C**S 发帖数: 522 | 1 在做一个200kD大蛋白,关于其结构域报导的不多。我做mapping,需要截成小段(比如
20-30kD左右),如何设计从哪里断开,不破坏每个结构域的三维构像?有软件预测吗
?谢谢。 |
K**4 发帖数: 1015 | 2 pfam
【在 C**S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 在做一个200kD大蛋白,关于其结构域报导的不多。我做mapping,需要截成小段(比如 : 20-30kD左右),如何设计从哪里断开,不破坏每个结构域的三维构像?有软件预测吗 : ?谢谢。
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C**S 发帖数: 522 | 3 谢谢,网址收藏了。试了试,得到的结果和文章报道的一样子,只有C末端200aa左右和
某蛋白相似。其余序列都分析不出来是什么domain。不知道能不能通过亲水疏水来分析
预测?
【在 K**4 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : pfam
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K**4 发帖数: 1015 | 4 low complexity region?
【在 C**S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢,网址收藏了。试了试,得到的结果和文章报道的一样子,只有C末端200aa左右和 : 某蛋白相似。其余序列都分析不出来是什么domain。不知道能不能通过亲水疏水来分析 : 预测?
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C*******e 发帖数: 4348 | 5 试试foldindex
http://bip.weizmann.ac.il/fldbin/findex
看看哪些区域low complexity (像楼上说的)
【在 C**S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 在做一个200kD大蛋白,关于其结构域报导的不多。我做mapping,需要截成小段(比如 : 20-30kD左右),如何设计从哪里断开,不破坏每个结构域的三维构像?有软件预测吗 : ?谢谢。
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C**S 发帖数: 522 | 6 谢谢。用了一下,是不是predicted disorder segment就是可能的domain间的linker,
可以从这里断开?
【在 C*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 试试foldindex : http://bip.weizmann.ac.il/fldbin/findex : 看看哪些区域low complexity (像楼上说的)
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C*******e 发帖数: 4348 | 7 恩,很多情况下是这样
不过现在也有一些蛋白被发现是intrinsically disorder
平时disorder
然后有binding partner以后(可以是小分子也可以是别的蛋白)就会有一定的构象
功能相关
不知道你的case是怎么样
如果几个domain是了解的比较清楚的
那么之间的disorder region可能就是linker
这些都是case by case
还是要你自己判断
【在 C**S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢。用了一下,是不是predicted disorder segment就是可能的domain间的linker, : 可以从这里断开?
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C**S 发帖数: 522 | 8 谢谢!
【在 C*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 恩,很多情况下是这样 : 不过现在也有一些蛋白被发现是intrinsically disorder : 平时disorder : 然后有binding partner以后(可以是小分子也可以是别的蛋白)就会有一定的构象 : 功能相关 : 不知道你的case是怎么样 : 如果几个domain是了解的比较清楚的 : 那么之间的disorder region可能就是linker : 这些都是case by case : 还是要你自己判断
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