l**********1
发帖数: 5204 | 1 LZ pls try go to
//www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/
or Cell article:
by
Nik-Zainal S et al. and Stratton MR (2012)
Mutational processes molding the genomes of 21 breast cancers.
Cell. 149: 979-93.
Abstract
All cancers carry somatic mutations. The patterns of mutation in cancer
genomes reflect the DNA damage and repair processes to which cancer cells
and their precursors have been exposed. To explore these mechanisms further,
we generated catalogs of somatic mutation from 21 breast cancer... 阅读全帖 |
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h*****G
发帖数: 113 | 2 By ectopic expression of only 4 transcription factors, terminal
differentiated somatic cells can be transformed to be iPS cells. My question
is that if iPS cells or ES cells can be directly programmed to a specific
somatic cell fate by a pool of lineage specific transcription factors
without usually used stepwise protocols. If yes, could you please show me
some of the references? If not, what do you think might be the problem? |
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h*****G
发帖数: 113 | 3 Thank you.
Lineage reprogramming is definitely very promising. As mentioned in another
post, it has been showed that fibroblast can be transformed to neuron
with only 3 TFs.
At the same time, direct programming from ES/iPS cells to somatic cells are
few. And I was not be able to find any publications. So was wondering if
someone can help me with some papers about direct programming from ES/iPS
cells to somatic cells with TFs, not stepwise extracellular signals.
Thanks.
转换 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 4 Generally I think they are the same.
CNVs can refer to any copy number change, either benign/natural or
pathogenic.
While "somatic copy number aberrations", with "somatic", is obviously used
in cancer research.
Of course, I don't know if "aberration" indicates pathogenic, because the
word "aberration" literally means anything that deviates from the normal
state. |
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M**1
发帖数: 162 | 5 What's called somatic mutation? Thanks! |
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C***2
发帖数: 62 | 6 Hello, Are there any reviewing opportunities in the field of ESC and Somatic
reprogramming? I am ready to provide CV. Thanks for your kindly help！ |
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y***v
发帖数: 270 | 7 你们看看： 比较长，
转一篇文章。让事实为肖传国说话
转自：虹桥科教论坛 http://www.rainbowplan.org/bbs/topic.php?topic=114563&select=&forum=1
有人在散仙谷转了一篇文章。应该把这篇文章广为转发。让当局和国内不明真相的人民
都知道肖传国的医学探索的价值。方舟子夹私打假必然会被钉在科学的耻辱柱上。
“肖氏反射弧”真相解析
肖传国教授在世界上第一个提出并证实 “人工建立体神经-内脏神经反射弧” 用于治
疗各种脊髓损伤导致的排尿障碍。这一发现在肖传国与方舟子之间挑起了一场科学与反
科学长达五年的论战。为帮助公众了解这场论战的事实真相，本文首先从学术角度根据
科学文献和科学事实对“肖氏反射弧”作一番解析。
反射是神经支配机体生理机能的基本方式。反射弧一般由感受器，传入神经，反射中枢
，传出神经和效应器组成。正常的排尿反射由位于脑干和大脑皮层的高级排尿中枢控制
达骶髓的排尿反射初级中枢完成。膀胱充盈时，膀胱壁的牵张感受器受到刺激而兴奋。
冲动传入高级中枢产生排尿欲。中枢经过判断认为可以排尿，于是发出神经冲动沿下行
传导束到脊髓初... 阅读全帖 |
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y****i
发帖数: 2108 | 8 2011年1月的commentary review.
把结论部分给你摘出来：
The important message 。。。 is that the functional results 。。。are
less
favorable 。。。compared with the excellent reports of Xiao [1].
only one of eight sacral nerves innervating the bladder with at best
20–30%
of the total sacral parasympathetic outflow to the urinary bladder is
activated on stimulation for initiation of micturition.
