s********2 发帖数: 138 | 1 我最近调一个基因的基因组序列,根据cDNA序列的5'和3’UTR区域设计了一对引物,在
基因组里扩增,结果发现了能扩增出来三条带。经测序,发现外显子的序列是一致的,
但是内含子的序列差异很大。这三种情况,内含子的插入位置是一致的,并且是都只有
两个内含子。第一种和第二种相似,但是第二种比第一种在内含子上多了250bp的序列
。而第三种的内含子和这两种就完全不同了。我不知道大家遇到过类似的基因么?如果
遇到这种情况,接着往下做的思路是怎么样的呢?这个基因可能是和抗病相关,我本来
是打算做这个基因外显子部分的SNP和抗病的相关性分析的。但是出来这样的结果,觉
得可以往下做点东西,但是又没有什么思路。希望大家能够给予指导。谢谢! |
j****x 发帖数: 1704 | 2 这个gene编码的蛋白大致是什么功能?
你得先证实,确实存在这三个独立的pre-mRNA,来自不同的locus,尽管编码产物相同
的。
【在 s********2 的大作中提到】 : 我最近调一个基因的基因组序列,根据cDNA序列的5'和3’UTR区域设计了一对引物,在 : 基因组里扩增,结果发现了能扩增出来三条带。经测序,发现外显子的序列是一致的, : 但是内含子的序列差异很大。这三种情况,内含子的插入位置是一致的,并且是都只有 : 两个内含子。第一种和第二种相似,但是第二种比第一种在内含子上多了250bp的序列 : 。而第三种的内含子和这两种就完全不同了。我不知道大家遇到过类似的基因么?如果 : 遇到这种情况,接着往下做的思路是怎么样的呢?这个基因可能是和抗病相关,我本来 : 是打算做这个基因外显子部分的SNP和抗病的相关性分析的。但是出来这样的结果,觉 : 得可以往下做点东西,但是又没有什么思路。希望大家能够给予指导。谢谢!
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s********2 发帖数: 138 | 3 这个蛋白主要作用就是能够抑制生物体内寄生虫的繁殖。
可是我怎么来证实存在3个独立的pre-mRNA呢?
【在 j****x 的大作中提到】 : 这个gene编码的蛋白大致是什么功能? : 你得先证实,确实存在这三个独立的pre-mRNA,来自不同的locus,尽管编码产物相同 : 的。
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Z******5 发帖数: 435 | 4 啥生物啊?没有基因组序列?
从第一个外显子或最后一个外显子向两端再扩几kb,测序看看一样不。 |
M*****n 发帖数: 16729 | 5 pseudo genes
duplicate genes |
s********2 发帖数: 138 | 6 是一种牡蛎,还没有基因组的序列。是我经过PCR扩增,自己测序得到的序列。嗯,要
不我就做个genome-walking,拿到启动子看看。
【在 Z******5 的大作中提到】 : 啥生物啊?没有基因组序列? : 从第一个外显子或最后一个外显子向两端再扩几kb,测序看看一样不。
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s********2 发帖数: 138 | 7 如果是pseudo genes,那研究起来就没啥意思了。如果是duplicate gene,那还有点意
思。
【在 M*****n 的大作中提到】 : pseudo genes : duplicate genes
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j****x 发帖数: 1704 | 8 pseudogene一般不会出现外显子序列及剪接位点完全一致,只是内含子序列不一致的情
况。
找找ortholog以及paralog,看看在其他物种尤其是近缘物种里有什么特点
【在 s********2 的大作中提到】 : 如果是pseudo genes,那研究起来就没啥意思了。如果是duplicate gene,那还有点意 : 思。
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s********2 发帖数: 138 | 9 嗯,可是我们研究的物种太低等了,近缘物种都没有序列呢。如果想要研究,只能自己
去那个种里调序
列。
【在 j****x 的大作中提到】 : pseudogene一般不会出现外显子序列及剪接位点完全一致,只是内含子序列不一致的情 : 况。 : 找找ortholog以及paralog,看看在其他物种尤其是近缘物种里有什么特点
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M*****n 发帖数: 16729 | 10 可能是very recently arised pseudogene or duplicates.
如果exon完全一致,那么恐怕不能叫做paralog了。
anyhow, 不管是那种情况,都没啥大意思。
象oyster这类的,恐怕duplicate gene不少吧。
【在 j****x 的大作中提到】 : pseudogene一般不会出现外显子序列及剪接位点完全一致,只是内含子序列不一致的情 : 况。 : 找找ortholog以及paralog,看看在其他物种尤其是近缘物种里有什么特点
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s********2 发帖数: 138 | 11 嗯,oyster 的基因组变异性非常大,所以duplicate gene肯定很多。主要是这个基因是
抗病相关
的,我的课题就是关于这方面的。既然无意中发现这个想象,所以我想如果能接着研究
这个基因也不
错,我还发现这个基因的不同类型在不同地理群体的分布不一样。但是既然Morphin战
友说没啥大意
思,我心里刚燃烧起来的火焰就被浇灭了。
【在 M*****n 的大作中提到】 : 可能是very recently arised pseudogene or duplicates. : 如果exon完全一致,那么恐怕不能叫做paralog了。 : anyhow, 不管是那种情况,都没啥大意思。 : 象oyster这类的,恐怕duplicate gene不少吧。
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l********n 发帖数: 62 | 12 俺在做植物,也遇到这种情况。exon可能会有一个点突变,但是各自intron的都不一样。c
DNA有了,但是一直拿不出最后一段intron的序列。郁闷啊。。
现在在用RNA sequencing的办法,看看cDNA是不是只是一种。 |
M*****n 发帖数: 16729 | 13 very likely to be duplicates.
why don't you use the intron sequences to map it? If it maps to two different loci then must be two duplicate genes.
n的都不一样。c
【在 l********n 的大作中提到】 : 俺在做植物,也遇到这种情况。exon可能会有一个点突变,但是各自intron的都不一样。c : DNA有了,但是一直拿不出最后一段intron的序列。郁闷啊。。 : 现在在用RNA sequencing的办法,看看cDNA是不是只是一种。
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