T****i
发帖数: 15191 | 1 关键他这个单一蛋白结构不是第一个蛋白结构，也不是第一个膜蛋白结构，也不是第一
个用电镜看到的膜蛋白结构，是不是第一个membrane protein complex都难说（就算是
，他要是解出晶体结构那是真牛，电镜看到？呵呵）。他这最多相当于在七十年代用电
镜看了一段线粒体ＤＮＡ
的结构，分辨率还不高，对后面工作没多少指导意义，只是又多了一个proof of
concept，属于me too类成果。是不是他再去看一下另外一个膜蛋白就是另一个重大突
破？ |
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s******c
发帖数: 331 | 2 单体结构都有，但是单体结构和复合物里各个蛋白的构象是不一样的，不然G蛋白和受
体复合物结构里各个单体结构也都有，复合物结构为啥还能那么重要？他们做了很多改
造，但是有细胞内实验表明正常arrestin signaling是有的，说明他们复合物的
function至少跟真实情况下是类似的。
新的信息是很多的，就像美女一样，有对比才有真相：） 你可以去看看去年和前年
nature上发的关于arrestin的文章，visualization of arrestin recruitment和
arrestin-peptide晶体结构，就可以发现这个领域是多么desperate要了解受体和
arrestin结合的分子机制。 |
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d*****0
发帖数: 68029 | 3 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: daemonself (mit行为艺术专业博士后导师), 信区: Joke
标 题: 网游玩家破解蛋白质结构 结果获得科学验证认可
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Sep 21 01:01:05 2011, 美东)
网上玩玩游戏就可以在著名的英国《自然》系列学术刊物上发表论文？这听起来非常不
可思议，但《自然・结构和分子生物学》杂志近日发表了这样一篇有网络游戏玩
家署名的论文：《蛋白质折叠游戏玩家揭示一种单分子逆转录病毒蛋白酶的晶体结构》。
文中提到的蛋白质折叠游戏名为Foldit，是美国华盛顿大学研究人员开发的一款具有浓
厚科学色彩的网络游戏。游戏玩家要做的是，在给定一个目标蛋白质后，在遵守科学规
律的前提下，用氨基酸如搭积木一样把目标蛋白质“搭建”出来。
玩这个游戏其实不需要太多科学知识，只要遵守预先设定的规则就行。玩家每次游戏成
功都可获得积分，提升自己在游戏世界的知名度，碰到难题时还可以在网上和其他玩家
交流。
此次被破解结构的蛋白质名为M-PMV，是一种与猴类艾滋病病毒有关的蛋白质。科研人
员一直没能... 阅读全帖 |
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d******1
发帖数: 709 | 4 不客气。 结构的计算部分应该不久就会全面自动化，尤其是晶体结构。不过在前期蛋
白准备部分，还是劳动密集型（所以结构大牛都回国了）。所以工作机会还是很多的，
基本上每3个月就看到一个广告。
如果有兴趣的，可以转分子模拟，结构位点预测（其实就是结构化学和小分子化学那套
），这种东西和大规模药物筛选结合起来，大小公司都是通吃。
至于基因组分析之类的，和你的背景相差太大，有兴趣可以搞搞。 |
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x*****c
发帖数: 1005 | 5 刚才用scifinder查询了一下，找到该化合物有82篇文章
其中只有一篇与晶体结构有关，
点进去一看，发现是另外的化合物的单晶。
这样的话，是不是就说明没有单晶报导，这是个新晶体？ |
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d********f
发帖数: 43471 | 6 网上玩玩游戏就可以在著名的英国《自然》系列学术刊物上发表论文？这听起来非常不
可思议，但《自然・结构和分子生物学》杂志近日发表了这样一篇有网络游戏玩
家署名的论文：《蛋白质折叠游戏玩家揭示一种单分子逆转录病毒蛋白酶的晶体结构》。
文中提到的蛋白质折叠游戏名为Foldit，是美国华盛顿大学研究人员开发的一款具有浓
厚科学色彩的网络游戏。游戏玩家要做的是，在给定一个目标蛋白质后，在遵守科学规
律的前提下，用氨基酸如搭积木一样把目标蛋白质“搭建”出来。
玩这个游戏其实不需要太多科学知识，只要遵守预先设定的规则就行。玩家每次游戏成
功都可获得积分，提升自己在游戏世界的知名度，碰到难题时还可以在网上和其他玩家
交流。
此次被破解结构的蛋白质名为M-PMV，是一种与猴类艾滋病病毒有关的蛋白质。科研人
员一直没能探明它的具体结构。华盛顿大学研究人员于是把这个蛋白质设为目标，放入
Foldit游戏中。没过多久，就有玩家找出了可能的氨基酸组装方式。
华盛顿大学研究人员随之用X射线等对游戏玩家给出的结果进行了验证，发现这个玩出
的结果是准确的。于是在有关论文的作者中，出现了Foldit游戏中... 阅读全帖 |
