w*******i
发帖数: 186 | 1 我一开始也用了这样的方法，但是在Java里，LinkedList的remove方法最坏情况会遍历
整个链表，这样的话会超时的。我自己试过。
C++可以使用list的splice函数完成将某个指定的节点移到表头，Java我暂时没发现什
么现成的API可以在O(1)时间内解决。LinkedList里可以放自定义元素，增加prev和
next指针可以搞定。这样每次操作可以以指定节点为起点，而不是以表头节点为起点。
我代码贴在了：
http://blog.csdn.net/whuwangyi/article/details/15495845 |
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P*****f
发帖数: 2272 | 2 use splice then.
But I did remember they used to support file-to-file copy.
Maybe they just move it to a more semantically explicit sys call. |
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t****t
发帖数: 6806 | 3 yes, you can use inserter on list<>, since insertion on list doesn't
invalidate iterator. however, since list<> can be splice()'ed with constant
time, i think inserter on list<> is rarely needed.
for associative container, e.g.
set x;
copy(istream_iterator(cin), istream_iterator(), inserter(x, x.
begin());
it |
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S**I
发帖数: 15689 | 4 list1.splice(list1.end(),list2); |
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a*****t
发帖数: 81 | 5 【 以下文字转载自 Science 讨论区 】
【 原文由 yuffie 所发表 】
LTP和通常意义的记忆到底有多大的联系，所有的Paper目前尚且不能
Convince我。加上大部分试验是mouse的water maze试验，检查的是老鼠
识别各种special cue的能力。记得不久有人宣称CREB蛋白knockout（KO）
，并且得出结论记忆和CREB有关。但不久，发现所谓的KO并不彻底，有
一种新的splicing mRNA出现，功能和以前的CREB有部分重叠。
而且，有一些Tg或KO试验，也许影响了老鼠的视力，导致fail watermaze
试验，或有其他复杂的因素影响，很难说和记忆100％相关。
我最近见到一些文章叙述CA1区域和记忆的关系，at least和LTP的关系，
但是还是没有什么令人信服的解释可以解释记忆的recall和维持。
至于original的问题，记忆显然和物质有关，俺中学学唯物主义的时候就
知道了，呵呵，搞笑一把。 |
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b*z
发帖数: 48 | 6
yes/no.
a gene directs the synthesis of one polypeptide. a protein may
contain more than two different polypeptides and require more
than two genes.
in some cases a gene may contain more than two introns (inter-
rupted sequences) and exon (expressed sequences). an RNA
transcribed from such a gene may undergo splicing, that is, the
re-combination of introns and exons, resulting several mRNAs from
one single gene. these mRNAs may then be translated into a group
of proteins. usually such proteins |
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s*******e
发帖数: 23 | 7 clonist //hehe, take it easy.
generally, RT-pcr is the most sensitive assay to RNA, although sometimes
it cause pseudo positive.
However, RT-PCR can't detect isoforms, or alternative splicing products.
And because of its pseudo positive.
a northern is necessary.
However, S1 mapping of nuclease protection assay is roughly 20 fold more
sensitive than northern. Although these two methods also can't give
you the information of the full length or some isoforms' information.
all in all, these assays a |
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m*******d
发帖数: 4 | 9 很多基因如fgf2可以从同一个transcript不同的start condon开始翻译，有人称之为
alternative translation。这种情况肯定可以称之为isoform...
