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全部话题 - 话题: t7e1
1 (共1页)
m****a
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1
是谁吃完饭没事干去跟方舟子告状??
http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/523403
不久前河北科技大学韩春雨在《自然·生物技术》发表论文报告了一种基因编辑新方法
NgAgo,在国内轰动一时。被《知识分子》作为末流学校土博士也能做世界一流科研的
典型,国内其他媒体随后跟进宣传,甚至称之为“诺贝尔奖级”的研究成果。
这几天我陆续收到几家实验室的研究人员的来信,反映重复不出韩春雨论文中最关键的
图4结果(切割基因组,T7E1和测序),呼吁我关注一下这事。
有些人已在网上生物专业论坛公开讨论此事,报告他们没法重复该实验,询问有谁重复
出来了。目前还未见有人反映重复出了图4结果。有的能够重复论文中的图3结果(FACS
和Western Blot),但那有可能是假阳性。
据听报告的人说,韩春雨在北大和遗传所的报告上都强调,他目前的NgAgo是初级版、
需要高超的实验技巧、等他推出2.0版和Smart版。这些说法跟他在论文里的描述是矛盾
的。因为他描述的只是个并不复杂的转染实验,T7E1和测序也都是现成的技术,并不需
要高超的实验技巧,按照其提供的... 阅读全帖
F****8
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2
来自主题: Biology版 - NgAgo最新结果!Efficient!
Google讨论中,一位叫Mike的回应。
https://groups.google.com/forum/#!topic/crispr/V1FALNbspCo
This looks sketchy.
In the discussion following this tweet @GaetanBurgio claims that this is a
PCR result (not a T7E1 assay). The significantly smaller bands in sample
lanes(1-7) was deletion bands caused by NgAgo. And yet on his control lane (
Lane 8 according to him) there's also smaller bands.
He didn't do T7E1 assay because (from what I gathered in the tweets and
sorry if I got it wrong) the effects of NgAgo is ... 阅读全帖
W*****n
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3
来自主题: Biology版 - 韩文到底有没有被重复?
试着整理了一下.
刚开始有人在Google论坛上说阿狗切不了内源DNA,也切不了转入DNA,自己太衰了,请高
手指点一下.结果有一群人都说阿狗切不动.
突然有个印度小哥debo说阿狗神勇,一试就灵. 与阿狗共转染的GFP质粒表达GFP蛋白明
显下降, 暗示GFP质粒DNA被阿狗切段, Fig 3C 被重复. 众人一追问,debo小哥说没做
DNA实验.看似印度小哥对T7E1实验不太熟. 众人讨论GFP蛋白表达下降也许是由于其他
因素,诸如导向DNA影响转译, 或是GFP质粒DNA转染效率本身在试验组和对照组中就有差
异.也就说对照不严格, 是个假对照. 过了几天, 印度小哥debo悄悄发贴说DNA实验结果
为阴性. 阿狗没有切DNA.
与此同时,更多的人表示Fig4 无法重复. 有人说实验是在293细胞中做的, 也许在HeLa
细胞中会有不同结果. 也有人明确说在HeLa中也不行. 无任何DNA被切证据.
突然又有个澳洲老哥Gaetan Burgio发推特说阿狗神勇,在受精卵中大切内源DNA, 效率
惊人, 而且这次是DNA证据. 有图有真相. 不过老哥好象挺粗心, 图也标错了,引起... 阅读全帖
c***s
发帖数: 70028
4
方舟子公开发文质疑河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验成果存在“不可重复复制操作”的问题,暗指韩春雨科研成果的真实性,并批评韩春雨对质疑的回应态度。
今年5月2日,《自然》系列顶级刊物《Nature Biotechnology》(中文名《自然生物技术》)在线发表了来自中国河北科技大学生物科学与工程学院青年教师韩春雨副教授题为《DNA- guided genome editing using the Natronobacteriumgregoryi Argonaute》的重大原创性成果。韩春雨的团队发明了一种新的基因编辑技术NgAgo-gDNA,向已有的最时兴技术CRISPR-CAS9发起了挑战。后者被认为是第三代基因编辑技术,近些年来一直是诺贝尔奖的热门。
但方舟子在文中表示,韩春雨在公开场合的言论与他在论文里的描述存在诸多矛盾,方舟子称,“韩春雨在北大和遗传所的报告上都强调,他目前的NgAgo是初级版、需要高超的实验技巧”,而方舟子认为韩春雨描述的只是并不复杂的转染实验,是现成的技术,并不需要高超的实验技巧,按照其提供的步骤应该是不难被重复出来的才对,而不应该出现“没法重复该实验”的... 阅读全帖
