T**********r 发帖数: 287 | 1 从生化手段记得好像可以通过表达flag fused的TF来钓DNA具体技术名字忘了,大家给提
醒下。
另外如果从生物信息入手,有没有软件可以用。
多谢了。 |
H****s 发帖数: 301 | 2 购买Agilent的随即片断DNA array,然后用荧光(蛋白)标记的TF去钓TF所结合的DNA
片断。根据你的array结果,推导出consensus binding sequence。然后根据consensus
binding sequence,用生物信息学去寻找可能的靶基因。
【在 T**********r 的大作中提到】 : 从生化手段记得好像可以通过表达flag fused的TF来钓DNA具体技术名字忘了,大家给提 : 醒下。 : 另外如果从生物信息入手,有没有软件可以用。 : 多谢了。
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a****o 发帖数: 1786 | 3 最直接的办法是过量表达/或减少表达/敲除基因, 看那些基因的表达受到影响。这样
找到的基因有些可能是间接受影响,结合ChIP可以找到直接靶基因
【在 T**********r 的大作中提到】 : 从生化手段记得好像可以通过表达flag fused的TF来钓DNA具体技术名字忘了,大家给提 : 醒下。 : 另外如果从生物信息入手,有没有软件可以用。 : 多谢了。
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T**********r 发帖数: 287 | |
Z******5 发帖数: 435 | |
h**********8 发帖数: 650 | 6 ChIP-seq是正途
如果已知的转录因子的话,可以试试ecr browser online database。
如果还有感兴趣的基因启动子序列,也可以ctrl f, 呵呵,我曾经手工比对过,居然也
找出来了,有闲情闲时间的话,你也可
以试试。
【在 Z******5 的大作中提到】 : ChIP-seq,不知道做一个要多少钱。
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D******9 发帖数: 2665 | 7 Agilent的tiling array也很好, 加入你能找到facility给你做的话; 现在大多数人
做ChIP-seq,但是TF的比较难做。 |