X******n
发帖数: 914 | 1 Lack of Evidence for PKM2 Protein Kinase Activity－Molecular Cell
Highlights
•PEP-dependent phosphorylation was assayed in cell lysates using
radioactive PEP
•Trace adenine nucleotides can confound PEP-dependent phosphorylation
assay results
•PEP-dependent phosphorylation is rare and is not dependent on PKM2
•We are unable to detect PKM2 protein kinase activity in a variety of
contexts
Summary
The role of pyruvate kinase M2 (PKM2) in cell proliferation is controversial
. A unique function of PKM2 proposed to be important for the proliferation
of some cancer cells involves the direct activity of this enzyme as a
protein kinase; however, a detailed biochemical characterization of this
activity is lacking. Using [32P]-phosphoenolpyruvate (PEP) we examine the
direct substrates of PKM2 using recombinant enzyme and in vitro systems
where PKM2 is genetically deleted. Labeling of some protein species from [
32P]-PEP can be observed; however, most were dependent on the presence of
ADP, and none were dependent on the presence of PKM2. In addition, we also
failed to observe PKM2-dependent transfer of phosphate from ATP directly to
protein. These findings argue against a role for PKM2 as a protein kinase. |
O**********a
发帖数: 317 | 2 negative data 不能说明别人就是错的呀。 |
i**********a
发帖数: 1402 | 3
又来了，估计还是说什么实验条件不一样，用的细胞不一样，说不定水也不一样。It
must be something in the water.
【在 O**********a 的大作中提到】
: negative data 不能说明别人就是错的呀。
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O**********a
发帖数: 317 | 4 科学能够被证伪。但是生物学好像反过来了，只能证实，不能证伪。证伪别人就会说：
实验条件不同、细胞不同、用的水也不一样。lol |
o**4
发帖数: 35028 | 5 科学本来就是只能证实吧，咋证伪啊？
你证明上帝不存在试试？
【在 O**********a 的大作中提到】
: 科学能够被证伪。但是生物学好像反过来了，只能证实，不能证伪。证伪别人就会说：
: 实验条件不同、细胞不同、用的水也不一样。lol
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j*b
发帖数: 341 | 6 读了一下文章， 有五篇文章做出过蛋白激酶活性（四篇老中一片老韩）
最先说PEP能当ATP用的，就是这篇文章的作者本人。
跟风跟到马蹄上了？？
PKM2 phosphorylates MLC2 and regulates cytokinesis of tumour cells. Nat
Commun. 2014
SAICAR induces protein kinase activity of PKM2 that is necessary for
sustained proliferative signaling of cancer cells.
Mol Cell. 2014
PKM2 regulates chromosome segregation and mitosis progression of tumor cells
. Mol Cell. 2014
PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell. 2012
Pyruvate kinase M2 regulates gene transcription by acting as a protein
kinase. Mol Cell. 2012
phosphorylation
of
【在 X******n 的大作中提到】
: Lack of Evidence for PKM2 Protein Kinase Activity－Molecular Cell
: Highlights
: •PEP-dependent phosphorylation was assayed in cell lysates using
: radioactive PEP
: •Trace adenine nucleotides can confound PEP-dependent phosphorylation
: assay results
: •PEP-dependent phosphorylation is rare and is not dependent on PKM2
: •We are unable to detect PKM2 protein kinase activity in a variety of
: contexts
: Summary
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s******r
发帖数: 2876 | 7 负结果能发出来不容易。
phosphorylation
of
【在 X******n 的大作中提到】
: Lack of Evidence for PKM2 Protein Kinase Activity－Molecular Cell
: Highlights
: •PEP-dependent phosphorylation was assayed in cell lysates using
: radioactive PEP
: •Trace adenine nucleotides can confound PEP-dependent phosphorylation
: assay results
: •PEP-dependent phosphorylation is rare and is not dependent on PKM2
: •We are unable to detect PKM2 protein kinase activity in a variety of
: contexts
: Summary
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D**p
发帖数: 185 | 8 所以上帝这个命题不是科学啊……
【在 o**4 的大作中提到】
: 科学本来就是只能证实吧，咋证伪啊？
: 你证明上帝不存在试试？
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o**4
发帖数: 35028 | 9 所以科学不能证伪啊，
【在 D**p 的大作中提到】
: 所以上帝这个命题不是科学啊……
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X******n
发帖数: 914 | 10 果然是詹密！
【在 o**4 的大作中提到】
: 科学本来就是只能证实吧，咋证伪啊？
: 你证明上帝不存在试试？
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z*t
发帖数: 863 | 11 最早作者就参与了PKM2的kinase activity的那一片nature文章
开会时见到一个PI感叹到PKM2这个东西挺好可惜被人做烂了。。。
cells
【在 j*b 的大作中提到】
: 读了一下文章， 有五篇文章做出过蛋白激酶活性（四篇老中一片老韩）
: 最先说PEP能当ATP用的，就是这篇文章的作者本人。
: 跟风跟到马蹄上了？？
: PKM2 phosphorylates MLC2 and regulates cytokinesis of tumour cells. Nat
: Commun. 2014
: SAICAR induces protein kinase activity of PKM2 that is necessary for
: sustained proliferative signaling of cancer cells.
