v********a
发帖数: 646 | 1 我们做RNA-seq, 发现一个已经报道的lncRNA在病人样本中水平显著上调。现在想弄清
这个背后的原因，几无良策。
目前唯一想到的，就是分析这个lncRNA的启动子区，看看在里面能否找到和该疾病相关
的基因。
请问大家还有什么其他思路，可以去展开研究呢？
谢谢 | x*****d
发帖数: 704 | 2 首先你得考虑一下因果关系，是lncRNA导致了疾病，还是先有了疾病，然后lncRNA的表
达升高了？如果是后者，可以考虑一下你研究的这种病和PRC1、PRC2有没有关系。比如
会不会是疾病影响了某些TF，然后那些TF上调了lncRNA。其他关于lncRNA的机理，你可
以参考一下Howard Chang关于HOTAIR和NeST的paper。 | f*********9
发帖数: 258 | 3 你可以做go analysis 参考 rinn 2007的nature paper
【在 v********a 的大作中提到】
: 我们做RNA-seq, 发现一个已经报道的lncRNA在病人样本中水平显著上调。现在想弄清
: 这个背后的原因，几无良策。
: 目前唯一想到的，就是分析这个lncRNA的启动子区，看看在里面能否找到和该疾病相关
: 的基因。
: 请问大家还有什么其他思路，可以去展开研究呢？
: 谢谢
| v********a
发帖数: 646 | 4
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我目前就是准备想这么做。
【在 x*****d 的大作中提到】
: 首先你得考虑一下因果关系，是lncRNA导致了疾病，还是先有了疾病，然后lncRNA的表
: 达升高了？如果是后者，可以考虑一下你研究的这种病和PRC1、PRC2有没有关系。比如
: 会不会是疾病影响了某些TF，然后那些TF上调了lncRNA。其他关于lncRNA的机理，你可
: 以参考一下Howard Chang关于HOTAIR和NeST的paper。
| v********a
发帖数: 646 | 5
哪篇文章啊，谢谢
Rinn JL, M. Kertesz, J. Wang, S. Brunghman, H. Goodnough, B. Wong, M. Cleary
, J.A. Helms, E. Segal, H.Y. Chang. (2007) Functional Demarcation of Active
and Silent Chromatin Domains in Human HOX Loci by Non-Coding RNAs. Cell. Jun
29;129(7):1311-23.
F. Lan, P.E. Bayliss, J.L. Rinn, J.R. Whetstine, J.K. Wang, S. Chen, S.
Iwase, T.M. Roberts, H.Y. Chang, and Y. Shi (2007). A histone H3 lysine 27
demethylase regulates animal posterior development. Nature Oct 11;449(7163):
689-94 (online 9/12/08).
T.A. Khavari and Rinn JL. (2007). Ras/Erk MAPK Signaling in Epidermal
Homeostasis and Neoplasia. Cell Cycle. Sept ; 6(23):2928-31
H. O'Green, S.L. Squazzo, S. Iyengar, K. Blahink, Rinn JL, H.Y.Chang, R.
Green and P.J. Farnham (2007) Genome Wide Analysis of KAP1 Binding Reveals
Auto-regulation of KRAB-ZNFs. PLoS Genetics. Jun 1;3(6):e89
【在 f*********9 的大作中提到】
: 你可以做go analysis 参考 rinn 2007的nature paper
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