M******a
发帖数: 6723
5
【 以下文字转载自 Headline 讨论区 】
发信人: Cnews (chinanews), 信区: Headline
标 题: 方舟子质疑中国“诺贝尔奖级”实验不可重复
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 4 20:22:44 2016, 美东)
方舟子公开发文质疑河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验成果存在“不可重复复制操作”的问题,暗指韩春雨科研成果的真实性,并批评韩春雨对质疑的回应态度。
今年5月2日,《自然》系列顶级刊物《Nature Biotechnology》(中文名《自然生物技术》)在线发表了来自中国河北科技大学生物科学与工程学院青年教师韩春雨副教授题为《DNA- guided genome editing using the Natronobacteriumgregoryi Argonaute》的重大原创性成果。韩春雨的团队发明了一种新的基因编辑技术NgAgo-gDNA,向已有的最时兴技术CRISPR-CAS9发起了挑战。后者被认为是第三代基因编辑技术,近些年来一直是诺贝尔奖的热门。
但方舟子在文中表示,韩春雨在公开场合的言论与他在论文里的描述存在... 阅读全帖
p*********3
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6
来自主题: Military版 - 方舟子大战韩春雨!
钱老轮回来讲讲,谁对谁错
方舟子老师:您好。
针对您昨天的文章,韩春雨回应了一些所谓的实验细节,见
http://tieba.baidu.com/p/4645810480?pid=93027569268&cid=0&from=prin#93
027569268,想必您也看到了。
他公布的所谓“高超的实验技巧”,包含三点:一是质疑者的细胞都污染了;
二是要做银染;三是要做GFP敲入(knock-in,KI)实验证明NgAgo可以work。
回应如下:
一,保证实验室的细胞没有支原体污染,不是什么高超的实验技巧,而是一
个正常实验室最基本的操作规范,比如每三个月定期检测支原体污染。
二,银染并不是什么高深的实验,而是使用了几十年的常规技术,按照
protocol配好buffer,把胶扔进去染色,没有人不会做。银染非常灵敏,反应速
度很快,容易出现信号饱和,不适合定量,容易产生假阳性条带。韩春雨的
Nature Biotechnology文章里面测试了50个位点切割基因组,每个都work,无一
例外,效率最低的也有15%(补充数据图5),高的有30%(图4)。这样的效率要
银染才能看到?普通... 阅读全帖
w*******e
发帖数: 15912
7
不用清华美女教授出马,舟子早已经认定韩教授是骗子了,虽然他没把话说得那么直白
新语丝(www.xys.org)(xys8.dxiong.com)(xys.ebookdiy.com)(fangzhouzi.me)◇◇
  河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验的重复性问题
  ·方舟子·
不久前河北科技大学韩春雨在《自然·生物技术》发表论文报告了一种基因
编辑新方法NgAgo,在国内轰动一时。被《知识分子》作为末流学校土博士也能
做世界一流科研的典型,国内其他媒体随后跟进宣传,甚至称之为“诺贝尔奖级”
的研究成果。
这几天我陆续收到几家实验室的研究人员的来信,反映重复不出韩春雨论文
中最关键的图4结果(切割基因组,T7E1和测序),呼吁我关注一下这事。
有些人已在网上生物专业论坛公开讨论此事,报告他们没法重复该实验,询
问有谁重复出来了。目前还未见有人反映重复出了图4结果。有的能够重复论
文中的图3结果(FACS和Western Blot),但那有可能是假阳性。
据听报告的人说,韩春雨在北大和遗传所的报告上都强调,他目前的NgAgo
... 阅读全帖
r****z
发帖数: 12020
8
原标题:方舟子质疑中国“诺贝尔奖级”实验不可重复
文章来源: 观察者网 于 2016-07-03 08:41:07
方舟子公开发文质疑河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验成果存在“不可重复复
制操作”的问题,暗指韩春雨科研成果的真实性,并批评韩春雨对质疑的回应态度。
今年5月2日,《自然》系列顶级刊物《Nature Biotechnology》(中文名《自然生物技
术》)在线发表了来自中国河北科技大学生物科学与工程学院青年教师韩春雨副教授题
为《DNA- guided genome editing using the Natronobacteriumgregoryi Argonaute
》的重大原创性成果。韩春雨的团队发明了一种新的基因编辑技术NgAgo-gDNA,向已有
的最时兴技术CRISPR-CAS9发起了挑战。后者被认为是第三代基因编辑技术,近些年来
一直是诺贝尔奖的热门。
但方舟子在文中表示,韩春雨在公开场合的言论与他在论文里的描述存在诸多矛盾,方
舟子称,“韩春雨在北大和遗传所的报告上都强调,他目前的NgAgo是初级版、需要高
超的实验技巧”,而方舟子认为韩春雨描述的只是并... 阅读全帖

