W*********n 发帖数: 775 | 1 真核生物的基因 (转录出来的是mRNA),打算看一下调控它的转录因子(
transcription factors),请问是否它的转录因子结合位点一定在转录起始位点上游?
以我的知识我认为:基因转录出来是mRNA, 所以转录酶是RNA聚合酶II,而 RNA聚合酶
II 的转录因子应该是在上游的(不知道这么说是否正确?)。
因为我的目标基因的翻译起始位点在第二个预测的Exon的中部,第一个Exon(500bp)
和第一个Intron(4500bp)比较长, 所以我想知道分析这个基因的转录因子,应该从
第一个Exon之前分析呢,还是应该从翻译起始位点之前分析?
谢谢! |
W*********n 发帖数: 775 | |
b***2 发帖数: 348 | 3 有问题吧。转录因子和要调控的基因在不在一条染色体上都有得一说吧。
【在 W*********n 的大作中提到】 : 真核生物的基因 (转录出来的是mRNA),打算看一下调控它的转录因子( : transcription factors),请问是否它的转录因子结合位点一定在转录起始位点上游? : 以我的知识我认为:基因转录出来是mRNA, 所以转录酶是RNA聚合酶II,而 RNA聚合酶 : II 的转录因子应该是在上游的(不知道这么说是否正确?)。 : 因为我的目标基因的翻译起始位点在第二个预测的Exon的中部,第一个Exon(500bp) : 和第一个Intron(4500bp)比较长, 所以我想知道分析这个基因的转录因子,应该从 : 第一个Exon之前分析呢,还是应该从翻译起始位点之前分析? : 谢谢!
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T****u 发帖数: 424 | 4 of cousre not.
usually there are TF in first intron,and sometimes longrange TF.
【在 W*********n 的大作中提到】 : 真核生物的基因 (转录出来的是mRNA),打算看一下调控它的转录因子( : transcription factors),请问是否它的转录因子结合位点一定在转录起始位点上游? : 以我的知识我认为:基因转录出来是mRNA, 所以转录酶是RNA聚合酶II,而 RNA聚合酶 : II 的转录因子应该是在上游的(不知道这么说是否正确?)。 : 因为我的目标基因的翻译起始位点在第二个预测的Exon的中部,第一个Exon(500bp) : 和第一个Intron(4500bp)比较长, 所以我想知道分析这个基因的转录因子,应该从 : 第一个Exon之前分析呢,还是应该从翻译起始位点之前分析? : 谢谢!
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W*********n 发帖数: 775 | 5 这里我说的是基因“转录因子结合位点”。 您不是说转录因子结合到染色体A上,也能
调控染色体B上某基因的转录?
【在 b***2 的大作中提到】 : 有问题吧。转录因子和要调控的基因在不在一条染色体上都有得一说吧。
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l********e 发帖数: 415 | 6 如前面版友所说,很多都在intron,不一定要upstream
一般情况下,看看TSS(transcription start site)前后20-50kb就差不多了。
结合evolutionary conservation和histone marks看。
题外话:
染色体间的转录调控,这个假说的确是存在的,不过好像还没有很充分的证据。
【在 W*********n 的大作中提到】 : 这里我说的是基因“转录因子结合位点”。 您不是说转录因子结合到染色体A上,也能 : 调控染色体B上某基因的转录?
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b***2 发帖数: 348 | 7 哎呀,看了半截就开跑了。不好意思,理解错了。
【在 W*********n 的大作中提到】 : 这里我说的是基因“转录因子结合位点”。 您不是说转录因子结合到染色体A上,也能 : 调控染色体B上某基因的转录?
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W*********n 发帖数: 775 | 8 Thanks a lot! Would you please give some references about it? Thanks.
【在 T****u 的大作中提到】 : of cousre not. : usually there are TF in first intron,and sometimes longrange TF.
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W*********n 发帖数: 775 | 9 谢谢!
您说的“ 一般情况下,看看TSS(transcription start site)前后20-50kb就差不多了
。转录起始位点后面的20-50k处,可能包括基因的所有intron 和Exon了,如果在这些
序列中发现转录因子结合位点,也可以认为它们参与了该基因的转录?
