r*******e
发帖数: 971 | 1 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: reclapple (加菲鲸), 信区: Chemistry
标 题: 有人对2D-NMR比较了解嘛？
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 9 15:23:00 2010, 美东)
rt，看文献碰到这么一种谱。
[15N 1H]-CRINEPT-HMQC
全称是coherence relaxation enhanced polarization transfer(CRINEPT)
Heteronuclear Multiple Quantum Coherence （HMQC)
这个是用来解蛋白结构的。
我很不理解的是，怎么把每个cross peak 与相应的amino acid 对应起来？然后又怎么
能通过cross peak 强度位置来算结构呢？ |
p****s
发帖数: 3153 | 2 coherence relaxation我不了解，inept是在H和N之间建立correlation的方法，在这种
谱上每个峰对应一个amide，除了proline(因为N上没有H）。强度和弛豫时间有关，跟
结构也许关系不大，位置可以决定chemical shifts，通过chemical shifts可以了解二
级结构，但前提是你能做assignment，一般不可能通过一个谱就做assignment。
你不理解是因为你不知道NMR的基础么? 我觉得从表面上知道怎么回事可能短时间就够
了，大家都能做HSQC不是，哈哈。但是要真正懂没有几个月是不可能的。
【在 r*******e 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
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: 标 题: 有人对2D-NMR比较了解嘛？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 9 15:23:00 2010, 美东)
: rt，看文献碰到这么一种谱。
: [15N 1H]-CRINEPT-HMQC
: 全称是coherence relaxation enhanced polarization transfer(CRINEPT)
: Heteronuclear Multiple Quantum Coherence （HMQC)
: 这个是用来解蛋白结构的。
: 我很不理解的是，怎么把每个cross peak 与相应的amino acid 对应起来？然后又怎么
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p****s
发帖数: 3153 | 3 刚才找了一下网上的文献，你似乎把最关键的部分漏掉了。这个方法叫TROSY，是Kurt
Wuthrich发展的，用来做大分子量的生物分子。原理大概是通过dipolar coupling和
CSA的弛豫机制的干涉，并且在INEPT的时候不做decoupling，从而达到保留T2很长的部
分的目的，可以大幅度提高谱的分辨率。不过这听起来像天书吧，哈哈。
【在 r*******e 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
: 发信人: reclapple (加菲鲸), 信区: Chemistry
: 标 题: 有人对2D-NMR比较了解嘛？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 9 15:23:00 2010, 美东)
: rt，看文献碰到这么一种谱。
: [15N 1H]-CRINEPT-HMQC
: 全称是coherence relaxation enhanced polarization transfer(CRINEPT)
: Heteronuclear Multiple Quantum Coherence （HMQC)
: 这个是用来解蛋白结构的。
: 我很不理解的是，怎么把每个cross peak 与相应的amino acid 对应起来？然后又怎么
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r*******e
发帖数: 971 | 4 nod 完全是天书，我看了半天wiki以及相关网页依旧没懂。
Kurt
【在 p****s 的大作中提到】
: 刚才找了一下网上的文献，你似乎把最关键的部分漏掉了。这个方法叫TROSY，是Kurt
: Wuthrich发展的，用来做大分子量的生物分子。原理大概是通过dipolar coupling和
: CSA的弛豫机制的干涉，并且在INEPT的时候不做decoupling，从而达到保留T2很长的部
: 分的目的，可以大幅度提高谱的分辨率。不过这听起来像天书吧，哈哈。
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r*******e
发帖数: 971 | 5 我不明白怎么通过chemcial shifts了解二级结构。
以前学过nmr的，也知道怎么解简单小分子的谱，可是那是一级结构啊，二级结构怎么
折腾出来的啊……
你说的assignment是啥意思？
【在 p****s 的大作中提到】
: coherence relaxation我不了解，inept是在H和N之间建立correlation的方法，在这种
: 谱上每个峰对应一个amide，除了proline(因为N上没有H）。强度和弛豫时间有关，跟
: 结构也许关系不大，位置可以决定chemical shifts，通过chemical shifts可以了解二
: 级结构，但前提是你能做assignment，一般不可能通过一个谱就做assignment。
: 你不理解是因为你不知道NMR的基础么? 我觉得从表面上知道怎么回事可能短时间就够
: 了，大家都能做HSQC不是，哈哈。但是要真正懂没有几个月是不可能的。
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p****s
发帖数: 3153 | 6 真想懂NMR的话找本书看看，这个还是需要书的...不是一下就能懂。
我老板都说"it is not easy"，要知道他是多么聪明的人。我记得有个教授把他的手稿
放到网上，似乎叫understanding nmr spectroscopy，有空可以找找看看。