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9
来自主题: Biology版 - Ng-Ago 重复进展(集合贴)
如果这篇文章只是做出来Fig3c的话,根本没有人会去关注他,关键data是Fig4,他能
够引起所有人注意的一个点在于,设计的几十个基因位点无一例外,全部都能够惊人的
高效切割内源DNA,所谓重复出来的同志们,关键是要重复Fig4切割内源基因 ,并且有
测序的结果。韩也在电话里说了(第三军医大的一小伙给韩打了电话,并录音),
review重复出来了他的Fig3c,我并不怀疑Fig3c的结果,并且也不在意Fig3c的结果,
我们关注的还是内源基因!电话录音里韩一个劲叫人做Fig3c,但是明明Fig4才是关键
,如果用Cas9的话,一个没有基础的实习生,只需要两个星期的训练,便能够做出一个
漂亮的T7E1和测序的data。转染和T7E1都不是需要多么高超技巧的技术,令人纳闷的是
,为何如此多熟练操作基因编辑的实验室,都无法重复出内源基因的knock-out。
d******t
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10
来自主题: Biology版 - Ng-Ago 重复进展(集合贴)
韩自己回复搬运如下,他自己也承认图四有难度:槐北路 1
12楼今天 16:22
操作
我目前仍只有一个做实验的小团队,无法做好服务性工作,一天十几个个电话我都是重
复的以下内容:----所谓
高超的技巧,其实也很简单,细胞做好检测,不要有寄生菌污染,不要有支原体污染(
Ago系统对污染特别敏
感---特别是单转guide假阳性---我非常确定在没有污染的情况下,单转guid不会影响
GFP表达,假阴性也大多因为细胞污染,假阳性和假阴性我都遇到过,国内买的细胞我
就不吐槽了),转染用的质粒质量要好(可用30ngGFP转细胞,若是均一且效率高表明
质量好,强弱不均一则表明质量差,越不均一表明质量越差),guide磷酸化完全(没
有磷酸化不能load和切割---谢谢印证我的Fig2结果,至于怎么检测,自己跑个PAGE看
看---),特别的,对于Fig4,也是几乎惟一算是有难度的,就是控制转染时的细胞密
度和用血清控制细胞生长,时间稍长,毕竟NgAgo未经过系统的密码子优化---照着
online method上protocol for genome editing and T7E1做(小经验... 阅读全帖
d********m
发帖数: 3662
11
来自主题: Biology版 - 韩春雨老师给的实验建议
一位朋友最近在和韩老师交流,他只上国内虎扑不上MITBBS,所以我征得他同意发到这
里,希望对正在重复这个实验的各位有所帮助。
for 24 well plate, 300ng NgAgo expression plasmid, 30-40ng GFP-N1, 200-500ng
5'P ssDNA guide----co-transfection. after 24 hours, detect GFP expression
under fluorescnet microscopy. do not use electric trasnfection. NgAgo can
remove 24bp from target, we suggest you do silver stain PAGE to observ T7E1
results; the "Protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination
(T7E1 assay) and a representative experiment" in ONLINE ME... 阅读全帖
d******t
发帖数: 27
12
来自主题: Biology版 - 韩春雨在985贴吧发言了。
http://www.zhihu.com/question/46 ... mp;isappinstalled=0
韩自己回复搬运如下,他自己也承认图四有难度:槐北路 1
12楼今天 16:22
操作
我目前仍只有一个做实验的小团队,无法做好服务性工作,一天十几个个电话我都是重
复的以下内容:----所谓
高超的技巧,其实也很简单,细胞做好检测,不要有寄生菌污染,不要有支原体污染(
Ago系统对污染特别敏
感---特别是单转guide假阳性---我非常确定在没有污染的情况下,单转guid不会影响
GFP表达,假阴性也大多因为细胞污染,假阳性和假阴性我都遇到过,国内买的细胞我
就不吐槽了),转染用的质粒质量要好(可用30ngGFP转细胞,若是均一且效率高表明
质量好,强弱不均一则表明质量差,越不均一表明质量越差),guide磷酸化完全(没
有磷酸化不能load和切割---谢谢印证我的Fig2结果,至于怎么检测,自己跑个PAGE看
看---),特别的,对于Fig4,也是几乎惟一算是有难度的,就是控制转染时的细胞密
度和用血清控制细胞生长,时间稍长,毕竟NgAgo未经过系统的密码子优化---照... 阅读全帖
m****s
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13
2016年5月2日,英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文,论文负责人的英文署名是"Chunyu Han",这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天,韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始,经过不断分裂,可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞,每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组,所谓基因组编辑技术,就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前,英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人",得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文,通常表明,该科研成果走在了世界科学研究的最前沿,并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出,在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了,河北科技大学在... 阅读全帖
m****s
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14
2016年5月2日,英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文,论文负责人的英文署名是"Chunyu Han",这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天,韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始,经过不断分裂,可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞,每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组,所谓基因组编辑技术,就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前,英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人",得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文,通常表明,该科研成果走在了世界科学研究的最前沿,并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出,在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了,河北科技大学在... 阅读全帖
i***s
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15
韩春雨
一直默默无闻的河北科技大学副教授韩春雨,恐怕不会想到,自己成了2016年生物学界的焦点人物之一。
从被部分媒体捧为“中国下一个诺奖获得者”,到陷入国际性的学术造假争议,虽然韩春雨本人基本保持低调,但围绕他及其新基因编辑技术NgAgo的风暴却越演越烈。
较早将这一学术争议引入大众视线的方舟子,则在今天31日上午,直指韩春雨博士学位论文造假。
新一轮国际风暴
韩春雨的NgAgo基因编辑技术,被认为有潜力取代目前的CRISPR技术,在国际上引发了一定的反响,并被部分国内媒体称为“诺奖级”技术。
然而,数月以来,全球科学家几乎都没能重复他的实验结果,同行的质疑声越来越强烈。
直到7月29日,“友军”的倒戈引发了新一轮国际风暴。
澳大利亚国立大学的法国基因学家Gaetan Burgio,曾凭间接证据宣称重复韩春雨的结果,非常高效。这一度让韩春雨的支持者看到了希望,但Gaetan Burgio谨慎地表示要等待基因测序的直接结果。
29日,Gaetan Burgio发布长文最终否定了先前的结论,表示在多种细胞上反复尝试后,没有发现证据能够真正证明NgAgo发生基因编辑。
而且,他还质疑如果不... 阅读全帖
c******n
发帖数: 16666
16
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mitbbs (未名空间), 信区: Biology
标 题: Mitbbs水平挺高的,纯从科学家角度质疑韩春雨
发信站: BBS 未名空间站 (Sun May 21 23:40:17 2017, 美东)
2016年5月2日,英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文,论文负责人的英文署名是"Chunyu Han",这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天,韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始,经过不断分裂,可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞,每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组,所谓基因组编辑技术,就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前,英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的... 阅读全帖