另外，很多其他isoform如PLCbeta,gamma也不一定是alternative splicing啊 |
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O******e
发帖数: 4845 | 10 ☆─────────────────────────────────────☆
toptip (老君) 于 (Mon Dec 11 19:21:54 2006) 提到:
刚看到有人讨论做protein interaction。把我最近碰到的几个问题贴这里一下，跟很
多周围的人讨论了也说不出所以然，人多力量大，也许这里有朋友能指点一二。
1 一个蛋白western有两条特异的带，其中一条带是预测的分子量大小，另一条大35kd
。不可能是alternative splicing，不可能是alternative start codon；用DTT或H2O2
处理，条带不变；不可能是糖基化和sumolation。大家说说还可能是什么？
2 另一个蛋白用交联剂交联后从cell lysate纯化，除了自身的带之外有两条shift的带
。打质谱后大的shift条带里有一个已知的结合蛋白，小的shift 35kd，死活打不出新
的蛋白。大家解释一下？
3 做以上两个蛋白的gel filtration。 从第一个fraction到最后一个fraction都有这
两个蛋白分布，量还比较均匀。理论上 |
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t****p
发帖数: 1504 | 11 导读：有很多生物学工作者尽管知道高通量技术的大概原理，但是却以为它仅仅是更快
而已。其实高通量DNA测序技术不仅仅是替换传统的测序技术，它有三大优点是毛细管
测序法所不具备的。首先它把平行处理的思想用到极致，可以在几百万个点上同时阅读
测序，所以它是快速高通量的技术，这一点是大家所熟知的；另外它实质上是单分子
DNA的测序技术，通过单分子DNA结合在某个点上进行扩增测序，所以它可以测一个DNA
的mixture（混合）；最后由于在一个 mixture中某种DNA的丰度反应在它能在多少点上
结合并被测序，也就是说被测序的次数反应了DNA的丰度，这个技术还有非常完美的定
量功能。
高通量DNA测序技术已经在如下领域掀起了革命。
测基因组的：
1. re-annotation of the genome。测序难免有错误，通过反复的深度测序，可以将这
种错误降低到很小。另外通过反复测cDNA library，纠正了以前splicing位点的错误。
大规模地，便宜地，快速地测物种的序列，比如果蝇的subspecies的序列，对于理解进
化非常有必要。
2. 疾病相关基因以及突变的hot spot |
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p*****m
发帖数: 7030 | 12 是 不过这俩人在wustl的时候一贯同时作corresponding author的 这个不说明啥啊
俩人估计就是学学Jan&Jan把 我估计 谁做什么还是分得很清楚的
饶毅这辈子做的最成功的就是Slit了吧 99年以后有一些paper很漂亮； 后来做axo
n guidance和polarity等等反正都和neural development有关的东西也还可以。吴
瑛是RNA splicing出身的阿 你看paper list里面和这些有关的才是她自己的东西
一直没什么太有意思的我觉得 呵呵
而且饶毅离开西北以后吴瑛那里似乎又接手过去饶毅留下的几个人和project |
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G***G
发帖数: 16778 | 13 today I argued in one student's presentation about exon array with
friend.
given exon 1, exon 3 are up-regulated between cancer and normal,
but exon 2 are not up-regualted.
can we say we find exon1+exon3 junction?
My answer is no. but my friend said yes.
what is your answer?
if we want to find exon 3 and exon 18 splicing juntion,
does that mean we need to find exon 3 and 18 upregulated and 4 to 17 down-
regualted?
note: we are talking about only exon array not exon-exon array here. |
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n********k
发帖数: 2818 | 16 possibly yes and very likely he refers to Fu xiandong...no doubt a top
researcher in splicing field. |
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l******u
发帖数: 936 | 17 小同学， 现在的香港在生物研究的水平跟北京上海比已经没有任何优势了。新加坡水
平还可以。
武大80年代cuspea出去那批人还是不错的，比如Duke的王小凡董薪年夫妇，
免疫方向MIT的陈建柱和Umich的刘阳，做splicing的ucsd付向东.......
