C*********m
发帖数: 213 | 1 问题是这样的，我有个基因有19个exons，然后老鼠同源蛋白有两个splicing variants
中间差一段编码的肽段，很短，很可能是microexon引起的，在不同组织里表达不一样
；然后我就想看看人里面的是不是也会有类似的splicing variants，也想找一下
microexon的可能。那就想看序列，看splicing位点，编码序列的比对，可貌似ensembl
.org查起来不太方便。
想问:怎么查找人源蛋白里是否存在类似的splicing variants? |
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j****x
发帖数: 1704 | 2 太懒啦...
From Wiki:
A splice site mutation is a genetic mutation that inserts or deletes a
number of nucleotides in the specific site at which splicing of an intron
takes place during the processing of precursor messenger RNA into mature
messenger RNA.The
abolishment of the splicing site results in one or more introns remaining in
mature mRNA and may lead to the production of aberrant proteins. |
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s********r
发帖数: 312 | 3 I think its two different processes. splicing donor/accepter determines
splicing pattern. Exon/intron junction accounts for nonsense-mediated decay,
to degrade mis-spliced mRNA |
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s********r
发帖数: 312 | 4 er...my bad. Anyway I still believe splicing donor/accepter site and branch
point pretty much determines splicing pattern. The consesus sequence may be
important for the binding of splicesome RNA.And the distance is just at an
appropriate distance from the splicing site to be able to get cleaved. I
learned it long ago from the PhD course, memory is blurred and may be
inaccurate... |
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j****x
发帖数: 1704 | 6 你要是真看懂了上面这个定义，就不会问这样的问题了
首先搞清楚什么是splicing site了没有？其次搞清splicing的具体特征了没？
先别急着看文献，翻翻教科书先。
sequence |
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e***o
发帖数: 344 | 7 有人在用smart trans-splicing体系作 nonspecific 的splicing吗？不知道把binding
site完全切掉还是留一小段做random的binding，效果更好。查了一些文章好象没有讲
得这么细的。 |
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m***o
发帖数: 272 | 8 做RACE，找到一个alternativesplicing form. 比如从intron5 转录了50bp接着exon6
直到stop codon。这个intron5也有splicing的标识。然后就设计了primer针对intron5
转录的这段做RTpcr，得到很亮的条带。偶尔发现用这个primer直接从genomic里也可以
得到PCR片断。怀疑假gene。但是我现在怎么能知道这个mRNA是splicing form呢，还是
直接从pseudogene转录的呢？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 9 1. 最好先根据siRNA的靶点估测一下这个isoform的序列构成
在某个coding exon上面最好
2. 如果大致确定是alternative splicing，而不是5'-/3'-的变化
可以根据全长isoform 的ORF设计引物做RT-PCR
如果这个short-form 表达量不是特别低的话
做一定数量的clone就可以抓住了
后续你怎么玩都可以了
3. 可以同时做一些bioinfo的分析
比如这个AS event很可能对应新的splicing junction
可以看一下已有的RNA-Seq data里面这个junction的表达情况
由此可以大致推断这个isoform是不是functional的
另外，也可以居然protein sequence的变化，看看是不是有些domain被打乱了
这样的话有可能跟全长蛋白功能相反的，这是比较有意思的一种情况
insensitive
isoform |
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a*******i
发帖数: 11664 | 10 【 以下文字转载自 Movie 讨论区 】
发信人: legalidiot (合法傻), 信区: Movie
标 题: 今天看了splice，真的被恶心了
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jun 7 03:32:16 2010, 美东)
什么人体蜈蚣算啥呀，splice将的是人兽交啊。那个兽，暴丑，先以女儿身把男主脚干
了，然后变性为男，把女主脚也干了。
还以为是科幻，结果这么恶心！后悔！ |
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l********t
发帖数: 708 | 12 什么人体蜈蚣算啥呀，splice将的是人兽交啊。那个兽，暴丑，先以女儿身把男主脚干
了，然后变性为男，把女主脚也干了。
还以为是科幻，结果这么恶心！后悔！ |
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z*********n
发帖数: 94654 | 13 今天一来单位就遥遥听到远处cubicle有人在说splice， last few minutes really
disturbing, hehe |
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G***G
发帖数: 16778 | 14 is there any website which provide all previlously published
alternative splicing events? |
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l****n
发帖数: 844 | 15 Human or Mouse?
