l******n 发帖数: 143 | 1 很喜欢版面上关于具体科研问题的讨论,每次我都受益多多.coinbycoin的系列帖子读
起来都很有收获和感触.
想听听大家的意见,关于蛋白质研究,现在的瓶颈在哪里?换句话说,有哪些核心的大
家都感兴趣的希望解决的问题?技术上有什么需求,希望有哪些突破呢?
很不具体的一个问题,欢迎发散思维讨论. |
b*******0 发帖数: 1695 | 2 big COW won't come here
【在 l******n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 很喜欢版面上关于具体科研问题的讨论,每次我都受益多多.coinbycoin的系列帖子读 : 起来都很有收获和感触. : 想听听大家的意见,关于蛋白质研究,现在的瓶颈在哪里?换句话说,有哪些核心的大 : 家都感兴趣的希望解决的问题?技术上有什么需求,希望有哪些突破呢? : 很不具体的一个问题,欢迎发散思维讨论.
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l****y 发帖数: 398 | 3 我比较看好nanopore类似的新技术用在蛋白上,实现真正的蛋白组全覆盖。
质谱蛋白组先天不足太多,勉强凑合,做出来的东西实在问题多多。
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s******y 发帖数: 28562 | 4 我每次在合作者那里做完质谱之后,都会有类似感慨。质谱仪名义上是有单分子检测的
精度的,但是实际应用上很难做到。而且最让人尴尬的是可靠性太差了。我们把同一个
样品分成两半,送到不同的组去用同一型号的仪器来做,做出来的结果居然差别很大,
根本上就是各说各的,可重复性如此的低让人无语得一塌糊涂。
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E******g 发帖数: 170 | 5 用nanopore做蛋白质测序
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K******S 发帖数: 10109 | 6 分怎么做和做什么了,同实验室和不同实验室之间的差别NCI的CPTAC几年前已经做过了
,而且同样的质朴的参数设定可以很不一样,前面连的HPLC可以有很多种,COLUMN也有
很多种。但是质谱的好处是结果可以一直追溯到最初的RAW FILE,造假很难,只要一次
的RAW DATA好就能很确定。
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我每次在合作者那里做完质谱之后,都会有类似感慨。质谱仪名义上是有单分子检测的 : 精度的,但是实际应用上很难做到。而且最让人尴尬的是可靠性太差了。我们把同一个 : 样品分成两半,送到不同的组去用同一型号的仪器来做,做出来的结果居然差别很大, : 根本上就是各说各的,可重复性如此的低让人无语得一塌糊涂。
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l********8 发帖数: 197 | 7 不晓得热点欸,不过以前实验室做chaperone,应该是“曾经的热点”了吧。。。。 |
s******c 发帖数: 331 | 8 跟药物和疾病相关重要membrane proteins,比如ion channels,GPCRs,EGF
receptors,cytokine receptors等signaling,molecular mechanisms的研究 |
l******n 发帖数: 143 | 9 准确率高的high throughput?同意阿,我觉得pull-down assay的artifact的确有一些
,而且对transient interaction很难识别
蛋白组覆盖之后呢?我比较好奇大家对大面积识别出的蛋白,接下来怎么做怎么看.
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l******n 发帖数: 143 | 10 不能同意你更多,遇到过类似的情况
可重复性在定性和定量分析里都是最关键的
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我每次在合作者那里做完质谱之后,都会有类似感慨。质谱仪名义上是有单分子检测的 : 精度的,但是实际应用上很难做到。而且最让人尴尬的是可靠性太差了。我们把同一个 : 样品分成两半,送到不同的组去用同一型号的仪器来做,做出来的结果居然差别很大, : 根本上就是各说各的,可重复性如此的低让人无语得一塌糊涂。
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l******n 发帖数: 143 | 11 benchmark study对一个技术是很不错的检验,不同的仪器(型号,厂家)不同的操作
手段,不同的操作人员.
我觉得能具体到一个或几个经典protocol(当然需要指定一定的或者类似的分子特性,
因为不同分子差别太大了)会大幅提高可重复性
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 分怎么做和做什么了,同实验室和不同实验室之间的差别NCI的CPTAC几年前已经做过了 : ,而且同样的质朴的参数设定可以很不一样,前面连的HPLC可以有很多种,COLUMN也有 : 很多种。但是质谱的好处是结果可以一直追溯到最初的RAW FILE,造假很难,只要一次 : 的RAW DATA好就能很确定。
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l******n 发帖数: 143 | 12 nanopore 两票了^_^
【在 E******g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 用nanopore做蛋白质测序
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l******n 发帖数: 143 | 13 曾经的热点有什么后续发展麽?对哪些相关方向有比较大的影响?
【在 l********8 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 不晓得热点欸,不过以前实验室做chaperone,应该是“曾经的热点”了吧。。。。
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l******n 发帖数: 143 | 14 记得前一阵关于结构/mechanisms/drug development有过深度讨论,结论是对药物研发
的作用很有限,主要的药物还是靠传统筛查,甚至不知道反应机理很多年
membrane proteins现在结构越来越多被解析出来,接下来的功能相关研究有哪些主要
需要突破的呢?不好意思,很小白的问题
【在 s******c 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 跟药物和疾病相关重要membrane proteins,比如ion channels,GPCRs,EGF : receptors,cytokine receptors等signaling,molecular mechanisms的研究
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l******n 发帖数: 143 | 15 nanobody对膜蛋白结构的帮助也许也可以算个技术方面的突破?
nano-disk and etc |
l******n 发帖数: 143 | 16 传统生化手段往high throughput方向转变会是生物科研相关方向生产效率提高的一大
进步.
插一句感受,最近接触过一些对科研感兴趣的高中生,感觉他们对生物技术的估计/期
待很多时候是希望一键搞定数据采集和数据分析.对生物这么复杂的体系的了解,用各
种方法去研究,都有一定的学习过程,很多微妙的地方就在于对研究体系和实验手段的
彻底理解和调节.认识一个牛人,对他们做的各种项目使用的各种方法都有相当深度的
了解,纵观全局又能把手里的技术发挥到全面透彻的程度,深感做到这样是多么不容易
,但个人认为却又是必须. |
e****s 发帖数: 1125 | 17 晕。我现在还在拼命往质谱上靠。不过蛋白组是不做的。
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我每次在合作者那里做完质谱之后,都会有类似感慨。质谱仪名义上是有单分子检测的 : 精度的,但是实际应用上很难做到。而且最让人尴尬的是可靠性太差了。我们把同一个 : 样品分成两半,送到不同的组去用同一型号的仪器来做,做出来的结果居然差别很大, : 根本上就是各说各的,可重复性如此的低让人无语得一塌糊涂。
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e****s 发帖数: 1125 | 18 大蛋白、膜蛋白的dynamics应该算是个热点、难点吧。不过,不是那么吸引眼球就是了。 |