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17
来自主题: Biology版 - Ng-Ago 重复进展(集合贴)
刚开始韩春雨的文章发表,我也是支持者和粉丝,对质疑者很不满。现在觉得韩春雨在
北大和遗传所等的报告中强调必须高超的实验技巧才能做出来,就是为以后别人质疑他
重复不出来提前辩解。又说等他的2.0和smart版,感觉只是为了拖延时间。不然解释不
了,已经发表的文章、效率跟CRISPR差不多,为什么做不出来。连我这种手残党,按着
张锋的protocol、addgene上买来的质粒、做CRISPR一把就做出来了。
韩春雨在报告中反复强调他是初级版、需要高超的实验技巧、等他推出2.0版,实在让
人听了生疑。而且这些表述跟他发表的文章的描述、那么高的效率、以及methods &
materials部分也都是矛盾的,因为他描述的并不是什么复杂的实验,就是转染而已。
T7E1和测序也都是现成的。除非他故意删掉了关键的细节。但是这么说也讲不通,因为
发表文章的目的就是想要公开,何况这是方法学文章、故意隐藏细节不让他人重复,也
讲不通。
感觉韩春雨的泡泡要破灭了。
楼主挺积极的,干嘛不给nature biotechnology的编辑写信提出?editor让他解释的话
,我看韩春雨怎么解释。

