v****e
发帖数: 131 | 1 I am an Assistant Professor in the Dept. of Molecular and Cellular Biology
at Baylor College of Medicine, Houston, Texas. A postdoctoral fellow
position is currently available in my lab. My research interests/projects
include:
1. ERK3 signaling in cancer progression and metastasis, with a particular
interest in inflammation-associated cancer progression and metastasis.
Extracellular signal-regulated kinase 3 (ERK3) is a member of the atypical
MAP kinase subfamily. Unlike ERK1 and ERK2 that have ... 阅读全帖 |
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h********k
发帖数: 90 | 2 老的8挂
为傅新元鸣不平
送交者: 西奈山 2004年11月23日11:59:41 于 [教育与学术]http://www.bbsland.com
看了网上关于王晓东和傅新元讨论和评论， 不由感触良深。 在为王晓东道贺的同时，
也为傅新元鸣不平。他们在生命科学中都做出了重大贡献， 但遭遇却大不一样。其中
的一个不可忽视原因是他们和美国导师的关系。
这在很大程度上影响到他们是否在美国科学界被认可。
王晓东所做的工作，和他原来的导师 Michael S. Brown and Joseph L. Goldstein)没
有竞争关系，故得到他们的大力推荐和支持，加上王晓东自己的努力，有了今天的 科学
界的承认。傅新元则始终和他原来的导师 James Darnell (Rockefeller University，
who got Lasker Award andNational Medal of Science 2002)头碰头的竞争，其结果可
想而知。虽然傅发现STAT的工作是在Darnell实验室完成的,９２年他离开洛克菲勒大学
后，先是在纽约西奈山医学院，然后在耶鲁大学，独立开展工作，傅... 阅读全帖 |
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a***y
发帖数: 19743 | 3 在英国的Xiangchao Gan牛啊。
Genetic differences between Arabidopsis thaliana accessions underlie the
plant’s extensive phenotypic variation, and until now these have been
interpreted largely in the context of the annotated reference accession Col-
0. Here we report the sequencing, assembly and annotation of the genomes of
18 natural A. thaliana accessions, and their transcriptomes. When assessed
on the basis of the reference annotation, one-third of protein-coding genes
are predicted to be disrupted i... 阅读全帖 |
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B*M
发帖数: 1418 | 4 galaxy 感觉使着不是很顺手.我可以用tophat拿到accepted hits和splice junctions.
然后我用cufflinks 就怎么也跑不出结果!.
在这之前,我还得把raw data groomer...
我还是用了一个小的sample. |
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B*M
发帖数: 1418 | 5 galaxy 感觉使着不是很顺手.我可以用tophat拿到accepted hits和splice junctions.
然后我用cufflinks 就怎么也跑不出结果!.
在这之前,我还得把raw data groomer...
我还是用了一个小的sample. |
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h******y
发帖数: 351 | 6 Metabolism: Warburg effect revisited
http://www.nature.com/nrc/journal/v8/n4/full/nrc2364.html
It was Otto Warburg who first noted the difference between metabolism in
cancer cells and that in normal adult tissues: cancer cells take up glucose
at higher rates than normal tissue but use a smaller fraction of this
glucose for oxidative phosphorylation.
But how do tumour cells achieve this altered metabolic phenotype? The
authors reasoned that tumour tissue switches pyruvate kinase expression from
... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 7 The lincRNA annotation from Broad is not really good. Many people have
complained about that. For example, in this paper, the authors only give the
chromosome start stop of the predicted lincRNAs, although, we are pretty
sure they have the exon coordinates and splicing structures (because that
was a direct output from either Cufflinks or Scripture). |
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s****t
发帖数: 461 | 8 30 years ago, some famous scientists faced the similar problem to yours.
Later, they solved the problem and their work got them Nobel price. Yes, I
am talking about RNA self splicing.
Unfortunately, you probably can't chemically synthesize your protein in full
-length. So it's almost impossible to get a truly clean system to demonstate
it.
