l*******k
发帖数: 361 | 1 不同的kinase有不同的Motif,查一下就知道了，我想在网上应该有相应的软件
发信人: timememory (光阴的故事), 信区: Biology
标 题: 已知磷酸化位点,能不能推断是什么酶的底物?
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Apr 25 11:58:16 2010, 美东)
我在http://www.phosphosite.org网站上查到蛋白磷酸化的位点(多数是核磁测出来的),比如"MANRGPayGLSREVQ"中的y,能不能从这片段就推断出它是什么酶的底物?这方面完全不懂,不知道靠谱么? |
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h**********r
发帖数: 671 | 2 project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
结构。大概用什么步骤做这件事啊？
我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
道也看不出来。
我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
谢谢大家！到时一定发包子！ |
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s******y
发帖数: 28562 | 3 没有你想的那么难做，认真做一次就知道怎么回事了。
一般就是看看蛋白结构，猜那个残基在底物结合位置附近，然后就
乱突变一气，然后挑好的结果来发表，不好看的结果就不提了。
如果正好突变在和底物接触的位点，那很好解释，
如果不在接触位点，那就可能是改变了蛋白的局部结构，
很多时候预测的突变没有用，反而是一些好像没有关系的有用。
所以预测什么的，只能作为一个指导方向，不能太当真的 |
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s*******g
发帖数: 5 | 4 请问能不能Co-IP的方法检测某个蛋白是不是和这个kinase相互作用。考虑到酶和底物
作用的瞬时性，不知道能不能用Co-IP的方法检测到这个相互作用。
关于kinase和底物的Co-IP有什么和普通Co-IP不同的地方吗？
多谢了。 |
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e********r
发帖数: 147 | 5 我现在手里有1个含有PDZ domain的蛋白酶，参与信号转导，但不知道它的底物。我在
想能否用比较蛋白质组学的方法，用WT做负对照，用蛋白酶点突变失活的重组突变体做
样品，通过CoIP加MS来分析可能的底物。但据说这种方法可能拿到太多的假阳性，对后
面的功能验证挑战性很大，请问各位亲，还有木有更靠谱的筛选－鉴定策略，计将安出
？ |
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p*****u
发帖数: 191 | 7 个人觉得，如果底物改变太大，将会给酶活带来风险。尽管活性中心有保守的key 残基
用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 another mentor candidate: Andrew Karplus
recent papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19836332
//www.cgrb.oregonstate.edu/faculty/karplus
more his team papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&db=pubmed&term=karplus%20pa%
5Bau%5D
or
HHMI PI Brian Matthews if he still no retired.
paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20095051
//www.hhmi.org/research/investigators/matthews.html
//www.molbio.uoregon.edu/facres/matthews.php
PS: Thanks so much to ouzhou (ouzhou) without his/her noted
//... 阅读全帖 |
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o****u
发帖数: 214 | 9 深表同意。
现在能下载的软件，用去预测，基本没有用。包括david baker网上挂着的一堆rosetta
软件包。号称可以作什么抗体结合设计，docking什么的。你去试试，算一堆结果出来
，拿到实验室，９９％是没用的。
david baker的厉害甚至是里程碑的作用，在于他提供了rosetta这么一个开源平台。一
个基本的框架搭好了，你不用从零开始。但是针对每一个蛋白工程的目标。每一个酶反
应的机理都是大相径庭的。首先你要理解你的酶所催化的反应到底需要改进什么，也就
是peuapeu所说的是要针对中间态，还是底物结合的。这要求的是化学功底。知道你需
要什么了，你还得告诉rosetta反应的机理和所需要的计算。这要求的是编程功底。另
外突变对蛋白稳定性的影响，就是属于生物物理的范畴了。最后计算出来的结果，还是
要人工去直觉验证，大约有６０－７０％的预测都可以直接人工排除的，这要求的就是
多年理性蛋白质工程的经验。
我也同意计算最大的问题就是现阶段的计算机实在是太慢了。很多东西都必须要作简略
计算。比如蛋白质中的水分子，那么大的极性，对整个蛋白影响多大，但现在就基本没
法计算。要不就是... 阅读全帖 |
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i**********a
发帖数: 1402 | 10 能一起co-ip不一定是底物，所以这个方法还要用后续方法验证。 |
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m******h
发帖数: 32 | 11 各位同仁，有没有看到过那篇文章报导过，
比较了kinase与底物磷酸化前后的亲合力啊？ |
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u**********d
发帖数: 573 | 12 不是说kinase和底物是kiss and run吗？ |
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e****s
发帖数: 1125 | 13 不知道是我没理解对，还是怎样。
根据你说的，D Mutant有表型，A Mutant没有，不恰恰表示Ser是一个重要的磷酸化位
点吗？D模拟该底物磷酸化以后的状态。
不知道所谓正常生理情况下不怎么重要的依据是什么？不知道Reviewer凭什么这样认为
的。 |
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p*****n
发帖数: 981 | 14 ☆─────────────────────────────────────☆
yorkchen (Oh, no....) 于 (Wed Jan 17 10:45:11 2007) 提到:
我现有一有关酶，抑制物 (inhibitor) 及协同效应 (cooperative) 的公式想要推导，
请哪位大侠帮帮忙。
首先，底物可以与抑制物竞争 binding 在同一位点。接着，Binding 抑制物的酶又可
以进一步抑制 binding 底物的酶的活性。当我 Plot 酶活与抑制物浓度的图时，显示
很典型的 cooperative 。但是，我不知道怎么推导出它们的关系。那位大侠指导一下。
Thanks so much.
