s********2
发帖数: 138 | 1 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
大了，老板还急着要结果。谢谢大家！ |
B*******t
发帖数: 403 | 2 chip-seq? RNA-seq? You need a machine with huge memory. Ask somebody locally
, if you don't have machine to analyze. |
n********t
发帖数: 1079 | 3 靠，没法分析为啥要测序？本校或当地找个合作者吧，这东西数据传输都是问题 |
b*******e
发帖数: 288 | 4 你们要分析啥呀？
推荐一个软件吧: clc genomics workbench
我只用这个做过很简单的分析，但是见过有人用它做454的assembly和注释等等，挺强
大的，不过不便宜，5000刀。
能试用14天，如果要继续用的话，好像改mac地址还是怎样操作来着，我忘了
比如可以导入你们的原始数据然后assembly，然后各种各样的分析。
【在 s********2 的大作中提到】
: 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
: 学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
: 供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
: 大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
|
d***y
发帖数: 8536 | 5 如果你實驗室沒有服務器的話，比較麻煩。如果有服務器，你可以學著自己coding. 免
費得軟件很多的。 |
e*****t
发帖数: 642 | 6 i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal? |
e****e
发帖数: 3450 | 7 what info are you trying to get out?
【在 s********2 的大作中提到】
: 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
: 学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
: 供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
: 大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
|
s******y
发帖数: 137 | 8 It's actually very simple.
If you have command-line experience (like DOS), try to use Bowtie and
cuffdiff. It only requires less than 2g memory for most genomes.
If not, try Galaxy http://main.g2.bx.psu.edu/. Free and very powerful. |
L*******a
发帖数: 293 | 9 如果完全新手又没有计算资源，找个合作者是最快出结果的方法了。
如果一定要自己搞：
（1）找个靠谱的cloud或其他cluster，把数据传上去。或者花2000多刀买一个work
station。16g内存，8cpu。
（2）找地方参加个workshop。对怎么分析这类数据有个大概的sense。
（3）知道哪些能用公共软件做，哪些需要自己coding，应该从哪些方面入手分析之后
，自己学coding，至少懂两样。perl/python 以及R。
这一套下来半年算很快了。还是在有人能时不时指导下的情况下。 |
L*******a
发帖数: 293 | 10 外包也是个方法。
国内有很多做生物信息分析的小公司。
可以帮你用流程跑一下。给钱就行，不要求authorship。
当然流程跑出来的结果只能给你个大概的idea，就是这个数据大概长什么样。
最后还是得有个local或者非local但是能频繁交流的人一起边商量边搞。这个人最好就
是你自己。 |
|
|
s********2
发帖数: 138 | 11 是RAD——seq，我想找我们大学的做生物学信息分析方面的人，但是他们说他们的服务
器很忙，没空让我们用。所以很悲惨啊。
locally
【在 B*******t 的大作中提到】
: chip-seq? RNA-seq? You need a machine with huge memory. Ask somebody locally
: , if you don't have machine to analyze.
|
s********2
发帖数: 138 | 12 其实最终我都得想个解决分析的办法的。本校的实验室一些是不屑于跟我们合作。有些同
意合作的，但是服务器很忙，要等很长时间，我又等不及了。
【在 n********t 的大作中提到】
: 靠，没法分析为啥要测序？本校或当地找个合作者吧，这东西数据传输都是问题
|
S**********l
发帖数: 3835 | 13 可以用maq,免费的
【在 s********2 的大作中提到】
: 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
: 学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
: 供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
: 大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
|
s********2
发帖数: 138 | 14 谢谢！ 我用illumina测序，每个lane里面有好几个个体，个体都加了barcode，我就是
想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
看有多少个unique的序列，然后再找SNP。目标挺简单的，还有现成的软件。但是现在
限制我的就是服务器的问题。头都大了。
【在 b*******e 的大作中提到】
: 你们要分析啥呀？
: 推荐一个软件吧: clc genomics workbench
: 我只用这个做过很简单的分析，但是见过有人用它做454的assembly和注释等等，挺强
: 大的，不过不便宜，5000刀。
: 能试用14天，如果要继续用的话，好像改mac地址还是怎样操作来着，我忘了
: 比如可以导入你们的原始数据然后assembly，然后各种各样的分析。
|
s********2
发帖数: 138 | 15 对呢，现在这个实验室没有服务器，我国内导师的实验室有服务器，我就是想拿到初步
数据，再做实验，再测序，然后将最后的测序结果拿到国内分析就行了，但是现在就卡
在这个初步结果的分析这步上了。并且，我还想赶紧做完，赶紧回国。
【在 d***y 的大作中提到】
: 如果你實驗室沒有服務器的話，比較麻煩。如果有服務器，你可以學著自己coding. 免
: 費得軟件很多的。
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s********2
发帖数: 138 | 16 我用illumina测序，每个lane里面有好几个个体，个体都加了barcode，我就是
想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
看有多少个unique的序列，然后再找SNP。
【在 e****e 的大作中提到】
: what info are you trying to get out?