The authors’ plea is noteworthy, to continue scientific evaluation of
the
risks and the benefits of this procedure before it may... 阅读全帖 |
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m***f
发帖数: 1622 | 11
扯淡呢，看看高最近两年发表的文章吧
CELL STEM CELL, JBC, STEM CELL, PNAS，都是很不错的
就这样还不能PROMOTION? 在美国都可以tennure了
1. Wu T., Wang H., He J., Kang L., Jiang Y., Liu J., Zhang Y., Kou
Z., Liu L., Zhang X., Gao S. (2011) Reprogramming of trophoblast stem
cells into pluripotent stem cells by Oct4. Stem Cells 2011 Feb 8.
[Epub ahead of print].
2. Kang L., Wu T., Tao Y., Yuan Y., He J., Zhang Y., Luo T., Kou Z.,
Gao S. (2010) Viable mice produced from 3-factor induced pluripotent
stem (iPS) cells through tetrapl... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 12 En
one aspect:
To keep stability and safety of Somatic cell Reprogramming to iPS cell
pls refer
Hamada M. et al. (2012)
Reprogramming to Pluripotency Can Conceal Somatic Cell Chromosomal
Instability.
PLoS Genet. 8: e1002913.
Abstract
ignored
These findings suggest that aneuploid cells can be selected for or against
during reprogramming depending on the W-CIN gene defect and present the
novel concept that somatic cell W-CIN can be concealed in the pluripotent
state. Thus, karyotypic analysis of s... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 13 终于克隆人了。
Human Embryonic Stem Cells Derived by Somatic Cell Nuclear Transfer
Cell, 15 May 2013
doi:10.1016/j.cell.2013.05.006
Reprogramming somatic cells into pluripotent embryonic stem cells (ESCs) by
somatic cell nuclear transfer (SCNT) has been envisioned as an approach for
generating patient-matched nuclear transfer (NT)-ESCs for studies of disease
mechanisms and for developing specific therapies. Past attempts to produce
human NT-ESCs have failed secondary to early embryonic arrest of SCNT e... 阅读全帖 |
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r*****m
发帖数: 3619 | 14 Results: 46
Select item 25597018
1.
Exome-wide Sequencing Shows Low Mutation Rates and Identifies Novel Mutated
Genes in Seminomas.
Cutcutache I, Suzuki Y, Tan IB, Ramgopal S, Zhang S, Ramnarayanan K, Gan A,
Lee HH, Tay ST, Ooi A, Ong CK, Bolthouse JT, Lane BR, Anema JG, Kahnoski RJ,
Tan P, Teh BT, Rozen SG.
Eur Urol. 2015 Jan 14. pii: S0302-2838(14)01396-7. doi: 10.1016/j.eururo.
2014.12.040. [Epub ahead of print]
PMID: 25597018 [PubMed - as supplied by publisher] Free Article
Related citations... 阅读全帖 |
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a*******t
发帖数: 10093 | 15 请专业人士们都来批驳一下
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NIH批准在美国推广肖氏反射弧手术
作者：肖传国 http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=288343
NIH 年底批准了230万美元，由Beaumont医院（美国最大的私立医院之一）)牵头，在美
国几个主要医学院多中心推广研究肖氏反射弧（somatic-autonomic reflex arc）肖氏
手术。NIH已决定由哈佛大学医学院建立DATA Base，收集处理多中心肖氏反射弧手术资
料。
向NIH要求参加该计划的大学太多，在平衡协调上伤透脑筋。我当然希望多多益善，但
经费有限。目前基本选定东海岸哥伦比亚大学医学院，哈佛大学医学院，华盛顿大学（
WUSTL）/南佛罗里达大学， Emery大学医学院。有些大学已自筹经费开展肖氏手术，但
仍要求加入该项目（for academic reputation and credit)
该项目的组织、申请、协调、很像国内的973计划项目，但不像973计划那样在经费预... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 16 Joke of the day or what?
there is not a most shameless but more shameless!
Results: 33
1.
Viable fertile mice generated from fully pluripotent iPS cells derived from
adult somatic cells.