☆─────────────────────────────────────☆
pigskin (六如) 于 (Wed Jan 17 11:50:01 2007) 提到:
你可以用hill plot
如果你想弄公式的话。
可以参考irwin h. segel的书。
问题是你提供的信息太少了。几个底物，具体什么mechanism....
你不知道就没法写 |
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p*********1
发帖数: 68 | 15 发现一个新激酶，预测是个激酶，但是没有任何已报导的底物。
想通过突变发现关键的影响激酶活性的氨基酸，求助如何检测这样的激酶活性？ |
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u*******r
发帖数: 80 | 16 底物对酸碱比较敏感，因为有硅氧键。如何将溴取代端或者双键端变成羟基。
谢谢了哈 |
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c****0
发帖数: 993 | 17 有神药法匹那韦?
治疗新冠方面是“慢热型”实力派
2月5日，《细胞研究》（《Cell Research》）发表我国学者的论文《伦地西韦和磷酸
氯喹在体外有效抑制新型冠状病毒》，论文中提到研究团队对7种化合物进行了体外试
验，从对细胞的毒性（安全性）、对病毒的抑制和对细胞的保护率（有效性）等方面进
行了试验，研究结果显示均有效果。法匹拉韦就在其中。
法匹拉韦也是RNA依赖的RNA聚合酶抑制剂，不同的是，它本身是前药，需要在体内三磷
酸化后才会发挥作用。
钟武介绍，法匹拉韦在体内需要三磷酸化才能作为竞争性底物与RNA聚合酶作用，这也
是在前期的抗冠状病毒体外试验中，法匹拉韦“表现平平”的原因，但其临床效果或许
会有不俗的表现。
科技日报记者在此前的采访中了解到，科研攻关组组织深圳市第三人民医院开展了临床
研究，入组26例，其中普通型25例，重型/危重型1例。目前看来，法匹拉韦尚未发现明
显的副作用，患者依从性好；对发热患者退热作用较好，服药后两天内退热率达72%；3
天内肺部影像学好转率38%，6天内肺部影像学好转率70%。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 18 楼主 问题 解决了没?
若还没
DOCK 可以试一下这个 免费的 from UCSF:
//dock.compbio.ucsf.edu/
DOCK
DOCK addresses the problem of "docking" molecules to each other. It explores ways in which two
molecules, such as a drug and an enzyme or protein receptor, might fit together. Compounds which dock to
each other well, like pieces of a three-dimensional jigsaw puzzle, have the potential to bind. So, why is it
important to able to identify small molecules which may bind to a target macromolecule? A compound
which binds to a b... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 19
妹子眼光不错。你说的那个到底哪个或者哪些蛋白被修饰导致出现不同后果的问题也就
是我们第一稿最引起争议的部分。领域里面关于这个问题最早的文章其实没有大错，只
要他们小心的引用那个文章不要把它的结论扩大化的话。但是领域里面的错误在于他们
用了一个错误的前提，以为这个酶在不同场合下的底物都是一样的，结果就有人乱引申
了。然后渐渐的就有人三人成虎，就有人认为这个酶肯定就是不分场合都是anti
apoptotic的，然后
居然就有人号称做出了这样的结果（和我们文章里一样的细胞，一样的处理方法，但是
相反的数据），让我哭笑不得都不知道他们那些数据是怎么来的。我们在第一稿里有很
明确的数据指出说这个假设是错的，并指出说这个酶在不同情况下不但底物不一样，
而且后果也不同。然后一堆人大怒，要么就是说我胡说八道，要么就一定要我指出在
stress 情况下列出一个完整清单到底哪些蛋白是受影响的。可是这个酶在我看来，底
物没有上千也有几百，我不肯轻易的对此下结论。倒不是我们手头没有几个现成的底物
可以拿来自圆其说，而是我不肯轻率的下这个结论。所以高引用的杂志都以我不肯解决
分子机制的理由把我拒了。我现在发的... 阅读全帖 |
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b********c
发帖数: 161 | 20 研究一个酶到底偏好哪个底物，A和B, （A和B只相差１个羟基），是不是以Kcat/Km的
比值为基准的，Kcat/Km大的那个为酶所偏好的底物。
现在我还没有测Kcat 和 Km,只做了以下２个实验，
1.在相同的体系下，让酶与相同浓度的A和B分别反应，条件是２种底物都过量，而且反
应结束时２种底物都没有被消耗完，通过测产物发现A的产物要多余B. (这个实验是不
是可以在一定程度上反映出酶对A和B的Kcat值大小？）
2.在同一个体系内，同时加入等量摩尔浓度的A和B，让二者竞争与酶反应，也是２种底
物都过量，而且反应结束时２种底物都没有被消耗完。发现生成A的量是生成B的量的1/
3。（这个实验是不是可以在一定程度上反映出酶对A和B的Km值得大小？如果B的Km值小
于A，是不是酶非常优先的与B反应？）
所以我得出的结论是只有彻底测出来酶对这两种底物的Kcat/Km,才能判断出酶的偏好。
请大家给点意见和建议。 |
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s*****i
发帖数: 315 | 21 个人觉得应该用经典的底物，或是领域广泛接收的底物，但是底物的不同应该不会影响
最终结论
你测量的时候是增加ATP的浓度，底物的浓度恒定。曲线也是ATP的曲线，跟底物无关。
其实换个思路，你可以尝试用同一个底物，但是底物的浓度有差别，比如1nM A 和 0.
