T**********r
发帖数: 287 | 1 从生化手段记得好像可以通过表达flag fused的TF来钓DNA具体技术名字忘了,大家给提
醒下。
另外如果从生物信息入手，有没有软件可以用。
多谢了。 |
H****s
发帖数: 301 | 2 购买Agilent的随即片断DNA array，然后用荧光（蛋白）标记的TF去钓TF所结合的DNA
片断。根据你的array结果，推导出consensus binding sequence。然后根据consensus
binding sequence，用生物信息学去寻找可能的靶基因。
【在 T**********r 的大作中提到】
: 从生化手段记得好像可以通过表达flag fused的TF来钓DNA具体技术名字忘了,大家给提
: 醒下。
: 另外如果从生物信息入手，有没有软件可以用。
: 多谢了。
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a****o
发帖数: 1786 | 3 最直接的办法是过量表达/或减少表达/敲除基因， 看那些基因的表达受到影响。这样
找到的基因有些可能是间接受影响，结合ChIP可以找到直接靶基因
【在 T**********r 的大作中提到】
: 从生化手段记得好像可以通过表达flag fused的TF来钓DNA具体技术名字忘了,大家给提
: 醒下。
: 另外如果从生物信息入手，有没有软件可以用。
: 多谢了。
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T**********r
发帖数: 287 | |
Z******5
发帖数: 435 | |
h**********8
发帖数: 650 | 6 ChIP-seq是正途
如果已知的转录因子的话，可以试试ecr browser online database。
如果还有感兴趣的基因启动子序列，也可以ctrl f, 呵呵，我曾经手工比对过，居然也
找出来了，有闲情闲时间的话，你也可
以试试。
【在 Z******5 的大作中提到】
: ChIP-seq，不知道做一个要多少钱。
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D******9
发帖数: 2665 | 7 Agilent的tiling array也很好， 加入你能找到facility给你做的话； 现在大多数人
做ChIP-seq，但是TF的比较难做。 |