There are several Human/Mouse splicing database available online, but no one
comprehensive enough....but you can try several of them. NCBI annotated
gene database may help, too. |
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h******y
发帖数: 1374 | 16 请教如何在PCR的引物的设计中能够规避splice variants的问题？ |
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s******g
发帖数: 52 | 17 Which genes are contributed to splicing pattern of mRNA?
Thanks for any hints. |
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B*A
发帖数: 51 | 18 alternative splicing最直接的结果就是一级结构（不同domain的出现或者消失）改变
。一般大家都会focus在这些domain上，看他们的功能。至于这些domain的出现或者消
失是否会影响高级结构，进而影响整个蛋白的功能，应该是那些捞晶体的活。 |
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n***1
发帖数: 45 | 19 在测某个特定基因的mutation，请教怎么定义splicing site mutation，谢谢 |
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n***1
发帖数: 45 | 20 谢谢，这个我当然知道啊，我是说在EXON的5＇和3＇端多远，哪些conserve sequence
的mutation算splicing site mutation, 看了半天文献也没看明白。。。
做遗传的请指教下
in |
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p****p
发帖数: 3360 | 21 I think ss mutation potentially could also leads to alternative splicing and
therefore missing of exon?
in |
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n***1
发帖数: 45 | 22 是我问问题不清楚，其实我想问的是怎么定义splicing site... |
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p****p
发帖数: 3360 | 23 广义地说，影响splicing的mutation都应该算吧。比如说polypyrimidine tract的突变
应该也算。
sequence |
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l*****a
发帖数: 1431 | 24 do you have a cell line that carries the potential splice mutation? if yes,
do a RT-PCR. |
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m***o
发帖数: 272 | 25 十分感谢各位的回复。又学到了新东西！抓住老板谈了谈，老板观点，继续试别的组织
和细胞系看看RNA和蛋白有没有可能表达。我对这个很没有信心。而且刚刚有个发现是
，我发现这个新的form可能是个pseudogene。因为我用genomic DNA，也得到了片段，
我的primer是跨3个exon。虽然我认为这个片段是alternative splicing得到的，但是
我也没证据排除是这个psuedogene转录得到的。如果是pseudogene转录的，但别的组织
都没有。感觉这个新的form在进化中可能有作用，但是现在不知继续研究它还有没有意
义。跟老板谈，老板很不感兴趣，认为我做的太多方向，要有priority。
打印出来了大家推荐的文章，再次感谢。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 26 因为不是搞这个的，看了一些文章后依然一头雾水
哪些序列已经被证明是会导致Alternative splicing的？ |
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e****p
发帖数: 354 | 28 请教大虾 有一堆EST 怎么分析ALTERNATIVE SPLICING 的可能
模板GENOME上都是GAP，CDNA只是预测的，基因>10KB，
对生物信息学不是很懂， 有什么软件可以用吗
多谢！ |
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m******5
发帖数: 1383 | 29 目前查到大多数主流故事都是认为 intron上的splicing donor/accepter比较重要
熟悉这个领域的同学能讲讲Exon/Intron junction的重要性么？
谢谢！ |
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m******5
发帖数: 1383 | 30 I don't know why I was under the impression that exon exon junction may have
something to do with defining the splicing context.....
branch
be |
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l**********1
发帖数: 5204 | 31 Genomic strand:
5'----nnnn-----mmmm--- intron5--50bp----exon6-----nnnn----mmmm--Stop codon--
-UTR------3'
设计two 引物从 upstream of --intron5--50bp- at least not over lap over 6
nt base
from that 5'-end of intron5--50bp--
然后对于cDNA=(设计了primer针对intron5
semi-nested PCR 30 cycle, if no band that is alternative splicing form
if still had band and size is same to last (发现用这个primer直接从genomic里
也可以得到PCR片断) that is pseudogene.
exon6
intron5 |
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G***G
发帖数: 16778 | 32 What types of Alternative Splicing can NGS technology detect?
