C**S
发帖数: 522 | 1 在做一个200kD大蛋白，关于其结构域报导的不多。我做mapping，需要截成小段（比如
20-30kD左右），如何设计从哪里断开，不破坏每个结构域的三维构像？有软件预测吗
？谢谢。 |
K**4
发帖数: 1015 | 2 pfam
【在 C**S 的大作中提到】
: 在做一个200kD大蛋白，关于其结构域报导的不多。我做mapping，需要截成小段（比如
: 20-30kD左右），如何设计从哪里断开，不破坏每个结构域的三维构像？有软件预测吗
: ？谢谢。
|
C**S
发帖数: 522 | 3 谢谢，网址收藏了。试了试，得到的结果和文章报道的一样子，只有C末端200aa左右和
某蛋白相似。其余序列都分析不出来是什么domain。不知道能不能通过亲水疏水来分析
预测？
【在 K**4 的大作中提到】
: pfam
|
K**4
发帖数: 1015 | 4 low complexity region?
【在 C**S 的大作中提到】
: 谢谢，网址收藏了。试了试，得到的结果和文章报道的一样子，只有C末端200aa左右和
: 某蛋白相似。其余序列都分析不出来是什么domain。不知道能不能通过亲水疏水来分析
: 预测？
|
C*******e
发帖数: 4348 | 5 试试foldindex
http://bip.weizmann.ac.il/fldbin/findex
看看哪些区域low complexity （像楼上说的）
【在 C**S 的大作中提到】
: 在做一个200kD大蛋白，关于其结构域报导的不多。我做mapping，需要截成小段（比如
: 20-30kD左右），如何设计从哪里断开，不破坏每个结构域的三维构像？有软件预测吗
: ？谢谢。
|
C**S
发帖数: 522 | 6 谢谢。用了一下，是不是predicted disorder segment就是可能的domain间的linker，
可以从这里断开？
【在 C*******e 的大作中提到】
: 试试foldindex
: http://bip.weizmann.ac.il/fldbin/findex
: 看看哪些区域low complexity （像楼上说的）
|
C*******e
发帖数: 4348 | 7 恩，很多情况下是这样
不过现在也有一些蛋白被发现是intrinsically disorder
平时disorder
然后有binding partner以后（可以是小分子也可以是别的蛋白）就会有一定的构象
功能相关
不知道你的case是怎么样
如果几个domain是了解的比较清楚的
那么之间的disorder region可能就是linker
这些都是case by case
还是要你自己判断
【在 C**S 的大作中提到】
: 谢谢。用了一下，是不是predicted disorder segment就是可能的domain间的linker，
: 可以从这里断开？
|
C**S
发帖数: 522 | 8 谢谢！
【在 C*******e 的大作中提到】
: 恩，很多情况下是这样
: 不过现在也有一些蛋白被发现是intrinsically disorder
: 平时disorder
: 然后有binding partner以后（可以是小分子也可以是别的蛋白）就会有一定的构象
: 功能相关
: 不知道你的case是怎么样
: 如果几个domain是了解的比较清楚的
: 那么之间的disorder region可能就是linker
: 这些都是case by case
: 还是要你自己判断
|
