r*******e 发帖数: 971 | 1 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: reclapple (加菲鲸), 信区: Chemistry
标 题: 有人对2D-NMR比较了解嘛?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 9 15:23:00 2010, 美东)
rt,看文献碰到这么一种谱。
[15N 1H]-CRINEPT-HMQC
全称是coherence relaxation enhanced polarization transfer(CRINEPT)
Heteronuclear Multiple Quantum Coherence (HMQC)
这个是用来解蛋白结构的。
我很不理解的是,怎么把每个cross peak 与相应的amino acid 对应起来?然后又怎么
能通过cross peak 强度位置来算结构呢? |
p****s 发帖数: 3153 | 2 coherence relaxation我不了解,inept是在H和N之间建立correlation的方法,在这种
谱上每个峰对应一个amide,除了proline(因为N上没有H)。强度和弛豫时间有关,跟
结构也许关系不大,位置可以决定chemical shifts,通过chemical shifts可以了解二
级结构,但前提是你能做assignment,一般不可能通过一个谱就做assignment。
你不理解是因为你不知道NMR的基础么? 我觉得从表面上知道怎么回事可能短时间就够
了,大家都能做HSQC不是,哈哈。但是要真正懂没有几个月是不可能的。
【在 r*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】 : 发信人: reclapple (加菲鲸), 信区: Chemistry : 标 题: 有人对2D-NMR比较了解嘛? : 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 9 15:23:00 2010, 美东) : rt,看文献碰到这么一种谱。 : [15N 1H]-CRINEPT-HMQC : 全称是coherence relaxation enhanced polarization transfer(CRINEPT) : Heteronuclear Multiple Quantum Coherence (HMQC) : 这个是用来解蛋白结构的。 : 我很不理解的是,怎么把每个cross peak 与相应的amino acid 对应起来?然后又怎么
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p****s 发帖数: 3153 | 3 刚才找了一下网上的文献,你似乎把最关键的部分漏掉了。这个方法叫TROSY,是Kurt
Wuthrich发展的,用来做大分子量的生物分子。原理大概是通过dipolar coupling和
CSA的弛豫机制的干涉,并且在INEPT的时候不做decoupling,从而达到保留T2很长的部
分的目的,可以大幅度提高谱的分辨率。不过这听起来像天书吧,哈哈。
【在 r*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】 : 发信人: reclapple (加菲鲸), 信区: Chemistry : 标 题: 有人对2D-NMR比较了解嘛? : 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 9 15:23:00 2010, 美东) : rt,看文献碰到这么一种谱。 : [15N 1H]-CRINEPT-HMQC : 全称是coherence relaxation enhanced polarization transfer(CRINEPT) : Heteronuclear Multiple Quantum Coherence (HMQC) : 这个是用来解蛋白结构的。 : 我很不理解的是,怎么把每个cross peak 与相应的amino acid 对应起来?然后又怎么
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r*******e 发帖数: 971 | 4 nod 完全是天书,我看了半天wiki以及相关网页依旧没懂。
Kurt
【在 p****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 刚才找了一下网上的文献,你似乎把最关键的部分漏掉了。这个方法叫TROSY,是Kurt : Wuthrich发展的,用来做大分子量的生物分子。原理大概是通过dipolar coupling和 : CSA的弛豫机制的干涉,并且在INEPT的时候不做decoupling,从而达到保留T2很长的部 : 分的目的,可以大幅度提高谱的分辨率。不过这听起来像天书吧,哈哈。
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r*******e 发帖数: 971 | 5 我不明白怎么通过chemcial shifts了解二级结构。
以前学过nmr的,也知道怎么解简单小分子的谱,可是那是一级结构啊,二级结构怎么
折腾出来的啊……
你说的assignment是啥意思?
【在 p****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : coherence relaxation我不了解,inept是在H和N之间建立correlation的方法,在这种 : 谱上每个峰对应一个amide,除了proline(因为N上没有H)。强度和弛豫时间有关,跟 : 结构也许关系不大,位置可以决定chemical shifts,通过chemical shifts可以了解二 : 级结构,但前提是你能做assignment,一般不可能通过一个谱就做assignment。 : 你不理解是因为你不知道NMR的基础么? 我觉得从表面上知道怎么回事可能短时间就够 : 了,大家都能做HSQC不是,哈哈。但是要真正懂没有几个月是不可能的。
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p****s 发帖数: 3153 | 6 真想懂NMR的话找本书看看,这个还是需要书的...不是一下就能懂。
我老板都说"it is not easy",要知道他是多么聪明的人。我记得有个教授把他的手稿
放到网上,似乎叫understanding nmr spectroscopy,有空可以找找看看。
如果只是想稍微了解的话知道它能干嘛就行了,如果以后不用的话可能花那么多功夫也
没必要哈哈。
【在 r*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : nod 完全是天书,我看了半天wiki以及相关网页依旧没懂。 : : Kurt
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p****s 发帖数: 3153 | 7 你说有机化学上面的NMR么?和protein NMR两码事。其实很多做有机的人并不知道NMR
的原理的说,人不是也照样做。
assignment就是说那上面的每个峰分别代表蛋白序列中的哪个氨基酸,知道了它们代表
什么才能做下面的工作,这一般来说都是第一步的工作。二级结构可以通过secondary
chemical shifts知道。如果想了解这个可以去看ad bax 1991年的工作。
【在 r*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我不明白怎么通过chemcial shifts了解二级结构。 : 以前学过nmr的,也知道怎么解简单小分子的谱,可是那是一级结构啊,二级结构怎么 : 折腾出来的啊…… : 你说的assignment是啥意思?