: Mol Cell. 2014
: PKM2 regulates chromosome segregation and mitosis progression of tumor cells
: . Mol Cell. 2014
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c*******4
发帖数: 154 | 12 杨巍维也是一个高产的传奇啊！现拿了千青去了生化所。 |
c********6
发帖数: 189 | 13 http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31750567.html
phosphorylation
of
【在 X******n 的大作中提到】
: Lack of Evidence for PKM2 Protein Kinase Activity－Molecular Cell
: Highlights
: •PEP-dependent phosphorylation was assayed in cell lysates using
: radioactive PEP
: •Trace adenine nucleotides can confound PEP-dependent phosphorylation
: assay results
: •PEP-dependent phosphorylation is rare and is not dependent on PKM2
: •We are unable to detect PKM2 protein kinase activity in a variety of
: contexts
: Summary
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r******k
发帖数: 446 | 14 我靠 这样都能发！？！？！？原来我对PKM2特别感兴趣 但是后来觉得这个蛋白太
complicated； |
S***J
发帖数: 1210 | 15 不知道到底之前的工作有没有问题，但这个老帖子里的ID都好牛逼阿，一早就看出有可
能存在猫腻：）
【在 c********6 的大作中提到】
: http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31750567.html
:
: phosphorylation
: of
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S***J
发帖数: 1210 | 16 如果是人为造假，yang以后咋办？
【在 c*******4 的大作中提到】
: 杨巍维也是一个高产的传奇啊！现拿了千青去了生化所。
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c********6
发帖数: 189 | 17 放心 Yang跟Lu不会承认造假
【在 S***J 的大作中提到】
: 如果是人为造假，yang以后咋办？
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S***J
发帖数: 1210 | 18 又详细读了你贴的那个老帖子，好几个ID都质疑，尼玛你们是不是早就知道内幕啊？
yang和lu不至于这么大胆子造假吧？一年内2主刊2子刊，全一作，这要是真是假的，尼
玛以后还能拿到经费吗？
【在 c********6 的大作中提到】
: 放心 Yang跟Lu不会承认造假
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C********4
发帖数: 308 | 19 http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31750567.html
哈哈哈，当时我就质疑他那个敲除H3的实验。
完全是对组蛋白了解不多的人凭脑子想象出来的实验，结果却如同预期一样好。
三年过去了，终于 。。。
【在 S***J 的大作中提到】
: 又详细读了你贴的那个老帖子，好几个ID都质疑，尼玛你们是不是早就知道内幕啊？
: yang和lu不至于这么大胆子造假吧？一年内2主刊2子刊，全一作，这要是真是假的，尼
: 玛以后还能拿到经费吗？
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C********4
发帖数: 308 | 20 本版有几个公认造假的：
1 Pier Paolo Pandolfi (3P)
2 Michael Rosenfeld
3 Michael Karin
4 超级玛丽
凡是这几个实验室出来的paper，根本不用看，更不要信。
他们以前的WB都ps出来的，现在技术提高了，都是直接上样不同量的蛋白，blot actin
，说成是想要的蛋白。
统计图以前都是手动填数字，现在都是用软件生成随机数（这样算出来的噪音更逼真）。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 21 好奇的去看了一眼。嘻嘻嘻嘻。
至于另外一个人问说造假难道不怕以后没funding, 这个，看看那几个被点名的人的
funding 就知道了。
【在 S***J 的大作中提到】
: 不知道到底之前的工作有没有问题，但这个老帖子里的ID都好牛逼阿，一早就看出有可
: 能存在猫腻：）
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s******y
发帖数: 28562 | 22 等了三年，也是够久的了。信号转导这个领域主要就是没有人认真去核对这种东西。晴
子不小心在人人都盯着
的干细胞领域，于是悲剧了。
【在 C********4 的大作中提到】
: http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31750567.html
: 哈哈哈，当时我就质疑他那个敲除H3的实验。
: 完全是对组蛋白了解不多的人凭脑子想象出来的实验，结果却如同预期一样好。
: 三年过去了，终于 。。。
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O**********a
发帖数: 317 | 23 嗯。
PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell.