Here are some suggestions:
1. Try in-vitro translation system to see if it's still the case.
2. If you can map the cleavage site, you can synthesize some pept... 阅读全帖 |
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y*********u
发帖数: 183 | 9 如图
我要knock in表达的原基因有4个exon，我想插入一个EGFP reporter
，于是把exon1和exon2 replace掉（留下一小部分flanking sequence）
因为这个基因的3'UTR的调控做得很热，因此我就不能引入外源polyA 比如SV40, BGH
polyA等
粗看过去似乎问题不大，我用的EGFP的编码做过修改不含有splicing context
但是也有人说不加外源polyA的knock in表达很靠运气？ |
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s********n
发帖数: 248 | 10 http://gtac.wustl.edu/services/sequencing/analysis-pipelines.ph
RNA-Seq
TopHat – align raw sequence reads to the reference genome. Tophat maps across splice junctions.
Cufflinks - assemble the transcripts, estimate their abundance and test for differential expression in RNA-Seq samples. Currently gene abundance is restricted to annotated genes and transcripts. |
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n******7
发帖数: 12463 | 11 这些序列都是cDNA clone
在对比了测序结果和Y2H结果之后，我觉得很蹊跷
比如附件的那个'F07'，跟对应的REFSEQ序列比，只有最两端的序列，我怎么都觉得不
像是splicing的产物 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 12 今天早上爬起来
大脑忽然自己冒出对这个问题的解答
可能RNA转录一般没有那么高保真，错误的转录就经过连续splicing，形成5+3的短RNA
，然后被RT-PCR 搞了出来 |
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m******5
发帖数: 1383 | 13 What accounted for NMD Is Exxon Exxon junction actually..... If I was not
mistaken
decay, |
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m******5
发帖数: 1383 | 14 Yes, it is still the current story.
branch
be |
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w******n
发帖数: 371 | 15 标 题: 第一批CLS博士后基金入选者名单公示（清华博士后水准高）
发信站: 水木社区 (Sun Nov 27 11:44:48 2011), 站内
八位申请人拟入选CLS清华博士后基金，现将名单公示如下：
特等博士后基金：
1.龚蓉：2011年7月，在中国医学科学院北京协和医学院获得理学博士学位
2005年7月， 在武汉大学获得理学学士学位
代表性一作论文：
1.Rong Gong*, Ji Hu* Cheng Ding* et al. (2011). Role for the membrane
receptor guanylyl cyclase-C in attention deficiency and hyperactive behavior
. Science 333:1642-1646. (*equal authorship.)
2、梅子青：2009年12月，在清华大学获得理学博士学位
2002年7月， 在吉林大学获得理学硕士学位
1999年7月， 在吉林大学获得理学学士学位
... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 16 There has been quite a few RNAseq data released recently, many of them been
uploaded to UCSC genome browser as tracks (human and mouse). You may want to
try:
(1) go to that loci of the noncoding RNA you are interested.
(2) check RNAseq data and computational predicted tracks and see whether the
RNA is expressed, how many exons, what is the predicted splicing structure
etc.
(3) then RACE or you might want to test some functional study before RACE.
Personally, I doubted a noncoding RNA covers ~100... 阅读全帖 |
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b******n
发帖数: 4225 | 17 检测mRNA用了几对引物？会不会有alternative splicing? |
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s******s
发帖数: 13035 | 18 那你怎么肯定你这个东西表达呢？比如alternative splicing
看看ncbi那里有没有EST的序列？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 19 RE:
not expensive blunt TOPO
but alternatively you can try
another ligation-anchored PCR protocol:
details just go to
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31517723.html
2F
from our experience even over 7.5kbp with a very longer 3' UTR mRNA (for
alternative splicing functions
possible) can be full cloned its ORF plus 5' UTR and near 3' UTR (3kbp)
then TA sub cloning
with TOPO TA kit:
htp://products.invitrogen.com/ivgn/product/K450001
Taq |
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E****A
发帖数: 184 | 20 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21622207
Front Biosci. 2011 Jun 1;17:2756-70.