Zhao XY, Li W, Lv Z, Liu L, Tong M, Hai T, Hao J, Wang X, Wang L, Zeng F,
Zhou Q.
Stem Cell Rev. 2010 Sep;6(3):390-7.PMID: 20549390 [PubMed - in process]
Related citations
2.
Production of mice using iPS cells and tetraploid complementation.
Zhao XY, Lv Z, Li W, Zeng F, Zhou Q.
Nat Protoc. 2010;5(5):963-71. Epu... 阅读全帖 |
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a****o
发帖数: 6612 | 17 我看了一下原基金申请书的概述。 其中提到肖传国＂自称＂在中国92例病人中，88％
有效，110个小孩中，在一年后的随访中有87％成功。
DESCRIPTION (provided by applicant): Spina Bifida, a congenital defect of
the spinal cord, causes nerve damage and a loss of sensation and muscle
function below the waist resulting in bowel, bladder and sexual dysfunction.
Patients cannot urinate or are constantly wet, and this continues
throughout life causing major quality of life and health problems. Clean
intermittent catheterization is usually needed to empty the bladder pr... 阅读全帖 |
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M*****e
发帖数: 279 | 18 Yes, you're right. The X chromosome inactivation only occurs in somatic
cells, not germ cells. I know this.
The other post said that the girl get one X from her mother, the other X
from her father. It's true too. However, which X chromosome (from mother or
father) is inactivated in somatic cells is randomly done for girls. How can
the LZ (the original post) be sure that "女性有 2 個 X 染色體，男性只有 1 個
，所以媽媽的智力在遺傳中就占有了更重要的位置"? Our intelligence is
determined by our neurons that are somatic cells, but not |
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c******r
发帖数: 3778 | 19 实验嘛，不行就自己发明啦。
比如可以先回答cell contact是否required for somatic cell induced stem cell
proliferation.
可以把somatic cell先做你想做的处理，然后放在culture里，跟stem cell用0.3um的
膜分开。这样如果stem cell proliferation增加了，那说明是soluble factor，在
culture medium里面。可以尝试用不同的antibody block。这样可以找到是什么factor。
如果stem cell不增加，那么可以把stem cell用CFSE之类的marker标记了，和处理过的
somatic cell混养，这样如果刺激stem cell proliferation，那么说明cell contact
很重要。那么可以focus on cell surface molecules，试试不同的knock down，看看
有没有哪个能block这个过程。
当然，注意做好controls。
具体实验设计要看情况，我的意思是你这个问题很有意思，不能因为... 阅读全帖 |
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s********3
发帖数: 231 | 21 《科学》对STAP手稿的专家评审意见曝光
《科学》对传说中的STAP细胞论文的三名评审专家意见，过去一直被雪藏，今天终于
被曝光。专家对这一研究的评价不高，认为非常全面的描述性研究，如果结果确定，可
能导致发育生物学大厦的颠覆，其实是不相信这种研究结论。因为没有当时的投稿件，
所以没有办法对这些评价进行更深入分析。不过这些资料显然都在某个地方，只是拥有
的人不愿意拿出来。
Retraction Watch readers are of course familiarwith the STAP stem cell saga,
which was punctuated by tragedy last month whenone of the authors of the
two now-retracted papers in Nature committed suicide.
