s*****g 发帖数: 87 | 1 Illumina的新产品,版上有大牛用过没?成本和效果如何?
感觉性能在MiSeq和HiSeq之间 |
y*****3 发帖数: 961 | 2 我没用过,但是我觉得是个很好的机子。非常灵活,适合独立实验室,医院等。 |
s*****g 发帖数: 87 | 3 谢谢回复!
我们可以算是一个独立实验室,主要需要做exome sequencing 和 RNA sequencing, 不
需要做de novo human genome sequencing,加上预算有限,所以准备买一台这个试试
看。 Miseq似乎不能满足exome sequencing 的要求。 |
m***T 发帖数: 11058 | 4 MiSeq的read数好像只有15-20M,不够Exome和RNA-seq的。NextSeq应该能满足,但和
MiSeq&HiSeq不同的是新机器似乎只有两个颜色,所以是不是相应的algorithm也有不同
?买之前最好弄清楚
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【在 s*****g 的大作中提到】 : 谢谢回复! : 我们可以算是一个独立实验室,主要需要做exome sequencing 和 RNA sequencing, 不 : 需要做de novo human genome sequencing,加上预算有限,所以准备买一台这个试试 : 看。 Miseq似乎不能满足exome sequencing 的要求。
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s*****g 发帖数: 87 | |
y*****3 发帖数: 961 | 6 这里有个帖子里列了几个比较 http://nextgenseek.com/2014/01/how-does-nextseq-500-compare-with-miseq-and-hiseq/
我没仔细看,不过总的来说nextgen500灵活性比较强,有两个档次的通量。
楼上说的那个我之前也没注意到,看了一下,发现dye还是4种,只是拍照从4张/cycle
变成了2张/cycle,然后用信号的叠加来推断4种base,主要是为了加快测序时间。
目前看来好像只有nextgen500采用了这种two channel的技术,不过我估计以后有可能
其他的系统也会跟进。 |
c**********6 发帖数: 1173 | 7 是两个颜色
T - green
C - red
A - mix of green and red
G - dark
cycle
【在 y*****3 的大作中提到】 : 这里有个帖子里列了几个比较 http://nextgenseek.com/2014/01/how-does-nextseq-500-compare-with-miseq-and-hiseq/ : 我没仔细看,不过总的来说nextgen500灵活性比较强,有两个档次的通量。 : 楼上说的那个我之前也没注意到,看了一下,发现dye还是4种,只是拍照从4张/cycle : 变成了2张/cycle,然后用信号的叠加来推断4种base,主要是为了加快测序时间。 : 目前看来好像只有nextgen500采用了这种two channel的技术,不过我估计以后有可能 : 其他的系统也会跟进。
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y*****3 发帖数: 961 | 8 你说的对,但是不冲突吧。。。
http://res.illumina.com/documents/products/techspotlights/techs
【在 c**********6 的大作中提到】 : 是两个颜色 : T - green : C - red : A - mix of green and red : G - dark : : cycle
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s******r 发帖数: 1245 | 9 nextseq就是一个大号的miseq,miseq缺点就是reads太少很多东西不能做,hiseq一跑
就是一个多礼拜太慢了,一个实验室也很难一下子凑够sample把flowcell填满,一轮实
验要做很久,nextseq有miseq的flexibility和速度再加上能出几百m的reads,算是真
正属于单个实验室做genome的机器,有钱有需求的弄一台应该会很爽
【在 s*****g 的大作中提到】 : Illumina的新产品,版上有大牛用过没?成本和效果如何? : 感觉性能在MiSeq和HiSeq之间
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m***T 发帖数: 11058 | 10 我感觉G用dark来表示是不是会有问题?如果是合成错误或其它测序错误导致的dark情
况怎么处理?
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【在 c**********6 的大作中提到】 : 是两个颜色 : T - green : C - red : A - mix of green and red : G - dark : : cycle
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s*****g 发帖数: 87 | 11 另外问一句,有大牛用过illumina的base space 吗,有必要买他们的这个服务吗? |
a********k 发帖数: 2273 | 12 多少银子一台啊?
【在 s******r 的大作中提到】 : nextseq就是一个大号的miseq,miseq缺点就是reads太少很多东西不能做,hiseq一跑 : 就是一个多礼拜太慢了,一个实验室也很难一下子凑够sample把flowcell填满,一轮实 : 验要做很久,nextseq有miseq的flexibility和速度再加上能出几百m的reads,算是真 : 正属于单个实验室做genome的机器,有钱有需求的弄一台应该会很爽
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c******e 发帖数: 124 | 13 我觉得dark没有什么问题,只要一开始的那些碱基G不要太多,这样定位就没有什么问
题,位置定好之后,这里是不是dark都不重要了,因为已经知道这个地方有个cluster
了。
我倒是觉得如果dark了,质量数据是多少就比较不好说了,呵呵。
另外如果是red,green,及其Mix,还有dard, phasing不好做。。。如果MiSeq只用两
种dye,照道理讲read应该更短,因为越到后面越不好phasing。。。
也许我理解错了。
【在 m***T 的大作中提到】 : 我感觉G用dark来表示是不是会有问题?如果是合成错误或其它测序错误导致的dark情 : 况怎么处理? : : ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
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s*****g 发帖数: 87 | |