j***a
发帖数: 2 | 1 这里EMSA 高手很多，请大家帮忙看看
用一段PROMOTER 序列（200bp) 做probe, 能binding 到体外转录的蛋白上，但背景比
较高然后用两个片段来做probe, 有一段能binding, 。奇怪的是，当把这个片段再弄成
两段（直接合成PRIMER, ANNEAL)就没有binding了，难道是这个binding 需要二级结构
？ | m**z
发帖数: 787 | 2 弄成2段是什么意思，一分为二？100bp+100bp,然后50bp+50bp? 这样的话你可能把
binding site拆成2段了，当然不会bind
【在 j***a 的大作中提到】
: 这里EMSA 高手很多，请大家帮忙看看
: 用一段PROMOTER 序列（200bp) 做probe, 能binding 到体外转录的蛋白上，但背景比
: 较高然后用两个片段来做probe, 有一段能binding, 。奇怪的是，当把这个片段再弄成
: 两段（直接合成PRIMER, ANNEAL)就没有binding了，难道是这个binding 需要二级结构
: ？
| T**********t
发帖数: 1604 | 3 核酸和蛋白的binding应该都需要二级结构吧。会bind特定的序列其实是因为这个特定
的序列会有特定的二级结构啊。 | j***a
发帖数: 2 | 4 不好意思，没有表达清楚。不是100 +100， 有10个重叠碱基的
【在 m**z 的大作中提到】
: 弄成2段是什么意思，一分为二？100bp+100bp,然后50bp+50bp? 这样的话你可能把
: binding site拆成2段了，当然不会bind
| m**z
发帖数: 787 | 5 only 10bp overlap may be to little... a serious DNA with probably 50-60 bp
overlap may be necessary depending on the length of the specific binding
site on DNA
【在 j***a 的大作中提到】
: 不好意思，没有表达清楚。不是100 +100， 有10个重叠碱基的
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