n****j
发帖数: 4 | 1 gre:2100
tof:630
twe:4.5 |
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q**w
发帖数: 782 | 2 http://physicsworld.com/cws/article/news/48126
Physics World reveals its top 10 breakthroughs for 2011
6th place: Taking the temperature of the early universe
Just after the Big Bang, the universe was a complicated soup of free quarks
and gluons that eventually condensed to form the protons and neutrons we see
today. Sixth place in our top 10 goes to a team of physicists in the US,
India and China that has made the best calculation yet of this condensation
temperature: two trillion degrees Kelvi... 阅读全帖 |
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m*******h
发帖数: 896 | 3
靠， 幸福啊， 居然玩玩了MALDI-TOF就又开始玩LC_ESI-MS了，
你们老板还真有钱。
不象藕，在这混了这许多年才混到有一台商品化仪器玩。 |
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m*******h
发帖数: 896 | 4
据我的不完全的记忆。
化学系有的
商品化仪器: GC-MS三台到四台， LC-MS目前两台， 很快就三台了。
非另有若干老型号的四极质朴和离子阱质谱。
自己组装的TOF和ION TRAP也有两三台。
就这些了。 |
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h******n
发帖数: 493 | 5 Bruker的那台MALDI-TOF比较烂，不适合我的project。
现在就指望这台LCQ了。
不过，这台LCQ并不属于我们实验室，是我们老板和其他三
个搞有机合成的教授联合申请到funding买的。 |
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h******n
发帖数: 493 | 6 我们实验室有两台MALDI-FTMS（一台是商品的），
一台ESI-FTMS（homemade），一台MALDI-TOF（商品的），
一台从没有人用的GC-MS，还有四分之一台LCQ。
而学校的Molecular Structure Facility里的质谱就更多了。
想想这就是中国和美国的差距之一吧。 |
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w***n
发帖数: 1084 | 7 The result looks fine, although if you have a live demo that will be great.
So what exactly is your contribution?
Did you invent some hardware or you used some existing hardware but a better
algorithm?
If it's all about hardware, did you build some TOF cameras? How is your
device compared with swiss ranger camera? They can do >40FPS but their
resolution is around couple hundreds. How do you measure your resolution in
your case?
If it's about software, you said it's only a single view reconstruct |
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r****o
发帖数: 105 | 8 本文献给YL
（二十三）正相与反相
我们纯化出钙调蛋白之后，就开始进行一些蛋白质化学的分析。主要是蛋
白酶消化，反相HPLC分析，MALDI-TOF质谱之类的分析。我觉得在这个课程
里面加一个质谱分析并不是那么有用，因为基本上只是演示实验，只是讲了讲
皮毛而已。相比之下反相HPLC在蛋白质纯化中要重要得多。
HPLC的全称是High Performance Liquid Chromatography （高效液
相色谱），这个名称听起来好像很尖端的样子，其实HPLC组成部件非常简单，
主要是三部分，泵，柱子，和UV monitor。反相HPLC跟一般的色谱的一个显
著不同是压力。为了保证纯化蛋白的分辨能力，反相HPLC柱的matrix材料颗
粒非常精细，所以必须施加很大的压力才能跑得动柱子。相比之下，反相HPLC
所需压力比一般gel filration柱子压力大十倍都不止。反相HPLC的分辨度十分
惊人，远远超过其他色谱方法。分辨度高到什么地步呢，我举一个自己的例
子。我原来在E.Coli里面表达EGF repeat，大概有7到8KD的样子，然后用体
外反应加上一个fuc |
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T**********t
发帖数: 1604 | 9 质谱我不熟，是别人带我做的。应该是MALDI-TOF。我不会做calculation啊，就是在
FlexAnalysis下面打开质谱图，在图上找那个最高的峰定位看分子量。对于质谱我所知
就这么多了。。。汗。
样品preparation什么的都是我做的，蛋白对PBS透析过夜，然后用0.1%的TFA溶液稀释
到10uM左右，再和Matrix（我记得是SA，不过不太确定） 1：1混合。加样上样都很简
单，但是仪器的setting都是别人弄好了现成的，我按按鼠标而已。再汗。。。
样品的分子量计算我是偷懒用在线软件算的，把蛋白序列输进去，计算出理论分子量，
我不知道它用的是average还是monoisotopic mass：
http://www.scripps.edu/~cdputnam/protcalc.html
我总共有14个样品，10个样品的主峰分子量都是对的，基本上是M或者M+1，但是有4个
样品差得比较多，其中两个低了14，一个低了74，另一个低了113。 |
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m******i
发帖数: 73 | 11 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: mutouhui (mutouhui), 信区: Chemistry
标 题: Postdoc postions in LC-mass spectrometry quantitation
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jun 15 11:59:36 2010, 美东)
Two Postdoc positions are available immediately at University of North
Carolina at Chapel Hill. We are working on quantitation of carcinogen-
induced DNA adducts and protein biomarkers. The lab is equipped with 3
Triple quadrupole mass spectrometers, 1 ion trap, 1 ICP-MS and 1 Q-TOF. We
also have several HPLC, UPLC and nano-LC |
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s******s
发帖数: 13035 | 13 good to know.
