C*******e
发帖数: 4348 | 1 考虑一个大的蛋白复合物
比如是正方体，边长大于50埃
考虑是实心的
那么顶面的donor有可能传递能量到底面的acceptor么？
donor和acceptor标记都在表面，不在蛋白复合物内部
还有一般而言FRET可以检测到的距离是在哪个范围内？
如果说数据是10%-30%的话 |
s*****j
发帖数: 6435 | 2 FRET 一般 10nm 以内, 可以参考下下面的link.
http://micro.magnet.fsu.edu/primer/techniques/fluorescence/fret/fretintro.html
FRET算相对变化还可以, 硬拿FRET efficiency 套公式来算两个蛋白质的距离就比较
扯了.
【在 C*******e 的大作中提到】
: 考虑一个大的蛋白复合物
: 比如是正方体，边长大于50埃
: 考虑是实心的
: 那么顶面的donor有可能传递能量到底面的acceptor么？
: donor和acceptor标记都在表面，不在蛋白复合物内部
: 还有一般而言FRET可以检测到的距离是在哪个范围内？
: 如果说数据是10%-30%的话
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b******y
发帖数: 627 | 3 a little pushing. need good luck to see something. |
C*******e
发帖数: 4348 | 4 谢谢楼上两位的回复
不是我要设计实验
是在读一篇paper
然后我觉得他们的设计比较扯
但是缺乏相关知识
不清楚是自己太挑刺了还是他们的解释真的很牵强
我比较关心的是对于正方体顶面和底面之间
有可能FRET么？ |
C*******e
发帖数: 4348 | 5 不是用来算距离
是在读一篇paper
觉得他们的设定比较扯
说是这些边长大于50埃的正方体无缝排成同平面的矩阵
然后以此建模
还说自己的数据fit这样的模型。。。。。
可是如果超过100埃就很难检测到
那这样的模型有什么意义啊
最多和邻近的正方体之间有可能检测到啊
【在 s*****j 的大作中提到】
: FRET 一般 10nm 以内, 可以参考下下面的link.
: http://micro.magnet.fsu.edu/primer/techniques/fluorescence/fret/fretintro.html
: FRET算相对变化还可以, 硬拿FRET efficiency 套公式来算两个蛋白质的距离就比较
: 扯了.
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C*******e
发帖数: 4348 | 6 再多问一句
IAEDANS和5-IAF这一对的话
通常情况下能检测到的距离在什么范围内？
多谢～鞠躬～
【在 b******y 的大作中提到】
: a little pushing. need good luck to see something.
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s*****j
发帖数: 6435 | 7 "边长大于50埃的正方体无缝排成同平面的矩阵"
是生物文章吗?
【在 C*******e 的大作中提到】
: 不是用来算距离
: 是在读一篇paper
: 觉得他们的设定比较扯
: 说是这些边长大于50埃的正方体无缝排成同平面的矩阵
: 然后以此建模
: 还说自己的数据fit这样的模型。。。。。
: 可是如果超过100埃就很难检测到
: 那这样的模型有什么意义啊
: 最多和邻近的正方体之间有可能检测到啊
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C*******e
发帖数: 4348 | 8 是生物文章
这个不是原话
是我简化模型打的比方
反正就是蛋白拼了个layer这样
【在 s*****j 的大作中提到】
: "边长大于50埃的正方体无缝排成同平面的矩阵"
:
: 是生物文章吗?
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z********u
发帖数: 94 | 9 1，如果你是指蛋白会不会影响fluorescence“传递”，我原来也问过系里的老师，他
的答案是蛋白相对于florescence是“transparent”的，所以底面顶面应该不会影响。
2，IAEDANS和5-IAF这一对的话，你可以查一下这对对应的r0，bulk FRET的话
efficiency大于0.1(OR even less)就可测量的了。不过附议楼上同学的意见，绝对值
没意义，还是要看变化。 |