|
L*******a
发帖数: 293 | 17 数据传回国内服务器，或者硬盘寄回去。
远程ssh到国内服务器上做。
如果是教育网，速度估计还可以。
【在 s********2 的大作中提到】
: 对呢，现在这个实验室没有服务器，我国内导师的实验室有服务器，我就是想拿到初步
: 数据，再做实验，再测序，然后将最后的测序结果拿到国内分析就行了，但是现在就卡
: 在这个初步结果的分析这步上了。并且，我还想赶紧做完，赶紧回国。
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s********2
发帖数: 138 | 18 真的啊？！关于co-first author的问题，我可以跟我们导师申请。
【在 e*****t 的大作中提到】
: i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
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s********2
发帖数: 138 | 19 真的啊？！关于co-first author的问题，我可以跟我们导师申请。
【在 e*****t 的大作中提到】
: i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
|
s********2
发帖数: 138 | 20 是，说的太对了。现在诺大的实验室，只有我自己是搞分子生物学的，遇到问题，就没
得商量的，除了导师。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 外包也是个方法。
: 国内有很多做生物信息分析的小公司。
: 可以帮你用流程跑一下。给钱就行，不要求authorship。
: 当然流程跑出来的结果只能给你个大概的idea，就是这个数据大概长什么样。
: 最后还是得有个local或者非local但是能频繁交流的人一起边商量边搞。这个人最好就
: 是你自己。
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s********2
发帖数: 138 | 21 现在还有个悲剧的问题，就是国内的服务器太繁忙了，好几个人在处理数据，我得等至
少一个月才行。我9月底就要回国了。我还要根据这些结果，在回国前完成一个实验才
行。并且那个实验要有一个月的时间才能完成，还是不出意外的情况。所以我现在是心
急如焚啊。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 数据传回国内服务器，或者硬盘寄回去。
: 远程ssh到国内服务器上做。
: 如果是教育网，速度估计还可以。
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L*******a
发帖数: 293 | 22 这么急的话，签协议的外包是最靠铺的了。
【在 s********2 的大作中提到】
: 现在还有个悲剧的问题，就是国内的服务器太繁忙了，好几个人在处理数据，我得等至
: 少一个月才行。我9月底就要回国了。我还要根据这些结果，在回国前完成一个实验才
: 行。并且那个实验要有一个月的时间才能完成，还是不出意外的情况。所以我现在是心
: 急如焚啊。
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s********2
发帖数: 138 | 23 嗯，所以如果有愿意帮忙的同胞，希望能够联系我。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 这么急的话，签协议的外包是最靠铺的了。
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o********r
发帖数: 775 | 24 你这个太杯具，还是赶快找一个已经建起pipeline的组合作，要自己做的话2个月都来
不及摸条件的。别以为软件可以直接用就很方便，不同的软件间可能根本不能直接对接
，比如BAM中用不用chr，排序的时候是1,10,11,...,2，20,21,22,3，...,9,X,Y还是1,2,..
.,9,10,11,...,22,X,Y（这几种居然都是常用的）都可能造成程序崩溃，更别提有些莫
名其妙的软件还有特殊的输入格式。。。另外每个软件都有一推各种各样的参数，不合
适的参数结果就是垃圾
【在 s********2 的大作中提到】
: 现在还有个悲剧的问题，就是国内的服务器太繁忙了，好几个人在处理数据，我得等至
: 少一个月才行。我9月底就要回国了。我还要根据这些结果，在回国前完成一个实验才
: 行。并且那个实验要有一个月的时间才能完成，还是不出意外的情况。所以我现在是心
: 急如焚啊。
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t*d
发帖数: 1290 | 25 请推荐几个吧。谢谢！
【在 L*******a 的大作中提到】
: 这么急的话，签协议的外包是最靠铺的了。
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e*****t
发帖数: 642 | 26 这个在linux下几个简单命令就能解决。
1,2,..