btw, 这个啥成本？我知道普通的MS-Maldi-tof也不到100刀一个。
这个加上特殊media，control啥的，价格和seq比高多少？（比如seq是$1k)
kind |
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p*****1
发帖数: 330 | 14 做LC-MS/MS, 一次可以鉴定数百甚至上千个蛋白，MALDI-TOF，100刀似乎太贵了 |
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h**********r
发帖数: 671 | 15 Accurate Mass Q-TOF LC/MS System
1290 Infinity LC System |
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y*******i
发帖数: 96 | 16 一年前毕业于中部一个医学院, 在家呆了一年生娃,现在重出江湖找博士后,因为家庭原
因,只能在indiana州找,不知道是funding太紧了,还是我的实力问题,连面试都没有,我
贴了我会的技术如下,大家帮忙分析一下.
Cell culture, DNA, siRNA or shRNA transfection, Protein quantification,
Western blot, ELISA, Methods to detect cell proliferation, cell apoptosis,
cell migration and cell invasion, Immunofluorescence, Confocal microscopy,
Flow cytometry, Immunoprecipitation, RNA or DNA purification, RT-PCR,
Metabolic labeling of proteins, Luciferase assay, Two-dimensional
polyacrylamide gel electrophoresi... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 17 一般实验室招博士后的时候，首先看你的毕业学校，第二眼看研究经验/方向，
第三眼看文章，然后最后才看你会什么技术。
如果你的简历里一上来就列上一堆你做过的技术，偏偏那些技术又都是一些
常规技术的话，大部分人看了就认为你大概就是各懂一点皮毛而已，
比方说你列出的 Maldi-Tof-Mass， 别人一看你把这个和其他乱七八糟的
技术列在一起，就会猜你大概就是把样品送出去让别人测而已，而不是你
真的懂的怎么打这个质谱，所以大概就不会把这个太当真。所以你列再多
也没有用。
我的建议是，除非你是在找技术员的活，才应该强调你懂什么具体技术。
你要是在找博士后，就应该强调你的研究经验，以及你如何的热爱科学，如何的
喜欢对方这个实验室。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 18 这个就不像是posttranslational modification了，否则至少能看到主带的。
可能就是因为突变的氨基酸是带电的，所以改变了蛋白结合SDS的性质，导致
在胶里跑起来不一样。
要确认这个的话，把纯化的蛋白送去飞一下质谱MALDI-TOF看看真实分子量到底
有多大 |
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R****n
发帖数: 708 | 19 Maybe I am wrong. But I don't think that you can use MALDI-TOF for oligo
nucleotide sequencing. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 21 sure
Koichi Tanaka tof-MS 独享02炸药时 他不是终身教职的教授
//www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2002/tanaka-lecture.
html
”。 |
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K******S
发帖数: 10109 | 22 you can amplify DNA/RNA but not proteins. That's the key issue. If someone
can come up with a way to amplify proteins, s/he will be very rich.
High throughput: you can do thousands of MALDI-TOF in one day.
sensitivity: MRM constantly detect compounds with low atto-molar
concentration.
Quantitation: a handful of ways to do that. But you've gotta respect the
chemistry. For DNA/RNA, you only have a few different n.a. while for
proteins, you have 20 a.a.