1nM A, 看看得到的ATP Km有没有变化。这个跟A和B的区别是类似的吧？
没有尝试过，不好下结论。
不过，ATP浓度升高的时候，激酶活性不一定严格遵循Michaelis-Menten kinetics。
参见本期cancer cell 那篇featured article
http://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(13)00134-7
所以当出现奇怪结果的时候，要三思，不一定是实验出错了，也许就是新发现。
和B |
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s******n
发帖数: 110 | 22 请教各位专家：某激酶T随着细胞ATP水平的增加而增加活性；它有两个不同的底物A和B
。现在要测T激酶在递增ATP的情况下的Km，可以用A或B做底物来分别测定它们的磷酸化
水平，取最大的磷酸化水平的一半时的ATP值而获得。用不同的的底物A或B来测量，所
得到的Km会不同吗？换句话来说，激酶的Km会因为底物的不同而不同吗？我的理解是激
酶的Km是它自己的特性（受ATP影响），而与底物无关，对吗？
万分感谢！ |
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m****g
发帖数: 530 | 23 2009年9月1日，清华大学施一公教授团队在美国PNAS杂志发表了题为“Cleavage of
RseA by RseP requires a
carboxyl-terminal hydrophobic amino acid following DegS cleavage”的文
章。
细胞外环境变化会通过一系列的信号转导通路最终影响细胞内部的代谢水平，受控膜内
蛋白水解（Regulated
intramembrane proteolysis,RIP）是近年发现的一种调节膜蛋白内外信号传导的机制
。S2P是一种膜整合金属蛋白酶，其
底物也是膜蛋白。S2P切割膜底物，使之释放被细胞膜束缚住的信号分子，从而将信号
传导至细胞核中。但是令人费解的
是，S2P对底物的水解必须依赖另一种蛋白酶S1P对底物进行第一步切割之后才能发挥作
用，这其中的机理尚不明确。
施一公教授领导的清华团队在9月初的《美国科学院院刊》（PNAS）发表文章，通过生
物化学和结构生物学的手段对这一
问题进行了解答，发现底物被S1P水解后暴露出的C端氨基酸对S2P的活性的调节发挥了
重大的 |
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Y**u
发帖数: 5466 | 24 什么是三眼国土
有人问: "什么是三眼国土"。 师回答说："我和你一起进入净妙国土中， 穿清净衣，
成法身佛。 然后进入无差别国土中， 穿无差别衣， 成报身佛； 再进入解脱国土中，
穿光明衣，成化身佛。 这三眼国土不同， 不同的是衣服。经论家认为法身是根本体
， 报化二身是用。 在我看来， 法身的说法是不根本的。 所以古人说'身依义立，土
据体论，法性身、法性土'， 很明显，这都是建立之法，依通的国土。好像空拳和黄叶
都是用来骗小孩的， 干草刺和枯骨头上又哪里还有什么水。 心外无法， 心内也不可
得。你想得到什么呢？ 有很多人说什么有修有证。 千万不要搞错了， 如果有什么可
以修得， 都是在造生死的业。你说六度万行齐修， 我看全是造业。 求佛求法是造地
狱业。求菩萨也是造业， 看经看教也是造业。 佛和祖师是没事人， 所以无漏无为是
清净业。 有一群瞎眼和尚， 吃饱饭就去打坐，在念头上用劲，讨厌嘈杂， 欢喜安静
， 这是外道法。 以前的祖师们曾说 你要是住心看静，向外观照，收心向内以求干净
。制心一处以求入定，等等如此都是造作。你现在当下听法的， 用你去修他证他庄严
他吗？ 这不是可以修... 阅读全帖 |
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o******n
发帖数: 511 | 25 背景：
1. 有个酶能分解一种底物，其产物可作为细菌的唯一氮源。这个酶连带它上下游
flanking region一起放到质粒上，转到大肠杆菌里，大肠杆菌可以表达这种酶，别人
测过cell-free extract里的酶有活性。
2. 已知这种酶Km比较低，对底物亲和力低
3. 土壤细菌本身有这个酶的，在minimal media+底物的平板和液态培养基都可以长起
来，长得慢。
4. 大肠杆菌好像不太喜欢这个6 kb多的质粒，每次overnight culture都长得不太浓，
有floc,显微镜下看到细胞连成长条，肉眼可见细胞沉在管底。
现在我在minimal media+底物的液态培养基里想长带这个酶的质粒的大肠杆菌，就是长
不起来，我试了几种minimal media，加了trace elements，也不行。大肠杆菌在
minimal media加别的氮源可以长。
因为酶不给力吗？可是再怎么不至于一点都长不起来呀？换个很强的promoter，多产些
酶有用吗？