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C*********m
发帖数: 213 | 7
这个其实是有争议的，NMR计算结构的时候一般不考虑水，解出来的结构看不到水分子
，相反，晶体结构中通常能观察到水分子
NMR不是不能做大蛋白，而是不能直接定大蛋白的结构，如果研究功能，上百KDa的蛋白
也是可以的 |
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m*****u
发帖数: 15526 | 8 新华社伦敦9月19日电(记者黄堃)在网上玩玩游戏就可以在著名的英国《自然》系列学
术刊物上发表论文？这听起来非常不可思议，但《自然·结构和分子生物学》杂志近日
发表了这样一篇有网络游戏玩家署名的论文：《蛋白质折叠游戏玩家揭示一种单分子逆
转录病毒蛋白酶的晶体结构》。 www.6park.com
文中提到的蛋白质折叠游戏名为Foldit，是美国华盛顿大学研究人员开发的一款具
有浓厚科学色彩的网络游戏。游戏玩家要做的是，在给定一个目标蛋白质后，在遵守科
学规律的前提下，用氨基酸如搭积木一样把目标蛋白质“搭建”出来。 www.6park.com
玩这个游戏其实不需要太多科学知识，只要遵守预先设定的规则就行。玩家每次游
戏成功都可获得积分，提升自己在游戏世界的知名度，碰到难题时还可以在网上和其他
玩家交流。 www.6park.com
此次被破解结构的蛋白质名为M-PMV，是一种与猴类艾滋病病毒有关的蛋白质。科
研人员一直没能探明它的具体结构。华盛顿大学研究人员于是把这个蛋白质设为目标，
放入Foldit游戏中。没过多久，就有玩家找出了可能的氨基酸组装方式。 www.6park.
com
华盛... 阅读全帖 |
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P*A
发帖数: 7996 | 9 这两个现象也可以被平面梯子的DNA结构完美解释
就算人类到现在也没法证实DNA到底是平面的还是双螺旋结构，生化遗传免疫哪一方面
会因为没有这个晶体结构的发现而无法进步？
结构就是个屁 |
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w********h
发帖数: 12367 | 10 科学家发现有序的纳米级结构
2005-10-09
PhysOrg网9月7日消息，来自以色列理工学院和德国Max Planck研究院的科学家们发现了
纳米级有序结构，这很有可能将改变现有的基础科学理论。
研究人员运用一种特殊的高分辨率穿透式电子显微镜，在铝液滴和蓝宝石的
固态表面的临界面发现了这一纳米结构。该研究成果将为“蓝宝石的晶体结构会促使液态
铝原子以有序的形式排列”这一理论提供直接证据。
以色列理工学院教授Wayne Kaplan指出，这一发现将使得科学家们以完全不
同的方式来看待液/固界面。
研究成果发表在2005年10月6日《科学》网络版上。
英文原文链接参见： http://www.physorg.com/news7050.html |
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s*****e
发帖数: 16824 | 11 nmr可以做出体液里的结构。结晶以后的结构虽然不见得跟体液结构一样，但大多数是
差不多的，所以也还是有用的。 |
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m**z
发帖数: 787 | 12 做结构的lab... NMR的确不一定每个蛋白都能做的。。。可以试试看不同的buffer条件
，包括pH,盐浓度等。我知道NMR对于这些条件的容忍度不是很高，不过还是可以一试。
还有就是你的HSQC是什么温度run的呢？如果只是25度的话，试试看提高温度到35甚至
40度，也许能有好一点的谱也不一定（当然你的蛋白要够稳定。。。）
我不是做结构的，不过我以前一个蛋白也试过NMR,那个时候晶体结构已经有了。25度的
时候也是只有几个peak,40度的时候好很多。后来发现蛋白会形成tetramer.可能提高温
度有利于某一种state,所以能看到不少峰。我们认为应该就是这个tetramer...这样的
话就是一个45kDa的分子。后来有人还试过full deuteration.谱又好了很多，不过还是
不ideal...现在不知道还有没有人再努力。。。所以我觉得有时候NMR条件的优化是得
益于你对这个蛋白性质的了解得。
或者能不能同时也试试看crystal呢？也许能多一点机会。 |
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Z****o
发帖数: 999 | 13 如题：现在研究膜蛋白结构和功能关系的牛Lab有哪些？
不是那种纯粹解晶体结构的lab。而是研究Ion channel/transporter/receptor的，一半侧
重结构分析，一半侧重功能分析，最好再带上点和疾病的相关性。
不知道这个领域今后前途如何？这个应该是和drug transporter的设计属于同一领域。
目前有哪些牛Lab和PI啊？
希望高手进来指点一下。 |