如果只是想稍微了解的话知道它能干嘛就行了，如果以后不用的话可能花那么多功夫也
没必要哈哈。
【在 r*******e 的大作中提到】
: nod 完全是天书，我看了半天wiki以及相关网页依旧没懂。
:
: Kurt
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p****s
发帖数: 3153 | 7 你说有机化学上面的NMR么？和protein NMR两码事。其实很多做有机的人并不知道NMR
的原理的说，人不是也照样做。
assignment就是说那上面的每个峰分别代表蛋白序列中的哪个氨基酸，知道了它们代表
什么才能做下面的工作，这一般来说都是第一步的工作。二级结构可以通过secondary
chemical shifts知道。如果想了解这个可以去看ad bax 1991年的工作。
【在 r*******e 的大作中提到】
: 我不明白怎么通过chemcial shifts了解二级结构。
: 以前学过nmr的，也知道怎么解简单小分子的谱，可是那是一级结构啊，二级结构怎么
: 折腾出来的啊……
: 你说的assignment是啥意思？
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r*******e
发帖数: 971 | 8 多谢，果然隔行如隔山……
NMR
secondary
【在 p****s 的大作中提到】
: 你说有机化学上面的NMR么？和protein NMR两码事。其实很多做有机的人并不知道NMR
: 的原理的说，人不是也照样做。
: assignment就是说那上面的每个峰分别代表蛋白序列中的哪个氨基酸，知道了它们代表
: 什么才能做下面的工作，这一般来说都是第一步的工作。二级结构可以通过secondary
: chemical shifts知道。如果想了解这个可以去看ad bax 1991年的工作。
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p****s
发帖数: 3153 | 9 哈哈，对于NMR这样的领域更是如此
【在 r*******e 的大作中提到】
: 多谢，果然隔行如隔山……
:
: NMR
: secondary
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g*****n
发帖数: 36 | 10 每一个amino acid 在你说的CRINEPT 或HMQC谱图上对应一个cross peak，
这些只能给出蛋白的backbone信息，
如要解结构，这还远远不够，还得做很多3D实验。
另外也不一定用NMR，可以用X-Ray，
NMR灵敏度不太高，需要大量蛋白。
推荐一个NMR中文wiki
http://www.nmrwiki.cn
这里还有一个专业的NMR论坛
http://www.chinanmr.cn/forum.php |
p****s
发帖数: 3153 | 11 你说得不对，他所说的CRINEPT-HMQC-TROSY是一个谱而不是几个。
我不太了解xray需要多少蛋白，不过做液相NMR就算是很大的蛋白我想几mg就够用了。
NMR和xray是互补的实验而不是相互竞争，真正做NMR的人也不会直接跟xray竞争。NMR
可以提供很多dynamics的信息，这是xray无法做到的；而且NMR可以做溶液里甚至是细
胞组织内的状态，而xray需要单晶（似乎也有用微晶的，我不懂了）。现在NMR已经发
展成了一个很强大的方法，通过single scan NMR，以后做real time估计都是可以实现
的。
从本质上来说NMR当然是不灵敏的方法，远没有其他光谱方法灵敏，但是我认为（当然
是我自己的观点）它能提供最接近生理条件的结构信息。“不用NMR也可以用xray"这说
法有点好笑，有些蛋白就长不出晶体，你怎么做xray呢，呵呵。当然NMR有分子量的限
制，要做大的体系首先还是应该考虑xray。我自己认为NMR是更有灵活性的方法，而且
就算解不出高分辨率的三维结构还是一样可以提供很多有用的信息。
【在 g*****n 的大作中提到】
: 每一个amino acid 在你说的CRINEPT 或HMQC谱图上对应一个cross peak，
: 这些只能给出蛋白的backbone信息，
: 如要解结构，这还远远不够，还得做很多3D实验。
: 另外也不一定用NMR，可以用X-Ray，
: NMR灵敏度不太高，需要大量蛋白。
: 推荐一个NMR中文wiki
: http://www.nmrwiki.cn
: 这里还有一个专业的NMR论坛
: http://www.chinanmr.cn/forum.php
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p*****n
发帖数: 981 | 12 这个分子量限制很要命呀
大多数酶都是30k以上的
NMR
【在 p****s 的大作中提到】
: 你说得不对，他所说的CRINEPT-HMQC-TROSY是一个谱而不是几个。
: 我不太了解xray需要多少蛋白，不过做液相NMR就算是很大的蛋白我想几mg就够用了。
: NMR和xray是互补的实验而不是相互竞争，真正做NMR的人也不会直接跟xray竞争。NMR
: 可以提供很多dynamics的信息，这是xray无法做到的；而且NMR可以做溶液里甚至是细
: 胞组织内的状态，而xray需要单晶（似乎也有用微晶的，我不懂了）。现在NMR已经发
: 展成了一个很强大的方法，通过single scan NMR，以后做real time估计都是可以实现
: 的。
: 从本质上来说NMR当然是不灵敏的方法，远没有其他光谱方法灵敏，但是我认为（当然
: 是我自己的观点）它能提供最接近生理条件的结构信息。“不用NMR也可以用xray"这说
: 法有点好笑，有些蛋白就长不出晶体，你怎么做xray呢，呵呵。当然NMR有分子量的限
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p****s
发帖数: 3153 | 13 好像现在做30k的应该不是问题...如果用trosy的话
以前是说25k? 我还见过1m的哈哈，不过那应该有特殊处理
当然谱的复杂度会随着分子量大大增加，但是也是有一些方法去避免这个的
【在 p*****n 的大作中提到】
: 这个分子量限制很要命呀
: 大多数酶都是30k以上的
:
: NMR
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