还是因为酶在质粒上，而大肠杆菌不喜欢这个质粒，在minimal media里，就不爱给表
达它了？
请大家给些建议意见... 阅读全帖 |
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M*******e
发帖数: 21 | 26 抗击流感唯一有效的药是达菲，通用名是奥司他韦
鹰
奥司他韦
维基百科，自由的百科全书
奥司他韦
IUPAC中文名称 (3R,4R,5S)-4-乙酰氨基-5-氨基-3(1-乙基丙氧基)-1-环己烯-1-羧酸乙酯
INN通用名 Oseltamivir
CADN通用名 奥司他韦
分子式 C16H28N2O4
分子量 312.4 g/mol
CAS号 196618-13-0
ATC代码 J05AH02
半衰期 6～10小时
适应症 流行性感冒
商品名／生产商 达菲／罗氏
奥司他韦（Oseltamivir）是一种作用于神经氨酸酶的特异性抑制剂，其抑制神经氨酸
酶的作用，可以抑制成熟的流感病毒脱离宿主细胞，从而抑制流感病毒在人体内的传播
以起到治疗流行性感冒的作用。奥司他韦是基于结构的合理药物设计的成功案例，在这
种药物的研发过程中大量应用了计算机辅助药物设计的手段，根据靶酶的三维结构有针
对性地设计了高效低毒专一性强的神经氨酸酶抑制剂。
罗氏制药有限公司是奥司他韦的专利持有人，目前他们生产的奥司他韦磷酸盐胶囊剂（
商品名Tamiflu，中国大陆称达菲，港译特敏福，台湾译为克流感）是市场上唯一的奥... 阅读全帖 |
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M*******e
发帖数: 21 | 27 抗击流感唯一有效的药是达菲，通用名是奥司他韦
鹰
奥司他韦
维基百科，自由的百科全书
奥司他韦
IUPAC中文名称 (3R,4R,5S)-4-乙酰氨基-5-氨基-3(1-乙基丙氧基)-1-环己烯-1-羧酸乙酯
INN通用名 Oseltamivir
CADN通用名 奥司他韦
分子式 C16H28N2O4
分子量 312.4 g/mol
CAS号 196618-13-0
ATC代码 J05AH02
半衰期 6～10小时
适应症 流行性感冒
商品名／生产商 达菲／罗氏
奥司他韦（Oseltamivir）是一种作用于神经氨酸酶的特异性抑制剂，其抑制神经氨酸
酶的作用，可以抑制成熟的流感病毒脱离宿主细胞，从而抑制流感病毒在人体内的传播
以起到治疗流行性感冒的作用。奥司他韦是基于结构的合理药物设计的成功案例，在这
种药物的研发过程中大量应用了计算机辅助药物设计的手段，根据靶酶的三维结构有针
对性地设计了高效低毒专一性强的神经氨酸酶抑制剂。
罗氏制药有限公司是奥司他韦的专利持有人，目前他们生产的奥司他韦磷酸盐胶囊剂（
商品名Tamiflu，中国大陆称达菲，港译特敏福，台湾译为克流感）是市场上唯一的奥... 阅读全帖 |
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m****g
发帖数: 530 | 28 伯纳姆医学研究所Dieter Wolf及其同事选取裂殖酵母(S. pombe)为试验模型，解开了
Fbox蛋白和cullin-RING泛素连接酶
(CRL1)之间复杂的关系——在缺少Fbox的条件下，CRL1既不能与蛋白质底物结合，也不
能引入泛素。
S. pombe 能表达16种不同的Fbox蛋白，COP9信号复合体(COP9 signalosome, CSN)能调
节其中一些Fbox蛋白质的表
达。这项研究表明，Fbox蛋白能与CRL1进行结合，但在竞争性蛋白质CAND1存在的条件
下，CAND1能取代Fbox的位置
并与CRL1结合，当CRL1底物发生降解时，这种竞争性取代才会终止。磷酸化的底物招募
的N8蛋白，这种N8蛋白能够连
接到CRL1复合体上并具有稳定Fbox蛋白的功能，然后该复合体与底物连接并招募泛素。
当该过程结束，N8蛋白去除，
Fbox又趋于不稳定状态，上述过程又重新开始。
据Dr. Wolf介绍，CAND1和Fbox之间的竞争机制能增加Fbox蛋白与CRL1连接的机会。若
没有CAND1存在时，其他类型
的Fbox蛋白将主导该过程。此外，研究人员还发现，凡是与 |
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c****x
发帖数: 6601 | 29 https://user.guancha.cn/main/content?id=35310&page=0
不久前，观察者网科工力量专栏采访了中微半导体董事长尹志尧博士，并刊登了经尹博
士审定的采访全文（点击阅读）。中微半导体是国家集成电路产业基金（大基金）成立
后投资的第一家公司，也是美国《确保美国在半导体产业的长期领导地位》报告中唯一
提到名字的中国公司。2015年，因中微半导体开发的国产等离子体刻蚀设备达到世界先
进水平，美国商务部解除了这类设备持续几十年的出口管制。
当天，尹志尧博士还为我们做了长达近2小时的科普，讲解的内容涉及半导体微观加工
设备、数码产业格局、中国制造业升级战略等许多方面。限于篇幅，此前没有在观察者
