o******n
发帖数: 511 | 1 大家好,
我有几十个细菌isolates,从不同的宿主和环境下培养出来，测了它们的基因组。我想
通过比较它们的基因组来分析它们怎么适应不同的宿主或环境的。
现在我拿到的data是Illumina测序后的全基因组DNA fastq file，我们的合作者应该也
给它们做了annotation，以后才会拿到。
我不会写perl/python，会一点R。请问对于新手，有什么好的程序或package，让我可
以做些初步分析？另外，是不是只有做过annotation的序列才适合分析，纯DNA序列没
法怎么分析？
谢谢任何建议或帮助。 | t*****w
发帖数: 254 | 2 you will be fine to continue R progrmaming | o******n
发帖数: 511 | 3 我查到的r packages多是用来作图的，好像没找到能同时比较很多基因组的呢，你能具
体说下吗？:)
【在 t*****w 的大作中提到】
: you will be fine to continue R progrmaming
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