W*********n
发帖数: 775 | 1 1） 细胞先转录出带内含子的mRNA, 请问提取RNA后，反转录成cDNA，这个cDNA里面
有没有未成熟的mRNA(intron 没有来得及剪贴掉)反转录出来的？也就是说，反转录DNA
（cDNA）里面，可能含有intron吗？
2） 做一个同源基因的克隆，该基因有三个外显子，在第一个被初步annotated的外
显子上游，可以找到另外2个位点编码Met，可以使蛋白往N末端延伸10个或20个aa。我
假定它是从往上延伸20aa的位点开始翻译，然后设计引物，在cDNA中扩增该基因。结果
显示扩增出来的序列就是3个外显子序列和那上游20aa对应的序列，没有任何内含子。
这是否说明该基因就是从往上游延伸20aa的地方起始翻译的呢？ |
m******u
发帖数: 12400 | |
g*********5
发帖数: 2533 | 3 1), yes.
2), no.
DNA
【在 W*********n 的大作中提到】
: 1） 细胞先转录出带内含子的mRNA, 请问提取RNA后，反转录成cDNA，这个cDNA里面
: 有没有未成熟的mRNA(intron 没有来得及剪贴掉)反转录出来的？也就是说，反转录DNA
: （cDNA）里面，可能含有intron吗？
: 2） 做一个同源基因的克隆，该基因有三个外显子，在第一个被初步annotated的外
: 显子上游，可以找到另外2个位点编码Met，可以使蛋白往N末端延伸10个或20个aa。我
: 假定它是从往上延伸20aa的位点开始翻译，然后设计引物，在cDNA中扩增该基因。结果
: 显示扩增出来的序列就是3个外显子序列和那上游20aa对应的序列，没有任何内含子。
: 这是否说明该基因就是从往上游延伸20aa的地方起始翻译的呢？
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W*********n
发帖数: 775 | 4 谢谢。那么若已知基因组序列，在知道翻译起始位点大致位置，并有两三个Met时，怎
样准确确定从哪一个Met开始翻译？
【在 g*********5 的大作中提到】
: 1), yes.
: 2), no.
:
: DNA
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W*********n
发帖数: 775 | 5 您可以回答，也可以因为简单不屑于回答。居高临下的打击别人，就没有意思了吧。
【在 m******u 的大作中提到】
: LZ上过大学吗？是学生物的吗？
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i***l
发帖数: 1656 | 6 不能预测
正常时候也有两个位置上都有Met 相差23AA，两个蛋白都被正常翻译的情况。
【在 W*********n 的大作中提到】
: 谢谢。那么若已知基因组序列，在知道翻译起始位点大致位置，并有两三个Met时，怎
: 样准确确定从哪一个Met开始翻译？
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T****u
发帖数: 424 | 7 http://baike.bbioo.com/doc-view-685.htm
Kozak序列
当然有时候就是会有从mRNA不同位置起始翻译的。
【在 W*********n 的大作中提到】
: 谢谢。那么若已知基因组序列，在知道翻译起始位点大致位置，并有两三个Met时，怎
: 样准确确定从哪一个Met开始翻译？
|
M*P
发帖数: 6456 | 8 那个就是扯蛋的，数据太少时代随便凑出来的结果。现在随便写个程序就知道根本就没
有几个基因有kozak序列。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 T****u 的大作中提到】
: http://baike.bbioo.com/doc-view-685.htm
: Kozak序列
: 当然有时候就是会有从mRNA不同位置起始翻译的。
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l***y
发帖数: 638 | 9 那你就随便写个程序run一下呗，能发篇不错的paper【 在 MHP (马后炮) 的大作中提
到: 】 |
T****u
发帖数: 424 | 10 同求
【在 l***y 的大作中提到】
: 那你就随便写个程序run一下呗，能发篇不错的paper【 在 MHP (马后炮) 的大作中提
: 到: 】
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M*P
发帖数: 6456 | 11 http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
Over 30 years ago Kozak suggested that a specific context (i.e. the
nucleotides before and after a codon) surrounding the initiating ATG codon
is required for its recognition by the pre-initiation complex; asserting
that this context should appear only in the vicinity of the initiating (
START) ATG codon of the ORF [10]. Nevertheless, several deviations from the
aforementioned scanning model have been reported based on small scale
experiments. For example, there are reported cases of leaky scanning where
AUG codons with sub-optimal contexts are skipped and translation initiates
at a downstream AUG [14], and there are cases of translation via internal
ribosome entry site (IRES) and additional non-canonical mechanisms [15]–[17
], but these have been reported to be relatively rare. In addition, though
there is a relatively low number of ATG codons in the 5′UTR as expected by
the scanning model [18], it was shown that there are many cases with non-
optimal ATG context scores for the main ATG codon, and cases of ATG codons
at the 5′UTR with relatively optimal context scores [19], [20], suggesting
that the scanning model is an over-simplification of the reality
【在 T****u 的大作中提到】
: 同求
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d****i
发帖数: 2346 | 12 印象中kozak序列不是翻译的必须序列，而是增强翻译的序列。没有kozak，仍然翻译，
但是水平不高，有了之后，更强。 |
j****x
发帖数: 1704 | 13 这是在讲笑话吧，或者压根没搞明白什么是kazak consensus
【在 M*P 的大作中提到】
: 那个就是扯蛋的，数据太少时代随便凑出来的结果。现在随便写个程序就知道根本就没
: 有几个基因有kozak序列。
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
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T****u
发帖数: 424 | 14 呵呵。。
the
【在 M*P 的大作中提到】
: http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
: Over 30 years ago Kozak suggested that a specific context (i.e. the
: nucleotides before and after a codon) surrounding the initiating ATG codon
: is required for its recognition by the pre-initiation complex; asserting
: that this context should appear only in the vicinity of the initiating (
: START) ATG codon of the ORF [10]. Nevertheless, several deviations from the
: aforementioned scanning model have been reported based on small scale
: experiments. For example, there are reported cases of leaky scanning where
: AUG codons with sub-optimal contexts are skipped and translation initiates
: at a downstream AUG [14], and there are cases of translation via internal
|
