K**4
发帖数: 1015 | 1 Don't know exactly the word.
What I have is whole genome sequences for a new model organism. But the annotation hasn't been done. Does anyone know what software or package I should use to define its ORFs, cDNAs, and proteins? Is it easy to achieve? |
P*****6
发帖数: 273 | 2 http://genome.ucsc.edu/
不过你可能需要不少时间去熟悉这个网站或者其他软件，如果你要求的比较多的话。如
果在学校，上个bioinformatics的入门课会有帮助。这种经验性的东西不难，但是自己
找费时间。
annotation hasn't been done. Does anyone know what software or package I
should use to define its ORFs, cDNAs, and proteins? Is it easy to achieve?
【在 K**4 的大作中提到】
: Don't know exactly the word.
: What I have is whole genome sequences for a new model organism. But the annotation hasn't been done. Does anyone know what software or package I should use to define its ORFs, cDNAs, and proteins? Is it easy to achieve?
|
K**4
发帖数: 1015 | 3 谢谢，但是这个database的数据都是已经注释好的了
我的数据是新测序的基因组序列，没有注释基因位置，我想知道怎么注释它
不知道这个工作量很大吗
【在 P*****6 的大作中提到】
: http://genome.ucsc.edu/
: 不过你可能需要不少时间去熟悉这个网站或者其他软件，如果你要求的比较多的话。如
: 果在学校，上个bioinformatics的入门课会有帮助。这种经验性的东西不难，但是自己
: 找费时间。
:
: annotation hasn't been done. Does anyone know what software or package I
: should use to define its ORFs, cDNAs, and proteins? Is it easy to achieve?
|
t*******e
发帖数: 119 | |
l**********1
发帖数: 5204 | 5 try free gsMapper and gsAssembler
cited:
>Installation
Where can I get a copy of the GS-FLX Mapping and Assembly software
I wrote to Roche to ask if we could give copies to people, and they wrote
back to say it is license free for non-commercial usage, so if you need a
copy please go to web link:
//genepool.bio.ed.ac.uk/nextgenbug/faq/roche_454_gs_flx
and
for Bowtie and gsMapper
please refer:
cited
>The 454 reads may be a bit long for Bowtie. You would be better off using
the gsMapper software that Roche provides for 454 read mapping. If you don't
have it, you can write to Roche and request it.
//seqanswers.com/forums/showthread.php?t=5082
if you still can not fix all by yourself please contact to below possible mentor:
//igfl.ens-lyon.fr/equipes/genomique-du-developpement-et-evolution-a.-khila
//arthropodgenomes.org/wiki/Abderrahman_Khila
【在 K**4 的大作中提到】
: 谢谢，但是这个database的数据都是已经注释好的了
: 我的数据是新测序的基因组序列，没有注释基因位置，我想知道怎么注释它
: 不知道这个工作量很大吗
|
n******7
发帖数: 12463 | 6 我觉得lz的标题跟正文好像说得不是一个东西
按照lz的正文，他需要的是一个gene 预测注释的工具
那么他需要的GLIMMER, GENSCAN这类工具 |
K**4
发帖数: 1015 | 7 Thanks. I do get confused with this thing.
GENSCAN looks good.I will take a look.
【在 n******7 的大作中提到】
: 我觉得lz的标题跟正文好像说得不是一个东西
: 按照lz的正文，他需要的是一个gene 预测注释的工具
: 那么他需要的GLIMMER, GENSCAN这类工具
|
K**4
发帖数: 1015 | 8 Finally it is resolved. Thanks everybody. |
P*****6
发帖数: 273 | 9 不太明白你的意思，你的序列不可以组合后去match现有的基因组序列吗？当然你不能
用手干。那个网站有基因在基因组上位置的database,不是那个browser。你可能还是要
找作bioinformatics的帮忙。这个工作量可能不小
【在 K**4 的大作中提到】
: 谢谢，但是这个database的数据都是已经注释好的了
: 我的数据是新测序的基因组序列，没有注释基因位置，我想知道怎么注释它
: 不知道这个工作量很大吗
|