In June, Science‘s news section reported:
Sources in the scientific community confirm that early version... 阅读全帖 |
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t***o
发帖数: 4265 | 22 另外，在一个英文论坛网页上也找到了一个老外引用的肖的简历。
开来老外对肖的手术还是评价还是不错的，首先觉得很新颖很有趣，其次有些手术效果
不错，有的还有待观察。在2008年，这个手术在美国还是处于试验研究阶段，只对严重
瘫痪病人试用。
http://sci.rutgers.edu/forum/showthread.php?t=70481&page=4
CURRICULUM VITAE September 3, 2004
Name: Chuanguo Xiao, 肖传国 Male
E-mail: xiaoc01 @ med . nyu . edu Cellular: 13707136268
EDUCATION:[学历]
8/1988-12/1990 AUA Fellow, Neurourology & Reconstructive Urology
Eastern Virginia Medical School, Norfolk, VA
8/1987 7/1988 Fellow, Institute of Urology,
University College London, UK
1... 阅读全帖 |
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r********n
发帖数: 7441 | 23 发信人: conti (conti), 信区: TsinghuaCent
标 题: zz pk饶毅进入第二轮的张旭的背景
发信站: 水木社区 (Sun Aug 28 15:38:09 2011), 站内
如果神经方向就只能上一个候选人，那么张旭入选还真是一点也不出格
发信人: WeiLiao (WeiLiao), 信区: Biology
标 题: 张旭的publications
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 28 01:39:20 2011, 美东)
去查了一下，张旭总共发表了90多篇英文文章（不算中文）。回国之后作为联系作者也
有快20篇了。其中有cell, neuron, Journal of neuroscience, PNAS 好多篇。
而且他
1995年就回国了，那个时候国内的环境有多差不用说了吧。这也快20年了。比饶益
2007
年才全职回去多了12年。比起培养的中国学生也多多了，算国内贡献肯定不会小。如果
他一直留在国外，成就未必就比饶差。谁把饶益的文章列一列。国内多少篇，总共多少
篇，培养了多少中国学生？
1. Li KC, Wang F, ... 阅读全帖 |
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y******m
发帖数: 143 | 24 在文章The effects of HBV integration into the genomes of HCC patients里作者
发现高somatic mutation 8957/sample,2.89/megabase。在文章exome sequencing of
HBV-associated hepatocellular carcinoma 指出T:A >A:T在样本中是高频出现的。
在文章The genomic landscape of fibrolamellar hepatocellular carcinoma：Whole
genome sequencing of ten patients 也发现大量mutation.
在science的文章中用了UTUC的细胞列作为阳性对照。从上面发表的文章看出病毒也可
以引大量的类似突变。AA在肝脏引起的突变会和在肾脏一样？它们为什么不用HepG2，
hcv感
染的细胞，酒精处理过肝脏细胞，
AA处理过肝脏细胞系区分他们所测到的somatic mutation是AA在肝脏独有的。
而且我觉得把所谓的AA signature 是否是... 阅读全帖 |
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k*****e
发帖数: 22013 | 25 【 以下文字转载自 Queer 俱乐部 】
发信人: university1 (guagua), 信区: Queer
标 题: Generation of viable male and female mice from two fathers
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 18 00:29:26 2011, 美东)
Biol Reprod. 2011 Mar;84(3):613-8. Epub 2010 Dec 8.
Generation of viable male and female mice from two fathers.
Deng JM, Satoh K, Wang H, Chang H, Zhang Z, Stewart MD, Cooney AJ, Behringer
RR.
SourceDepartment of Genetics, The University of Texas M.D. Anderson Cancer
Center, 1515 Holcombe Blvd., Houston, TX 77030, USA.