董薪年的弟弟董欣中（JHU）好像做的也不错
90年代到2005年左右出国的offer总的来说都比较差， 进入好的 tenure track faculty
的也很少。
05年offer后有些好转，但是还没好到你说的一线美国名校横扫的水平。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 18 First, to clarify a bit, I didn't (or meant to) claim the promoter region
very likely conserved( as it turns out,
many are but evolution has also made use of promoter changes to do tricks
as people are starting to
appreciate). Secondly, (from some of your description), are u targeting
for non-coding RNA, or splicing site
or promoter/enhancer region like that? Then that could be quite different
and I would take back much of
what I had said until you know ur targeted region is absolutely conse |
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K****a
发帖数: 161 | 19 我在目的基因CDS 3'端加了一个Flag-tag，然后转化Arabidopsis野生型，用的是35S
promoter。转化植株的第一代RNA水平高的株系挑选出来传代，第二代出现表型分离，
而且符合3：1的比率。用Northern检测第二代植株的RNA水平，发现出现特殊表型的植
株中RNA水平很高，但是用western检测不到蛋白表达。所以我设计了三段探针，分别用
目的基因CDS的前，中，后三部分，Northern结果发现前段和中段探针能检测到高表达
，但是最后一段却没有信号。
现在我想的是高表达的RNA不是全长，所以用Anti-Flag抗体检测不到蛋白表达。但是我
不知道为什么会出现这种情况。构建的用的是CDS，不含任何intron，按理说不会出现
alternative splicing。我现在想的是在5'端再加上一个HA-tag，转化得到过表达植株
，看看会不会出现相同表型，如果有的话，RNA是不是truncated，如果是的话，用Anti
-HA抗体检测看看有没有truncated protein存在。
遇到过这种现象的同学能不能指导一下，我想破脑袋也没想通。多谢！ |
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Z*****N
发帖数: 112 | 20 Hi everyone,
I plan to make a point mutation (ACT->GCT) on the target gene and generate a
knock-in mice. I found out that ACT just locates exon-intron junction (e.g.[exon A]--intron--[CT exon]). Does the point mutation likely affect RNA
splicing? If so, any suggestion?
Many Thanks. |
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X***n
发帖数: 366 | 21 3'-UTR alternative splicing?
同。按说mirna是作用在3‘UTR，不同的突变位点不会对mirna的作用有影响啊 |
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x**w
发帖数: 112 | 24 和我们合作的一个实验室一哥们是splice的“science counselor”，拍片前那票演员
还去他实验室体验了下生活。。。但据说原来没告诉他是那么恶心一故事，悲剧的是他
当conselor的部分上了新闻。。。 |
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f******9
发帖数: 39 | 25 Hi guys, please help me find this paper. Thanks a lot
Nat Rev Mol Cell Biol. 2009 Nov;10(11):741-54. Epub 2009 Sep 23.
Mechanisms of alternative splicing regulation: insights from molecular and
genomics approaches.
Chen M, Manley JL.
Link: http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n11/abs/nrm2777.html |
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a***e
发帖数: 1010 | 26 It is OK.
Depending on your downstream step, you may need special buffer to preserve
the activities of the nuclear machineries. For instance, if you want to
make
nuclear extract to conduct in vitro transcription, in vitro splicing or
polyadenylation assays afterwards, it's better to directly put your cells
in your next step buffer together with some glycerol. |
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S*****s
发帖数: 287 | 27 谢谢楼上各位。我正在看这方面的文章，特别是七楼 jcb 老兄列出来的那篇，越看越
觉得不错。我做的蛋白目前没有 endogenous cell line，而我研究的方向也包括 mRNA
intron splicing。现在我都是用引入了 CMV promoter 的 BAC DNA 做 transfection
。看看这些文章我倒是想买点这个 ZFN 然后把 HEK293T 细胞的基因组改一改，改造出
一个可以 endogenous cell line 来。明天和 sigma 的 rep 继续谈谈。 |
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m*********7
发帖数: 606 | 28 不客气，希望你能顺利克隆。
还有一个办法你可以试一下，如果你这个蛋白序列比较保守的话，你可以将已知的序列
，如sequence1,去和其他物种（如小鼠，大鼠，黑猩猩）的genome sequence及已知的
cDNA序列比较一下。高度保守的蛋白在较近的物种间coding sequence的exon和intron
间splice的方式很接近，有助于你判断start codon和stop codon的位置。反正你只需
要知道coding region和很小一部分的5'-UTR和3'-UTR的序列，方便克隆就行。 |
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X***n
发帖数: 366 | 29 cDNA当然是混合物，同一基因还有不同splicing形式呢。所以应该跑gel, cut the gel
then cloning and sequencing. |
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o**i
发帖数: 1165 | 30 h会不会rRNA位置那个是真的 splice variant?
crosshyb
neuron
crosshyb |
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n********k
发帖数: 2818 | 31 Joke of the day or what?
there is not a most shameless but more shameless!
