g***j
发帖数: 40861 | 1 用下游引物blast出一堆序列，其中有些是我不要的，我想通过设计上游引物排除这些
不需要的，该怎么做啊。下游引物blast出太多了，下游引物已经很难改变而减少blast
出来的东西了。 |
m*********7
发帖数: 606 | 2 同学，问问题的时候最好想一想，你这样问的方式别人在不了解你的目的，你的课题的
时候能否看懂？
你设计primer的目的是扩增特定基因吗？你的意思是你已经有了一个一定要用的下游引
物？用这个引物去blast基因库发现它能和除了你的目的基因外其他的基因序列match?
事实上，我个人认为你根本不用理会下游引物blast出来的序列。一则100%match的情况
不多，加上上游引物要去扩增出其他基因的概率其实很低，二则你通过软件选好参数设
计出来的引物都是要通过PCR检测，看扩增出来的产物片段长度是否和预定一致。不一
致的话就扔了重新设计。不用费这么大劲纸上谈兵。 |
g***j
发帖数: 40861 | 3 Sorry, I did not explain clearly.
The template is 16 srrna. So it is likely impossible to distinguish them by
length.
The downstream primer now is hitting on thousands sequences in which about
100 sequences are not what I want. I am asking if there is a simple method
that I can blast my upstream primer in these thousand sequences. So I will
know if I can get what I want through the combination of the downstream and
upstream primers. |
m*********7
发帖数: 606 | 4 16s rRNA我不太了解。你做PCR的目的是什么？做探针？还是别的？预计产物希望是单
一产物？那既然这样的话，为什么不直接根据template设计好引物，查一下上下游引物
的结果的交集是不是主要是你的目标就行了？或者干脆做了去测序，是不是你要的东西
不就一目了然了？ |
b*******e
发帖数: 288 | 5 问两个问题哈：
1.你下游引物是设计到保守序列里了？不然怎么会这么多unwanted序列？不知道你对序
列长度要求多高？挪到不是这么保
守的位置是不是会好些呀？
2.你pcr的目的？是要特异扩增某个片段？那样的话是不是你下游引物的位置就不太对
呢？还是要扩增某一些相似的片段？
by
will
and
【在 g***j 的大作中提到】
: Sorry, I did not explain clearly.
: The template is 16 srrna. So it is likely impossible to distinguish them by
: length.
: The downstream primer now is hitting on thousands sequences in which about
: 100 sequences are not what I want. I am asking if there is a simple method
: that I can blast my upstream primer in these thousand sequences. So I will
: know if I can get what I want through the combination of the downstream and
: upstream primers.
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x*****e
发帖数: 309 | 6 what kind of blast??? 引物和模板的结合特异性取决于引物3'端前8-10个nt的结合吧，后面的再怎么结合没啥用。 |