Personally, I don't think high-throughput is ... 阅读全帖 |
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a**********u
发帖数: 28450 | 23 【 以下文字转载自 Dreamer 讨论区 】
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标 题: 问问博后offer选择的问题 （请帮忙转生物版）
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 1 19:47:51 2012, 美东)
目前在美国博后，刚做不到一年，老板要我走人。
现在在同一个学校找博后位置。
说说背景，植物类纯 bench 土鳖博士，没什么文章，混了几个3作之类的，一作只有一
篇还是很小的。没什么技能。只会干PCR 之类的体力活，什么生物信息学数据分析，复
杂牛逼的什么COIP，EMSA 之类的也都没做过。
可能接到的offer 有包括： 1， 植物类刚拿到的AP 实验室，一切刚刚开始， 2， 生
物化学类交叉AP实验室，AP 实验室刚建第二年， 3， FUNGI 类实验室，老板还挺有钱
。 其中1,2 是老中老板， 3 是老美。
目标的话是尽快能发文章，文章大小无所谓。2年之内要回国了。重要是一作，现在博
后都一年了手里还没什么文章，不好找工作啊。
1 的话自己可能稍微熟悉一些，但是刚建立的实验室，老板人怎么样，好不好做都不知... 阅读全帖 |
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b*******g
发帖数: 1309 | 24 MS2 based quantitation 也是 EIC peak integration，不是spectral count
MS2 的好处就是remove background from other ions，就是QQQ的原理
现在MS accuracy 越来越高，如果是TOF的话，scan速度也在加快，
定量的performance跟QQQ越来越接近（当然现阶段QQQ还是有优势的）
以后的趋势绝对是 qual/quant 一个workflow |
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l****y
发帖数: 398 | 25 我觉得趋势就是上面有人说的，同一个run里， 既做MS1，也做MS2；然后用MS2里几个
比较干净的fragment 的 XIC 来定量. 这要求每个peptide被MS2次数足够多，这样XIC
才有足够多的点来define一个峰。
现在机器比较慢，为了让更多不同的peptide被MS2, 人为的用dynamic exclusion减少
同一个peptide被重复MS2的次数；但也造成没法用fragment 的XIC来定量。
所以未来速度比较快的tof仪器应该会重新流行。 |
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b*******g
发帖数: 1309 | 26 Yes， you got the point
so I think fast scan TOF 会更加的popular
XIC |
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b*******g
发帖数: 1309 | 27 我对 Q-exactive 一直有疑虑，
一旦扫描速度上去了，resolution 就跟TOF 差不多了
综合扫描速度跟resolution，顶级的QTOF还是比Q-exactive好些
但是Q-exactive 还是比顶级QTOF便宜些，另外Q-exactive可调分辨率，这样用起来比
较灵活一些 |
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K******S
发帖数: 10109 | 28 ha, so glad I'm not the only one who had bad experience with ABSciex TOF |
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l******n
发帖数: 143 | 30 这个俺尝试回答一下
1.你的gel是native or denatured?如果是denatured,一般非共价键的homo-dimer会分
离成monomer.
2.似乎不太明白你的描述left lane and right lane哪个蛋白被过表达?
3.可以跑个简单的MALDI-TOF质谱检测一下那个>50 kD的band是不是确定存在
4.如果你的gel是native gel without reducing reagent,你的蛋白质(们)会不会在空
气中氧化形成共价disulfide bond,可以很简单地加点还原剂做对比实验.
5.条件允许的情况下用分析超高速离心sedimentation velocity analytical
ultracentrifugation跑几个不同浓度的样品,看一看有没有reversible dimerization
进行,或者这两个条带分别是两个不相互作用的蛋白质,这个方法比SEC柱子resolution
高很多.