网报道中全文刊出。现经仔细编校，并由尹博士本人修改审定，我们在微信公众号刊出
这些内容（全文约15000字），以飨读者。
我下面解释一下，我们做半导体芯片设备也好，还有其他泛半导体微观加工设备也好，
在这个整个产业链处在一个什么位置，解释一下。
我们做的是大型真空的微观加工设备，它是做半导体芯片或其他微观器件加工的。就是
现在大家看到的集成电路，大面积显示屏，太阳... 阅读全帖 |
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c****x
发帖数: 6601 | 30 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: cccpwx (flg政庇小学生), 信区: Military
标 题: 规模大赚钱就是好公司？政府要推动最基础的大国重器
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 31 01:09:58 2018, 美东)
https://user.guancha.cn/main/content?id=35310&page=0
不久前，观察者网科工力量专栏采访了中微半导体董事长尹志尧博士，并刊登了经尹博
士审定的采访全文（点击阅读）。中微半导体是国家集成电路产业基金（大基金）成立
后投资的第一家公司，也是美国《确保美国在半导体产业的长期领导地位》报告中唯一
提到名字的中国公司。2015年，因中微半导体开发的国产等离子体刻蚀设备达到世界先
进水平，美国商务部解除了这类设备持续几十年的出口管制。
当天，尹志尧博士还为我们做了长达近2小时的科普，讲解的内容涉及半导体微观加工
设备、数码产业格局、中国制造业升级战略等许多方面。限于篇幅，此前没有在观察者
网报道中全文刊出。现经仔细编校，并由尹博士本人修改审定，我们在微信公众号刊出
这些内容（... 阅读全帖 |
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T******H
发帖数: 629 | 31 港幣兌人幣「黑市價」傳迫1:1 陸客稱「不來港購物」 - 香港經濟日報 - 中國頻道 -
即時中國 - D161125
http://china.hket.com/article/1545406
2016年11月25日 星期五 00:01
港幣兌人幣「黑市價」傳迫1:1 陸客稱「不來港購物」
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人民幣貶不停！有財經界人士在微博貼圖，顯示香港有找換店的人民幣兌港元價格，已
貶至每100元人幣換102元港幣，幾乎重回1:1的年代。內地網民對此情此景百感交集，
有人形言「這是港元的基度山復仇記」，有人表示「港幣太貴，不去香港購物」，有人
則揶揄說「央行不是說過人民幣沒有長期貶值空間」。
內媒：兌港元購買力 一年損失逾一成
「人民幣貶值，關不關你的事」，近期成為內地互聯網最熱門話題之一。證券時報網也
發表題為「人民幣持續貶值與你無關？100萬一年少了10萬塊」的報道。
有財經界人士在微博貼圖，顯示香港有找換店的人民幣兌港元價格，已貶至每100元人
幣換102元港幣，幾乎重回1:1的年代。
有財經界人士在微博貼圖，顯示香港有找換店的人民幣兌港元價格，已貶至每100元人
幣換102元港幣，幾乎... 阅读全帖 |
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t***s
发帖数: 163 | 32 其实是3个问题：
1. GSK的荧光底物筛选模型 是否是 假阳性
这个几乎是铁板钉钉的事实，4个实验室，5个不同模型全部证明
荧光底物结合SIRT1是假阳性
2. SIRT1能否作为糖尿病（衰老）的靶点
直接从酵母，果蝇跳跃到哺乳动物或人，现在证据不足
一篇SIRT1 gene KO， 几篇transgenic mice的结果
我个人觉得not convincing
3. resveratral及类似物是否直接target SIRT1
resveratral研究很多是hype，流行病学的研究结果
无法在临床试验中重复。
reveratrol的靶点太多（IKK,NFkB,AP1,COX,PI3K）
SIRT1只是最近才提上来的热点
考虑到荧光底物模型的不可靠性，我认为SIRT1是否
直接被resvatroal激活还要重新考虑
其他的类似物也要重新认识
Bottom line
GSK花了冤枉钱，现在还在死撑 |
|
t***s
发帖数: 163 | 33 其实是3个问题：
1. GSK的荧光底物筛选模型 是否是 假阳性
这个几乎是铁板钉钉的事实，4个实验室，5个不同模型全部证明
荧光底物结合SIRT1是假阳性
2. SIRT1能否作为糖尿病（衰老）的靶点
直接从酵母，果蝇跳跃到哺乳动物或人，现在证据不足
一篇SIRT1 gene KO， 几篇transgenic mice的结果
我个人觉得not convincing
3. resveratral及类似物是否直接target SIRT1
resveratral研究很多是hype，流行病学的研究结果
