【再次求助】如何对蛋白进行Gene Ontology分析？ - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 【再次求助】如何对蛋白进行Gene Ontology分析？

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i*S 发帖数: 175	1 好吧我又回来了……对生物信息一窍不通啊。上次求助谢谢好心的朋友，不过我自己手动“生物”信息地解决了……这次一定发包子。我最近做了质谱，鉴定出了1000多个蛋白，现在想对这些蛋白做一下Gene Ontology的分析，不知道怎么办才好呢？我现在有的是这些蛋白的gi number和Uniprot Accession Number，全在Excel的表格里面。我也找到了分析gene ontology的傻瓜在线工具比如Panther，但是发现它的数据库好像没有Uniprot每个蛋白单独网页上显示的全：有的蛋白找不到，或者就是有的蛋白信息不足。而且好像作图也很难看。我最终的目的是想把这些蛋白根据gene ontology的信息做成饼状图或者是bar graph。想求助一下大家，对于像我这种对coding没什么经验的，有什么方法能做Gene Ontology的分析？有比Panther更好的工具吗？或者有什么方法可以抓取Uniprot上面的GO信息呢？抑或如果学习coding或者sql什么是必要的，有什么针对GO analysis这方面的入门教程嘛？多谢了！
c***3 发帖数: 251	2 网站的话可以用 david http://david.abcc.ncifcrf.gov/ 软件的话 Cytoscape 有bridgeDB app是id mapping，你可以把Uniprot Id专程ensembl或者gene symbol 然后接下来可以用NOA app 或者bingo做GO功能富集度测试
R****n 发帖数: 708	3 http://www.ingenuity.com/products/ipa 这个最简单，也比较全，毕竟是商业的。你看看你附近谁有license的，倒进去也就是 10来分钟的事。一千多个我没做过，你最好用一些其他的filter再滤一下。proteomics 里面很多一个hit的，我觉得都可以滤去。
n********0 发帖数: 11	4 http://www.pantherdb.org/ the best one for GO analysis

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