c******a
发帖数: 267 | 1 Antiviral Innate immunity 的最新进展
最近看到science上面有个innate immunity的牛人连灌两篇，心里很是xmjdh,于是决定
写点自己的浅见来表示对这个领域的大牛的仰慕之情。
就先从这两篇science说起吧。确实这是该领域的突破性进展，发S也是当之无愧。一篇
文章阐述了对于DNA virus 引起的antiviral interferin response的全新机理。以前
该领域一直致力寻找直接结合双链DNA的受体，也找到了好几个，但是在KO小鼠上面表
型并不十分明显。
而Dallas的james chen领导的小组发现DNA virus or ds DNA经常在细胞里诱导核苷酸
的转化，其产物cGAMP则能够直接激活下游的interferin responses. 所以这个cGAMP
就是在这个天然免疫反应里面一个secondary messager。当病毒或者细菌DNA进入细胞
被降解转换的时候，cGAMP 的产生能激活抗病毒免疫反应来诱导干扰素反应和阻止病毒
或者细菌的复制。
那么，自然这个负责转化病毒或者细菌DNA产生第二信使产物的酶在抗病毒免疫反应中
及其关键了。Chen的另外一篇s,就是发现并且详细的研究了这个酶的功能结构域，比如
说哪一段介导DNA binding, 哪一段催化产物合成。
文章结构简单而条理清楚，可谓言简意赅。发现也确实是独辟蹊径，令我等这样的庸才
佩服。当然他们的发现也是受到别人的发现的启发，因为09年jem上面有一篇文章说细
菌产生的cyclic-di-GMP可以诱导干扰素反应，而jc则是其中co-authors之一。当然可
能有的牛人就是一片c全cover了，但是分成两篇也无不可。文章主要就是生化分析和一
点细胞上的功能分析。没有小鼠或者是不同种细胞的data，但是我觉得开创性的工作不
需要顾及那么多的细枝末节。
联想起他们俩年前在c上发表的另外一篇关于DNA receptor的文章，和这两篇s的发现有
异曲同工之妙。那篇文章是说细菌或者病毒的DNA会结合宿主细胞的RNA polymerase
III, 把DNA 转录成RNA, 然后被细胞里的一个well characterized的RNA receptor (
RIG-I) 识别从而激活interferon responses. 几乎同时另外一个group的同样发现发表
在NI上面，更加证实他们结果是可靠的。
说起james chen, 确实是一个低调的牛人。同所的xiaodong wang几乎在华人中无人不
晓了，而JC可能只有领域内才知道。几年前jc得过一个welch chemistry award, 这个
是个人成就奖，奖金好像30还是50万刀，记得当时UTSW的校长对其充满溢美之词，说诺
贝尔奖发给那几个发现ubiquitination介导蛋白降解的学者，而jc则发现了
ubiquitination的另外一半功能(大意如此，即jc的发现可与诺奖比肩)。当然这个重要
性见仁见智，但是jc确实做了很多革命性和开创性的工作，这一点值得学习。在他发现
ubiquitination能够参与蛋白活化而激活NF-kappaB通路的时候，几乎没几个人信他，
他也是饱经质疑。不过真金不怕火炼，时间证明他是对的。另外他的博后老板也是超牛
一个，其后力挺也不可忽视。说起他的博后老板，我还真是孤陋寡闻，都不知道他的主
要学术贡献是什么，只知道分子生物学的那本号称red bible的实验指南他是编者之一
（Tom Maniatis）.
当然jc还有别的重要发现，比如说把线粒体和天然免疫联系起来的一个关键adaptor
protein (MAVS). 这篇文章奠定了jc在一个新的领域的高起点和开始了jc在antiviral
immunity领域的旅程。
而这个领域其实国内的Shu Hongbin组也做出了非常出色的工作，所以即使shu个人在网
上偶受非议，他的工作的重要性是不容置喙的，当选院士也是实至名归。他们发现的
VISA(MAVS) 和 MITA (STING)在antiviral immunity领域是极其重要的发现。任何一个
从事该领域的学者都不能绕过他们的发现。当然他在领域的学术地位还不是那么强势，
比如说这两个重要蛋白最后都没有以他们的最初提议来命名。另外，visa, mita都是从
他们强大的yeast 2 hybrid系统里筛出来的，对于细胞内定位则没有准确定论，比如说
visa他们没有报道在mitochondria上面，而MITA他们报道在线粒体上，而另外的group
则认为sting是ER protein. Again, 这些小的错误/差异不能掩盖这些发现在领域进程
中的地位和重要性。
个人对于innate immunity 所知非常局限，多围绕2011年诺奖之研究方向而学习，所以
题目可能过大，请大家不吝拍砖。 |
g*******r
发帖数: 129 | 2 谢谢分享. 对病毒学和基因治疗方面的工作应该有指导意义.