无法在临床试验中重复。
reveratrol的靶点太多（IKK,NFkB,AP1,COX,PI3K）
SIRT1只是最近才提上来的热点
考虑到荧光底物模型的不可靠性，我认为SIRT1是否
直接被resvatroal激活还要重新考虑
其他的类似物也要重新认识
Bottom line
GSK花了冤枉钱，现在还在死撑 |
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m****g
发帖数: 530 | 34 来自主题: _Harvard_Medical_School版 - 小G蛋白RhoA 2009年9月24日，北京生命科学研究所邵峰博士实验室在分子细胞（Molecular Cell）
杂志上发表题为“Cullin
Mediates Degradation of RhoA through Evolutionarily Conserved BTB
Adaptors to Control Actin
Cytoskeleton Structure and Cell Movement”的文章。该文章报道了一个特异性
调节小G蛋白RhoA降解和细胞骨架
及运动能力的新的泛素连接酶复合物。
泛素化修饰介导的蛋白酶体降解途径是真核生物中非常重要的蛋白质调节系统，能够维
持真核细胞内的蛋白质水平的平
衡，同时参与调节细胞周期进程，细胞的增值和分化，以及细胞内信号传导等多种细胞
生理过程。在蛋白质泛素化修饰
过程中，泛素连接酶负责特异性识别和招募底物蛋白分子。Cullin家族蛋白是一类介导
泛素连接酶复合物组装的连接分
子。作为Cullin家族成员之一，Cul3与具有BTB结构域的衔接蛋白组成泛素连接酶复合
物，并结合特异性的底物，介导
底物的泛素化。人 |
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l**s
发帖数: 20567 | 35 正確使用鍋子，是不會焦底的，黑琺瑯黏底的最大可能性是鍋子加熱不夠，記住一定要
冒煙才放食材，焦底和黏底洗不掉， 可加入清水，中火加熱，滾起後，轉小火滾著熱
水，約5-10分鐘， 讓黏物或燒焦物軟化， 熄火浸至水微涼，以矽膠刮輕輕刮掉焦底，
再清洗，千萬不要用指甲或硬物去刮污漬或焦底。
如果還是去不掉，便用梳打粉，以1湯匙梳打粉混和100ml 水的份量，視鍋子大少，用
10-15分鐘燒滾適量梳打水，如上述般浸洗鍋子便行，浸過夜再洗也可以。詳細洗法按
這裡。
其實最簡單的方法是用LC的專用清潔劑，如果一般的清洗不能去掉污漬，用專用清潔劑
，乾鍋時，塗上一習薄薄的清潔劑，放過夜再洗就可以了。被強力清洗過後的鍋子要重
新養鍋才能使用，因為讓鍋子不黏的保護『漬膜』在清洗的過程中會被洗掉。 下面的
視頻有教如何清潔燒焦的白鍋子，黑鍋子也是用同一方法去洗。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 36 En
温习一下 其十一年前的豪言 啊
中国科学：显著的发展和严峻的挑战
——历史演变和现状比较
于2001年12月4日 1st version
饶毅
本文在简要回顾中国科学史的基础上，介绍一些近年研究的内容，肯定中国
科学令人乐观的进步，并讨论可能的意义。同时也指出，中国优秀论文总量仍不
到世界的百分之一，低于中国经济在世界所占的百分比、也不能适应中国持续发
展的要求。中国科学的规模需要相当程度的扩大、质量有待进一步提高。中国科
技还存在面临许多问题和挑战。
中国科学历史上的优秀例子
一个国家科学研究状况可以近似地由发表论文的情况所反映。以下，本文主
要从生命科学的研究来讨论中国科学的情况，一方面这是我有一定判断力的领域，
另一方面生命科学是科学技术最重要的组成部分之一，可以反映科学主流。讨论
中国论文发表情况前，先谈两个背景：中国科学的历史情况，优秀科学和著名杂
志的关系。
奠定中国生命科学研究是二、三十年代协和医学院生理系林可胜和生化系吴
宪。他们不仅自己研究出色，而且培养和带领了其他研究者。林可胜在胃肠道生
理和神经生理有优秀工作。1942年，他在中国当选为美国科学院外籍院士，是... 阅读全帖 |
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u***r
发帖数: 4825 | 37 https://zhuanlan.zhihu.com/p/104786988
导读
他是现代量子化学的奠基人，也是分子生物学研究的开拓者之一。凭借对量子力学原理
和分子结构的深刻理解，少壮得志、堪称天才的鲍林以他非凡的删繁就简和构建模型的
能力，一次次在化学和生物学难题上攻城略地，风光无两。然而盛名之后的他，却因执
迷维生素C神话而成为医学史上的笑谈，其人生的最后25年令人唏嘘不已……
走进任何一家药店或保健品商店，在琳琅满目的货架上，你都不难发现维生素C的踪影
。不仅有大大小小的片剂、胶囊，还被做成糖果，饮料。维生素C在任何一款多种维生
素保健品的配方中都占有一席之地，是不折不扣的维生素之王。除此之外，维生素C还
被作为添加物广泛加入各种加工食品中。全世界每年工业生产的维生素C用量大约为8万
