想能热多久。 |
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t*********1
发帖数: 2852 | 43 现在保险公司已经cover SNP的检测，Medicare,Medicaid and Tricare 都cover这方面
的检测。这方面会越来越热。医生现在也力推gene sequence的检测，来达到
personolize 给药。 |
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b*******n
发帖数: 8420 | 44 big data是未来的趋势
sequencing data只是其中一个分支
就如同bioinfo只是CS的一个分支 |
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N********g
发帖数: 117 | 45 搞硬件的，不是学生物的。现在加州一家做DNA sequencing仪器的公司有个机会，但不
知这类公司前景如何，技术更新是不是很快。hiring manager说大概三年就要开发一代
新产品，这个领域发展这么快吗？ |
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u*********1
发帖数: 2518 | 46 Illumina Hiseq2000 I guess is mainstream device
But seems Hiseq2500 is coming out.
Also if you're interested in very long sequences (say, ~4kb) for assembly
study, then PacBio though with a relatively higher error rate.
I'm not an expert in this and also would like to hear more |
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a********h
发帖数: 245 | 48 我觉得你这个像是tag count file (参考 GBS pipeline)。
自己用 linux shell commands will do that (假设你的文件是space delimit):
cat input.txt | nl | gawk -F' ' '{print ">"$1"_"$3"\n"$2}'
>1_2
ACAAACGACTCTCGGCAACGGTTGT
>2_1
ATATGAAGACAAGTAGTGCAGCTCGGAGACGGG
>3_1
ATAATAGAGGTTTTGCAAAACAAT
sequence ID will be unique if you only have one file and also include read
number information. For multiple files, just do: cat file1 file2 file2 | nl
| gawk -F' ' '{print ">"$1"_"$3"\n"$2}' |
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P****d
发帖数: 564 | 49 You can take any program that uses purely the smith-waterman algorithm, and
set the gap penalty as well all entries in the scoring matrix to 1.
Crossmatch by phil green is widely regarded as a very efficient
implementation of smith-waterman.
BTW, what are you trying to achieve through the comparison? If you're
thinking about developing a better tool for sequence alignment, you might
have picked a wrong fight. |
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h*********r
发帖数: 2844 | 50 文中"the latest dna sequencing technology" 是nanopore技术吗？为什么这么偷偷
摸摸不肯明说泥？
in
which
The |
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