6.co-IP的artifect不少,最好用其他方法检验来确认
希望能帮到你哈
50KDa |
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h**********r
发帖数: 671 | 31 实验室买了这套仪器（Agilent 6530-Accurate-Mass Q-TOF LC/MS and Agilent 1290
UHPLC, Agilent 3243 GC MSD, and Aligent 4240 HPLC-Chip Cube），在没人指导没
人会用的情况下，读些啥可以尽快折腾折腾点有用的数据出来？ |
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w****s
发帖数: 235 | 33 Tof Mass......( I think you meant MALDI)
comparing |
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w****s
发帖数: 235 | 36 Tof Mass......( I think you meant MALDI)
comparing |
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f*******e
发帖数: 411 | 38 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: faujasite (vega), 信区: Chemistry
标 题: 【招聘】质谱分析方向-上海高校教职
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 12 01:33:20 2015, 美东)
要求：
1. 工作勤奋、踏实，有事业心和团队协作精神。
2. 从事MALDI-TOF质谱或相关领域的工作。
3. 或从事微生物相关工作。
待遇：
1. 非“tenure-track”类职位，一旦录用，为事业编制体系的“讲师-副教授-教授”。
2. 根据个人经历和成绩，经学院审核后录用为讲师或副教授。想问教授职位么，大家
都懂的，青千是必要不充分条件。
3. 同上，享受房补等待遇。
工作内容：
1. 加入科研团队开展与质谱分析相关的代谢组、蛋白质组等研究工作，团队规模约为3
-6人。
2. 指导研究生。
3. 共同开展基金申请工作。
发送邮件到j************[email protected] 并站内确认。
由于需要先确实招聘人员的人选，根据拟录取人选的经历与研究方向，来发布正式的招
聘公告，故先不方便告知招聘单位。
私信交流。 |
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k****o
发帖数: 728 | 39 ion trap是analyzer（你可以拿它和TOF, Orbitrap等比）,而MALDI与ESI是soft
ionization。他们是质谱技术不同的两大块。
trap |
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i******g
发帖数: 90 | 40 这么一点vacumn变化应该属于正常的吧。我用的xevo qtof 也经常有在这个范围变化，
不知道和实验室温度变化有没有关系，不过lockmass调整后就没什么问题了。 |
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R****n
发帖数: 708 | 44 我有个可行的方法，你查一下edman degradation。这个是个time-dependent单向降解
peptide。你1：1混合，做个time series,然后用MALDI-tof打个谱应该差不多比出来丰
度。
MS |
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s******y
发帖数: 28562 | 45 晕！ 我们都被你误导了，我们都以为你对质谱很熟悉，所以当你说蛋白质量的时候，
我们都以为你是用TOF 方法测的全蛋白的质量，所以告诉你说这个方法不会出错。但是
从你贴的更新看来，你对质谱不是很熟悉，你其实是用的普通的protein
identification protocol,质量数据其实是从数据库里抓的而不是直接测的，这个的确
是有可能出错的，因为对于一些新蛋白，数据库的数据并不一定准确。
但是要注意的是如果蛋白有isoform的话有可能两个都是正确的。所以你应该告诉那些
跑质谱的人你需要测全蛋白的质量，让他们换一个测量的protocol。 |
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K******S
发帖数: 10109 | 46 5600是TRIPLE QUAD 加 TOF
做个蛋白定性足够了 |
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R****n
发帖数: 708 | 47 系里准备进一台，原来有两台Agilent Q-TOF和QQQ.LC是1100系列，机器有点老了，毛
病多。做高通量，那个组合sensitivity和resolution比较好，再一个比较easy
maintainance。多谢！ |
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B8
发帖数: 92 | 48 The Department of Environmental Sciences and Engineering at Gillings School
of GlobalPublic Health, University of North Carolina at Chapel Hill has a
postdoc opening. We are looking for a self-motivated postdoc to conduct
omics profiling to understand the interactions between the gut microbiome
and diseases/environmental exposures. Our lab has dedicated high-end mass
spectrometers, including Q-Exactive HF Orbitrap and 6550 Q-TOF.
A PhD degree or solid training in analytical chemistry, proteomics... 阅读全帖 |
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l******6
发帖数: 11 | 49 本人现为哈佛大学博士后，主要领域为纳米生物芯片（Nano biosensor）开发。涉及
Nano biosensor design and Nano-fabrication, biomarker detection, single
particle interaction, optical and confocal microscope, optical sensor
development, photonics device/sensor develop. 博士期间为生物学和大分子药物动
力学，涉及proteomics（MALDI-TOF，HPLC-MS）， 草本药物有效成分提取，纯化，质
谱分析；细胞辐射及药物干扰蛋白组学研究，鼠，兔等动物药物代谢研究，病理学研究。
以上所述领域均有相关文章发表，一作文章8篇（包括Science Advances，Nano letter
, scientific report, ACS photonics，Optics express，Chemical Research in
Chinese Universities，ACTA CHIMICAL ... 阅读全帖 |
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