我最转录这块了解不多,现在对一个基因的转录调控比较感兴趣,所以想查查看看那些
转录因子调控它。希望专业人士给与指导。
【在 l********e 的大作中提到】 : 如前面版友所说,很多都在intron,不一定要upstream : 一般情况下,看看TSS(transcription start site)前后20-50kb就差不多了。 : 结合evolutionary conservation和histone marks看。 : 题外话: : 染色体间的转录调控,这个假说的确是存在的,不过好像还没有很充分的证据。
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W*********n 发帖数: 775 | 10 谢谢阿。是我原文表述有问题,漏掉“结合位点”了,后来看了你的回文我赶紧修改了。
【在 b***2 的大作中提到】 : 哎呀,看了半截就开跑了。不好意思,理解错了。
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t*****z 发帖数: 1598 | 11 首先,transcription factor指的是蛋白质,不是DNA序列。我想你说的是
transcription factor binding site (TFBS)。
TFBS哪里都可能有,对于一个基因有影响的,通常可以分成两类:增强子(enhancer)
和启动子(promoter),两者的区别是:启动子必须在转录起始位点(TSS)附近,而
增强子的调控作用和它到TSS的距离无关(当然,越远越弱,但不是远了就没作用)。
启动子包含了核心启动子和周边的一些其他TFBS,一般你只要从TSS上数1000bp,下数
500bp,就算基本上肯定包括整个启动子了。
增强子么,上游很远都有可能,甚至在内含子里和下游都有可能。
一般认为编码序列不包含转录调控原件。但是也未必,好像最近有一篇文章说到某个序
列既编码又调控。不过一般而言,编码序列可以无视。 |
t*****z 发帖数: 1598 | 12 启动子和增强子的生信预测是很不靠谱的,仅供参考。你可以用Jaspar、MEME之类的网
站试着分析你的基因附近有那些结合位点。不过不必太当真。 |
W*********n 发帖数: 775 | 13 谢谢!很有参考价值。
【在 t*****z 的大作中提到】 : 首先,transcription factor指的是蛋白质,不是DNA序列。我想你说的是 : transcription factor binding site (TFBS)。 : TFBS哪里都可能有,对于一个基因有影响的,通常可以分成两类:增强子(enhancer) : 和启动子(promoter),两者的区别是:启动子必须在转录起始位点(TSS)附近,而 : 增强子的调控作用和它到TSS的距离无关(当然,越远越弱,但不是远了就没作用)。 : 启动子包含了核心启动子和周边的一些其他TFBS,一般你只要从TSS上数1000bp,下数 : 500bp,就算基本上肯定包括整个启动子了。 : 增强子么,上游很远都有可能,甚至在内含子里和下游都有可能。 : 一般认为编码序列不包含转录调控原件。但是也未必,好像最近有一篇文章说到某个序 : 列既编码又调控。不过一般而言,编码序列可以无视。
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S***A 发帖数: 133 | 14 nod.
保险起见,转录起始位点向上1.5kb足够了。
增强子与距离和方向无关,因为结合它的蛋白可以直接结合转录因子,也就是说可以把
DNA折回来。
【在 t*****z 的大作中提到】 : 首先,transcription factor指的是蛋白质,不是DNA序列。我想你说的是 : transcription factor binding site (TFBS)。 : TFBS哪里都可能有,对于一个基因有影响的,通常可以分成两类:增强子(enhancer) : 和启动子(promoter),两者的区别是:启动子必须在转录起始位点(TSS)附近,而 : 增强子的调控作用和它到TSS的距离无关(当然,越远越弱,但不是远了就没作用)。 : 启动子包含了核心启动子和周边的一些其他TFBS,一般你只要从TSS上数1000bp,下数 : 500bp,就算基本上肯定包括整个启动子了。 : 增强子么,上游很远都有可能,甚至在内含子里和下游都有可能。 : 一般认为编码序列不包含转录调控原件。但是也未必,好像最近有一篇文章说到某个序 : 列既编码又调控。不过一般而言,编码序列可以无视。
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W*********n 发帖数: 775 | 15 谢谢!
【在 S***A 的大作中提到】 : nod. : 保险起见,转录起始位点向上1.5kb足够了。 : 增强子与距离和方向无关,因为结合它的蛋白可以直接结合转录因子,也就是说可以把 : DNA折回来。
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