Any recommendation for articles in this area?
Thanks. |
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s**e
发帖数: 1523 | 34 老板让我找一个基因所有的RNA splicing variants...我一头雾水。请大家帮忙！！！ |
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o*****a
发帖数: 2335 | 35 UCSC Genome Browser就行，主页上选gnomes,找你要的动物，搜索基因，在browser中
把UCSC Genes菜单选成full,缺省设置就会显示所有splicing variants |
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j*p
发帖数: 411 | 36 mark
补充：不同细胞里面的spliced isoform 会不同 |
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i*********0
发帖数: 915 | 37 我的RNA seq是用Hiseq2000做的，single read mode，然后read的长度是50bp。
这样得到的data能做alternative splicing分析么？
如果不行，什么样参数的RNA-seq数据才能做一个比较可靠的分析？
谢谢！ |
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x******g
发帖数: 14 | 38 Doing alternative splicing will need paired end reads to get the high
resolution. 100PE will be the good choice for this. |
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O********4
发帖数: 113 | 39 这样的数据是可以分析alternative splicing 的，只要你的coverage 足够深 （>100
M for human sample）。 |
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b**********9
发帖数: 87 | 40 http://www.bio.whu.edu.cn/News_reads.asp?cid=174&id=3053
周 宇
职称职务：研究员
学科专业：生物信息与功能基因组学
研究方向：生物信息学、功能基因组学、RNA组学
实验室位置：生命科学学院6109、6101室
联系电话：027-68756749
Email: [email protected]
/* */
学习经历
1999-09－2003-06 武汉大学 本科 生物学基地班
2003-09－2004-09 武汉大学 硕士 生化与分子生物学
2004-10－2005-07 法国巴黎十一大学 硕士 生物信息与生物统计学
2005-09－2008-12 武汉大学 博士 生化与分子生物学
2005-09－2008-12 法国巴黎十一大学 博士 计算机 (与武汉大学联合培养）
主要工作经历及任职情况
2009-07－2015-05 美国加州大学圣地亚哥分校 博士后
2015-05－至今 武汉大学 研究员
2015-08－至今 武汉大学高等研究院 兼职研究员
主要研究领域及兴趣
近年来发展起来... 阅读全帖 |
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s*******e
发帖数: 1389 | 41 问题是人家施一共确实做出了重大贡献
先科普一下什么叫Alternative Splicing，
就是DNA上一个基因分成几段，比如说12345，五段
splicing complex（施一共解析的结构）可以选出1，2，5这三段合成一个RNA，翻译成
蛋白A
也可以选出1，3，4这三段合成一个RNA，翻译成蛋白B
这有什么用呢？
举个例子
果蝇里面有个基因叫dsx（doublesex，双性控制者），分成6段
12356被splicing complex选出来合成A蛋白，果蝇就成了雄的
1234被splicing complex选出来合成B蛋白，果蝇就成了雌的
你说这个splicing complex厉不厉害？
全世界的结构学家，生物学家都想知道splicing complex为什么这么神奇
就人家施一公给做出来了
他说是诺奖级的贡献也没什么不可以
诺奖只是一个公认的顶尖研究标志
在当今各个国家都缩减科研预算的情形下
科学家站出来为自己营销
应该鼓励 |
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g*********r
发帖数: 1443 | 42 多谢，这个package看起来很好，拖12-3尺的小船应该可以了。我也考虑弄一个。
Hollow core braid splice并不难，我用的最多的是Jerry Brown 60lb. PM我你的邮寄
地址，我给你寄个CD，你看了以后一定会。Jerry Brown 40lb 太贵，splice起来也难
得多。
Braid和Braid之间一定要用splice，否则你花的银子就白费了。用一根reverse latch
needle就搞定了。 和leader的连接用wind-on 最好，我用threading needle把mono穿
进hollow braid，然后用两个nail knot serve连接处，glue沾上，到目前为止，这个
wind on连接还没有fail过。
如果你钓的只是20lb以内的鱼，wind on leader没太大必要。主要是利用Hollow core
knotless连接，线断了接上或磨损了剪掉一断再splice一段新的，不必re-spool，长远
看来更节省。
splice用的针我用的是这个：
http://www.tackledirect.com/po... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 43 1. 理论上说,只要所研究的基因有足够的reads(最好是pair-end),那么,要确定
splicing isoforms应该不是很难的事情, 可以查询一下两个方法(我虽知道有,但都没
试过): "NSMAP: a method for spliced isoforms identification and
