f*******a
发帖数: 671 | 1 differential expression. 有四组A,B,C,D,各有5个replicate,4 lanes total,
compare A vs.B, A vs.C, B vs.D, 我的问题是，这四条lane怎么分配？
不好意思，刚才问题没表达清楚。
Plan 1:
A1~5
B1~5
C1~5
D1~5
Plan 2
A1,B1, C1, D1,A5
A2,B2,C2,D2, B5
A3,B3,C3,D3, C5
A4,B4,C4,D4,D5
请问哪种比较好？
非常感谢！ | s******s
发帖数: 13035 | 2 当然是2
【在 f*******a 的大作中提到】
: differential expression. 有四组A,B,C,D,各有5个replicate,4 lanes total,
: compare A vs.B, A vs.C, B vs.D, 我的问题是，这四条lane怎么分配？
: 不好意思，刚才问题没表达清楚。
: Plan 1:
: A1~5
: B1~5
: C1~5
: D1~5
: Plan 2
: A1,B1, C1, D1,A5
| s******r
发帖数: 1245 | 3 RNAseq重复性很好，lane和lane之间区别不是太大，怎么做都行
【在 f*******a 的大作中提到】
: differential expression. 有四组A,B,C,D,各有5个replicate,4 lanes total,
: compare A vs.B, A vs.C, B vs.D, 我的问题是，这四条lane怎么分配？
: 不好意思，刚才问题没表达清楚。
: Plan 1:
: A1~5
: B1~5
: C1~5
: D1~5
: Plan 2
: A1,B1, C1, D1,A5
| w********y
发帖数: 288 | 4 如果不能上5个lane，肯定得用plan 2；plan 1相当于人为引入了系统误差，虽然小但
是没法知道具体有多少，用plan 2可以估算这个差异。
不过，为啥不能跟你老板商量商量再多加一个lane，也就一千多块，相对于整个项目的
投资其实多不了多少。
或者第一轮只上4个replicate,每组各留一个replicate候补，出来以后如果哪个
library质量不过关，可以替换下来——当然这样最后的效果也是5个lane的钱。
【在 f*******a 的大作中提到】
: differential expression. 有四组A,B,C,D,各有5个replicate,4 lanes total,
: compare A vs.B, A vs.C, B vs.D, 我的问题是，这四条lane怎么分配？
: 不好意思，刚才问题没表达清楚。
: Plan 1:
: A1~5
: B1~5
: C1~5
: D1~5
: Plan 2
: A1,B1, C1, D1,A5
| l********e
发帖数: 415 | 5 Plan 3 (Best Solution):
multiplex 20 samples in each lane
【在 f*******a 的大作中提到】
: differential expression. 有四组A,B,C,D,各有5个replicate,4 lanes total,
: compare A vs.B, A vs.C, B vs.D, 我的问题是，这四条lane怎么分配？
: 不好意思，刚才问题没表达清楚。
: Plan 1:
: A1~5
: B1~5
: C1~5
: D1~5
: Plan 2
: A1,B1, C1, D1,A5
| c***y
发帖数: 615 | 6 没错，我们是随便混在一起的，完全看机器的schedule.好像关键是depth
【在 s******r 的大作中提到】
: RNAseq重复性很好，lane和lane之间区别不是太大，怎么做都行
| F*P
发帖数: 3204 | |
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