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r*******e 发帖数: 971 | 8 多谢,果然隔行如隔山……
NMR
secondary
【在 p****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你说有机化学上面的NMR么?和protein NMR两码事。其实很多做有机的人并不知道NMR : 的原理的说,人不是也照样做。 : assignment就是说那上面的每个峰分别代表蛋白序列中的哪个氨基酸,知道了它们代表 : 什么才能做下面的工作,这一般来说都是第一步的工作。二级结构可以通过secondary : chemical shifts知道。如果想了解这个可以去看ad bax 1991年的工作。
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p****s 发帖数: 3153 | 9 哈哈,对于NMR这样的领域更是如此
【在 r*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 多谢,果然隔行如隔山…… : : NMR : secondary
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g*****n 发帖数: 36 | 10 每一个amino acid 在你说的CRINEPT 或HMQC谱图上对应一个cross peak,
这些只能给出蛋白的backbone信息,
如要解结构,这还远远不够,还得做很多3D实验。
另外也不一定用NMR,可以用X-Ray,
NMR灵敏度不太高,需要大量蛋白。
推荐一个NMR中文wiki
http://www.nmrwiki.cn
这里还有一个专业的NMR论坛
http://www.chinanmr.cn/forum.php |
p****s 发帖数: 3153 | 11 你说得不对,他所说的CRINEPT-HMQC-TROSY是一个谱而不是几个。
我不太了解xray需要多少蛋白,不过做液相NMR就算是很大的蛋白我想几mg就够用了。
NMR和xray是互补的实验而不是相互竞争,真正做NMR的人也不会直接跟xray竞争。NMR
可以提供很多dynamics的信息,这是xray无法做到的;而且NMR可以做溶液里甚至是细
胞组织内的状态,而xray需要单晶(似乎也有用微晶的,我不懂了)。现在NMR已经发
展成了一个很强大的方法,通过single scan NMR,以后做real time估计都是可以实现
的。
从本质上来说NMR当然是不灵敏的方法,远没有其他光谱方法灵敏,但是我认为(当然
是我自己的观点)它能提供最接近生理条件的结构信息。“不用NMR也可以用xray"这说
法有点好笑,有些蛋白就长不出晶体,你怎么做xray呢,呵呵。当然NMR有分子量的限
制,要做大的体系首先还是应该考虑xray。我自己认为NMR是更有灵活性的方法,而且
就算解不出高分辨率的三维结构还是一样可以提供很多有用的信息。
【在 g*****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 每一个amino acid 在你说的CRINEPT 或HMQC谱图上对应一个cross peak, : 这些只能给出蛋白的backbone信息, : 如要解结构,这还远远不够,还得做很多3D实验。 : 另外也不一定用NMR,可以用X-Ray, : NMR灵敏度不太高,需要大量蛋白。 : 推荐一个NMR中文wiki : http://www.nmrwiki.cn : 这里还有一个专业的NMR论坛 : http://www.chinanmr.cn/forum.php
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p*****n 发帖数: 981 | 12 这个分子量限制很要命呀
大多数酶都是30k以上的
NMR
【在 p****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你说得不对,他所说的CRINEPT-HMQC-TROSY是一个谱而不是几个。 : 我不太了解xray需要多少蛋白,不过做液相NMR就算是很大的蛋白我想几mg就够用了。 : NMR和xray是互补的实验而不是相互竞争,真正做NMR的人也不会直接跟xray竞争。NMR : 可以提供很多dynamics的信息,这是xray无法做到的;而且NMR可以做溶液里甚至是细 : 胞组织内的状态,而xray需要单晶(似乎也有用微晶的,我不懂了)。现在NMR已经发 : 展成了一个很强大的方法,通过single scan NMR,以后做real time估计都是可以实现 : 的。 : 从本质上来说NMR当然是不灵敏的方法,远没有其他光谱方法灵敏,但是我认为(当然 : 是我自己的观点)它能提供最接近生理条件的结构信息。“不用NMR也可以用xray"这说 : 法有点好笑,有些蛋白就长不出晶体,你怎么做xray呢,呵呵。当然NMR有分子量的限
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p****s 发帖数: 3153 | 13 好像现在做30k的应该不是问题...如果用trosy的话
以前是说25k? 我还见过1m的哈哈,不过那应该有特殊处理
当然谱的复杂度会随着分子量大大增加,但是也是有一些方法去避免这个的
【在 p*****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个分子量限制很要命呀 : 大多数酶都是30k以上的 : : NMR
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