发帖数: 1
18
来自主题: Biology版 - Ng-Ago 重复进展(集合贴)
他就是重复的fig3c啊,FACS和western看GFP
这个能重复(不排除假阳性)
fig4重复不了,切割基因组(需要T7E1和测序)。不能切基因组,这个技术就站不住脚
了。

as

发帖数: 1
19
来自主题: Biology版 - Ng-Ago 重复进展(集合贴)
knock-in我倒还一直没尝试过,回头空了我再试一次knock-in,转染后养一两星期,把
GFP的细胞拿去sorting出来,然后PCR鉴定一下。这个比T7E1检测容易一点。
m****a
发帖数: 270
20
细胞污染之类的话有谁信?
乐观得讲现在无非是两种可能,一种是韩隐瞒了关键的技巧,为发表声称的 smart 2.0
版争取时间。
第二种就是NgAgo能切质粒但是切割基因组的效率极低(<1%),可能是体内ssDNA 不稳
定,loading 有些tricky,总之完全没达到文章中声称的CRISPR同等水平,以至于需要
用银染才"可能"看到T7E1的条带。
效率太低,导致直接测序或者或者单克隆以后测序看不到indel,很可能需要做deep
sequencing。

发帖数: 1
21
来自主题: Biology版 - 已经确认韩春雨是个骗子。
他学生已经评上了副教授了,他上了正教授。估计他们一开始也没想搞那么大,就想编
个文章,混个职称,现在被架上去了,身不由己。
至于证据,那永远不会有。除非是PS图片,直接被抓住这种低级的。
他拿CRISPR冒充一下NgAgo,切出来几个T7E1胶图、测序结果,你怎么能发现?除非派
人去查他原始实验记录。没人那么闲。而且如果他不往原始记录写,就算看原始记录,
也不会有结果。
现在唯一能抓住的,就是大家都重复不出来。但是生物实验,重复不出来的太多了(不
是有公司测试过,53篇Cell Nature Science,47篇重复不出来)。何况你质问韩,他
可以打太极,一个借口接着一个借口,混过去。
所以,这事,和世界上大多数事情一样,都没有什么证据、也不会有结论,不了了之呗
。大家知道就好。
这个行业,能退赶紧退了吧。写点代码都对社会更有价值。