Abstract
... 阅读全帖 |
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t******l
发帖数: 10908 | 26 另外这个家伙的小众的说法也是蛮好玩的：
http://en.wikipedia.org/wiki/The_Educated_Mind#How_knowledge_gr
[quote from wiki]
According to Egan, individuals can pick up sets of cognitive tools that will
coalesce into five distinctive kinds of understanding:
Somatic - (before language acquisition) the physical abilities of one's own
body are discovered, as are our emotions; somatic understanding includes the
communicating activity that precedes the development of language; as the
child grows and learns language, this ki... 阅读全帖 |
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G****a
发帖数: 10208 | 27 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: toptip (土翁), 信区: Biology
标 题: 从骨科医生到诺贝尔奖-山中伸弥的研究历程
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 17 00:04:30 2012, 美东)
引言
山中伸弥（Shinya Yamanaka）获得诺奖已经有几天了，虽然两年前在听完他的讲座后
我兴致很高地写了两篇文章，这些天我却没有多少动力再写一篇完整的文章来介绍他的
工作。
我一直对中国现在还盛行的规划性科研，应用导向型科研耿耿于怀。这些所谓的重大项
目在立项的当初对目标/前景写得宏大无比，之后却通常草草收场。如果那些重大项目
真的能实现立项当初的用意，那诺贝尔奖早就在中国遍地开花了。广大科研人员都觉得
这种运行模式是一个笑话，饶毅、施一公等大牛也重炮轰击，但是分钱游戏还在进行着
。而公众，包括相当一部分科研人员也并不了解科研的自身规律，总是一再地问做基础
研究有什么用。
Shinya Yamanaka的成功是典型的小实验室自由探索的成功。他的成功再一次提示，有
相当多的科学突破是不可预测的。如果中国有大批优质的小实验室得到稳... 阅读全帖 |
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w*******r
发帖数: 23 | 28 主要想研究stem cell和somatic cell之间的homeostasis。
一些文章报道说如果somatic cell受伤的话，就会发出信号，诱导stem cell增殖分化,
替代掉损伤的细胞。现在有没有建立起在体外模拟这一过程的系统？
如果要建立这一系统需要考虑哪些问题？
我觉得这一系统的好处就是方便在体外分离纯化相关的因子。 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 29 since you are talking about fish, I'd like to throw in some 2 cents worth
opinions.
Indeed, no one can claim all the cells in the organism carry the exact same
DNA in their genome (of coure, here we are not focusing on somatic mutations which
are relatively rare). I just went to a talk today and learned that during
development of Drosophila, polyploid cells do exist and during the formation
of polypoid cells the genome undergoes "underreplication", which means not
the whole genome is replicated.... 阅读全帖 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 30 do we call the imunoglobin gene rearrangement somatic mutations? I think in
a broader sense yes.
the term of somatic mutation is rather vague.
considering
partially |
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c****l
发帖数: 1086 | 31 cancer susceptibility is inheritable for sure. For majority of cancers as
you mentioned, however, are caused by somatic mutation due to environment.
You need to figure out what do somatic and germline mutation mean.
般人高吗？要不然保险公司也不会问这个问题吧。
。归根到底还是跟基因有关。 |
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W*****o
发帖数: 1780 | 32 去查了一下，张旭总共发表了90多篇英文文章（不算中文）。回国之后作为联系作者也
有快20篇了。其中有cell, neuron, Journal of neuroscience, PNAS 好多篇。而且他
1995年就回国了，那个时候国内的环境有多差不用说了吧。这也快20年了。比饶益2007
年才全职回去多了12年。比起培养的中国学生也多多了，算国内贡献肯定不会小。如果
他一直留在国外，成就未必就比饶差。谁把饶益的文章列一列。国内多少篇，总共多少
篇，培养了多少中国学生？
1. Li KC, Wang F, Zhong YQ, Lu YJ, Wang Q, Zhang FX, Xiao HS, Bao L, Zhang X
. (2011) Reduction of follistatin-like 1 in primary afferent neurons
contributes to neuropathic pain hypersensitivity. Cell Res, 21: 697-699.
2. Li KC, Zhang FX, Li CL, Wang F, Yu MY, Z... 阅读全帖 |
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b****n
发帖数: 993 | 33 恳请大佬们帮个忙。需要下面两篇文献，但是我们学校木有。
1. Somatic Embryogenesis and Plant Regeneration from Suspension Cultures of
Pearl Millet (Pennisetum americanum). Ann Bot (1981) 47 (5): 669-678.
2. Somatic Embryogenesis: Factors Influencing Coordinated Behaviour of Cells
as an Embryogenic Group Ann Bot (1986) 57 (4): 443-462.
多谢了！ |
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D******9
发帖数: 2665 | 34 突变五花八样， 大多数蛋白在细胞里， 又没有酶活性。 健康人早点测个序， 假如有
这些突
变，早点做个肠镜才是真的。
Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer.
Cancer Genome Atlas Network.
