k*******3 发帖数: 1909 | 1 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/
可以看到对于每个染色体,都有三种fasta file,比如染色体20,有
hs_alt_Celera_chr20.fa
hs_alt_HuRef_chr20.fa
hs_ref_GRCH37_chr20.fa
这三种file里面的序列还不一样,请问是怎么回事?究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢?
谢谢。 |
m**b 发帖数: 617 | 2 Use the GRCH37, which is the reference file.
体的sequence呢?
【在 k*******3 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/ : 可以看到对于每个染色体,都有三种fasta file,比如染色体20,有 : hs_alt_Celera_chr20.fa : hs_alt_HuRef_chr20.fa : hs_ref_GRCH37_chr20.fa : 这三种file里面的序列还不一样,请问是怎么回事?究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢? : 谢谢。
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e*******e 发帖数: 1837 | 3 hs_ref_GRCH37 is the reference assembly. hs_alt_Celera and hs_alt_HuRef are
two alternative assemblies from the Celera project and the Craig Venter
genome.
Just use the reference if you don't care much about individual differences.
体的sequence呢?
【在 k*******3 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/ : 可以看到对于每个染色体,都有三种fasta file,比如染色体20,有 : hs_alt_Celera_chr20.fa : hs_alt_HuRef_chr20.fa : hs_ref_GRCH37_chr20.fa : 这三种file里面的序列还不一样,请问是怎么回事?究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢? : 谢谢。
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m**b 发帖数: 617 | 4 see 3rd floor.
【在 k*******3 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/ : 可以看到对于每个染色体,都有三种fasta file,比如染色体20,有 : hs_alt_Celera_chr20.fa : hs_alt_HuRef_chr20.fa : hs_ref_GRCH37_chr20.fa : 这三种file里面的序列还不一样,请问是怎么回事?究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢? : 谢谢。
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k*******3 发帖数: 1909 | 5 What is alternative assemblies?
are
【在 e*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : hs_ref_GRCH37 is the reference assembly. hs_alt_Celera and hs_alt_HuRef are : two alternative assemblies from the Celera project and the Craig Venter : genome. : Just use the reference if you don't care much about individual differences. : : 体的sequence呢?
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t*d 发帖数: 1290 | 6 get it from genome browser at UCSC instead.
体的sequence呢?
【在 k*******3 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/ : 可以看到对于每个染色体,都有三种fasta file,比如染色体20,有 : hs_alt_Celera_chr20.fa : hs_alt_HuRef_chr20.fa : hs_ref_GRCH37_chr20.fa : 这三种file里面的序列还不一样,请问是怎么回事?究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢? : 谢谢。
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k*******3 发帖数: 1909 | 7 any difference between UCSC and NCBI?
【在 t*d 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : get it from genome browser at UCSC instead. : : 体的sequence呢?
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e*******e 发帖数: 1837 | 8 A little bit research would get you a long way. Please read the readme file
yourself before asking questions.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/release_notes.html#37.1assembly
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?hgsid=164325051&clade=mammal&org=Human&db=hg19
【在 k*******3 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : What is alternative assemblies? : : are
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k*******3 发帖数: 1909 | |