发帖数: 1
22
来自主题: Biology版 - 急征ps高手,检查文章
帮我看看一篇文章的图4和补充图,T7E1 assay的胶图有没有改动过。
谢谢!
F****8
发帖数: 289
23
来自主题: Biology版 - NgAgo最新结果!Efficient!
Mike 又说了 (Hi, Mike, 如果你介意, 我会停止copy你在google讨论的帖子到这里)
I realised @GaetanBurgio probably means Lane9 was WT and Lane 10 was H2O. If
that's the case, top bands are expected PCR products and bottom bands are
dimerised primers. This makes more sense.
And I still think it's too soon to say the smaller bands are deletions from
NgAgo without T7E1 or sequencing.

发帖数: 1
24
来自主题: Biology版 - NgAgo最新结果!Efficient!
这种实验室做出来的data都可靠吗,连哪个是水都没搞清楚。一看那么多带,第一反应
就是unspecific的bands。他只用了一个guideDNA,如何能够敲除那么大一段序列,如
果这个是T7E1的话,结果还可以信一下

water
g*****n
发帖数: 250
25
来自主题: Biology版 - 拜读韩春雨的论文
对于Figure 4, 大家都在等测序的结果,我就没细看。看到对4a的讨论,我就细看看。
对4a质疑是有道理的。G5和G13相差几十个nt,胶上应该看得出差别。
另外,按Figure 3,如果NgAgo随机切,在一个guided 24nt区域里应该可以切到相差十
几个nt的产物。在PAGE在样高分辨的胶上是应该看得到。即使不会是清晰的带,多带倾
向现象应该看得出来。可是,作者所有测试的基因都是两条产物带。
Figure 4d, 两个黑箭头指给读者看两条产物带。可是,在这两条带之间还有一条带(
300左右)。这条带和250下边的产物带一样厚,作者确不理了。这条带很难用污染或非
特异来解释,因为,那些PCR产物都是纯化后才做T7E1的,而且每个样品都有。
有些不解的是,Supplementary Figure 10显示,作者用一对引物可得到两条清晰的带
。很好的引物。可是,在正文的实验里,作者却用了另外一对引物,而得到一条模糊的
带和“非特异”带。
n**********g
发帖数: 196
26
来自主题: Biology版 - 仇子龙的声明
T7E1很受SNP的影响呀
自发突变发生在guide区域会产生假阳性,但是概率应该挺小。不知道多小,跟“不到5
%”比如何。

发帖数: 1
27
来自主题: Biology版 - 这个NgAgo培训班有没有开办?
理论讲解:
1、基因编辑技术及发展历史(ZFN,TALEN,CRISPR,NgAgo)

2、NgAgo基因组编辑系统
实验操作:
1、靶基因选择
2、ssDNA设计合成
理论讲解:
1、基因转染技术(脂质体转染,电转,病毒转导)
2、NgAgo系统转染策略
实验操作: ... 阅读全帖

发帖数: 1
28
来自主题: Biology版 - 澳洲实验室NgAgo的最新进展
从他文章里看, 图2明明是surveyor却说做的是T7E1, 难道是一个东西??
m****a
发帖数: 270
29
来自主题: Biology版 - 澳洲实验室NgAgo的最新进展
两种不同的内切酶, surveyor用CEL II, T7E1 用的是T7 Endonuclease I
这种低级错误说明他很不认真。