quantification from RNA-Seq", "SpliceTrap: a method to quantify alternative
splicing under single cellular conditions"
2. 假设,比较病人和他父母RNA splicing之后,发现有很多基因存在不同的splicing,这
并不能代表你所说的"和RNA splicing 有关的gene"上面的突变是引起这种疾病的原因,
甚至不能代表这个突变能够用来做为检测这种疾病的marker,因为sample不够.如果你说
的是这种"sample不够,没法做statistics", 那么我以为它不能通过RNA-seq来回避.
sample |
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j*p
发帖数: 411 | 44 1. 理论上说,只要所研究的基因有足够的reads(最好是pair-end),那么,要确定
splicing isoforms应该不是很难的事情, 可以查询一下两个方法(我虽知道有,但都没
试过): "NSMAP: a method for spliced isoforms identification and
quantification from RNA-Seq", "SpliceTrap: a method to quantify alternative
splicing under single cellular conditions"
2. 假设,比较病人和他父母RNA splicing之后,发现有很多基因存在不同的splicing,这
并不能代表你所说的"和RNA splicing 有关的gene"上面的突变是引起这种疾病的原因,
甚至不能代表这个突变能够用来做为检测这种疾病的marker,因为sample不够.如果你说
的是这种"sample不够,没法做statistics", 那么我以为它不能通过RNA-seq来回避.
sample |
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g*********r
发帖数: 1443 | 45 优点很多。码字太麻烦，抄袭一段给你：
Advantages:
1) Conventional set ups - create whatever length wind-on leader you desire
without having to worry about knots or swivels going thru the rod guides.
2) Eliminates the need for a wire man/makes gaffing fish easier.
3) Can get wraps of heavy leader on reel when needing to exert extra
pressure on big fish like yellowfin tuna boatside.
4) Can use very short or no wire leader at terminal end of wind on leaders.
No longer have ballyhoo hanging from long leaders when clea... 阅读全帖 |
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A********e
发帖数: 354 | 46 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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c***d
发帖数: 26 | 47 前几天看这里讨论说用read4/read4k实现readAny边界条件比较多容易出错， 今天写了
一下，发现没什么边界条件啊。大牛看看哪里可能出问题。
用javascript写的，不过基本语法和c/java没啥区别。就这两行可能比较拗口：
var args = [bytes, 0].concat(store.splice(0, numToCopy));
[].splice.apply(buf, args);
它做的无非就是从store数组里刨去前numToCopy个元素，再把他们append到buf数组。
readAny函数在这里。完整的带unit test和mock read4()的code在 https://gist.
github.com/dumpty/7176257。可以用node执行，或者直接考到chrome dev console里
运行。
var readAny = (function() {
var store = [];
return function(n, buf) {
... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 48 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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O***n
发帖数: 13127 | 49 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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t**s
发帖数: 284 | 50 I have been working on splicing of a weak intron for some times.
When I tried to measure the portion of spliced mRNA by RT-PCR,
I actually observed similar phenomina as you got here.
In my assay, I place 2 primers around the intron (89bp) to run RT-PCR,
hoping that by measuring the ratio of the two PCR products (spliced
and unspliced) on agarose gel, I could get the efficiency of the splicing.
But we found that is not really true. When we compare PCR assay with
RNase Protection Assay, obviously |
|