Abstract
To characterize somatic alterations in colorectal carcinoma, we conducted a
genome-scale analysis of 276 samples, analysing exome sequence, DNA copy
number, promoter methylation and messenger RNA and microRNA expression. A
subset of these samples (97) underwent low-depth-of-coverage whole-genome
sequencing. In total, 16% of co... 阅读全帖 |
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t****p
发帖数: 1504 | 35 引言
山中伸弥（Shinya Yamanaka）获得诺奖已经有几天了，虽然两年前在听完他的讲座后
我兴致很高地写了两篇文章，这些天我却没有多少动力再写一篇完整的文章来介绍他的
工作。
我一直对中国现在还盛行的规划性科研，应用导向型科研耿耿于怀。这些所谓的重大项
目在立项的当初对目标/前景写得宏大无比，之后却通常草草收场。如果那些重大项目
真的能实现立项当初的用意，那诺贝尔奖早就在中国遍地开花了。广大科研人员都觉得
这种运行模式是一个笑话，饶毅、施一公等大牛也重炮轰击，但是分钱游戏还在进行着
。而公众，包括相当一部分科研人员也并不了解科研的自身规律，总是一再地问做基础
研究有什么用。
Shinya Yamanaka的成功是典型的小实验室自由探索的成功。他的成功再一次提示，有
相当多的科学突破是不可预测的。如果中国有大批优质的小实验室得到稳定的资助，那
么类似的科学突破就会随机但是必然地产生。从这种意义上讲，展示Shinya Yamanaka
在研究过程中的这种随机性和必然性，向公众科普科研活动是如何进行的，是值得我花
一点时间的。
解析Shinya Yamanaka发现诱导干细胞（iPS... 阅读全帖 |
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t****p
发帖数: 1504 | 36 引言
山中伸弥（Shinya Yamanaka）获得诺奖已经有几天了，虽然两年前在听完他的讲座后
我兴致很高地写了两篇文章，这些天我却没有多少动力再写一篇完整的文章来介绍他的
工作。
我一直对中国现在还盛行的规划性科研，应用导向型科研耿耿于怀。这些所谓的重大项
目在立项的当初对目标/前景写得宏大无比，之后却通常草草收场。如果那些重大项目
真的能实现立项当初的用意，那诺贝尔奖早就在中国遍地开花了。广大科研人员都觉得
这种运行模式是一个笑话，饶毅、施一公等大牛也重炮轰击，但是分钱游戏还在进行着
。而公众，包括相当一部分科研人员也并不了解科研的自身规律，总是一再地问做基础
研究有什么用。
Shinya Yamanaka的成功是典型的小实验室自由探索的成功。他的成功再一次提示，有
相当多的科学突破是不可预测的。如果中国有大批优质的小实验室得到稳定的资助，那
么类似的科学突破就会随机但是必然地产生。从这种意义上讲，展示Shinya Yamanaka
在研究过程中的这种随机性和必然性，向公众科普科研活动是如何进行的，是值得我花
一点时间的。
解析Shinya Yamanaka发现诱导干细胞（iPS... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 37 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
了影响。
这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
代谢组这个概念。现在用GC/LC-MS进行代谢组的测定已经成为和microarray测转录一样
的技术了，肿瘤代谢的第二个重磅炸弹是Bert Vogelstein发现在glioma里有相当高比
例的ID... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 38 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
了影响。
这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
代谢组这个概念。现在用GC/LC-MS进行代谢组的测定已经成为和microarray测转录一样
的技术了，肿瘤代谢的第二个重磅炸弹是Bert Vogelstein发现在glioma里有相当高比
例的ID... 阅读全帖 |
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l****n
发帖数: 844 | 41 somatic mutation 只能用NGS, microarray灵敏度不够,而很多靶向药物如肺癌的都是
针对somatic mutation的
DX, |
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i*******i
发帖数: 145 | 42 "一直觉得GWAS的数据重复性不是很好，现在准备和朋友做一个传染疾病的易感基因分析
。如果测上一万个样本，不知道数据是否能有真正借鉴意义，而不是忽悠文章。"
楼主的意思不是somatic吧？somatic主要是做cancer tissue的？（我觉得）易感人群
分型是germline的吧？ |
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w********h
发帖数: 12367 | 44 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: toptip (土翁), 信区: Biology