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v***e
发帖数: 48 | 14 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: vegue (vegue), 信区: Chemistry
标 题: *.ent文件蛋白结构用PyMol怎么打不开？
关键字: pymol pdb
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Mar 23 23:48:32 2014, 美东)
前几天在www.ebi.ac.uk找的一个蛋白晶体结构*.ent，用PyMol打不开，提示:
"ImportError: cannot import name space_group_map
Error: unable to initialize plugin 'map_gen'."
该怎么解决？
同样的结构在www.rcsb.org上也可以找到，不过是*.gz，用pymol可以正常打开。 |
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g*****1
发帖数: 666 | 15 如果能拿到晶体结构，分辨率再高些，这个结构倒是有希望拿炸药奖。
YN的GLUT1的结构是很重要的突破，但没有可能拿炸药奖。
对俩人2014都是可喜可贺的一年。 |
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a****y
发帖数: 1035 | 16 http://news.xinhuanet.com/newscenter/2003-11/28/content_1204671.htm
我国科学家成功解析SARS病毒蛋白酶三维结构
（2003-11-28 00:05:14） 来源：新华网
(来源：新华网)
新华网北京１１月２８日电 据即将于１２月１日出版的第４８期《瞭望》周刊报道
，中国科学家成功解析了ＳＡＲＳ冠状病毒主要蛋白酶的三维结构，这是世界上首次解析
出ＳＡＲＳ冠状病毒蛋白酶的晶体结构。ＳＡＲＳ病毒蛋白酶的解析成功，对于ＳＡＲＳ
的防治具有重要的意义。日前，美国
科学院报（ＰＮＡＳ）发表了这一成果的论文，并向国际媒体公布了这一消息。
今年初夏，ＳＡＲＳ疫情在中国暴发流行，清华大学饶子和研究组立即对ＳＡＲＳ病
毒进行了全力攻关，并在７月２日成功解析。
饶子和研究组在“华大”基因组中心从中国军事医学科学院发现的、编号为ＢＪ０１
的毒株中克隆了ＳＡＲＳ冠状病毒的主要蛋白酶的基因，并通过遗传工程的手段在大肠杆
菌中获得了蛋白酶的高效、稳定表达，经过进一步的分离、纯化和结晶，收集了高分辨率
的衍射数据，测定了 |
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x****y
发帖数: 1853 | 17 现在单原子分别率还只能在无机材料上实现，而且得要求有规律的晶体结构。
在生物体上，由于辐射对细胞组织的破坏， 还没有能达到angstrom的分辨率， 最好就
是纳米就不错了。 所谓电镜得到原子结构， 都是用模型结合高分辨率照片推想出来的
结构。 |
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q****g
发帖数: 19 | 18 我不讽刺人。但就事论事。你对核磁共振的理解太过于肤浅。你引用的那个链接是个学
生的理解。不是审理过的发表文章。核磁共振是最温和非侵入性测量手段。现在都可以
检测细菌和人体细胞内的蛋白质结构（虽然我对这个持保留态度）。晶体结构也是模拟
优化的结果，并非直接观察。关于这几种技术，我可以说很多，但打字太累，就此打住。
just |
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m**u
发帖数: 3348 | 19 晶体结构也就是满足一下人类的好奇心
制药需要知道结构纯属扯鸡巴蛋 |
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s********l
发帖数: 1195 | 21 我不是做结晶的，最近拿到一个蛋白结构，一个晶格里面有四个monomer，每个monomer
的氨基酸序列是一样的，但是四个chain的conformation不完全一致，其中A和C对称，B
和D对称。
现在想要通过计算每两个chain之间的backbone和sidechain的rmsd来定量地说明A和C
identical，B和D identical
请问该如何计算呢？有什么软件推荐的？
我看到有FATCAT，Mammoth，Dali，还有其他一些，一点概念都没有，不知道用哪个好
，请专家指点下。
另外，看到大部分软件需要upload要比较的两个结构，我只有一个tetramer的pdb file
，怎么把单独的monomer存成一个新的pdb file呢？我知道该怎么用pymol去掉其他的
chain，但是每次都只能存成新的session，而不是新的pdb，这个有什么trick呢？
多谢！ |
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f***r
