c********n
发帖数: 225 | 1 【记录历史】NgAgo’2016 - Milestones Draft#1 2016.08.25
2016年夏天，大规模重复验证NgAgo基因编辑功能的各种信息，在网络上不断
地更新着， 大部分是不可重复的困惑，至今还没有正式的可重复的实验结果
的报道。
为了以后有兴趣的人们可以更好地了解和回顾这次“事件”的进程，记录一下
一些比较重要的milestones
第一阶段：
o记录draft日期：2016.08.25
o记录从NBT paper 上线 2016.05.02 到“火锅哥”的重复实验信息 发布于
2016.07.15
第一阶段Milestone记录简述：
Date：2016年5月2日
Title：DNA-guided genome editing using the Natronobacterium
gregoryi Argonaute
Link:
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html
Key Points：
- NBT paper 上线
Date：2016年05月26日（NBT paper 上线约3个星期以后）
Title：纯从science角度分析一下韩春雨的文章
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32021669.html
Key Points：
- 从已知Ago蛋白家族的结构及性能上分析，觉得理论上有点想不通
- 对于文章里ss gDNA前后不同的用法也有点困惑
Date：2016年06月03日 （NBT paper 上线一个月以后）
Title：韩春雨的NgAgo效率怎么样？有人试过么？
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32022589.html
Key Points：
- 6月初就有手快的researcher做了实验，没有能重复出来
- 后续几个星期，又有几个researcher没能重复出来
- 大家都是先检讨，是不是自己有什么没做好？
- 大家比较一致的一个想法，是不是有什么关键点，NBT文章没有写出来？
- Consensus：大家都不希望看到有造假的问题
Date：2016年06月30日（NBT paper 上线近两个月以后）
Title：河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验的重复性问题
Link:
http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/523403
Key Points：
从收集到的无法重复信息以及分析韩春雨的一些行为做法，问了3个问题：
1.有人重复出fig4了吗？
2.韩春雨在遗传所的报告上说的可重复的“20家”实验室没必要保密吧？
3.韩春雨说的做这个实验的“高超的实验技巧”是什么？
Date：2016年07月13日（NBT paper 上线约两个半月以后）
Title：韩的论文里的蛛丝马迹
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32027669.html
Key Points：
无法重复试验后，仔细分析， fig4有点不大对劲
- 主要问题是4a和4e 有矛盾（band size separation on gel）
- 以及一些其他图片的问题，可能有PS的迹象
（注： fig4以及与其类似的结果，至今2016.08.25都没有人能重复出来）
Date：2016年07月14日（NBT paper 上线约两个半月以后）
Title：河北科大“韩春雨现象”的真相是什么？
Link:
http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/542534
Key Points：
原文引用 “推测是，韩春雨只做出了图3的结果，不知道那是假阳性，以为有
戏，但是又没法验证，就伪造了图4结果，先发论文再说，赌一把，说不定别
人能做出图4。本来只是要借此评上教授，被《知识分子》当典型立起来，闹
大了”
Date：2016年07月15日（NBT paper 上线约两个半月以后，关于fig4网上开
题讨论两天以后，以及方舟子第二篇文章发表一天以后）
Title：忙了五个星期，NgAgo重复实验总算告一段落
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
Key Points：
- “火锅哥”出现了，声明可以重复出NgAgo 基因编辑功能
- 发布人没有公布图片和实验具体信息
- 信息发布后，发布人至今（2016.08.25）未发表任何follow-up实验结果
By CoinByCoin
-2016年8月25日 |
P****R
发帖数: 22479 | 2 可以请作家来写小说了。然后剧作家改写成电影剧本，最后如果韩春雨继续顽抗，可以
写电视连续剧了。 |
c********n
发帖数: 225 | 3 编者按 2016年8月25日
由于“火锅哥”了解如何调整protocol而观察到韩春雨实验室NBT里的NgAgo基因编辑功能
而业界很多同行都无法重复验证NgAgo基因编辑功能
请“火锅哥”和业界同行分享实验调整细节，帮助业界同行troubleshoot
原文链接
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
原文引用
“做的中间发现了一个问题，才发现韩点播的很有道理。
于是调整了步骤，这在韩的paper里没有提。恰恰是这一步调整，后续平行结果虽说
variation很大，但平均值已经比较客观。关键是测序也和韩的报道能温和。”
-CoinByCoin
2016年8月25日 |
v********a
发帖数: 646 | |
c********n
发帖数: 225 | 5 【记录历史】NgAgo'2016 - Milestones draft 第一阶段时间点补充：
（added on 2016年8月28日）
NgAgo 序列，其基因编辑功能信息，以及相关实验流程， 对大众公开的几个时间点的
补充
Date：2016年04月13日（在NBT paper 上线前约2个多星期）
Title：以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术 （中国专利号CN 105483118 A）
Links:
https://www.google.com/patents/CN105483118A
https://www.google.com/patents/CN105483118A?cl=zh
Key Points：
- 沈啸、韩春雨 （浙江大学）Ago基因编辑专利发表
- 特别注明：
1. 专利filing date：Dec 21, 2015
2. 根据专利描述，不但NgAgo有基因编辑功能，HpAgo、NaAgo和NtAgo “都与NgAgo一
样有很强的编辑哺乳动物细胞内基因表达的能力”；以及MaAgo，NpAgo，NIESAgo，
SchAgo，SPAgo “等Argonaute核酸酶也能在37°C编辑DNA”
Date：2015年5月20日（NBT paper 上线2个多星期以后）
Title：“1rst NgAgo plasmids got to Addgene and are in QC”
Link:
https://twitter.com/addgene/status/733780913478356992
Key Points：
-韩春雨组NBT文章中用到的一个vector，nls-NgAgo-GK plasmid，到达Addgene，进入
QC流程
Date：2016年06月06日（NBT paper 上线约1个月以后）
Title：“NEW! Han Lab #NgAgo @NatureBiotech #GenomeEngineering plasmid is
available for requests”
Link:
https://twitter.com/addgene/status/739851591965102080
Key Points：
- Addgene正式产品发布 韩春雨组NBT文章中用到的一个vector - nls-NgAgo-GK 质粒 |
c********n
发帖数: 225 | 6 【记录历史】NgAgo'2016 - Milestones draft 第一阶段时间点补充：
（added on 2016年8月30日）
由于这则信息和以后第二阶段里的Addgene updated protocol有些相似之处
为了承前启后，也一并收入 第一阶段的milestones
Date：2016年06月28日
(NBT paper 上线近两个月以后）
(方舟子第二篇文章发表两天之前）
Title：please transfer to Biology. RE:Ng-Ago 重复
（发布于WaterWorld版）
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/WaterWorld/2680181.html
Key Points：
1. 提到3个关于optimize ss DNA “transformation tricks"
“Try these single stranded DNA transformation tricks.
1) transformation done at a low pH of ~6. Low pH significantly reduces the
nuclease activity of cutting single stranded DNA.
2) increase Mg++ to 1 mM. Mg is a conformation stabilizer of DNA and RNA.
3) No EDTA in the transformation system because it deprives Mg++ from the
buffer.”
2. 看来发布人很了解韩春雨老师的科研水平
“Han is a seasoned scientist with expertise on nucleic acid research. He
knows all of these tricks and may not disclose all of them.”
注：2016年7月15日，这则信息被转到了生物版
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028167.html |