吨，价值近10亿美元，其中95%由中国提供。维生素C是人类（以及动物）体内一系列重
要催化酶的辅助因子，直接参与胶原蛋白、弹性蛋白等结缔组织的关键成分的合成。它
的另一项重要的生物化学功能是作为一种还原剂，即抗氧化剂，为细胞内的许多生物化
学反应提供电子。由于人体内不能自行合成所需的维生素C，它... 阅读全帖 |
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z*****g
发帖数: 2 | 38 如果是靶向一个酶的话，可以设计它底物的类似物，从而开发成底物竞争性的
inhibitor，像一些kinase的inhibitor都是ATP的类似物；即Mechanism-based
inhibition，共价和非共价结合的都有，academic groups 开发比较多。但这类
compounds选择性可能不好，对同类型的酶都或多或少有抑制作用。
另外，从已经报道的ligand去设计similar analogs，可能很难跳出别人compound的骨
架(scaffold)，发文章的novelty或专利申请受影响。
如果是靶向protein-protein interaction 的话，尤其是你知道它们的complex
structure，以其中一个为receptor，另一个的peptide为ligand，不断优化（突变和/
或改变长度）这个peptide，使其达到活性达到最优；并且可以再对这个peptide进行化
学modification，提高其透膜性或水溶性。
zjianyun (Four) 提到的假阳性结果，是指Pan Assay Interference Compounds
... 阅读全帖 |
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f***y
发帖数: 4447 | 39 一个颜宁能顶十个千人
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/6/378809.shtm
2017年6月8日，清华大学生命学院、结构生物学高精尖创新中心颜宁研究组在《细胞》
(Cell)杂志在线发表了题为《人源脂类外向转运蛋白ABCA1的结构》（Structure of
the Human Lipid Exporter ABCA1）的研究论文，首次报道了胆固醇逆向运输过程中的
关键蛋白ABCA1近原子分辨率的冷冻电镜结构，为理解其作用机制及相关疾病致病机理
奠定了重要基础。
胆固醇广泛地存在于高等动物的各类组织细胞当中，它不仅是细胞膜、血浆脂蛋白的重
要组成部分，也是包括胆酸、维生素D、类固醇激素在内的许多特殊生物活性分子的前
体化合物。但是，人体内过量的胆固醇积累会促进血管动脉粥样硬化的发生和发展，并
有可能导致严重的心脑血管疾病（如冠心病及中风等）。正因为胆固醇对于人体健康具
有两面性，所以细胞内的胆固醇平衡(cholesterol homeostasis)对于维持人体的健康
是必须的。细胞内的胆固醇平衡涉及一系列受严格调控的过程(图1)，例... 阅读全帖 |
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T*********r
发帖数: 11175 | 40 你说中国的同步辐射装置看不了蛋白质结构？
不至于吧
我刚google了下上海光源
就看到一条新闻
http://www.sinap.ac.cn/content/ShowDetail.aspx?id=bff52e3d-f489-4555-a58c-337c1f1ab17f
上海光源（SSRF）生物大分子晶体学线站用户、清华大学医学院教授颜宁领导的研究组
与生命学院王佳伟博士、龚海鹏博士，合作开展大肠杆菌岩藻糖（L-fucose）转运蛋白
（FucP）结构与功能的研究，揭示了FucP在底物识别和转运，以及质子传递偶联过程中
起关键作用的残基D46和E135，为理解MFS家族提供了一个新的重要研究系统。相关论文
于9月27日在线发表在Nature杂志。文章报道两个结构，其中一个结构（FucP-N162A）
的数据完全在SSRF上收集。
FucP从属于Major Facilitator Superfamily (MFS)超家族。MFS超家族转运蛋白是
一类非常古老、在各个物种中都起着重要作用的转运蛋白，目前已知一级序列的家族成
员超过一万个，它们在营养物质和代谢产物的转运、细菌抗药性以... 阅读全帖 |
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g**p
发帖数: 32 | 41 先声明我不知道正确答案，跟各位讨论一下而已。
蛋白酶水解底物时应该有构象变化，从结合底物，识别酶切位点，水解反应，到释放底物
这样的多步
过程每一步都会有构象变化，而且构象变化是酶活性的必要条件。
多太抑制剂可能会以较高的亲和力与胰蛋白酶结合，然后将其固定在某一构象，从而抑制
其酶活。
正因为如此，虽然此抑制剂有Arg或Lys位点，也不能被水解。 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 42 你说的太笼统了