标 题: 从整型医生到诺贝尔奖-山中伸弥的研究历程
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 17 00:04:30 2012, 美东)
引言
山中伸弥（Shinya Yamanaka）获得诺奖已经有几天了，虽然两年前在听完他的讲座后
我兴致很高地写了两篇文章，这些天我却没有多少动力再写一篇完整的文章来介绍他的
工作。
我一直对中国现在还盛行的规划性科研，应用导向型科研耿耿于怀。这些所谓的重大项
目在立项的当初对目标/前景写得宏大无比，之后却通常草草收场。如果那些重大项目
真的能实现立项当初的用意，那诺贝尔奖早就在中国遍地开花了。广大科研人员都觉得
这种运行模式是一个笑话，饶毅、施一公等大牛也重炮轰击，但是分钱游戏还在进行着
。而公众，包括相当一部分科研人员也并不了解科研的自身规律，总是一再地问做基础
研究有什么用。
Shinya Yamanaka的成功是典型的小实验室自由探索的成功。他的成功再一次提示，有
相当多的科学突破是不可预测的。如果中国有大批优质的小实验室得到稳... 阅读全帖 |
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f*********1
发帖数: 189 | 45 响应号召，参加[医学文献阅读活动]，
贴个icetea喜欢的，哈哈，4天前的Nature 关于 breast cancer的
The genomic and transcriptomic architecture of 2,000 breast tumours reveals
novel subgroups
Nature
(2012)
doi:10.1038/nature10983
Published online
18 April 2012
The elucidation of breast cancer subgroups and their molecular drivers
requires integrated views of the genome and transcriptome from
representative numbers of patients. We present an integrated analysis of
copy number and gene expression in a discovery an... 阅读全帖 |
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C*****D
发帖数: 1299 | 46 有空能否学些基本知识再来胡乱指控。 方粉尽可上水版胡编。除了中国所谓专家和几
篇letter to editors， 从来没有peer revie w paper 说肖有问题。
肖和peters倒是分别发文，还写书。还有cme course。
再去上网看许多美国病人的评价，有许多spina bifida patient supporting groups
支持clinical trials。去那些美国人网站去看手术后病人怎么评价方粪spam他们网站。
许多方粪拿着这篇2009的综述，断章取义或英文太差，或别有用心。把一篇比较中性的
文章说成停用肖手术。
贴下文，是为the silenced majority，没有对方粪教育的义务。
Editor: Alan R. Cohen, MD Spring 2009
Xiao Procedure
Jeffrey P. Blount, MD, and Gerald Tuite, MD
At the conclusion of the recent First World Congress on Spina Bifida
Research and C... 阅读全帖 |
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f**d
发帖数: 768 | 47 这是一本计算神经科学的优秀著作，全文拷贝这里（图和公式缺），有兴趣的同学可以
阅读
如需要，我可以分享PDF文件（－－仅供个人学习，无商业用途）
From Computer to Brain
William W. Lytton
From Computer to Brain
Foundations of Computational Neuroscience
Springer
William W. Lytton, M.D.
Associate Professor, State University of New York, Downstato, Brooklyn, NY
Visiting Associate Professor, University of Wisconsin, Madison
Visiting Associate Professor, Polytechnic University, Brooklyn, NY
Staff Neurologist., Kings County Hospital, Brooklyn, NY
In From Computer to Brain: ... 阅读全帖 |
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l*******r
发帖数: 39279 | 48 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: zxt (Asoka & Akaba), 信区: Biology
标 题: Re: 大家说说Cancer cell metabolism吧，这个越来越火啊！
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 4 01:53:57 2012, 美东)
在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长... 阅读全帖 |
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