Results: 33
1.
Viable fertile mice generated from fully pluripotent iPS cells derived from
adult somatic cells.
Zhao XY, Li W, Lv Z, Liu L, Tong M, Hai T, Hao J, Wang X, Wang L, Zeng F,
Zhou Q.
Stem Cell Rev. 2010 Sep;6(3):390-7.PMID: 20549390 [PubMed - in process]
Related citations
2.
Production of mice using iPS cells and tetraploid complementation.
Zhao XY, Lv Z, Li W, Zeng F, Zhou Q.
Nat Protoc. 2010;5(5):963-71. Epu... 阅读全帖 |
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s**********y
发帖数: 122 | 32 1.Improved efficiency of bovine somatic cell nuclear transfer by optimizing
operational procedures.
Zhao LW, Yang XY, Guan PF, Fu J, Li H, Zhou YY, Huang SZ, Zeng YT, Zeng FY.
J Reprod Dev. 2009 Oct;55(5):542-6. Epub 2009 Jul 1.
PMID: 19571467 [PubMed - indexed for MEDLINE]Free Article
Related citations
2.Selection of in vitro produced, transgenic embryos by nested PCR for
efficient production of transgenic goats.
Huang SZ, Huang Y, Chen MJ, Zeng FY, Ren ZR, Zeng YT.
Theriogenology. 2001 Sep 1;5... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 33 别晕。这种情况不少见。因为很多alternative splicing 并不需要第一个exon |
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c******r
发帖数: 3778 | 34 有几种情况：
1. 上面sunny同学说的很对。有alternative splicing等其他可能。
2. ko一般都是ko一两个exons，一般assume不完整的RNA或者peptide不稳定，会很快被
代谢掉。但是事实上经常不是这样。有很多蛋白即使ko掉几个exons后还有detectable
的peptide，虽然size shift了，但是确实western可以detect。
3. 如果是conditional ko就有ko效率，和部位，细胞种类等其他原因导致在一定程度
上可以detectable。
不论怎样，要证明ko都要从几个方面来证明：
1. 从genomic上，要跑southern，看到size减小as expected。
2. 从RNA上，northern，和western证明没有detectable的stable的蛋白。如果有，要
证明这个蛋白的功能被comprise了。
3. 从功能上证明这个蛋白的功能没有了。
4. 从phenotype上证明这个功能和这个phenotype直接的联系。 |
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a****d
发帖数: 1919 | 35 somethings you can take a look,
fruitless Splicing Specifies Male Courtship Behavior in Drosophila
Ebru Demir and Barry J. DicksonGo To Corresponding Author
The Sex-Determination Genes fruitless and doublesex Specify a Neural
Substrate Required for Courtship Song
Elizabeth J. Rideout1, Jean-Christophe Billeter1, 2 and Stephen F. Goodwin1,
Go To Corresponding Author |
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p*****m
发帖数: 7030 | 36 It is not accurate.
You are talking about Fruitless, which is a sex determination gene. In other
words, the gender specific splicing of Fru determines the "sex" of the
nervous system.
母果蝇里面引入了公果蝇类型的Fru，这个母果蝇就变成了长着男性脑袋的有着女性外
表的果蝇 她当然就会对母的求爱 对公的打架 这个和同性恋应该不是一回事：人类同
性恋的性别自我认定并不一定会出问题（也有出问题的） |
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g*********d
发帖数: 233 | 37 Here is some literature I found....
I'm interested in this gene
Thanks!
2'-5'-oligoadenylate synthetase 1 is an enzyme that in humans is encoded
by the OAS1 gene.[1][2]
This gene encodes a member of the 2-5A synthetase family, essential
proteins involved in the innate immune response to viral infection. The
encoded protein is induced by interferons and uses adenosine triphosphate
in 2'-specific nucleotidyl transfer reactions to synthesize 2',5'-
oligoadenylates (2-5As). These molecules activate ... 阅读全帖 |
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p****p
发帖数: 3360 | 38 It seems the "cleavage" happens closer to the C-terminus.