发帖数: 413 | 22 谢谢同学们的热心帮助。
现在有另一篇文章，基本写好了，准备投proteins，structure notes，感觉这个
structure notes还是需要pdb。估计没有pdb，只是分析结构的文章能难发表的。
我跟老板说了Acta F，他说他看看。
明天我也看看protein science，希望这个杂志能接受单纯的结构分析。
谢谢同学们！ |
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b******e
发帖数: 88 | 23 多谢指教
这是我的project，从头到尾都是我做的，但是在解结构的时候没经验老板又想快些出
结构所以印度人插了进来，可以说大部分都是他解得
我一直默认pdb的author list跟paper上应该是一致的，印度人恶心在没有告诉任何人
的情况下自己就把author list改成了自己是第一。如果不重要的话就可以用不重要的
手段去应对了，肯定不能吃哑巴亏。
再一次谢谢了
PDB
particular
the second author on the paper, but if this is his structure, then he
should be the first author in PDB. I regularly deposit structures with only
mine and my boss's names, reg |
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t**m
发帖数: 158 | 24 很nb的里程碑式工作! 不出所料的话后面应该有高分辨率晶体结构的跟进
gamma-secretase的底物识别以及膜内剪切机理要是弄明白了拿大奖还是很有希望的
而且目前所有几类膜内蛋白酶的结构都是Shi解的, 是凋亡以外Shi最主要的领域 |
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x********e
发帖数: 35261 | 25 另外，我觉得晶体结构有时候是有误导，或者说片面的。就说双螺旋吧，只有在原核生
物里是线性的。在真核生物in vivo的情况下，大部分时候DNA都是有histone
chaperone包裹着。双螺旋反应不了高级结构 |
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w****6
发帖数: 169 | 26 yyG的secretase结构不是晶体结构是电镜做出来的，分辨率自然到不了1.X埃。 |
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s******g
发帖数: 67 | 27 demo版不知道，我的正版可以做movie
http://www.crystalmaker.com/video/index.html
先打开你结构，然后
File>export>video>
出来一个播放器一样的小窗口，点最左边的圆点按钮，跳出窗口提示你给video文件起
名字，起好名字之后可以手动旋转你的结构，或者去Transform>Auto Rotate
最后点第二个按钮暂停，或者第三个按钮结束，video文件会自动保存。 |
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v***e
发帖数: 48 | 28 前几天在www.ebi.ac.uk找的一个蛋白晶体结构*.ent，用PyMol打不开，提示:
"ImportError: cannot import name space_group_map
Error: unable to initialize plugin 'map_gen'."
该怎么解决？
同样的结构在www.rcsb.org上也可以找到，不过是*.gz，用pymol可以正常打开。 |
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v**********m
发帖数: 5516 | 29 楼上的11公结构分析是指3维晶体结构解析，纯理论的工作。LCmsms已经和传统的分析
化学更接近。 |
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s*******n
发帖数: 10426 | 30 X-ray能得到更高的精度，比如1A,你能看清每个原子的位置，溶液里面的目前刚刚能突
破10A，只能打开看个轮廓，而且对蛋白的分子量有要求，中小蛋白不行。当然X-ray也
有蛋白晶体长不出来的问题。
仪器不行，结果不是结论经不起推敲，而是得不到高精度的结论，比如你能看到是一个
女人，但看不清楚究竟是圆圆还是凤姐，你的结论就只能是这是个女人，而不能说这是
个靓女还是丑女。
所以结论还基本是OK的，只是你的结论的意义和重要性不同罢了，你如果只想娶个媳妇
，那你能分清是母猪还是女人就OK，但你要是想娶美女，拿你能不能看清那个是凤姐还
是圆圆就非常重要了。 |
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m**u
发帖数: 3348 | 31 ...........
