z****u
发帖数: 1007 | 1 tetO driven, 表达某个gene的RNAi序列来knock down 其表达。
至少在Jax没有这样的老鼠。 是为啥呢。knockdown 的效率不够高导致没有phenotype?
有谁懂的讲讲？ |
D*a
发帖数: 6830 | 2 都是做construction，养ES，打胚胎，养老鼠，为啥不直接做KO？ |
z********8
发帖数: 818 | 3
transgenic 不需要养es. construction 也相对容易对了。
【在 D*a 的大作中提到】
: 都是做construction，养ES，打胚胎，养老鼠，为啥不直接做KO？
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a*****x
发帖数: 901 | 4 Don't have a good induction system like the UAS Gal4 |
Z**********g
发帖数: 222 | 5 http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2811%2900249-2
RNAi transgenic 老鼠可设计成inducible的，这样也就可reversible了。而knockout是无法reversible。 |
z****u
发帖数: 1007 | 6 多谢楼上分享。看来只是技术还不成熟，暂时不available.
我以前读一些paper,说RNAi knockdown 对老鼠的问题在于transgenic mice对于
heterozygou 非常耐受，就是说knockdown 50%都不会有明显phenotype. 而RNAi 在体
外也就70% 的knockdown, 所以构建transgenic line没啥phenotype,不知道是不是这个
原因以前一直没有line 出来。
我做transgenic RNAi老鼠主要目的是研究成体的KO phenotype.当然，reversible也是很重要的原因。 唯一办法就是构建XXX
-rtTA；teto-shRNA 来在成体knock down. |
Z**********g
发帖数: 222 | 7 转基因的拷贝数有限，所以要保证高的knockdown效率比较难。另外可用的rtTA转基
因小鼠相对少，也是一个限制因素。
是很重要的原因。 唯一办法就是构建XXX
【在 z****u 的大作中提到】
: 多谢楼上分享。看来只是技术还不成熟，暂时不available.
: 我以前读一些paper,说RNAi knockdown 对老鼠的问题在于transgenic mice对于
: heterozygou 非常耐受，就是说knockdown 50%都不会有明显phenotype. 而RNAi 在体
: 外也就70% 的knockdown, 所以构建transgenic line没啥phenotype,不知道是不是这个
: 原因以前一直没有line 出来。
: 我做transgenic RNAi老鼠主要目的是研究成体的KO phenotype.当然，reversible也是很重要的原因。 唯一办法就是构建XXX
: -rtTA；teto-shRNA 来在成体knock down.
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a*****g
发帖数: 543 | 8 More trouble than KO
1) efficiency is variable.
2) when you get efficient knockdown and beautiful phenotype, the interpretat
ion is much more complicated。
“Gene A knockdown causes developmental defects?”
while the more accurate discription will be "a short nucleotide targeting ge
ne A (and MANY OTHER GENES!) causes phenotype."
Given the time and money spent to generate a mouse model, the RNAi-in vivo s
ystem is not worth it...
Plus there is an international effort to produce conditional knockout for ev
ery gene (at least ES cells for 6000 such genes are ready).
phenotype?
【在 z****u 的大作中提到】
: tetO driven, 表达某个gene的RNAi序列来knock down 其表达。
: 至少在Jax没有这样的老鼠。 是为啥呢。knockdown 的效率不够高导致没有phenotype?
: 有谁懂的讲讲？
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z****u
发帖数: 1007 | 9 那就是说根本原因还是RNAi的specificity问题啦？
但是RNAi技术至少有KO不能替代的方面，就是reversible, 以及perfect timing
control.
对于我这样做adult stem cell的人来说这是至关重要的。很多gene KO 都活不过NB,又
缺乏成体表达的cre或者rtTA.
刚大概浏览了一下楼上推荐的那篇cell paper. 看起来满吸引人的倒是。要是他们那个
APC inhibitor line能available 肯定要弄来试试。
interpretat
ge
s
ev
【在 a*****g 的大作中提到】
: More trouble than KO
: 1) efficiency is variable.
: 2) when you get efficient knockdown and beautiful phenotype, the interpretat
: ion is much more complicated。
: “Gene A knockdown causes developmental defects?”
: while the more accurate discription will be "a short nucleotide targeting ge
: ne A (and MANY OTHER GENES!) causes phenotype."
: Given the time and money spent to generate a mouse model, the RNAi-in vivo s
: ystem is not worth it...
: Plus there is an international effort to produce conditional knockout for ev
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a*****g
发帖数: 543 | 10 KO也可以做成reversible(加上一个knockin). 另外KO也可以inducible (timing
control）
还是那句话，RNAi做出来的很多结果都是off-target effect。有人投钱做过了。
如果没有cre/rTTA，那你的RNAi也没法保证 tissue specificity吧？
【在 z****u 的大作中提到】
: 那就是说根本原因还是RNAi的specificity问题啦？
: 但是RNAi技术至少有KO不能替代的方面，就是reversible, 以及perfect timing
: control.
: 对于我这样做adult stem cell的人来说这是至关重要的。很多gene KO 都活不过NB,又
: 缺乏成体表达的cre或者rtTA.
: 刚大概浏览了一下楼上推荐的那篇cell paper. 看起来满吸引人的倒是。要是他们那个
: APC inhibitor line能available 肯定要弄来试试。
:
: interpretat
: ge
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