发帖数: 1
30
一直默默无闻的河北科技大学副教授韩春雨,恐怕不会想到,自己成了2016年生物学界
的焦点人物之一。
从被部分媒体捧为“中国下一个诺奖获得者”,到陷入国际性的学术造假争议,虽然韩
春雨本人基本保持低调,但围绕他及其新基因编辑技术NgAgo的风暴却越演越烈。
较早将这一学术争议引入大众视线的方舟子,则在今天31日上午,直指韩春雨博士学位
论文造假。
韩春雨
新一轮国际风暴
韩春雨的NgAgo基因编辑技术,被认为有潜力取代目前的CRISPR技术,在国际上引发了
一定的反响,并被部分国内媒体称为“诺奖级”技术。
然而,数月以来,全球科学家几乎都没能重复他的实验结果,同行的质疑声越来越强烈。
直到7月29日,“友军”的倒戈引发了新一轮国际风暴。
澳大利亚国立大学的法国基因学家Gaetan Burgio,曾凭间接证据宣称重复韩春雨的结
果,非常高效。这一度让韩春雨的支持者看到了希望,但Gaetan Burgio谨慎地表示要
等待基因测序的直接结果。
29日,Gaetan Burgio发布长文最终否定了先前的结论,表示在多种细胞上反复尝试后
,没有发现证据能够真正证明NgAgo发生基因编辑。
而且,... 阅读全帖
m****a
发帖数: 270
31
来自主题: Biology版 - ZT: 关于韩春雨的NgAgo
没道理,因为韩春雨同志曾经说过
“按照讲座说的,完全按照supplementary data里面general protocol做,能重复出来
。”
他还曾经教导我们:
“照着Protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination (T7E1
assay) and a representative experiment来一遍,做出来好像也没那么难。有那么难
?按北大讲座说的直接做gfp doner NHEJ knock in,3天能直接能
看见插入表达”
如果这些都做不出来那你就别做分子生物学了,直接转行吧。

发帖数: 1
32
来自主题: Biology版 - ZT: 关于韩春雨的NgAgo
你说没道理,那绝对肯定没道理了。哈哈


: 没道理,因为韩春雨同志曾经说过

: “按照讲座说的,完全按照supplementary data里面general protocol做,能重
复出来

: 。”

: 他还曾经教导我们:

: “照着Protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination (
T7E1

: assay) and a representative experiment来一遍,做出来好像也没那么难。有
那么难

: ?按北大讲座说的直接做gfp doner NHEJ knock in,3天能直接能

: 看见插入表达”

: 如果这些都做不出来那你就别做分子生物学了,直接转行吧。

n**********g
发帖数: 196
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补充一条:
- 发布方:知乎账号 王超
- 发布时间:2016年6月23日
- 发布平台:知乎
- 发布方国家:中国
- 发布方城市:未知
- 发布方研究机构:未知
- 实验室PI:未知
- NgAgo的来源:未知
- 重复验证实验结果: 成功重复韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息:“切质粒和基因组都没问题,效率略低。T7E1要银染。
需要点儿技术,不是想象中那么好出结果的。”
- 实验数据发表状态:无
- 实验数据发表的科研杂志:无
注:
- 此账号仅发表一次言论,从不回应别人咨询,深度怀疑是某某小号。https://www
.zhihu.com/people/wang-chao-35-44
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- 发布方:知乎账号 王超
- 发布时间:2016年6月23日
- 发布平台:知乎
- 发布方国家:中国
- 发布方城市:未知
- 发布方研究机构:未知
- 实验室PI:未知
- NgAgo的来源:未知
- 重复验证实验结果: 成功重复韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息:“切质粒和基因组都没问题,效率略低。T7E1要银染。
需要点儿技术,不是想象中那么好出结果的。”
- 实验数据发表状态:无
- 实验数据发表的科研杂志:无
注:
- 此账号仅发表一次言论,从不回应别人咨询,深度怀疑是某某小号。https://www
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m****a
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下一步你可以照韩老师NBT文章 supplementary data里面general protocol (Protocol
of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination (T7E1 assay) and a
representative experiment) 来一遍。
里面有非常详细的说明。