生物信息传感器不就是受体么
这个从晶体学诞生的那一刻就有人开始做了 |
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t**t
发帖数: 27760 | 32 看晶体结构是Mercury。
要画漂亮的结构图，还需要CrystalMaker。
这不是免费的。 |
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a*****e
发帖数: 4577 | 33 取决于你想用什么软件做计算了
如果只看晶体结构
VMD很好
如果你用gulp做计算，可以用gdis |
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a****n
发帖数: 3082 | 34 最近在补习晶体结构的基础，有一点疑问
发现人们说的diffraction peaks 都是说的是一个uni cell 的不同面反射的x-ray的
constructive interference 的build up. 为什么那些距离大于一个unit cell的面不
会产生这样的干涉峰呢？是几率太小了吗？根据布拉格公式，这样的峰应该出现在小角
. |
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j*********5
发帖数: 6221 | 35 人家给你把晶体结构都解好了，难道还不算做实验的一部分吗，
我们写文章，只要有Xray的数据，都要把管xray的那个scientist
挂上名
这工作如果能找到还真好，如果不犯啥原则性问题，faculty都得
求着办事，在系里虽然不是tenure但不会被fire，而且我们这的
那个老师年薪10w多，在南部小镇算很好了，还有一个管核磁的，
都是这个价 |
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l*****l
发帖数: 25 | 38 请问哪位同仁实验室装有Cambrdige Structural Database, 能否帮忙查
抗坏血酸棕榈酸酯 C22H38O7 (Ascorbyl palmitate / Ascorbyl fatty
acid ester / 6-O-palmitoylascorbic acid / 2-4,5-Dihydroxy-3
-oxo-2-furyl-2-hydroxyethyl hexadecanoate / L-Ascorbic acid 6-hexadecanoate)
只需要晶体空间群,晶胞参数,不胜感激! |
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c****g
发帖数: 37081 | 41 是不是就是解析了晶体结构？这要是也震惊世界，啥还能不算？ |
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G**L
发帖数: 22804 | 42 说说看哪些药是根据晶体结构搞出来的，凸显一下11公的重要性 |
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d*******g
发帖数: 8992 | 43 有晶体结构的重要蛋白海了去！
几个能对应产生药物？ |
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y***i
发帖数: 11639 | 44 现在结晶过的蛋白几千肯定有了，事实证明大部分情况下是非常接近的。蛋白质结构
解释了很多催化活性位点，那些位点的原子的位置差1~2个挨就不会有功能。虽然对没
有学生物专业的人来说，这个好像不可思议。 |
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y**h
发帖数: 3093 | 45 我觉得这只说明你们离建立一个正确的模型还很远
[在 yuuli (听，...听) 的大作中提到：]
：
： 现在结晶过的蛋白几千肯定有了，事实证明大部分情况下是非常接近的。蛋白质结构
：........... |
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y***i
发帖数: 11639 | 46 行外人别觉得了。你还觉得太阳绕地球转呢。科学领域里，外行的觉得没有任何价值。
结构 |
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x****6
发帖数: 4339 | 47 传统的信号转导以及新型的新信息处理都有很多人在做，前者着重发现传感器及其信号
传递的基因通路；后者从信息论的理论角度分析细胞处理信息的能力。两者都会还原到
具体的蛋白，通常会解结构。 联系起来看信号接受和传递在分子结构上是如何实现的
。这是分子生物学的常规思路。 |
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A****w
发帖数: 244 | 48 小弟原来搞过天然产物分离鉴定
PhD做了蛋白质化学和X-ray晶体结构
现在主要是脂蛋白的方面的研究
请版上大牛多多refer审稿机会
站内回复，我转发我的CV
先谢过！ |
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s********l
发帖数: 1195 | 49 不好意思还有个疑问
这些alignment的软件貌似都是根据Ca来align两个结构
然后计算Ca的rmsd
如果我想同时计算sidechain的rmsd，这些结果里是否已经包括了呢？ |
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c****d
发帖数: 681 | 50 total agree.
我们是做药的，每次拿到晶体结构就松一口气，其他什么都是看看而已，基本不当真 |
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