一般我们说“酶切”不加别的限定的时候大家第一反应都是“DNA双链限制性内切酶”
蛋白水解酶不是我研究的东西，所以我也就是瞎说哈：
看样子你的意思是说你们做一个试剂盒检测待测样品中是否含有某一种蛋白水解酶
血浆里面是不是有不止一种可以作用于你的底物上的蛋白水解酶呢？
如果是的话你要弄清楚到底有哪些可能遇到的别的蛋白水解酶
它们在你用的底物上酶切位点以及识别位点是什么
跟你这个试剂盒针对的酶的酶切位点以及识别位点有什么区别
然后在根据这样的综合信息来决定底物肽链上哪些氨基酸需要修饰 |
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E*C
发帖数: 1629 | 43 如果检测细胞裂解液里面酶底物的情况，肯定在裂解过程中要加特异的抑制剂了。
现在我想检测外援底物，想把裂解液和外援底物作用，看酶活性。应该不需要加抑制剂
，对吧。
我是想说，如果处理过程中酶活化了，是不是不可避免的？ |
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v**********m
发帖数: 5516 | 44 上的量太大，HRP很快就将底物反应完，所以就空心了。那些黄色的条带就是反应完了的底物。
少上点样试试，另外刚加完底物就上照相机，分别拍15， 30, 60, 120 sec的照片。 |
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g***j
发帖数: 40861 | 45 也许
不过底物还是原来的底物
master mix 还是原来的牌子
其实不算难P
现在引物降解点，底物降解点，酶失活点，就P不出来的
原来引物我都是放TE里，然后分出一点来放4度用
后来懒了，放水里，也不分了，都放-20，用时手搓化，反复冻融估计有伤害 |
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V***b
发帖数: 3419 | 46 嗯，是这样。ub-substrate在降解前还要de-ub，所以de-ub的效率也影响proteasome降
解该底物的速度，而且de-ub的酶还很多，针对每个底物还不一样。我想的是最简单的
方法用cell lysate，然后把ub-GFP丢进去，温育一段时间，然后看看底物省多少。如
果ub-GFP加速降解，我至少可以说UPS在这个细胞里活性增强了。不过感觉挺弱的。
我现在正在搞35S pulse-chase看global protein turn-over，但这个细胞的autophagy
和lysesome都变了，试验结果不容易阐述啊。。。就怕reviewer到最后猛踩我一脚，我
就无法翻身了。 |
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a*****u
发帖数: 802 | 47 问楼主一个问题，如果2个细胞很不一样，我假设genetic background都不一样，那对
比proteasome活性有什么意义呢？因为除了proteasome，估计其他的生理活性也有很大
不同。
回到问题本身，感觉还是用Cell-Based Proteasome-Glo™ Assays这个kit好些，
因为最直接。用底物都是indirect的方法，而且底物的降解，在proteasome上游还受E1
,E2,E3 adaptor，regulatory partical 一系列cascade的影响，中间那个环节变了，
底物的降解也随之受影响。 |
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s******l
发帖数: 7 | 48 最近做一个丝氨酸蛋白酶的降解底物的活性实验，发现在低浓度的时候有活性，能够在
30分钟内将底物降解完全，而在高浓度（是低浓度的50倍）时活性受到抑制，底物完全
不被降解。想请教各位，这种现象该如何解释。谢谢！ |
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s******l
发帖数: 7 | 49 ITC 可以用来检测蛋白之间的相互作用，计算出结合常数，但是我的两个蛋白之间会发
生反应，就是酶和作用底物，酶会降解作用底物，但是我又想测量酶和底物的结合常数
，不知道 ITC 能不能用，或是有什么其他的方法。请大家不吝赐教！谢谢！ |
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e****s
发帖数: 1125 | 50 谢谢指点。
看到好像前几年有个案例推翻了U Rochester 对某个蛋白的专利申请。
我并不是想专利整个protein，那都不是我发现的。而是一个专一性抑制Kinase对某个
底物活化作用的方法，有数据表明已测的其它底物并不受影响。这个底物是个蛮重要的
蛋白。当然还需要更多的数据，但我离想做的小分子还是很有距离的。 |
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