不过跟大家熟知的dsRNA诱导干扰素途径相比, DNA分子的诱导活性应该不在同一个数量
级. |
S****r
发帖数: 982 | 3 DNA分子如果只通过STING，应该不激活NF-kappaB和炎症反应？ |
B****m
发帖数: 63 | 4 多谢推荐。这几天正看innate immunity的东西，看到这样的新进展很激动。
Zhijian chen对泛素多聚体的研究很深入也很扎实，看他的文章是一种享受。
楼主忘记贴上文章的地址了，害得我找了一会。这两篇牛文在这里，有兴趣的同学可以
看看：
http://www.sciencemag.org/content/early/2012/12/19/science.1232
http://www.sciencemag.org/content/early/2012/12/19/science.1229 |
z*********8
发帖数: 1203 | 5 这个版上的牛人是怎么做到，平时都是用英文看书看文献学东西还能融会贯通的用中文
描述东西的呢？我觉得science上要bilingual还挺难的。特别是在美国用英文学的东西
，经常对不上中文的号啊！ |
B****m
发帖数: 63 | 6 这里仅凭记忆，有错误的话请见谅。Zhijian那篇鉴定出MAVS功能的雄文，是从分析出
发。通过分析，发现MAVS与RIG-I 和MDA5部分结构的类似之处，预期MAVS与它们能相互
作用；然后通过实验详细阐明了MAVS处于RIG-I和MDA5下游，对于innate immunity极为
重要。
这次zhijian兄是不是也是从序列和功能分析入手，推测C6orf150的功能，并通过实验
证实，然后发现cGAMP作为信号分子激起干扰素通路？然后他们从后向前，讲了一个倒
叙的、但是更加引人入胜的精彩故事？
这篇文章（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3274382/#R22），可能有今后几篇CNS的种子。对innate immunity有兴趣的同学可以看看。 |
B****m
发帖数: 63 | 7 不知道怎么贴图片。刚google了一把，试试能不能行。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 8 Sure
plus one Plos Bio 2012 paper from that Tom Maniatis lab too:
Zhao M. xxx mmm nnn and Tom Maniatis (2012)
Stochastic Expression of the Interferon-β Gene
PLoS Biol. 10: e1001249.
HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617958
plus
2012 one Nature sister:
Multi-layered stochasticity and paracrine signal propagation shape the type-
I interferon response.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22291574
ps: for how to Stochastic Hidden Markov chain simulating MAVS KEGG pathway
pls just try one R&Python plat form,
bioservices 0.3.0
utilities to ease manipulation of R packages using rpy2.
Keywords: bioservices,signalling,signalling pathways,biological databases,
kegg
License: GPL
Platform: Linux,Unix,MacOsX,Windows
HTTP: //pypi.python.org/pypi/bioservices/0.3.0
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说起james chen, 确实是一个低调的牛人。同所的xiaodong wang几乎在华人中无人不
晓了，而JC可能只有领域内才知道。几年前jc得过一个welch chemistry award, 这个
是个人成就奖，奖金好像30还是50万刀，记得当时UTSW的校长对其充满溢美之词，说诺
贝尔奖发给那几个发现ubiquitination介导蛋白降解的学者，而jc则发现了
ubiquitination的另外一半功能(大意如此，即jc的发现可与诺奖比肩)。当然这个重要
性见仁见智，但是jc确实做了很多革命性和开创性的工作，这一点值得学习。在他发现
ubiquitination能够参与蛋白活化而激活NF-kappaB通路的时候，几乎没几个人信他，
他也是饱经质疑。不过真金不怕火炼，时间证明他是对的。另外他的博后老板也是超牛
一个，其后力挺也不可忽视。说起他的博后老板，我还真是孤陋寡闻，都不知道他的主
要学术贡献是什么，只知道分子生物学的那本号称red bible的实验指南他是编者之一
（Tom Maniatis）.
【在 B****m 的大作中提到】
: 这里仅凭记忆，有错误的话请见谅。Zhijian那篇鉴定出MAVS功能的雄文，是从分析出
: 发。通过分析，发现MAVS与RIG-I 和MDA5部分结构的类似之处，预期MAVS与它们能相互
: 作用；然后通过实验详细阐明了MAVS处于RIG-I和MDA5下游，对于innate immunity极为
: 重要。
: 这次zhijian兄是不是也是从序列和功能分析入手，推测C6orf150的功能，并通过实验
: 证实，然后发现cGAMP作为信号分子激起干扰素通路？然后他们从后向前，讲了一个倒
: 叙的、但是更加引人入胜的精彩故事？
: 这篇文章（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3274382/#R22），可能有今后几篇CNS的种子。对innate immunity有兴趣的同学可以看看。
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b****r
发帖数: 17995 | 9 挺有意思的
请问一下“细菌或者病毒的DNA会结合宿主细胞的RNA polymerase
III, 把DNA 转录成RNA, 然后被细胞里的一个well characterized的RNA receptor (
RIG-I) 识别从而激活interferon responses. ”
文章中有无提到细胞如何区别 自身 和 细菌/病毒DNA转录出来的RNA？ |
B****m
发帖数: 63 | 10 谢谢信息。
现在一大堆的信息都在提醒我：该认真学习python了。
做实验之余，还要敲code，是郁闷的事情。但是看来不得不做了。
type-
【在 l**********1 的大作中提到】
: Sure
: plus one Plos Bio 2012 paper from that Tom Maniatis lab too:
: Zhao M. xxx mmm nnn and Tom Maniatis (2012)
: Stochastic Expression of the Interferon-β Gene
: PLoS Biol. 10: e1001249.
: HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617958
: plus
: 2012 one Nature sister:
: Multi-layered stochasticity and paracrine signal propagation shape the type-
: I interferon response.
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