I think alternative splicing of the mRNA is a more likely explanation of
your results. Run an RT-PCR to test it. |
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D******9
发帖数: 2665 | 39 我有个研究的基因有很多DIFFERENT ISOFORMS BECAUSE OF ALTERNATIVE SPLICING.我
想把所有的IOFORMS都CLONE了，现在NCBI数据库了不全， 除了筛选cDNAlibrary的方法
， 还有别的方法可以拿到所有的序列吗？ 我只知道基因中间的一段。谢谢 |
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t*d
发帖数: 1290 | 40 请问人的 RNA-seq 大概需要多少 coverage？能不能同时检测 RNA expression level
，alternative splicing 和 SNPs in expressed RNAs? 大概费用？
样品是送回国做吗？
谢谢！ |
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d**p
发帖数: 149 | 41 3' UTR contain sequence which can interact with mRNA binding proteins. These
interaction may affect splicing and the mRNA localization. |
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S*****s
发帖数: 287 | 42 我想搞清楚一个在细胞质内的突变蛋白是怎么被降解的。这个蛋白的野生型有两种
alternative intron splicing 的 product，姑且叫 wildtype 和 wildtype2 吧。我
在 293 细胞内表达两个 wildtype 和 mutant 蛋白，然后用 proteosome inhibitor
（Lactacystin) 和 lysosome inhibitor （Chloroquine, Leupeptin) 来处理细胞。
实验结果发现 Lactacystin 处理之后 wildtype 蛋白含量不变，wildtype2 含量升高
，但是 mutant 蛋白含量下降了。Chloroquine 和 Leupeptin 处理之后也不见 mutant
蛋白含量升高。Excel 的分析图也随帖附上。这样我就搞不明白这个蛋白是被什么降
解的了。请问版上的各位大牛能不能指点一下，下一步应该从什么角度去研究蛋白降解
？先谢谢大家了！ |
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Z**********g
发帖数: 222 | 44 1. first exon和alternative first exon是两条独立的mRNA（非alternate splicing
，而是由不同的promoter产生的transcript）,彼此的ORF应该不会影响吧.你的point应
该就是你刚开始说的,在first exon的mRNA上的前后两AUG会不会彼此影响。
2. 你怎么知道first exon AUG是uORF？uORF的确定是居于功能实验的（如果你确定了
细胞中该蛋白是由第二个AUG起始的翻译产物，你才可以称first exon AUG是uORF）。
事实上，我们知道AUG编码methionine，一个蛋白中前前后后methionine多的是，绝大
部分不能起始翻译嘛！ |
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E****A
发帖数: 184 | 45 多谢你的讨论！
1.我明白first exon和alternative first exon是由不同promoter产生的两条独立mRNA
，不过也
想知道彼此的orf会不会有影响。
2.我确实不确定first exon aug是uorf，不过只是第二个aug起始的orf是最早被克隆出
来当做
coding sequence的(跟human中的一样)，后来通过找est才发现的first exon和
alternative
first exon。mrna里确实有很多aug，不过只有这两个aug能被翻译啊。。
期待更多讨论和见解。
splicing |
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w******e
发帖数: 1187 | 46 隐约记得是100，000，因为有alternative splicing，但google不到
这个数字，倒是有地方写30，000.
请指点。多谢！ |
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K******S
发帖数: 10109 | 47 swissprot或者IPI的数据库里2万多个,要是算上ALTERNATIVE SPLICING和各种
MODIFICATION那可就海了去了 |
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g***j
发帖数: 40861 | 48 Tough Lessons From Golden Rice
Martin Enserink
It was supposed to prevent blindness and death from vitamin A deficiency
in millions of children. But almost a decade after its invention, golden
rice is still stuck in the lab
It's easy to recognize Ingo Potrykus at the train station in Basel,
Switzerland. Quietly waiting while hurried travelers zip by, he is holding,
as he promised, the framed and slightly yellowed cover of the 31 July 2000
issue of Time magazine. It features Potrykus's bearde... 阅读全帖 |
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