【在 o********r 的大作中提到】
: 你这个太杯具，还是赶快找一个已经建起pipeline的组合作，要自己做的话2个月都来
: 不及摸条件的。别以为软件可以直接用就很方便，不同的软件间可能根本不能直接对接
: ，比如BAM中用不用chr，排序的时候是1,10,11,...,2，20,21,22,3，...,9,X,Y还是1,2,..
: .,9,10,11,...,22,X,Y（这几种居然都是常用的）都可能造成程序崩溃，更别提有些莫
: 名其妙的软件还有特殊的输入格式。。。另外每个软件都有一推各种各样的参数，不合
: 适的参数结果就是垃圾
|
a***e
发帖数: 1010 | 27 我现在在 ubuntu 和 cygwin 下编译 blat 都通不过， 还每搞定。 |
o********r
发帖数: 775 | 28 你可以试试（BAM是binary file）。
【在 e*****t 的大作中提到】
: 这个在linux下几个简单命令就能解决。
:
: 1,2,..
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s********2
发帖数: 138 | 29 是啊，是挺悲剧的，我跟一些公司的人联系过，人家觉得我这分析太简单，不值得去做
，嫌光传数据就麻烦的够呛。我真是哭死了。所以才来像大家求助，看有没有做这方面
的同胞，如果花钱，或者当co-author都可以的。我就是在时间上比较着急。
1,2,..
【在 o********r 的大作中提到】
: 你这个太杯具，还是赶快找一个已经建起pipeline的组合作，要自己做的话2个月都来
: 不及摸条件的。别以为软件可以直接用就很方便，不同的软件间可能根本不能直接对接
: ，比如BAM中用不用chr，排序的时候是1,10,11,...,2，20,21,22,3，...,9,X,Y还是1,2,..
: .,9,10,11,...,22,X,Y（这几种居然都是常用的）都可能造成程序崩溃，更别提有些莫
: 名其妙的软件还有特殊的输入格式。。。另外每个软件都有一推各种各样的参数，不合
: 适的参数结果就是垃圾
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s********2
发帖数: 138 | 30 谢谢ttd，说了我想说的话，呵呵。
【在 t*d 的大作中提到】
: 请推荐几个吧。谢谢！
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s********2
发帖数: 138 | 31 其实说实话，大家不要笑话我，我都没接触过linux系统呢，所以感觉自己特别失败。
【在 e*****t 的大作中提到】
: 这个在linux下几个简单命令就能解决。
:
: 1,2,..
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A*****n
发帖数: 243 | 32 这个并不难啊，samtools上去＋sed就可以了
确实只是几个命令的事，不过楼主最麻烦的是连自己的机器都没有
别人如果要分析的话，数据传输就得一两天时间。
【在 o********r 的大作中提到】
: 你可以试试（BAM是binary file）。
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L*******a
发帖数: 293 | 33 这个不算推荐。只是我知道的。
http://www.miningene.com/index.html
【在 s********2 的大作中提到】
: 谢谢ttd，说了我想说的话，呵呵。
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A*****n
发帖数: 243 | 34 blat可以直接下载他们已经编译好的程序，那个最省事。
不过你要是指望用blat作对，那就得且等着了。
【在 a***e 的大作中提到】
: 我现在在 ubuntu 和 cygwin 下编译 blat 都通不过， 还每搞定。
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A*****n
发帖数: 243 | 35 这个建议最靠谱了。
【在 e*****t 的大作中提到】
: i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
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o********r
发帖数: 775 | 36 麻烦不少，每次重做BAM后又得重新sort/index。小的bam可能没啥，100+G的BAM这一步
重做可能就是1个工作日的时间。另外难的是知道为啥程序崩溃，多数软件不会有这么
详细的说明，很多时候需要很长时间的debug才能查到问题是format不对。
【在 A*****n 的大作中提到】
: 这个并不难啊，samtools上去＋sed就可以了
: 确实只是几个命令的事，不过楼主最麻烦的是连自己的机器都没有
: 别人如果要分析的话，数据传输就得一两天时间。
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A*****n
发帖数: 243 | 37 -u + 管道还是能省不少IO上的时间的。楼主总共也才200M reads。最后得到的BAM应该
也就在２，３０G这个数量级，不会有特别大的麻烦。