using
.
c********n
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36
【记录历史】NgAgo实验流程Addgene更新前后的比对
读好书,读好文,有益身心健康。
看文章,做记录,做总结,找原因,找规律,可以避免浪费以后的时间和精力
我们来记录一下韩春雨实验室提供的NgAgo实验流程,
在Addgene 2016年8月8日 更新前后,做一下比对
Reference:
原始发表的protocol
doi:10.1038/nbt.3547-s1, supplementary information
更新后的protocol
Addgene Han Lab added tips 2016年8月8日
https://www.addgene.org/78253/
under “RESOURCE INFORMATION” section “Supplemental Documents”
先看title
更新前
A general protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination (
T7E1 assay)
更新后
A general protocol of NgAgo/gDNA-mediate... 阅读全帖

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37
1 北京大学生命科学学院魏文胜课题组
我们使用了文章中报道的高效ssDNA,同时自己设计了其他2条针对体内其他基因位点的
ssDNA,与NgAgo表达质粒共转HEK293T细胞与HeLa细胞,2天及5天后,用T7E1检测切割
效率,这三条针对2个不同基因的ssDNA,在HEK293T和HeLa两个细胞系中,无论转染一
次还是在8到12小时后再转染一次ssDNA,都没有检测到切割。
针对敲除后能使细胞有表型变化的某特定基因,我们设计了ssDNA,与NgAgo表达质粒共
转HeLa细胞5天后,发现细胞表现出了一定的对应表型,但是把这部分细胞收集起来提
取基因组,对靶位点测序,没有发现基因组序列的任何改变。
我们针对某特定基因设计了6种ssDNA,用特异的荧光报告系统检测是否有靶点DSB产生
,结果显示所有实验组均没有检测到对靶位点DNA序列的切割活性。
2 中科院动物研究所王皓毅课题组
我们在293T细胞中表达带有Flag标签的NgAgo ,在不同时间点检测NgAgo蛋白表达。发
现转染6小时后开始检测到目的蛋白,随着时间的延长蛋白量增加。在人类293T细胞系
中重复原文章中Figure ... 阅读全帖
m****s
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38
2016年5月2日,英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文,论文负责人的英文署名是"Chunyu Han",这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天,韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始,经过不断分裂,可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞,每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组,所谓基因组编辑技术,就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前,英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人",得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文,通常表明,该科研成果走在了世界科学研究的最前沿,并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出,在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了... 阅读全帖

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39
来源:澎湃新闻
北京时间8月3日凌晨,经河北科技大学副教授韩春雨主动申请,其关于新基
因编辑技术NgAgo-gDNA的争议性论文由《自然-生物技术》撤回。
韩春雨团队在撤稿声明中写道:“由于科研界一直无法根据我们论文提供的
实验方案重复出论文图4所示的关键结果,我们决定撤回这项研究。虽然许多实
验室都进行了努力,但是没有独立重复出这些结果的报告。因此,我们现在撤回
我们的最初报告,以维护科学记录的完整性。不过,我们会继续调查该研究缺乏
可重复性的原因,以提供一个优化的实验方案。”
同时,《自然-生物技术》发表题为《是该数据说话的时候了》社论,“现
在,距原论文发表已过去了一年多,我们了解到当初曾报告说初步成功重复出实
验结果的独立研究小组,无法强化初始数据,使其达到可发表的水平。类似的,
在征求专家评审人的反馈意见后,我们判定韩春雨及同事提供的最新数据不足以
反驳大量与其初始发现相悖的证据。我们现在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发
表科研记录完整性的最好做法。”
同一日,河北科技大学在其官网刊发《韩春雨团队发布声明》,声明提到:
“鉴于该论文已撤稿,学校决定启动对韩春雨该项研究成果的学术... 阅读全帖
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