Alternative splicing of RAGE: roles in biology and disease.
Kalea AZ, Schmidt AM, Hudson BI.
Source
Division of Nephrology/Hypertension, Feinberg School of Medicine,
Northwestern University, IL, USA.
Plz send it to sendspace or rapidshare or e****[email protected]
thanks in advance!!! |
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W*********n
发帖数: 775 | 21 Thanks for the useful information.
For I want to use morpholino to block the traslation of the gene, not for
the splicing block, I think I know the 5'UTR and the starting 25bp coding
sequence--it is also required by the Morpholino company.
Thanks
a
for |
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m******5
发帖数: 1383 | 22 原理上来说，是否RNA ligase mediated 5'RACE得到的一定是有效的5‘末端，也就是
individually transcripted，而非降解或者unspecific splicing产物？
我目前的理解是这样的，但因为结果太奇怪，上来问一下.
另外，还有一个问题,putative ATG前面允许存在Exon-Exon junction么？ |
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a********k
发帖数: 2273 | 23 不一定
有很多基因两篇paper里面的RACE结果都不一样的，当然不能排除alternative
splicing和降解的情况 |
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m******5
发帖数: 1383 | 24 Reference?
As far as l know, Alternative splice and degrading don't add cap right? |
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a********k
发帖数: 2273 | 25 not if the alternative splice is the first exon
I cannot image a degrading RNA w/ different caps, though. |
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m******5
发帖数: 1383 | 26 So I can exclude the possibility of degradation but insider seriously about
splicing?
On the other hand, it is quite not possible to have a EJC in front of the
atg right? Since 40s alone can not remove EJC |
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c*****g
发帖数: 66 | 27 1）肯定是pri好，miRNA的preprocessing应该是context dependent，比如说有些
intronic的miRNA的mature是coupled with splicing的。当然，你可以minimally
define可以被细胞preprocess的pre-miRNA，那肯定会更简单一些，这个是不是叫shRNA？
2）关键的问题是你的RNA包含了你需要的所有序列吗？如果是，不就是一串DNA吗，什
么做模板没区别。 |
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H****N
发帖数: 997 | 28 RNA-seq is much better than microarrays. It's much more quantitative and
sensitive, since arrays are limited by their dynamic range. You can detect
low fold-changes more reliably. You can get more information such as
alternative splicing. Low-level genes are a problem since not much is known
about their biological significance, but with microarrays these genes cannot
be reliably detected. |
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c*****g
发帖数: 66 | 29 当然了，这是对splicing而言，如果你对于gene fusion之类的结构上的变化更感兴趣
，paired-end就很重要了。
多。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 30 商业宣传不能信啊，呵呵。主要是很多是polymorphism还有alternative
splicing, 也就是你的mRNA就是这样的。问题是你不知道哪些是这个，哪些
是pcr造成的 |
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c*****g
发帖数: 66 | 31 我的一些不太成熟的看法，要是不对请见谅。
1）如果你们的下游工作是validation，当然是越stringent越有可能被你validate到，
你可以把你的filter和你大姐的combine了。实际上你已经有下游的validation了，你
是不是有可能知道错误都发生在哪一步？根据你的validation的结果来inform你应该进
行什么样的filter。
2）如果你们做的是human或者model organism的数据，而你们想要看看你们的序列是不
是真实正确，可以和现有的cDNA数据库，甚至是最近的rna-seq的数据比较，如果在别
的数据里也出现过，应该可以认为是真实的序列。
3）大部分的人的和模式生物的alternative splicing应该都已经被annotate到了，并
且你们研究的对象是wild type的，那么和已有的annotation比较应该是一个很好"
cross-validation"的方法。
align
frame |
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M*****n
发帖数: 16729 | 32 如果是cDNA clone出来的，PCR/assembly error可能很小。而且可以通过reference
sequence 查出来的，应该可剔出
你大姐太保守了，而且忘记了还有overlapping gene 和non-coding RNA 这个概念。
你的想法稍微靠谱一点，不过splice site也不是100%保守的，所以你的想法还是保守
了一点。
BTW， 你们目的到底是啥啊？是把所有transcriptome都搞明白还是别的目的？到底做
了多少clone? 这个效率太低了吧。
应该搞RNAseq
align
frame |
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 Y-2-H 用多重标记 做对照和比较
比如以下的 split-luciferase+GST+HA-epitope tagged
三重标记
they found new proteins interaction paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21530591
Protocol details:
>the wheat germ in vitro translation system for use in the splitlu
ciferase
assay and co-purifications with glutathione S transferase
(GST)- and HA-epitope tagged proteins (Fig. 2A).
