b******s
发帖数: 1089 | 1 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
测序。
说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
实际发文章这样操作的多吗？ |
O**********a
发帖数: 317 | 2 你说的那种根本不现实 而且会引入batch effect
不适合 |
O**********a
发帖数: 317 | 3 你说的意思我懂，就是尽可能把生物学重复提前，但是其实然并卵。
你想，独立取样，那你的细胞系是三个不同来源么？还是从一碟细胞平行分出来的？如
果是一个来源的，不又不是生物学重复了吗？
所以，没必要。而且你独立测序，结果variation会很大，还有测序的batch effect，
很难比较。 |
d****u
发帖数: 275 | 4 omics的方法里都有技术重复和生物重复；你的这个方法其实是2个combine起来，数据
variation小，其实统计上是站不住脚的，而且有些traits可能看不到了，当然如果是
验证型的实验，估计问题不大；
RNA seq要的量小，技术门槛低，又不贵，至于这么设计么？Proteomics的样本这样
pull起来到比较常见，你可以看看Pantey的文章。
【在 b******s 的大作中提到】
: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？
|
s******r
发帖数: 1245 | 5 我靠还有这么做重复的？
【在 b******s 的大作中提到】
: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？
|
x********e
发帖数: 35261 | 6 混起来还有什么技术重复？
【在 b******s 的大作中提到】
: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？
|
O**********a
发帖数: 317 | 7 我觉得混的时候显然是加barcode的 楼主不是很懂
【在 x********e 的大作中提到】
: 混起来还有什么技术重复？
|
s******s
发帖数: 13035 | 8 从来没听说过，会不会别人说multiplex，lz没听懂？
倒是DNA-Seq，目的是找mutation, 测多个library确实有好处，不过也很少
混合library放一块测序的，因为最后有算法上的问题。
【在 b******s 的大作中提到】
: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？
|
s******s
发帖数: 13035 | 9 从来没听说过，会不会别人说multiplex，lz没听懂？
倒是DNA-Seq，目的是找mutation, 测多个library确实有好处，不过也很少
混合library放一块测序的，因为最后有算法上的问题。
【在 b******s 的大作中提到】
: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？
|
m***T
发帖数: 11058 | 10 十有八九是multiplex
【在 s******s 的大作中提到】
: 从来没听说过，会不会别人说multiplex，lz没听懂？
: 倒是DNA-Seq，目的是找mutation, 测多个library确实有好处，不过也很少
: 混合library放一块测序的，因为最后有算法上的问题。
|
