用RNA-seq的data看alternative splicing？ - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 用RNA-seq的data看alternative splicing？

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i*********0 发帖数: 915	1 我的RNA seq是用Hiseq2000做的，single read mode，然后read的长度是50bp。这样得到的data能做alternative splicing分析么？如果不行，什么样参数的RNA-seq数据才能做一个比较可靠的分析？谢谢！
i*****i 发帖数: 154	2 我是外行，据说需要100bp pair-end，deep/more reads
x******g 发帖数: 14	3 Doing alternative splicing will need paired end reads to get the high resolution. 100PE will be the good choice for this.
y*****3 发帖数: 961	4 需要PE的测序。
O********4 发帖数: 113	5 这样的数据是可以分析alternative splicing 的，只要你的coverage 足够深（>100 M for human sample）。【在 i*********0 的大作中提到】 : 我的RNA seq是用Hiseq2000做的，single read mode，然后read的长度是50bp。 : 这样得到的data能做alternative splicing分析么？ : 如果不行，什么样参数的RNA-seq数据才能做一个比较可靠的分析？ : 谢谢！

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