>
In the split-luciferase assay, proteins of interest are fused to
N- and C-terminal fragments of luciferase. If the proteins interact,
the N... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 34 rna-seq
知道是啥吗
不清楚的话 维基一下吧
//en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seq
RNA-seq, also called "Whole Transcriptome Shotgun Sequencing" [1] ("WTSS")
and dubbed "a revolutionary tool for transcriptomics",[2] refers to the use
of high-throughput sequencing technologies to sequence cDNA in order to get
information about a sample's RNA content, a technique that is quickly
becoming invaluable in the study of diseases like cancer.[3] Thanks to the
deep coverage and base level resolution provided by next-generation
s... 阅读全帖 |
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B****n
发帖数: 22 | 35 the cell survived your selection. so your lentivirus works fine.
you may extract the DNA from the infected cell to see if your cDNA is still
there or not.
If i remember correctly, when you transfected 293T cells, the region between
the 2 LTR region will be transcribed and spliced. when the lentivirus
infects cells, the virus genome(RNA) will be retrotranscribed into DNA and
integrated into genome. So if there is any intron or intron like structure
in your contruct, it maybe processed as an intro... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 36 你老板没让你事先设计 reporter+ cassette modified vector 就做plasmid then
BAC transgene to Mouse 啦?
then 要证明Your transgene（insert）整合到特定locus
if yes plus next Long-range PCR does not work well.
return to start point then do below steps or similar steps:
Generation of knockin mice
Bacterial artificial chromosome (BAC) clone RP23-135A18
containing mouse genomic DNA encoding exon 1 of Zeb1 was
digested with PacI/SphI and SphI to yield 7.6-kb and 2.6-kb
homology arms, respectively, for targeting constructs (Figur... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 37 决定归来：同济。关于本人可以本版考古或问问。。。自我评价：对科研要求比较高，
执着，科研思路开阔，视野宽广，大局好，有点小野心，小理想化，想实实在在做点东
西，对人严而不MEAN，正直不自私，热心，very open/fair-minded and mentoring...
