y*********u 发帖数: 183 | 1 正在做一个TF的chip
用的dynal beads
产物沉淀后(看不见沉淀,只是小心地避开估计有沉淀的区域),用水溶解,用
nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪,首先,一般最后不可能收到这么多
DNA,其次,如果真的收到了这么多DNA,那一般就能看见沉淀了(9ug的DNA必然是能看
见的……)
另外,补充一下,用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA |
s******r 发帖数: 2876 | 2 Phenol contamination?
正在做一个TF的chip
用的dynal beads
产物沉淀后(看不见沉淀,只是小心地避开估计有沉淀的区域),用水溶解,用
nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪,首先,一般最后不可能收到这么多
DNA,其次,如果真的收到了这么多DNA,那一般就能看见沉淀了(9ug的DNA必然是能看
见的……)
另外,补充一下,用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
【在 y*********u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 正在做一个TF的chip : 用的dynal beads : 产物沉淀后(看不见沉淀,只是小心地避开估计有沉淀的区域),用水溶解,用 : nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪,首先,一般最后不可能收到这么多 : DNA,其次,如果真的收到了这么多DNA,那一般就能看见沉淀了(9ug的DNA必然是能看 : 见的……) : 另外,补充一下,用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
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d****7 发帖数: 109 | 3 很正常,因为ChIPed DNA浓度极低,Nanodrop都不准的,我从来都是只用Nanodrop测
Input DNA,从来不测ChIPed DNA
Nanodrop测得是OD吸收值,用phenol的话,会有一些phenol或者没取干净的蛋白质类的
也会吸光,影响浓度。
对于ChIPed DNA,我们这的core facillity用Q-bit,Q-bit更准,因为据说是根据与
DNA特异性结合的原理而测的,具体是啥我忘了。
我这有个例子你可以参考,上个月我的数据,
测ChIPed DNA浓度:nanodrop:15.3ng/ul, Q-bit: 0.236ng/ul
对于看不见沉淀,你加carrier了么?glycogen or yeast tRNA之类的。
【在 y*********u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 正在做一个TF的chip : 用的dynal beads : 产物沉淀后(看不见沉淀,只是小心地避开估计有沉淀的区域),用水溶解,用 : nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪,首先,一般最后不可能收到这么多 : DNA,其次,如果真的收到了这么多DNA,那一般就能看见沉淀了(9ug的DNA必然是能看 : 见的……) : 另外,补充一下,用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
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D******9 发帖数: 2665 | 4 it seems that's glycogen |
v*******a 发帖数: 759 | 5 看nanodrop的光谱啊,是dna还是别的啥东西一看就知道了
【在 y*********u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 正在做一个TF的chip : 用的dynal beads : 产物沉淀后(看不见沉淀,只是小心地避开估计有沉淀的区域),用水溶解,用 : nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪,首先,一般最后不可能收到这么多 : DNA,其次,如果真的收到了这么多DNA,那一般就能看见沉淀了(9ug的DNA必然是能看 : 见的……) : 另外,补充一下,用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
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a****o 发帖数: 1786 | 6 NanoDrop can be very accurate when your DNA conc.is higher than 30ng/ul. If
the conc. it gave u is in single digit range, don't trust it. |
b****r 发帖数: 17995 | 7 如果CHIP到能用nanodrop搞出来的DNA,估计你得用几瓶beads
很多东西,比如蛋白,organic phase,salt在260都有读数的 |