顺便问一下，哪些软件这么bt，下次遇到的时候好注意一下。
【在 o********r 的大作中提到】
: 麻烦不少，每次重做BAM后又得重新sort/index。小的bam可能没啥，100+G的BAM这一步
: 重做可能就是1个工作日的时间。另外难的是知道为啥程序崩溃，多数软件不会有这么
: 详细的说明，很多时候需要很长时间的debug才能查到问题是format不对。
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o********r
发帖数: 775 | 38 给你个我遇到过的变态软件：cnver，这家伙用的BAM居然不是coordinates sorted。至
于chr以及排序不同的就太多了，俺遇到过的软件两种格式基本是一半一半
【在 A*****n 的大作中提到】
: -u + 管道还是能省不少IO上的时间的。楼主总共也才200M reads。最后得到的BAM应该
: 也就在２，３０G这个数量级，不会有特别大的麻烦。
: 顺便问一下，哪些软件这么bt，下次遇到的时候好注意一下。
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A*****n
发帖数: 243 | 39 看了一下这个东西的readme文件，他要求的BAM格式确实比较怪异，还不如直接用text
format。你不会是试了那十几个作CNV和SV的软件，然后每次改BAM文件吧？
【在 o********r 的大作中提到】
: 给你个我遇到过的变态软件：cnver，这家伙用的BAM居然不是coordinates sorted。至
: 于chr以及排序不同的就太多了，俺遇到过的软件两种格式基本是一半一半
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y******8
发帖数: 1764 | 40 自己撺个12-core, 96G memory, 4TB硬盘的workstation，装illumina自己的Cassava,
免费的。 |
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o********r
发帖数: 775 | 41 差不多，还有个比较古怪的FREEC，居然不支持BAM，每次100G的BAM变成pileup格式就
成了300G，然后它再生成个自己的输入格式，又是一个不小的文件，这些IO很是头疼
text
【在 A*****n 的大作中提到】
: 看了一下这个东西的readme文件，他要求的BAM格式确实比较怪异，还不如直接用text
: format。你不会是试了那十几个作CNV和SV的软件，然后每次改BAM文件吧？
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t*d
发帖数: 1290 | 42 谢谢！
这个好像和 BGI 有关系吧。在 BGI 的老巢，顺义。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 这个不算推荐。只是我知道的。
: http://www.miningene.com/index.html
|
t*d
发帖数: 1290 | 43 ：）不谢。
BTW，如果你在 Boston 的话，也许我可以帮上一点点忙，把我的机器借给你用。
【在 s********2 的大作中提到】
: 谢谢ttd，说了我想说的话，呵呵。
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s********2
发帖数: 138 | 44 谢谢!可惜俺不在啊！真是痛苦！
【在 t*d 的大作中提到】
: ：）不谢。
: BTW，如果你在 Boston 的话，也许我可以帮上一点点忙，把我的机器借给你用。
|
L*******a
发帖数: 293 | 45 是从BGI早年在北京的生物信息部门离开的一个人自己搞的公司。后来据说又陆续有其
他人加入。
跟BGI没有关系。
【在 t*d 的大作中提到】
: 谢谢！
: 这个好像和 BGI 有关系吧。在 BGI 的老巢，顺义。
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l*****a
发帖数: 1431 | 46 不太明白你说的unique的序列指什么。我们实验室主要就是做human exome target resequencing。软件分析用的是NextGENe里的sequence aligment然后找mutation SNP。我们没试过barcode的sample，不过软件里有这个功能。如果你能把你的data传过来，我可以给你试试，但不知道你具体想要找什么。
【在 s********2 的大作中提到】
: 谢谢！ 我用illumina测序，每个lane里面有好几个个体，个体都加了barcode，我就是
: 想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
: 看有多少个unique的序列，然后再找SNP。目标挺简单的，还有现成的软件。但是现在
: 限制我的就是服务器的问题。头都大了。
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f******9
发帖数: 22 | 47 请问你这个要分析什么结果呢？ 做基因组还是转路子，什么应用呢？ 可不可以介绍一
下你实验设计的经验？谢谢 |