不报太多希望，我想合适的人选的大多会选择暂时留在美国，但是如果有对科研仍存幻
想，对中国还没有完全放弃，想回国发展的，那么也许就是我要找的寻找的“合作者”
，背景训练不是最重要因素，关键是对科研和人生的态度和取向，当然科研习惯也很重
要。看了这些梦语版的话，如果有一点共鸣，那么请来汗，也许我们可以一起做点什么。
Key words：(Neural) stem cell biology, adult neurogenesis,cancer,
epigenetics/Transcriptional regulation, splicing, non-coding RNA (long and
short), bioinformatics/systems biology, mouse genetics, single ce... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 38 首先，你必须用Northern Blot 来正式证实一下mRNA of Protein B 的确没有受影响。
光有RT-PCR or promoter reporter assay 是不行的，因为还有一个alternative
splicing的可能性你们还没有排除。在完全澄清之前最好不要贸然往translation regulation 做。
第二，如果你们的结果是对的话，下面会有很多有趣的东西，但是难度也不小。
你们的蛋白最有可能的是一个释放压制RNA表达的因子。
比方说 zip code binding protein(ZBP)这个蛋白是抑制RNA translation 的。然后
有其他蛋白可以释放这个ZBP而让蛋白开始表达。你们的这个蛋白A就有可能是类似这个
释放因子。
类似的还有一些蛋白，可以释放miRNA而使得某些蛋白可以进行翻译。
要知道更多的信息的话可以去查"release of translation repression"
很可能涉及翻译调控的比较初级的问题。
reporter assay), 但B蛋白却没有出现（抗体免疫荧光）。
转录，但却没有蛋白出来。所以B... 阅读全帖 |
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z**u
发帖数: 48 | 39 Chow, Louise; Professor of biochemistry and molecular genetics and senior
scientist, Comprehensive Cancer Center, University of Alabama, Birmingham (
China)
多年前看到她与诺贝尔的纠结，如今终于有了象征性的补偿，可喜可叹。
尤其让人感慨的是，去国３０多年，嫁了老外，还保持着中国国籍（只能当选外籍
member）。
“周芷是美国伯明翰阿拉巴马大学(University of Alabama at Birmingham)的教
授。她1943年生于湖南，后迁到台湾。从台湾大学农业化学戏毕业后，在美国加州理工
学院获得博士学位。1975年，周芷进入著名的冷泉港实验室。
1993年，诺贝尔生理学或医学奖颁给了Phillip Sharp和Richard Roberts，以表
彰他们在1977年分别发现了不连续基因，或者说断裂基因（RNA Splicing)。然而，不
少科学家认为，比Roberts更值得获奖的其实是周芷。
该发现... 阅读全帖 |
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a*m
发帖数: 1217 | 40 国籍这方面挺意外
Chow, Louise; Professor of biochemistry and molecular genetics and senior
scientist, Comprehensive Cancer Center, University of Alabama, Birmingham (
China)
多年前看到她与诺贝尔的纠结，如今终于有了象征性的补偿，可喜可叹。
尤其让人感慨的是，去国３０多年，嫁了老外，还保持着中国国籍（只能当选外籍
member）。
“周芷是美国伯明翰阿拉巴马大学(University of Alabama at Birmingham)的教
授。她1943年生于湖南，后迁到台湾。从台湾大学农业化学戏毕业后，在美国加州理工
学院获得博士学位。1975年，周芷进入著名的冷泉港实验室。
1993年，诺贝尔生理学或医学奖颁给了Phillip Sharp和Richard Roberts，以表
彰他们在1977年分别发现了不连续基因，或者说断裂基因（RNA Splicing)。然而，不
少科学家认为，比Roberts更值得获奖的其实是周... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 42 首先谢谢各位朋友在我另外一个贴子的讨论，本来是应前几天的一个贴子的随机思考，但随着大家的讨论，我也开始学习整理自己的思路（老婆孩子们昨天的飞机回国了， 一个人的日子是又爽又不爽呀，等了一夜他们安全到达，做爹不容易的说），借回答DUA的机会，讨论关于实验室建设 etc.希望各位不要吝啬你的版砖:）到时候我发达了，军公章有你的四分之一（一半给我LP孩子父母兄长的说），顺便帮自己再做一次广告
（信息在后面），欢迎投条:）））
好了，入正题，
１。首先你小人之心了哈， 我说START WITH 低或平均工资，所以必然是在行业允许接受的范围, 而且是在资源有限的情况下有一个限度的体现公平能者多得－－当然，评价不能只以产出衡量而是综合因素的考评。；