Fig 3A 这要能是真的，11公就能得奖。
【在 s******y 的大作中提到】
: 好奇的去看了一眼。嘻嘻嘻嘻。
: 至于另外一个人问说造假难道不怕以后没funding, 这个，看看那几个被点名的人的
: funding 就知道了。
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v**********m
发帖数: 5516 | 24 早该如此了，业界被骗得好辛苦。如果以前就允许可以发负结果，业界做前期
target validation的组可以发一大堆多年累积的结果。
【在 s******y 的大作中提到】
: 等了三年，也是够久的了。信号转导这个领域主要就是没有人认真去核对这种东西。晴
: 子不小心在人人都盯着
: 的干细胞领域，于是悲剧了。
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c*******4
发帖数: 154 | 25 这要是做实了话，麻痹也太夸张了！！！
actin
）。
【在 C********4 的大作中提到】
: 本版有几个公认造假的：
: 1 Pier Paolo Pandolfi (3P)
: 2 Michael Rosenfeld
: 3 Michael Karin
: 4 超级玛丽
: 凡是这几个实验室出来的paper，根本不用看，更不要信。
: 他们以前的WB都ps出来的，现在技术提高了，都是直接上样不同量的蛋白，blot actin
: ，说成是想要的蛋白。
: 统计图以前都是手动填数字，现在都是用软件生成随机数（这样算出来的噪音更逼真）。
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D******K
发帖数: 557 | 26 True!
【在 v**********m 的大作中提到】
: 早该如此了，业界被骗得好辛苦。如果以前就允许可以发负结果，业界做前期
: target validation的组可以发一大堆多年累积的结果。
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l****y
发帖数: 486 | 27 看来 Vander Heiden这次是要死拼了。
phosphorylation
of
【在 X******n 的大作中提到】
: Lack of Evidence for PKM2 Protein Kinase Activity－Molecular Cell
: Highlights
: •PEP-dependent phosphorylation was assayed in cell lysates using
: radioactive PEP
: •Trace adenine nucleotides can confound PEP-dependent phosphorylation
: assay results
: •PEP-dependent phosphorylation is rare and is not dependent on PKM2
: •We are unable to detect PKM2 protein kinase activity in a variety of
: contexts
: Summary
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D**p
发帖数: 185 | 28 ……哥你神逻辑，能证伪的叫科学，上帝不能被证伪，所以不是科学。你等于在说：有
意识的是人，猩猩没有意识，所以人没有意识……
【在 o**4 的大作中提到】
: 所以科学不能证伪啊，
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A******y
发帖数: 2041 | 29 In my field, it takes Merck to publish a great paper to correct a mistake
some big bulls made at Harvard/MIT 15 years ago. Half of the isozymes of
the same class do not have enzymatic activity and likely just serving as
binding domains. Even few years ago, some reviewers still want enzymatic
activity from these enzymes to be measured (talking about not keeping up
with the literature). |
