b******s 发帖数: 1089 | 1 通常生物学重复很简单,就是独立取样,独立提取RNA,独立建库,独立测序。
但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
就是同一处理,同时提取几份RNA,再混起来成为一份样,然后再分开成几份分别建库
测序。
说这样也包含生物学重复,测序数据重复性也好,便于后面分析。大家怎么看?
实际发文章这样操作的多吗? |
O**********a 发帖数: 317 | 2 你说的那种根本不现实 而且会引入batch effect
不适合 |
O**********a 发帖数: 317 | 3 你说的意思我懂,就是尽可能把生物学重复提前,但是其实然并卵。
你想,独立取样,那你的细胞系是三个不同来源么?还是从一碟细胞平行分出来的?如
果是一个来源的,不又不是生物学重复了吗?
所以,没必要。而且你独立测序,结果variation会很大,还有测序的batch effect,
很难比较。 |
d****u 发帖数: 275 | 4 omics的方法里都有技术重复和生物重复;你的这个方法其实是2个combine起来,数据
variation小,其实统计上是站不住脚的,而且有些traits可能看不到了,当然如果是
验证型的实验,估计问题不大;
RNA seq要的量小,技术门槛低,又不贵,至于这么设计么?Proteomics的样本这样
pull起来到比较常见,你可以看看Pantey的文章。
【在 b******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 通常生物学重复很简单,就是独立取样,独立提取RNA,独立建库,独立测序。 : 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。 : 就是同一处理,同时提取几份RNA,再混起来成为一份样,然后再分开成几份分别建库 : 测序。 : 说这样也包含生物学重复,测序数据重复性也好,便于后面分析。大家怎么看? : 实际发文章这样操作的多吗?
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s******r 发帖数: 1245 | 5 我靠还有这么做重复的?
【在 b******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 通常生物学重复很简单,就是独立取样,独立提取RNA,独立建库,独立测序。 : 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。 : 就是同一处理,同时提取几份RNA,再混起来成为一份样,然后再分开成几份分别建库 : 测序。 : 说这样也包含生物学重复,测序数据重复性也好,便于后面分析。大家怎么看? : 实际发文章这样操作的多吗?
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x********e 发帖数: 35261 | 6 混起来还有什么技术重复?
【在 b******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 通常生物学重复很简单,就是独立取样,独立提取RNA,独立建库,独立测序。 : 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。 : 就是同一处理,同时提取几份RNA,再混起来成为一份样,然后再分开成几份分别建库 : 测序。 : 说这样也包含生物学重复,测序数据重复性也好,便于后面分析。大家怎么看? : 实际发文章这样操作的多吗?
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O**********a 发帖数: 317 | 7 我觉得混的时候显然是加barcode的 楼主不是很懂
【在 x********e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 混起来还有什么技术重复?
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s******s 发帖数: 13035 | 8 从来没听说过,会不会别人说multiplex,lz没听懂?
倒是DNA-Seq,目的是找mutation, 测多个library确实有好处,不过也很少
混合library放一块测序的,因为最后有算法上的问题。
【在 b******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 通常生物学重复很简单,就是独立取样,独立提取RNA,独立建库,独立测序。 : 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。 : 就是同一处理,同时提取几份RNA,再混起来成为一份样,然后再分开成几份分别建库 : 测序。 : 说这样也包含生物学重复,测序数据重复性也好,便于后面分析。大家怎么看? : 实际发文章这样操作的多吗?
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s******s 发帖数: 13035 | 9 从来没听说过,会不会别人说multiplex,lz没听懂?
倒是DNA-Seq,目的是找mutation, 测多个library确实有好处,不过也很少
混合library放一块测序的,因为最后有算法上的问题。
【在 b******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 通常生物学重复很简单,就是独立取样,独立提取RNA,独立建库,独立测序。 : 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。 : 就是同一处理,同时提取几份RNA,再混起来成为一份样,然后再分开成几份分别建库 : 测序。 : 说这样也包含生物学重复,测序数据重复性也好,便于后面分析。大家怎么看? : 实际发文章这样操作的多吗?
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m***T 发帖数: 11058 | 10 十有八九是multiplex
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 从来没听说过,会不会别人说multiplex,lz没听懂? : 倒是DNA-Seq,目的是找mutation, 测多个library确实有好处,不过也很少 : 混合library放一块测序的,因为最后有算法上的问题。
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