２。引入一个鼓励机制, 给予以high achiever 高工资，同工不同筹,是在合理的范围内体现公平，奖励上进，大锅饭会鼓励后进，滋生寄生心态；必要的时候，甚至是采取一定的惩处机制或退出机制，但是古话说的好，上方宝剑不应轻易出鞘，意在威慑！根据人的自律性的不同，适当的机制和压力我觉得是有益的；某些场合，我信奉毛泽东的团结斗争原则: 以斗争求团结，则团... 阅读全帖 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 43 我觉得你想太多了 呵呵 有好东西做出来 这些问题都不大
另外 你这个工资制度我觉得不是很现实。。一方面，真的愿意把science做得好的人，
不大会被你提工资这样的事情激励（不是说提工资不好，而是说提了工资他们也不会觉
得更有motivation），另外一方面，把工资给到至少可以再魔都生活的过去应该也是你
作为老板的义务之一吧 呵呵 你其实没有多少下降的余地
首先谢谢各位朋友在我另外一个贴子的讨论，本来是应前几天的一个贴子的随机思考，
但随着大家的讨论，我也开始学习整理自己的思路（老婆孩子们昨天的飞机回国了，
一个人的日子是又爽又不爽呀，等了一夜他们安全到达，做爹不容易的说），借回答
DUA的机会，讨论关于实验室建设 etc.希望各位不要吝啬你的版砖:）到时候我发达了
，军公章有你的四分之一（一半给我LP孩子父母兄长的说），顺便帮自己再做一次广告
（信息在后面），欢迎投条:）））
好了，入正题，
１。首先你小人之心了哈， 我说START WITH 低或平均工资，所以必然是在行业允许接
受的范围, 而且是在资源有限的情况下有一个限度的体现公平能者多得－－当然，评价
不能只以产出衡量而是... 阅读全帖 |
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c********b
发帖数: 363 | 44 先谢谢楼上各位。不知道有没有人用过sigma的service。我对genscript的peptide
service没有信心，买过一次，提高了100X的浓度还看不到多个实验室反复报道的现象。
我已经做了一个Ab，用的cocalico的service，象你提到的那样。能用来做WB，IP就很
难了。
然后发现我做的蛋白有alternative splicing，做的抗体能识别两个form，现在发现第
三个form也不能忽略，所以想再做一个抗体。还以为用peptide的特异性会高一些呢。
是不是自己表达一个50aa的peptide效果更好？
再次感谢！ |
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b******n
发帖数: 4225 | 45 你的细胞在目的基因有alternative splicing?
就是说你P到一个原来target的isoform |
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u**********d
发帖数: 573 | 46 过表达用标签看看全长蛋白的位置到底在哪里？
也许修饰也许splicing导致条带位置在不同状态下变化。
is
band |
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n********k
发帖数: 2818 | 47 So does cytoplasm splicing, has been around quite some time, didn't follow
this but why the nuclear translation was a question per se? |
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s*****a
发帖数: 59 | 48 要做qRT-PCR检测一个gene expression level，请问negative control Ct要比sample
Ct大多少才能接受？我要检测一个gene的alternative spliced isoform，其中一个
isoform 1 的扩增结果会被平时用的plasmid污染，另一个 isoform 2 可能会受
genomic DNA污染。如果检测isoform 1，RT minus control的Ct value只比样品晚3个
cycle（Ct sample=26, Ct RT minus control=29, Ct GAPDH=17），相当于污染物是样
品target gene的1/8，这个污染程度能否接受？
另外我的total RNA做过turbo DNase digestion，如果要检测可能受到genomic DNA 污
染的isoform 2, 请问RT minus control的Ct值比样品大几个cycle才能接受?
补充一点，negative control melting peak已经确定不是primer-dimer而是target
ge... 阅读全帖 |
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a******8
发帖数: 56 | 49 Not necessarily.the mRNA splicing from the same genomic locus can be
different when using different promoters. There are many successful examples
when NeoR is in forward direction. |
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s******s
发帖数: 13035 | 50 cDNA就有低表达基因的问题。尤其低表达+点突变+alternative
splicing，我觉得这个map有点问题，当然现在都是长片段，大概
问题不大。
挑重要基因，至少现在来说，还不如全测成本低
把整
catenin, |
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