k*******3
发帖数: 1909 | 1 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/
可以看到对于每个染色体，都有三种fasta file，比如染色体20，有
hs_alt_Celera_chr20.fa
hs_alt_HuRef_chr20.fa
hs_ref_GRCH37_chr20.fa
这三种file里面的序列还不一样，请问是怎么回事？究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢？
谢谢。 |
m**b
发帖数: 617 | 2 Use the GRCH37, which is the reference file.
体的sequence呢？
【在 k*******3 的大作中提到】
: 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes
: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/
: 可以看到对于每个染色体，都有三种fasta file，比如染色体20，有
: hs_alt_Celera_chr20.fa
: hs_alt_HuRef_chr20.fa
: hs_ref_GRCH37_chr20.fa
: 这三种file里面的序列还不一样，请问是怎么回事？究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢？
: 谢谢。
|
e*******e
发帖数: 1837 | 3 hs_ref_GRCH37 is the reference assembly. hs_alt_Celera and hs_alt_HuRef are
two alternative assemblies from the Celera project and the Craig Venter
genome.
Just use the reference if you don't care much about individual differences.
体的sequence呢？
【在 k*******3 的大作中提到】
: 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes
: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/
: 可以看到对于每个染色体，都有三种fasta file，比如染色体20，有
: hs_alt_Celera_chr20.fa
: hs_alt_HuRef_chr20.fa
: hs_ref_GRCH37_chr20.fa
: 这三种file里面的序列还不一样，请问是怎么回事？究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢？
: 谢谢。
|
m**b
发帖数: 617 | 4 see 3rd floor.
【在 k*******3 的大作中提到】
: 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes
: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/
: 可以看到对于每个染色体，都有三种fasta file，比如染色体20，有
: hs_alt_Celera_chr20.fa
: hs_alt_HuRef_chr20.fa
: hs_ref_GRCH37_chr20.fa
: 这三种file里面的序列还不一样，请问是怎么回事？究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢？
: 谢谢。
|
k*******3
发帖数: 1909 | 5 What is alternative assemblies?
are
【在 e*******e 的大作中提到】
: hs_ref_GRCH37 is the reference assembly. hs_alt_Celera and hs_alt_HuRef are
: two alternative assemblies from the Celera project and the Craig Venter
: genome.
: Just use the reference if you don't care much about individual differences.
:
: 体的sequence呢？
|
t*d
发帖数: 1290 | 6 get it from genome browser at UCSC instead.
体的sequence呢？
【在 k*******3 的大作中提到】
: 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes
: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/
: 可以看到对于每个染色体，都有三种fasta file，比如染色体20，有
: hs_alt_Celera_chr20.fa
: hs_alt_HuRef_chr20.fa
: hs_ref_GRCH37_chr20.fa
: 这三种file里面的序列还不一样，请问是怎么回事？究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢？
: 谢谢。
|
k*******3
发帖数: 1909 | 7 any difference between UCSC and NCBI?
【在 t*d 的大作中提到】
: get it from genome browser at UCSC instead.
:
: 体的sequence呢？
|
e*******e
发帖数: 1837 | 8 A little bit research would get you a long way. Please read the readme file
yourself before asking questions.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/release_notes.html#37.1assembly
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?hgsid=164325051&clade=mammal&org=Human&db=hg19
【在 k*******3 的大作中提到】
: What is alternative assemblies?
:
: are
|
k*******3
发帖数: 1909 | |
